单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27703 篇文献，本页显示第 25581 - 25600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 25581 | 2024-08-09 |
Embracing the dropouts in single-cell RNA-seq analysis
2020-03-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-14976-9
PMID:32127540
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序分析中的dropout现象，并提出了一种基于dropout模式的共现聚类算法 | 本文创新地将dropout视为有用信号而非问题，并提出了一种新的聚类算法来基于dropout模式对细胞进行聚类 | NA | 探索dropout在单细胞RNA测序分析中的应用，并开发新的计算算法 | 单细胞RNA测序数据中的dropout现象 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | 基因表达数据 | 多个已发表数据集 |
| 25582 | 2024-08-09 |
Peripheral T cell expansion predicts tumour infiltration and clinical response
2020-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2056-8
PMID:32103181
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研究论文 | 本文通过深度单细胞RNA测序和T细胞受体测序，研究了不同类型癌症患者肿瘤、正常邻近组织和外周血中T细胞和T细胞受体的分布情况 | 首次揭示了效应样T细胞的克隆型扩张不仅在肿瘤内，还在正常邻近组织中，并且这种扩张与患者对PD-L1抑制剂的反应相关 | 文章未明确提及 | 探究T细胞在肿瘤免疫中的起源和命运，以及其与癌症治疗反应的关系 | 不同类型癌症患者的T细胞和T细胞受体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 不同类型癌症患者 |
| 25583 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics of blood reveals a natural killer cell subset depletion in tuberculosis
2020-Mar, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2020.102686
PMID:32114394
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了健康对照组、潜伏性结核感染和活动性结核患者的外周血单个核细胞，揭示了结核感染中自然杀伤细胞亚群的逐渐减少 | 发现了结核感染中自然杀伤细胞亚群CD3-CD7+GZMB+的减少，并验证了其在结核病诊断中的潜在价值 | NA | 探究结核感染中免疫细胞亚群的变化及其作为生物标志物的可能性 | 健康对照组、潜伏性结核感染和活动性结核患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 健康对照组、潜伏性结核感染和活动性结核患者的样本 |
| 25584 | 2024-08-09 |
Unraveling the Architecture of Classic Hodgkin Lymphoma One Cell at a Time
2020-03, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-1538
PMID:32127404
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研究论文 | Aoki及其同事利用单细胞RNA测序和成像质谱流式技术，描述了经典霍奇金淋巴瘤（cHL）中存在的反应性非恶性免疫细胞群，并描绘了它们与恶性霍奇金-里德-斯特恩伯格细胞的空间接近性 | 研究首次识别出在MHC-II阴性cHL中占主导地位的LAG3表达的Tr1型Treg细胞群，暗示了MHC-II阴性和MHC-II阳性cHL对免疫治疗反应差异的潜在功能关系 | NA | 揭示经典霍奇金淋巴瘤中免疫细胞群的组成及其与恶性细胞的空间关系 | 经典霍奇金淋巴瘤中的免疫细胞群及其与恶性细胞的相互作用 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序，成像质谱流式技术 | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 25585 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analysis reveals TOX as a promoting factor for T cell exhaustion and a predictor for anti-PD-1 responses in human cancer
2020-02-28, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-00722-9
PMID:32111241
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了TOX作为促进T细胞耗竭和预测抗PD-1反应的因素在人类癌症中的作用 | 首次在人类癌症中预测TOX作为调节T细胞耗竭的因子，并通过单细胞转录组分析验证了其作用机制 | NA | 研究T细胞耗竭的调节因子及其在免疫治疗中的应用 | 人类黑色素瘤和非小细胞肺癌中的肿瘤浸润CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 人类黑色素瘤和非小细胞肺癌样本 |
| 25586 | 2024-08-09 |
Estimating the Allele-Specific Expression of SNVs From 10× Genomics Single-Cell RNA-Sequencing Data
2020-02-25, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11030240
PMID:32106453
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研究论文 | 本文系统地从10×Genomics单细胞RNA测序数据中估计杂合单核苷酸变异位点的等位基因表达 | 展示了从当前单细胞RNA测序数据集中估计scVAF的可行性，并表明10×Genomics scRNA-seq数据的3'端文库生成协议在基于SNV的研究中具有信息性 | NA | 研究单细胞RNA测序技术在等位基因表达估计中的应用 | 人类脂肪源性间充质干细胞的等位基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 26,640个人类脂肪源性间充质干细胞（来自三名健康供体） |
| 25587 | 2024-08-09 |
Two waves of pro-inflammatory factors are released during the influenza A virus (IAV)-driven pulmonary immunopathogenesis
2020-02, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1008334
PMID:32101596
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了感染流感病毒A的小鼠肺组织中超过16,000个免疫细胞的转录组，揭示了在病毒驱动的肺部免疫病理过程中，存在两波促炎因子释放的现象 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了流感病毒A感染后肺部免疫细胞的动态变化和促炎因子的释放模式 | NA | 探究流感病毒A感染后肺部免疫病理过程中促炎因子的释放机制 | 流感病毒A感染的小鼠肺组织中的免疫细胞 | NA | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过16,000个免疫细胞 |
| 25588 | 2024-08-09 |
Characterizing Adult Cochlear Supporting Cell Transcriptional Diversity Using Single-Cell RNA-Seq: Validation in the Adult Mouse and Translational Implications for the Adult Human Cochlea
2020, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2020.00013
PMID:32116546
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术对成年小鼠耳蜗支持细胞的转录多样性进行了首次单细胞水平的表征，并验证了其在成年人类耳蜗中的相关性 | 首次对成年耳蜗支持细胞的转录组进行了单细胞水平的表征，并展示了这些细胞在成年人类耳蜗中的相关性 | NA | 探索耳蜗支持细胞的转录组特征，为耳蜗细胞再生治疗提供基础 | 成年小鼠和人类的耳蜗支持细胞 | 数字病理学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年小鼠耳蜗支持细胞 |
| 25589 | 2024-08-09 |
High-Throughput Transcriptome Profiling in Drug and Biomarker Discovery
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00019
PMID:32117438
|
综述 | 本文综述了高通量转录组技术在药物和生物标志物发现中的应用 | 介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和第三代RNA测序工具的新兴应用 | NA | 探讨高通量转录组技术在药物和生物标志物发现中的应用 | 药物和生物标志物的发现 | 生物医学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25590 | 2024-08-09 |
Normalization Methods on Single-Cell RNA-seq Data: An Empirical Survey
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00041
PMID:32117453
|
研究论文 | 本文比较了七种专门为单细胞测序设计的归一化方法的有效性 | 通过使用包含spike-in基因的实际数据集和模拟研究，评估了不同归一化方法的效果 | 未提及具体限制 | 比较不同单细胞RNA测序数据归一化方法的效果 | 单细胞RNA测序数据的归一化方法 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了两个包含spike-in基因的实际数据集，一个模拟研究数据集，以及一个包含三种不同细胞周期状态的实际数据集和一个10X Genomics GemCode平台的多细胞类型数据集 |
| 25591 | 2024-08-09 |
Erratum: Identification of Breast Cancer Stem Cell Related Genes Using Functional Cellular Assays Combined With Single-Cell RNA Sequencing in MDA-MB-231 Cells
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00084
PMID:32117464
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25592 | 2024-08-09 |
Metabolism in the tumor microenvironment: insights from single-cell analysis
2020, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2020.1726556
PMID:32117592
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据分析肿瘤微环境中的代谢特征，探讨其与免疫治疗的相关性 | 首次通过单细胞RNA测序数据揭示肿瘤微环境中单个细胞的代谢特征与整体测量结果的差异 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能存在样本选择偏差 | 深入理解肿瘤微环境中癌症和免疫细胞的代谢特征及其对免疫治疗的影响 | 肿瘤微环境中的癌症和免疫细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 25593 | 2024-08-09 |
SCelVis: exploratory single cell data analysis on the desktop and in the cloud
2020, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.8607
PMID:32117635
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研究论文 | 介绍SCelVis，一个用于预处理单细胞数据网络可视化的灵活、交互式且用户友好的应用程序 | SCelVis支持桌面和云系统运行，接受本地和远程源的标准和开放协议输入，并允许在云和本地托管数据 | NA | 促进无生物信息学专业知识用户的单细胞数据分析和解释 | 单细胞表达数据和细胞注释的交互式可视化 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据可视化 | 使用公开可用的scRNA-seq数据进行测试和验证 |
| 25594 | 2024-08-09 |
Dynamic Alternative Splicing During Mouse Preimplantation Embryo Development
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00035
PMID:32117919
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研究论文 | 本研究通过基于scRNA-seq数据的生物信息学分析，探讨了小鼠植入前胚胎发育过程中替代性前mRNA剪接（AS）的动态变化 | 发现了许多先前未报道的在特定发育阶段差异表达的基因，并建立了植入前发育过程中的AS和差异AS图谱 | NA | 揭示植入前胚胎发育过程中替代性前mRNA剪接的机制 | 小鼠植入前胚胎发育过程中的替代性前mRNA剪接 | NA | NA | scRNA-seq | NA | RNA序列 | NA |
| 25595 | 2024-08-09 |
EPIC: A Tool to Estimate the Proportions of Different Cell Types from Bulk Gene Expression Data
2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0327-7_17
PMID:32124324
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为EPIC的计算工具，用于从批量基因表达数据中估计不同细胞类型的比例 | EPIC工具包括基于RNA-seq的基因表达参考 profiles，能够处理用户定义的基因表达参考 profiles，并引入了重归一化步骤以考虑每种细胞类型中不同的mRNA含量 | NA | 提供使用从批量基因表达数据中估计不同细胞类型比例的工具的指南和示例 | 肿瘤样本中的不同细胞类型比例 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 25596 | 2024-08-09 |
Corrigendum: Digitaldlsorter: Deep-Learning on scRNA-Seq to Deconvolute Gene Expression Data
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.01373
PMID:32117421
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25597 | 2024-08-09 |
Atherosclerosis: Insights into Vascular Pathobiology and Outlook to Novel Treatments
2020-10, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-020-09961-y
PMID:32072564
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研究论文 | 总结了动脉粥样硬化的病理生物学及其当前和潜在的未来治疗方法，特别关注了三种核心细胞类型：内皮细胞、巨噬细胞和血管平滑肌细胞 | 介绍了通过单细胞RNA测序技术对内皮细胞和巨噬细胞进行表征，以及未来治疗选项如疫苗接种、TRAF-STOPs、衰老分解或CD47阻断 | NA | 探讨动脉粥样硬化的病理生物学机制及未来治疗方法 | 内皮细胞、巨噬细胞和血管平滑肌细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 25598 | 2024-08-09 |
Frontline Science: Cxxc5 expression alters cell cycle and myeloid differentiation of mouse hematopoietic stem and progenitor cells
2020-08, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1002/JLB.1HI0120-169R
PMID:32083332
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研究论文 | 本研究探讨了CXXC5在骨髓生成中的作用，通过在小鼠早期干细胞和祖细胞中使用过表达和短发夹RNA介导的敲低技术 | 首次证明了CXXC5在单核细胞发育中的作用 | NA | 研究CXXC5在骨髓生成中的生理功能 | 小鼠造血干细胞和祖细胞 | NA | NA | 短发夹RNA，流式细胞术，RNA测序 | NA | 细胞 | 小鼠早期干细胞和祖细胞（LSK细胞） |
| 25599 | 2024-08-09 |
Untangling early embryo development using single cell genomics
2020-Jul-01, Theriogenology
IF:2.4Q1
|
研究论文 | 本文利用单细胞基因组学技术研究早期胚胎发育过程中的细胞分化和基因调控网络 | 通过高吞吐量的单细胞转录组学研究，揭示了不同物种中控制这些过程的基因调控网络和表观遗传机制的新见解，强调了独特的进化适应性 | 由于单细胞中基因表达的随机性，单细胞数据集的分析具有固有的挑战性 | 探索哺乳动物原肠胚发育前的细胞分化、多能性的建立、表观遗传调控及信号通路 | 早期胚胎发育过程中的细胞分化和基因调控网络 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 25600 | 2024-08-09 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2024-3
PMID:32076263
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，比较了小鼠胚胎和类胚体中的细胞类型和基因表达模式，揭示了类胚体中的体节发生过程 | 首次在类胚体中发现多种先前未知的胚胎细胞类型，并展示了胚胎和类胚体中体节发生关键调控因子的相似表达模式 | NA | 探索类胚体作为体外研究发育和体节发生的模型系统的潜力 | 小鼠胚胎和类胚体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |