单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2541	2024-11-06	Treatment of HCC with claudin-1-specific antibodies suppresses carcinogenic signaling and reprograms the tumor microenvironment 2023-02, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2022.10.011 PMID:36309131	研究论文	研究探讨了靶向非连接区Claudin-1（CLDN1）的单克隆抗体在肝细胞癌（HCC）治疗中的作用	首次探索了非连接区CLDN1作为HCC治疗靶点的潜力，并展示了其在抑制肿瘤生长和重编程肿瘤微环境中的显著效果	研究主要基于细胞系和动物模型，尚未进行临床试验	研究CLDN1作为HCC治疗靶点的潜力及其在抑制肿瘤生长和重编程肿瘤微环境中的作用	肝细胞癌（HCC）患者来源的细胞系和动物模型	NA	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	大量患者来源的细胞系和动物模型
2542	2024-11-06	Network analysis between neuron dysfunction and neuroimmune response based on neural single-cell transcriptome of COVID-19 patients 2022-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106055 PMID:36137317	研究论文	研究基于COVID-19患者神经单细胞转录组数据，分析神经元功能障碍与神经免疫反应之间的网络关系	首次揭示了星形胶质细胞在COVID-19感染中的免疫相关因子表达，并分析了其与微胶质细胞和兴奋性神经元的相互作用	研究主要基于单细胞转录组数据，缺乏功能实验验证	探讨COVID-19感染引起的神经元功能障碍与神经免疫反应之间的关系	COVID-19患者的内侧前额叶皮层单细胞数据	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	风险模型	RNA-seq和scRNA-seq数据	涉及COVID-19患者的外周血和多组织样本
2543	2024-11-06	Comparative analysis of transcriptome remodeling in plaque-associated and plaque-distant microglia during amyloid-β pathology progression in mice 2022-Sep-24, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02581-0 PMID:36153535	研究论文	本研究通过结合细胞特异性激光捕获显微切割和RNA测序分析，比较了在阿尔茨海默病小鼠模型中，与淀粉样β斑块相关的微胶质细胞（PAM）和远离斑块的微胶质细胞（PCM）在疾病不同阶段的转录组重塑情况	本研究首次直接比较了PAM和PCM在阿尔茨海默病进展中的转录组变化，揭示了微胶质细胞在疾病不同阶段的动态变化及其潜在功能	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨微胶质细胞在阿尔茨海默病进展中的不同作用及其转录组变化	与淀粉样β斑块相关的微胶质细胞（PAM）和远离斑块的微胶质细胞（PCM）	数字病理学	阿尔茨海默病	RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型中的微胶质细胞样本
2544	2024-11-04	Deciphering craniopharyngioma subtypes: Single-cell analysis of tumor microenvironment and immune networks 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111068 PMID:39483146	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了颅咽管瘤（包括成釉细胞瘤型和鳞状乳头状型）的肿瘤微环境和免疫网络	首次通过单细胞RNA测序揭示了成釉细胞瘤型和鳞状乳头状型颅咽管瘤的细胞组成、肿瘤组织多样性和细胞间相互作用	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示颅咽管瘤的细胞组成和免疫网络	成釉细胞瘤型和鳞状乳头状型颅咽管瘤	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2545	2024-11-04	From metabolomics to therapeutics: identifying causal metabolites and potential drugs for the treatment of osteoarthritis 2024-Nov-03, Inflammopharmacology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s10787-024-01594-w PMID:39488818	研究论文	本文通过代谢组学广泛孟德尔随机化研究，识别与骨关节炎相关的因果代谢物和潜在药物靶点	首次通过代谢组学广泛孟德尔随机化研究，识别与骨关节炎相关的因果代谢物，并确定潜在的治疗靶点	研究依赖于现有的大规模基因组关联研究数据，可能存在数据偏差	识别与骨关节炎相关的因果代谢物和潜在药物靶点	骨关节炎及其相关代谢物和基因	代谢组学	骨关节炎	孟德尔随机化	NA	基因组数据	涉及多个大规模基因组关联研究，包括McDonald's研究（140,025例病例，344,349例对照），Zengini's研究（12,658例病例，50,898例对照），Dönertaş's研究（39,515例病例，445,083例对照），Tachmazidou's研究（39,427例病例，378,169例对照）
2546	2024-11-04	FBXO2 as a switch guides a special fate of tumor clones evolving into a highly malignant transcriptional subtype in oral squamous cell carcinoma 2024-Nov-02, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02033-5 PMID:39487312	研究论文	研究探讨了FBXO2基因在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中作为关键开关基因，引导肿瘤克隆向高度恶性转录亚型演变的机制	首次确定FBXO2为导致肿瘤细胞向特殊恶性状态转变的关键基因，并揭示其在OSCC中的高表达及其对肿瘤细胞增殖、迁移、侵袭和抗凋亡能力的影响	NA	揭示口腔鳞状细胞癌中肿瘤克隆的动态特征及其向高度恶性转录亚型演变的机制	口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的肿瘤克隆及其恶性进展	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2547	2024-11-04	Dysregulation of R-loop homeostasis shapes the immunosuppressive microenvironment and induces malignant progression in melanoma 2024-Nov-02, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02039-z PMID:39487313	研究论文	研究探讨了R-loop稳态失调在黑色素瘤发展中的作用及其对免疫微环境的影响	建立了基于单细胞RNA测序数据的R-loop评分模型，揭示了R-loop在黑色素瘤进展中的分子机制	NA	探讨R-loop稳态失调在黑色素瘤发展中的作用及其对免疫微环境的影响	R-loop在黑色素瘤中的作用及其对免疫微环境的影响	癌症研究	黑色素瘤	单细胞RNA测序、DNA/RNA免疫沉淀和测序	R-loop评分模型	RNA测序数据	NA
2548	2024-11-04	A modified model of PANoptosisto identify prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2024-Nov, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106672 PMID:39368544	研究论文	研究了广泛性凋亡相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制，并构建了一个风险模型用于预测膀胱癌患者的预后和免疫治疗反应	提出了一个改进的PANoptosis模型，用于识别膀胱癌的预后和免疫治疗反应	NA	研究广泛性凋亡相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制	膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	风险模型	转录组数据	NA
2549	2024-11-04	Investigation of human aging at the single-cell level 2024-Nov, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2024.102530 PMID:39395577	综述	本文综述了单细胞测序技术在人类衰老研究中的应用	本文讨论了多种单细胞测序技术在人类衰老研究中的应用，并探讨了多组学层在单细胞中的结合以及与空间转录组学和质谱等先进方法的整合	NA	探讨单细胞测序技术在人类衰老研究中的应用	人类衰老的机制和相关疾病	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据	NA
2550	2024-11-04	Revealing molecular mechanisms of early-onset tongue cancer by spatial transcriptomics 2024-Nov-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-76044-2 PMID:39482351	研究论文	本研究通过空间转录组学揭示了早发性舌癌的分子机制	首次成功整合了来自FF和FFPE样本的空间转录组学数据，并揭示了早发性舌癌的独特特征	样本量较小，仅包括9名患者	探讨早发性舌癌的分子机制及其与老年患者的差异	早发性舌癌患者的肿瘤组织	数字病理学	舌癌	空间转录组学	NA	转录组数据	9名舌鳞状细胞癌患者，分为年轻组（5名）和老年组（4名）
2551	2024-11-04	Pharmacological activation of STAT1-GSDME pyroptotic circuitry reinforces epigenetic immunotherapy for hepatocellular carcinoma 2024-Nov-01, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332281 PMID:39486886	研究论文	研究通过激活STAT1-GSDME焦亡通路，增强肝细胞癌的表观遗传免疫治疗	揭示了通过选择性HDAC抑制剂CXD101激活STAT1-GSDME焦亡通路，增强免疫检查点抑制剂治疗肝细胞癌的疗效	NA	识别免疫检查点抑制剂耐药相关的可药物化组蛋白去乙酰化酶，并开发针对肝细胞癌的可转化联合治疗策略	肝细胞癌患者及免疫检查点抑制剂耐药模型	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序	NA	基因表达数据	4个免疫检查点抑制剂耐药的肝细胞癌模型
2552	2024-11-04	Prostaglandin E2-EP2/EP4 signaling induces immunosuppression in human cancer by impairing bioenergetics and ribosome biogenesis in immune cells 2024-Nov-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53706-3 PMID:39487111	研究论文	研究了前列腺素E2（PGE2）通过EP2/EP4信号通路在人类癌症中诱导免疫抑制的机制	首次揭示了PGE2通过EP2/EP4信号通路影响肿瘤微环境中免疫细胞的生物能量代谢和核糖体生物发生，从而抑制免疫反应	研究主要基于小鼠模型和人类癌症样本的单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨前列腺素E2在肿瘤微环境中对免疫细胞的影响及其机制	人类癌症中的免疫细胞和肿瘤微环境	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类癌症样本和小鼠同基因肿瘤模型中的免疫细胞
2553	2024-11-04	Characterization of metastasis-specific macrophages in colorectal cancer for prognosis prediction and immunometabolic remodeling 2024-Nov-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77248-2 PMID:39487182	研究论文	本研究开发了一种预测结直肠癌肝转移和预后的预测模型，通过识别特定的巨噬细胞亚群	首次基于EEF1G+巨噬细胞基因特征构建了8基因风险模型EMGS，用于预测结直肠癌肝转移患者的预后	研究主要基于公开数据库的数据，缺乏临床验证	预测结直肠癌肝转移患者的预后并识别潜在的治疗靶点	结直肠癌肝转移患者的巨噬细胞亚群及其基因特征	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	风险模型	基因表达数据	使用了GSE231559、TCGA和GEO数据库的数据
2554	2024-11-04	Mechanism differences in the start time of sublingual immunotherapy in a mouse allergic airway inflammation model 2024-Nov-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78062-6 PMID:39487347	研究论文	研究了在过敏性气道炎症小鼠模型中，舌下免疫疗法（SLIT）的启动时间机制差异	首次详细研究了SLIT在预防性和治疗性模型中的时机差异及其对免疫耐受的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	评估SLIT在预防性和治疗性模型中的疗效及其机制	过敏性气道炎症小鼠模型中的SLIT效果	NA	过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和T细胞受体测序	NA	RNA序列和T细胞受体序列	小鼠样本
2555	2024-11-04	Genetic association between epilepsy and gliomas: Insights from Mendelian randomization and single-cell transcriptomic analyses 2024-Nov-01, Epilepsy & behavior : E&B IF:2.3Q2 DOI:10.1016/j.yebeh.2024.110114 PMID:39488096	研究论文	研究探讨了癫痫与胶质瘤之间的遗传关联及其生物学机制	通过孟德尔随机化分析和单细胞转录组分析揭示了癫痫与胶质瘤之间的潜在因果关系	NA	探讨癫痫与胶质瘤之间的遗传关联及其生物学机制	癫痫与胶质瘤的遗传变异及其在胶质瘤进展中的作用	NA	脑肿瘤	全基因组关联研究、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库的GSE221534数据集进行分析
2556	2024-11-04	SPP1+ macrophages and FAP+ fibroblasts promote the progression of pMMR gastric cancer 2024-Oct-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-76298-w PMID:39482333	研究论文	研究了错配修复状态对胃癌肿瘤免疫微环境的影响	首次揭示了pMMR胃癌中GC2细胞、SPP1+巨噬细胞和FAP+成纤维细胞在促进肿瘤进展中的作用	样本量相对较小，且仅限于特定类型的胃癌患者	探讨错配修复状态对胃癌肿瘤免疫微环境的影响	胃癌患者的肿瘤组织和正常组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	33个新鲜组织样本，来自25名患者，包括10个正常组织、6个dMMR肿瘤组织和17个pMMR肿瘤组织
2557	2024-11-04	Hyperuricemia suppresses lumican, exacerbating adverse remodeling after myocardial infarction by promoting fibroblast phenotype transition 2024-Oct-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05778-4 PMID:39482719	研究论文	研究尿酸血症通过抑制lumican表达加剧心肌梗死后不良重塑的机制	首次揭示了尿酸血症通过减少lumican表达促进心肌梗死后纤维母细胞表型转变，从而加剧不良心脏重塑	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在临床患者中验证	探讨尿酸血症在心肌梗死病理过程中的作用及其机制	尿酸血症对心肌梗死后心脏重塑的影响	心血管疾病	心血管疾病	酶联免疫吸附测定、免疫荧光、单细胞RNA测序、Western blotting、实时定量PCR	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	痛风患者、心衰患者和小鼠模型的数据
2558	2024-11-04	Theoretical framework for the difference of two negative binomial distributions and its application in comparative analysis of sequencing data 2024-Oct-29, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278843.123 PMID:39406498	研究论文	本文推导了两个负二项分布差异的理论框架，并将其应用于单细胞RNA测序数据中差异表达基因的检测	提出了一个新的计算方法DEGage，用于检测单细胞RNA测序数据中的差异表达基因，并展示了其在模拟和真实数据集上的优越性能	NA	推导两个负二项分布差异的理论结果，并开发新的计算方法用于差异表达基因的检测	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及17种细胞类型的前列腺癌单细胞RNA测序数据集以及小鼠神经元单细胞RNA测序数据集
2559	2024-11-04	Dynamic dysregulation of retrotransposons in neurodegenerative diseases at the single-cell level 2024-Oct-29, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279363.124 PMID:39424325	研究论文	研究了神经退行性疾病中单细胞水平上逆转录转座子的动态失调	首次系统地研究了神经退行性疾病背景下单细胞水平上逆转录转座子的动态变化	NA	探讨逆转录转座子在神经退行性疾病中的细胞异质性及其在疾病中的作用	逆转录转座子在神经元、星形胶质细胞、少突胶质细胞和少突胶质前体细胞中的表达	基因组学	神经退行性疾病	单细胞转录组测序	机器学习算法	基因表达数据	12个单细胞转录组数据集，涵盖阿尔茨海默病、帕金森病和多发性硬化症
2560	2024-11-04	Inhibitory Fcγ receptor deletion enhances CD8 T cell stemness increasing anti-PD-1 therapy responsiveness against glioblastoma 2024-Oct-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009449 PMID:39461881	研究论文	研究通过删除抑制性Fcγ受体增强CD8 T细胞的干细胞特性，从而提高抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的响应	首次探讨了通过删除FcγRIIB受体来增强CD8 T细胞的干细胞特性，从而提高抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的响应	研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探讨通过调节CD8 T细胞的干细胞特性来提高免疫检查点阻断疗法对胶质母细胞瘤的疗效	CD8 T细胞、FcγRIIB受体、胶质母细胞瘤	免疫学	脑肿瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	使用Fcgr2b-/-小鼠和GL261胶质母细胞瘤模型进行研究