单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24324 篇文献，本页显示第 2521 - 2540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2521 | 2024-11-06 |
Identification of estrogen response-associated STRA6+ granulosa cells within high-grade serous ovarian carcinoma by single-cell sequencing
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27790
PMID:38509903
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了高级别浆液性卵巢癌中的细胞异质性，并识别出与雌激素反应相关的STRA6+颗粒细胞 | 首次在高级别浆液性卵巢癌中发现STRA6+颗粒细胞，并揭示其通过雌激素反应促进肿瘤生长的潜力 | 研究仅基于单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证 | 揭示高级别浆液性卵巢癌中的细胞异质性，并探索潜在的治疗靶点 | 高级别浆液性卵巢癌中的细胞亚群及其生物学功能 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 高级别浆液性卵巢癌的单细胞RNA测序数据 |
| 2522 | 2024-11-06 |
Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women
2024-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.07.583985
PMID:38559249
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研究论文 | 本文应用单细胞RNA测序技术分析了5名健康育龄女性子宫内膜和子宫肌层的细胞异质性和动态变化 | 本文构建了一个包含超过167,000个细胞的正常子宫细胞图谱，并提出了一个包含39个子类型的共识注释系统 | 本文仅分析了健康育龄女性的子宫细胞，未涉及其他年龄段或疾病状态 | 研究健康育龄女性子宫的细胞异质性和动态变化 | 子宫内膜和子宫肌层的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5名健康育龄女性 |
| 2523 | 2024-11-06 |
In situ tissue profile of rat trigeminal nerve in trigeminal neuralgia using spatial transcriptome sequencing
2024-Mar-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001110
PMID:38270619
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研究论文 | 本研究通过空间转录组测序技术分析了三叉神经痛大鼠模型中三叉神经组织的细胞间相互作用 | 揭示了三叉神经节对施万细胞脱髓鞘和再髓鞘化反应的影响机制，并发现了新的重要靶基因和调控通路 | NA | 探讨三叉神经痛中不同类型细胞间的相互作用，特别是脱髓鞘对三叉神经节的影响及其内在机制 | 三叉神经痛大鼠模型的三叉神经组织 | NA | 三叉神经痛 | 空间转录组测序 | NA | 基因表达矩阵 | 三叉神经痛大鼠模型的三叉神经组织样本 |
| 2524 | 2024-11-06 |
Copper drives remodeling of metabolic state and progression of clear cell renal cell carcinoma
2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.16.575895
PMID:38293110
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研究论文 | 本文研究了铜在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的作用，揭示了铜如何驱动代谢重塑并促进肿瘤生长和进展 | 首次揭示了铜在ccRCC中的积累与肿瘤进展和复发的关系，并阐明了铜如何通过代谢重塑促进肿瘤生长 | NA | 探讨铜在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对肿瘤生长和进展的影响 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC） | NA | 肾癌 | scRNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2525 | 2024-11-06 |
Integrative analysis of COL6A3 in lupus nephritis: insights from single-cell transcriptomics and proteomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1309447
PMID:38855105
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和蛋白质组学分析，揭示了COL6A3在狼疮性肾炎中的关键作用 | 首次通过单细胞转录组学和蛋白质组学整合分析，揭示了COL6A3在狼疮性肾炎中的显著上调及其在关键信号通路中的重要作用 | 样本量较小，可能影响结果的普适性 | 识别狼疮性肾炎相关的新型生物标志物和治疗靶点，以改善患者的治疗效果和预后 | 狼疮性肾炎患者和健康对照组的单细胞表达数据及蛋白质组学数据 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞转录组学、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 狼疮性肾炎患者21例，健康对照组3例，狼疮性肾炎患者9例，无狼疮性肾炎的系统性红斑狼疮患者11例 |
| 2526 | 2024-11-06 |
Oncofetal TRIM71 drives liver cancer carcinogenesis through remodeling CEBPA-mediated serine/glycine metabolism
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99633
PMID:39267787
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研究论文 | 研究揭示了TRIM71通过重塑CEBPA介导的丝氨酸/甘氨酸代谢在肝癌发生中的关键作用 | 首次发现TRIM71在肝癌中的特异性表达及其与不良预后的关联，并揭示了其通过与IGF2BP1形成蛋白复合物，依赖m6A修饰稳定CEBPA mRNA，增强丝氨酸/甘氨酸代谢途径，从而促进肝癌进展的机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的临床验证 | 揭示肝癌中肿瘤生态系统的核心调控因子及其分子机制 | 肝癌及其相关样本的单细胞和批量RNA测序数据，以及小鼠模型 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 包括胎儿肝脏、正常肝脏、肝癌及其邻近样本的单细胞和批量RNA测序数据，以及小鼠模型 |
| 2527 | 2024-11-06 |
Six3 and Six6 jointly control diverse target genes in multiple cell populations over developmental trajectories of mouse embryonic retinal progenitor cells
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0308839
PMID:39446806
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研究论文 | 研究了Six3和Six6转录因子在鼠胚胎视网膜祖细胞发育轨迹中对多种细胞群体目标基因的共同调控作用 | 首次揭示了Six3和Six6在视网膜祖细胞发育过程中对多种细胞群体目标基因的共同调控机制 | 仅限于鼠胚胎视网膜祖细胞的研究，未涉及其他物种或组织 | 探讨组织特异性祖细胞在器官发生中生成成体组织的分子机制 | 鼠胚胎视网膜祖细胞及其发育轨迹 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 控制组和Six3与Six6复合突变鼠胚胎眼杯样本 |
| 2528 | 2024-11-06 |
Tertiary lymphoid structure-related score as a predictor for survival prognosis and immunotherapy response in head and neck squamous cell carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1483497
PMID:39493749
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研究论文 | 研究构建了一个基于三级淋巴结构相关基因的评分系统，用于预测头颈部鳞状细胞癌患者的生存预后和免疫治疗反应 | 首次构建了基于三级淋巴结构相关基因的评分系统，并验证了其在预测头颈部鳞状细胞癌患者生存预后和免疫治疗反应中的有效性 | 研究主要基于生物信息学方法和体外实验，缺乏大规模临床验证 | 研究旨在开发一种新的预测模型，用于评估三级淋巴结构的存在及其在头颈部鳞状细胞癌患者中的预后和免疫治疗反应 | 头颈部鳞状细胞癌患者及其三级淋巴结构 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA测序、单细胞测序、流式细胞术 | 评分模型 | 基因数据、单细胞数据 | 23个三级淋巴结构相关基因，头颈部鳞状细胞癌患者样本 |
| 2529 | 2024-11-06 |
Integrated temporal transcriptional and epigenetic single-cell analysis reveals the intrarenal immune characteristics in an early-stage model of IgA nephropathy during its acute injury
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1405748
PMID:39493754
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，分析了早期IgA肾病小鼠模型在急性肾损伤期间的肾内免疫特征 | 本研究首次结合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，全面揭示了IgA肾病发展过程中细胞亚群多样性的动态变化及其调控机制 | 本研究主要基于小鼠模型，结果的临床转化和应用仍需进一步验证 | 旨在高分辨率地表征早期IgA肾病小鼠模型在急性肾损伤期间的动态免疫细胞景观 | 早期IgA肾病小鼠模型在急性肾损伤期间的肾内免疫细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序 | NA | 单细胞转录组和染色质可及性数据 | 4或5只小鼠的肾组织样本 |
| 2530 | 2024-11-06 |
eMCI: An Explainable Multimodal Correlation Integration Model for Unveiling Spatial Transcriptomics and Intercellular Signaling
2024, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0522
PMID:39494219
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研究论文 | 本文介绍了一种名为eMCI的可解释多模态相关性集成模型，用于揭示空间转录组学和细胞间信号传导 | eMCI通过融合单细胞RNA测序和空间转录组数据，实现了对空间表达模式和细胞间通信的复杂关系的全面分析 | NA | 开发一种新的集成分析框架，以更好地解析空间转录组并阐明细胞间信号传导机制 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 数据融合 | 包括斑马鱼黑色素瘤、大豆根瘤成熟和人类胚胎肺在内的3个跨物种数据集 |
| 2531 | 2024-11-06 |
Prognostic and therapeutic potential of gene profiles related to tertiary lymphoid structures in colorectal cancer
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18401
PMID:39494300
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研究论文 | 本研究开发了一种新的三级淋巴结构（TLS）量化系统，用于预测结直肠癌的预后和治疗反应，并全面描绘了TLS的景观 | 首次建立了TLS评分系统，并验证了其在预测免疫治疗效果中的有效性 | NA | 探讨三级淋巴结构在结直肠癌中的预后和治疗潜力 | 结直肠癌患者的三级淋巴结构及相关基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 1184名结直肠癌患者 |
| 2532 | 2024-11-06 |
Targeting PLCG2 Suppresses Tumor Progression, Orchestrates the Tumor Immune Microenvironment and Potentiates Immune Checkpoint Blockade Therapy for Colorectal Cancer
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.98200
PMID:39494327
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研究论文 | 研究探讨了PLCG2在结直肠癌进展、肿瘤微环境和增强免疫检查点阻断疗法中的作用 | 首次发现PLCG2可作为预测结直肠癌预后、优化个体化治疗、逆转免疫逃逸和克服免疫检查点阻断疗法耐药性的精确生物标志物和潜在治疗靶点 | NA | 探索PLCG2在结直肠癌进展、肿瘤微环境和增强免疫检查点阻断疗法中的作用 | PLCG2在结直肠癌中的表达、预后意义、临床相关性及其生物学功能 | 癌症研究 | 结直肠癌 | RNA-seq, 蛋白质印迹, qRT-PCR, 多色免疫荧光, 多重免疫组化, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组, 空间转录组 | NA |
| 2533 | 2024-11-06 |
Reconstruction of the Hepatic Microenvironment and Pathological Changes Underlying Type II Diabetes through Single-Cell RNA Sequencing
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.99176
PMID:39494341
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术重建了2型糖尿病小鼠肝脏微环境及其病理变化 | 揭示了肝星状细胞的激活加剧了代谢相关脂肪性肝病向脂肪性肝炎的发展，并发现了新的Kupffer细胞亚群及其在糖尿病小鼠肝脏炎症中的潜在作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨2型糖尿病对肝脏微环境的影响及其病理变化 | 2型糖尿病小鼠的肝脏 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个2型糖尿病小鼠模型 |
| 2534 | 2024-11-06 |
Corrigendum: Integrative analysis of COL6A3 in lupus nephritis: insights from single-cell transcriptomics and proteomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1508292
PMID:39497818
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2535 | 2024-11-06 |
ENPP1 is an innate immune checkpoint of the anticancer cGAMP-STING pathway in breast cancer
2023-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2313693120
PMID:38117852
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研究论文 | 研究探讨了ENPP1在乳腺癌中作为cGAMP-STING通路的固有免疫检查点的机制 | 首次揭示了ENPP1通过抑制cGAMP-STING信号通路促进乳腺癌生长和转移的机制 | 研究主要集中在ENPP1的功能和其在乳腺癌中的作用，未涉及其他癌症类型的验证 | 探讨ENPP1在乳腺癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | ENPP1在乳腺癌中的表达及其对cGAMP-STING通路的影响 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及癌症和正常组织的单细胞RNA测序数据 |
| 2536 | 2024-11-06 |
Temporal recording of mammalian development and precancer
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.18.572260
PMID:38187699
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研究论文 | 本文利用NSC-seq平台记录哺乳动物发育和癌前病变中的细胞事件时间顺序 | 开发了一种新的分子时钟方法，结合细胞状态和谱系信息，记录细胞事件的时间和克隆性 | NA | 研究哺乳动物胚胎发育和癌前病变中细胞事件的时间顺序 | 小鼠胚胎发育中的组织特异性细胞扩张和人类癌前病变中的多祖先起源 | 数字病理学 | NA | NSC-seq | NA | 单细胞多组学数据 | 116个scRNA-seq数据集和418个人类息肉样本 |
| 2537 | 2024-11-06 |
STGNNks: Identifying cell types in spatial transcriptomics data based on graph neural network, denoising auto-encoder, and k-sums clustering
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107440
PMID:37738898
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研究论文 | 本文提出了一种基于图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类的空间转录组数据细胞类型识别方法STGNNks | 首次将图神经网络、去噪自编码器和k-sums聚类结合用于空间转录组数据的细胞类型识别 | NA | 开发一种创新的空间聚类方法，以提高空间转录组数据分析的效率 | 空间转录组数据中的细胞类型识别 | 机器学习 | NA | 图神经网络、去噪自编码器、k-sums聚类 | 图卷积网络 | 转录组数据 | 六个10x Genomics Visium数据集 |
| 2538 | 2024-11-06 |
Microdissection of cancer-associated fibroblast infiltration subtypes unveils the secreted SERPINE2 contributing to immunosuppressive microenvironment and immuotherapeutic resistance in gastric cancer: A large-scale study integrating bulk and single-cell transcriptome profiling
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107406
PMID:37729702
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研究论文 | 本研究通过大规模整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用 | 首次通过整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了CAFs在胃癌中的不同浸润亚型及其分泌的SERPINE2在免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的关键作用 | 研究主要基于转录组数据，缺乏功能实验验证SERPINE2的具体作用机制 | 探讨CAFs及其分泌因子在胃癌免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗中的作用，寻找新的免疫治疗靶点 | 胃癌患者样本及其肿瘤微环境中的CAFs和免疫细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 2148名胃癌患者样本，涵盖11个独立数据集 |
| 2539 | 2024-11-06 |
Identification of urinary extracellular vesicles differentially expressed RNAs in diabetic nephropathy via whole-transcriptome integrated analysis
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107480
PMID:37738894
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研究论文 | 本研究通过全转录组整合分析，识别了糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA | 首次报道了糖尿病肾病患者尿液外泌体中的全转录组遗传资源 | NA | 研究糖尿病肾病中尿液外泌体中差异表达的RNA及其作为潜在诊断生物标志物的可能性 | 糖尿病肾病患者的尿液外泌体 | 数字病理学 | 糖尿病 | 微阵列分析、下一代测序 | 机器学习模型 | RNA | 24名参与者，包括12名糖尿病肾病患者和12名2型糖尿病患者 |
| 2540 | 2024-11-06 |
Identification of cell-type-specific genes in multimodal single-cell data using deep neural network algorithm
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107498
PMID:37738895
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研究论文 | 本文利用深度神经网络算法在多模态单细胞数据中识别细胞类型特异性基因 | 本文创新性地使用深度神经网络模型分析CITE-seq数据，成功识别出红细胞祖细胞中的细胞类型特异性基因 | 本文仅使用了Kaggle数据库中的一个CITE-seq数据集，样本量和细胞类型有限 | 旨在通过多模态单细胞数据识别细胞类型特异性基因 | 骨髓干细胞分化过程中的七种细胞类型的CITE-seq数据 | 机器学习 | 血液相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度神经网络（DNN） | RNA和表面蛋白表达数据 | 七种细胞类型的CITE-seq数据集 |