单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25281	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals that glioblastoma recapitulates a normal neurodevelopmental hierarchy 2020-07-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-17186-5 PMID:32641768	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了成人胶质母细胞瘤细胞和正常人类胎儿脑细胞的转录组，揭示了胶质母细胞瘤重现正常神经发育层次的现象	发现了胶质母细胞瘤中保守的神经三线性癌症层次结构，并展示了这种层次结构在识别特定于癌症干细胞的治疗靶点中的应用	NA	探讨癌症干细胞在胶质母细胞瘤起始、发展和治疗抵抗中的作用，并揭示其与胶质母细胞瘤异质性的关系	成人胶质母细胞瘤细胞和正常人类胎儿脑细胞	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	53586个成人胶质母细胞瘤细胞和22637个正常人类胎儿脑细胞
25282	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals that lung mesenchymal progenitor cells in IPF exhibit pathological features early in their differentiation trajectory 2020-07-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-66630-5 PMID:32636398	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了335个从3名对照组和3名特发性肺纤维化（IPF）患者肺部分离的间充质前体细胞（MPCs）的转录组，探讨了IPF MPCs在其分化轨迹中获得纤维化特性的位置	首次使用转录熵作为分化状态的指标，并验证了CD44作为最熵IPF MPCs的特征，以及通过FACS和形态学验证分析	NA	确定特发性肺纤维化中MPCs在其分化轨迹中何时获得纤维化特性	间充质前体细胞（MPCs）	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	335个MPCs，来自3名对照组和3名IPF患者
25283	2024-08-09	Baseline Frequency of Inflammatory Cxcl9-Expressing Tumor-Associated Macrophages Predicts Response to Avelumab Treatment 2020-07-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107873 PMID:32640238	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肿瘤微环境中的免疫异质性，探讨avelumab治疗反应的潜在机制	发现了一种与avelumab治疗反应相关的促炎性肿瘤相关巨噬细胞群体，这些巨噬细胞是干扰素诱导的趋化因子Cxcl9的主要来源	NA	研究avelumab治疗反应的潜在机制	肿瘤微环境中的免疫异质性及肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25284	2024-08-09	Comparison of Scanpy-based algorithms to remove the batch effect from single-cell RNA-seq data 2020-Jul-06, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-020-00041-9 PMID:32632608	研究论文	本文比较了四种基于Scanpy的批量校正方法在两个大型单细胞RNA测序数据集上的优势和局限性	本文量化评估了批量校正性能和效率，并在算法层面讨论了评估方法之间的性能差异	NA	研究如何选择最佳的整合方法来去除批量效应	四种常用的基于Scanpy的批量校正方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	两个大型单细胞RNA测序数据集
25285	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Analyses of the Developing Meninges Reveal Meningeal Fibroblast Diversity and Function 2020-07-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.06.009 PMID:32634398	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析了发育中的脑膜，揭示了脑膜成纤维细胞的多样性和功能	首次报道了胚胎期硬脑膜、蛛网膜和软脑膜中成纤维细胞的不同转录特征，并定义了新的脑膜层标志物	NA	研究脑膜成纤维细胞的异质性和发育机制	脑膜成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
25286	2024-08-09	The Impact of Single-Cell Genomics on Adipose Tissue Research 2020-Jul-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21134773 PMID:32635651	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在脂肪细胞生物学以及肥胖和糖尿病研究中的应用	结合纳米技术、分子生物学和信息学的独特调查能力，扩展了对脂肪组织组成和功能特化方面的理解	NA	总结scRNA-seq和snRNA-seq在脂肪细胞生物学中的应用，并推广其在肥胖和糖尿病研究中的使用	脂肪组织及其在代谢疾病中的作用	基因组学	肥胖	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
25287	2024-08-09	How far is single-cell sequencing from clinical application? 2020-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.117 PMID:32623809	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25288	2024-08-09	Simple Method to Quantify Protein Abundances from 1000 Cells 2020-Jun-30, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.0c01191 PMID:32637829	研究论文	本文介绍了一种从最少1000个哺乳动物干细胞中定量蛋白质表达水平的方法	该方法整合并优化了多项近期进展，使用化学肽标记，无需特定设备，能高重复性地定量超过2500种蛋白质	NA	开发一种从少量细胞中定量蛋白质表达水平的方法	哺乳动物干细胞和体外分化的运动神经元	蛋白质组学	NA	化学肽标记	NA	蛋白质数据	最少1000个细胞
25289	2024-08-09	Simulation, power evaluation and sample size recommendation for single-cell RNA-seq 2020-12-08, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa607 PMID:32614380	研究论文	本文提出了一种基于模拟的方法POWSC，用于单细胞RNA测序差异表达分析的功率评估和样本量推荐	POWSC方法在捕捉真实数据集的关键特征方面优于其他两种先进的模拟器，并提供了多种功率评估，包括分层和边际功率分析	NA	确定高吞吐量实验设计阶段中检测统计显著性所需样本量的关键步骤	单细胞RNA测序中的样本量计算	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	表达数据	NA
25290	2024-08-09	Single-cell sequencing reveals novel mechanisms of Aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in S phase-arrested L02 cells 2020-12, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-020-09547-z PMID:32607778	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和单细胞简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）技术，探讨了黄曲霉素B1（AFB1）在S期停滞的L02细胞中诱导肝毒性的机制	本研究揭示了AFB1通过调节促性腺激素释放激素受体途径、Wnt信号通路和TGF-beta信号通路中的DNA甲基化作用，诱导S期停滞的L02细胞肝毒性的新机制	NA	研究AFB1在S期停滞的L02细胞中诱导肝毒性的机制	S期停滞的L02细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序，单细胞简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）	NA	RNA，DNA	NA
25291	2024-08-09	GPress: a framework for querying general feature format (GFF) files and expression files in a compressed form 2020-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa604 PMID:32609343	研究论文	本文提出了一种名为GPress的框架，用于以压缩形式查询GFF文件和表达文件	GPress框架能够显著减少存储空间，同时支持对GFF文件和表达文件的快速查询	NA	开发一种新的框架以优化GFF文件和表达文件的存储和查询效率	GFF文件和表达文件的压缩与查询	生物信息学	NA	GFF, GTF, GFF3, BSC压缩算法	NA	序列数据	涉及多种生物的GFF文件和表达文件
25292	2024-08-09	CD81 Controls Beige Fat Progenitor Cell Growth and Energy Balance via FAK Signaling 2020-08-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.06.021 PMID:32615086	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术，发现并验证了CD81在调控米色脂肪祖细胞增殖和能量平衡中的关键作用	首次揭示了CD81作为米色脂肪祖细胞的标记物，并发现其在冷暴露后新生米色脂肪生物发生中的必要性	研究主要集中在CD81的功能验证上，对于其具体分子机制和调控网络的深入解析尚需进一步研究	探讨米色脂肪祖细胞的发育起源及其调控途径	米色脂肪祖细胞及其相关蛋白CD81	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
25293	2024-08-09	Global Dynamic Molecular Profiling of Stomatal Lineage Cell Development by Single-Cell RNA Sequencing 2020-08-03, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2020.06.010 PMID:32592820	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对5天龄拟南芥幼苗子叶中的12,844个单个细胞进行分析，全面描述了气孔系细胞发育的分子动态过程	首次基于单细胞转录组分析全面描述了气孔系细胞发育的生物学过程，并揭示了调控从分生组织母细胞到保卫细胞母细胞发育的转录网络	NA	理解气孔系细胞发育过程中新鉴定标记基因的调控作用	气孔系细胞发育	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12,844个单个细胞
25294	2024-08-09	Application of single-cell RNA sequencing on human skin: Technical evolution and challenges 2020-Aug, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2020.06.002 PMID:32593488	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类皮肤研究中的应用及其技术进步和挑战	scRNA-seq技术能够以单细胞分辨率进行基因表达分析，并识别细胞异质性，从而深化了对皮肤生物学多个方面的理解	由于单个细胞中可检测到的mRNA数量较少以及样本准备过程中转录组的变化，scRNA-seq数据通常非常嘈杂，且样本准备和生物信息学分析方法的不标准化阻碍了可靠的跨研究比较	探讨scRNA-seq在皮肤学研究中的优势和技术挑战	人类皮肤细胞的基因表达和细胞异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
25295	2024-08-09	The ACE2 expression in Sertoli cells and germ cells may cause male reproductive disorder after SARS-CoV-2 infection 2020-08, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.15541 PMID:32594644	研究论文	研究分析了单细胞RNA测序数据，探讨了SARS-CoV-2感染后ACE2在睾丸细胞中的表达及其对男性生殖障碍的可能影响	首次分析了ACE2在人类睾丸细胞中的表达，并探讨了其与男性生殖障碍的关系	NA	探讨SARS-CoV-2感染后ACE2在睾丸细胞中的表达及其对男性生殖功能的影响	人类睾丸细胞中的ACE2表达	NA	男性生殖障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	成年人类睾丸细胞
25296	2024-08-09	The Contribution of lincRNAs at the Interface between Cell Cycle Regulation and Cell State Maintenance 2020-Jul-24, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101291 PMID:32619701	研究论文	研究探讨长非编码RNA（lincRNAs）在胚胎干细胞周期适应中的作用	发现与细胞周期调控相关的lincRNAs（CC-lincRNAs）在胚胎干细胞周期适应中的新作用	仅测试了两个CC-lincRNA候选基因，可能存在其他未测试的lincRNAs的影响	探究lincRNAs在细胞周期调控和细胞状态维持中的贡献	胚胎干细胞的细胞周期适应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠胚胎干细胞（mESCs）在G1、S和G2/M阶段的样本
25297	2024-08-09	Single-cell ATAC-seq signal extraction and enhancement with SCATE 2020-07-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02075-3 PMID:32620137	研究论文	本文介绍了一种新的统计框架SCATE，用于提高单细胞ATAC-seq数据中个体顺式调控元件（CREs）活性估计的准确性	SCATE框架能够自适应地整合来自共同激活的CREs、相似细胞和公开可用的调控组数据的信息，从而显著提高个体CREs活性估计的准确性	NA	旨在提高单细胞ATAC-seq数据分析的准确性	单细胞ATAC-seq数据中的顺式调控元件（CREs）活性	生物信息学	NA	单细胞测序（scATAC-seq）	统计框架	单细胞数据	NA
25298	2024-08-09	Cell-by-Cell Deconstruction of Stem Cell Niches 2020-07-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.06.013 PMID:32619515	综述	本文综述了利用单细胞测序技术对干细胞微环境的细胞和转录组构成进行高分辨率分析的研究，并讨论了这些分析如何从根本上推进我们对微环境因素如何塑造干细胞生物学和活性的理解。	利用单细胞测序技术对干细胞微环境进行高分辨率分析，深入探讨了干细胞与微环境之间的相互作用及其在病理状态下的失调机制。	NA	深入理解干细胞微环境的构成及其在病理状态下的失调机制，以促进更有效的治疗策略的开发。	干细胞及其微环境的细胞和转录组构成。	NA	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
25299	2024-08-09	RainDrop: Rapid activation matrix computation for droplet-based single-cell RNA-seq reads 2020-Jul-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03593-4 PMID:32611394	研究论文	本文介绍了一种名为RainDrop的软件工具，用于快速处理基于液滴的单细胞RNA测序数据，生成基因-细胞计数矩阵	RainDrop在处理大规模单细胞RNA测序数据时，相比现有的Cell Ranger和Alevin工具，具有显著的加速效果	NA	开发高效的软件工具以处理大规模单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	约8000个细胞，7.84亿条读取序列
25300	2024-08-09	Flexible experimental designs for valid single-cell RNA-sequencing experiments allowing batch effects correction 2020-07-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-16905-2 PMID:32612268	研究论文	本文通过数学证明，在两种更灵活且现实的设计——参考面板设计和链式设计下，单细胞RNA测序实验中的真实生物变异可以从批次效应中分离出来。	开发了Batch effects correction with Unknown Subtypes for scRNA-seq data (BUSseq)，这是一个遵循scRNA-seq实验数据生成机制的可解释贝叶斯分层模型，能够同时校正批次效应、聚类细胞类型、填补由丢弃事件引起的缺失数据，并检测差异表达基因，无需预先的归一化步骤。	NA	旨在解决单细胞RNA测序实验中的批次效应和丢弃事件问题。	单细胞RNA测序实验中的批次效应和丢弃事件。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	贝叶斯分层模型	RNA测序数据	NA