单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25241	2024-08-09	Hemolysis transforms liver macrophages into antiinflammatory erythrophagocytes 2020-10-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI137282 PMID:32663195	研究论文	研究通过遗传性球形红细胞增多症的小鼠模型和单细胞RNA测序，发现溶血过程中肝脏巨噬细胞吞噬受损红细胞后转变为抗炎性红细胞吞噬细胞，从而减轻炎症性疾病的表现。	首次定义了MarcohiHmoxhiMHC class IIlo红细胞吞噬细胞的抗炎表型，并揭示了NFE2L2/NRF2转录因子在调控这一过程中的关键作用。	NA	探究溶血过程中肝脏巨噬细胞功能的变化及其在炎症性疾病中的作用。	肝脏巨噬细胞、红细胞吞噬细胞、炎症性疾病模型。	免疫学	肝脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类巨噬细胞
25242	2024-08-09	Harnessing Expressed Single Nucleotide Variation and Single Cell RNA Sequencing To Define Immune Cell Chimerism in the Rejecting Kidney Transplant 2020-09, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2020030326 PMID:32669324	研究论文	本文利用单核苷酸变异和单细胞RNA测序技术，定义了移植肾脏中的免疫细胞嵌合现象	通过分析单细胞RNA测序数据中的表达单核苷酸变异，准确区分了供体和受体的免疫细胞来源，并能在单细胞分辨率下研究转录组特征	NA	探究移植肾脏中供体来源的免疫细胞是否持续存在及其在排斥反应中的作用	人类移植肾脏活检核心样本中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	DNA序列	81,139个细胞
25243	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing in breast cancer: Understanding tumor heterogeneity and paving roads to individualized therapy 2020-08, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12078 PMID:32654419	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在乳腺癌研究中的应用，探讨了其在解析肿瘤异质性和个性化治疗方面的潜力	scRNA-seq技术通过提高灵敏度、准确性和效率，以及高吞吐量的单细胞分离方法，为解析细胞群体的异质性和探索与肿瘤发生和转移相关的稀有细胞类型提供了优势	当前scRNA-seq技术在乳腺癌治疗选择研究中应用有限，且存在一些技术问题需要克服	探讨scRNA-seq技术在乳腺癌研究中的应用，包括肿瘤异质性分析和个性化治疗	乳腺癌细胞群体和肿瘤微环境中的免疫细胞亚群	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
25244	2024-08-09	Complex Genetics in Pancreatitis: Insights Gained From a New Candidate Locus Panel 2020-08, Pancreas IF:1.7Q3 DOI:10.1097/MPA.0000000000001612 PMID:32658084	研究论文	本研究通过使用新的DNA测序面板评估100名胰腺炎患者，探索胰腺炎的复杂遗传机制	提出了一个新的非孟德尔遗传风险/病因范式，其中非致病性遗传风险变异在易感基因组和损伤/功能障碍反应基因中的组合导致获得性胰腺疾病	NA	探索胰腺炎的遗传因素及其在胰腺腺泡细胞和导管细胞中的作用	胰腺炎患者及其遗传变异	遗传学	胰腺炎	DNA测序	NA	基因数据	100名胰腺炎患者
25245	2024-08-09	Persistence of a regeneration-associated, transitional alveolar epithelial cell state in pulmonary fibrosis 2020-08, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-020-0542-8 PMID:32661339	研究论文	本研究利用肺类器官、多种体内修复模型、单细胞转录组学和谱系追踪技术，发现肺泡II型上皮细胞在分化为I型细胞的过程中，会获得预肺泡I型过渡细胞状态（PATS），并在终末成熟过程中经历广泛的拉伸，使其易受DNA损伤。	本研究首次揭示了肺泡II型上皮细胞在分化过程中的过渡状态PATS，并发现其在肺纤维化中的异常积累。	NA	研究肺泡上皮细胞在损伤修复过程中的过渡状态及其在疾病中的作用。	肺泡II型上皮细胞的分化过程及其在肺纤维化中的表现。	数字病理学	肺纤维化	单细胞转录组学	NA	细胞	NA
25246	2024-08-09	Cell shape: effects on gene expression and signaling 2020-Aug, Biophysical reviews IF:4.9Q1 DOI:10.1007/s12551-020-00722-4 PMID:32671813	综述	本文综述了细胞形状对基因表达和信号传导的影响，特别是通过单细胞捕获和RNA测序技术在心肌细胞中的应用	介绍了新的单细胞捕获策略和单细胞RNA测序技术，用于分析不同几何形态的心肌细胞的转录组	NA	探讨细胞形状与基因表达之间的关系及其在生物学和疾病治疗中的潜在应用	心肌细胞的形状及其对基因表达的影响	生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
25247	2024-08-09	New light on cortical neuropeptides and synaptic network plasticity 2020-08, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2020.04.002 PMID:32679509	研究论文	本文探讨了皮质神经肽及其在皮质突触网络可塑性中的作用	利用单细胞RNA测序转录组学的新发现揭示了皮质神经肽信号基因表达的复杂模式，并介绍了新的工具以增强对皮质神经肽信号的分子访问	NA	探索神经肽和突触网络相互作用在皮质功能和可塑性中的作用	皮质神经肽及其在皮质突触网络中的功能	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
25248	2024-08-09	Single-cell and spatial transcriptomics approaches of cardiovascular development and disease 2020-Aug, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:32684243	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学技术在心血管发育和疾病研究中的应用	介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术在识别罕见和新型细胞类型以及描述正常和病理条件下转录变异方面的进展	NA	探讨单细胞和空间转录组学技术如何促进我们对心血管发育和疾病的理解	心血管发育和疾病中的细胞异质性	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
25249	2024-08-09	RNA Identification of PRIME Cells Predicting Rheumatoid Arthritis Flares 2020-07-16, The New England journal of medicine DOI:10.1056/NEJMoa2004114 PMID:32668112	研究论文	本文通过纵向RNA测序研究类风湿性关节炎发作前的分子事件，发现PRIME细胞在发作前出现在血液中，并提出这些细胞在发作前几周被B细胞激活并迁移到滑膜的模型。	首次通过纵向RNA测序识别出在类风湿性关节炎发作前血液中出现的PRIME细胞，并提出其与B细胞激活和迁移至滑膜的机制。	研究样本量相对较小，仅包括四名患者，可能影响结果的普遍性。	探究类风湿性关节炎发作前的分子事件及其机制。	类风湿性关节炎患者的血液样本和滑膜组织。	数字病理学	类风湿性关节炎	RNA测序	NA	RNA	364个时间点的样本来自一名患者，235个时间点的样本来自三名额外患者，以及19名额外患者的验证样本。
25250	2024-08-09	Seamless integration of image and molecular analysis for spatial transcriptomics workflows 2020-Jul-14, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-06832-3 PMID:32664861	研究论文	本文介绍了一个名为STUtility的R包，用于处理和分析10x Genomics Visium平台的空间转录组数据，并提供3D可视化功能	STUtility是首个允许用户处理图像、对齐堆叠实验并最终在3D中可视化以创建组织整体视图的软件	NA	开发一个软件工具，用于无缝集成图像和分子分析，以支持空间转录组工作流程	10x Genomics Visium平台的空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	图像和RNA测序数据	多个组织切片
25251	2024-08-09	Multiomics Investigation Revealing the Characteristics of HIV-1-Infected Cells In Vivo 2020-07-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107887 PMID:32668246	研究论文	本文通过多组学实验揭示了体内HIV-1感染细胞的多种特征	使用造血干细胞移植的人源化小鼠模型和最近开发的技术进行多组学实验，揭示了HIV-1感染细胞的特征和异质性	NA	阐明体内HIV-1感染细胞的详细特征和异质性，为HIV-1治愈方法的开发提供线索	体内HIV-1感染细胞的特征	NA	HIV-1感染	多组学实验	NA	基因组数据、转录组数据	使用造血干细胞移植的人源化小鼠模型
25252	2024-08-09	PhISCS-BnB: a fast branch and bound algorithm for the perfect tumor phylogeny reconstruction problem 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa464 PMID:32657358	研究论文	本文介绍了一种名为PhISCS-BnB的分支定界算法，用于从单细胞测序（SCS）数据中提取的基因型矩阵计算最可能的完美肿瘤系统发育	PhISCS-BnB算法不仅提供了最优性保证，而且在模拟的肿瘤SCS数据上比现有最佳方法快10-100倍	NA	开发一种能够处理新兴SCS数据规模和噪声特征的新方法，以充分利用这项技术	肿瘤系统发育重建	生物信息学	皮肤癌	单细胞测序（SCS）	分支定界算法	基因型矩阵	涉及20个克隆和2367个突变的大型黑色素瘤数据集
25253	2024-08-09	Identification of conserved evolutionary trajectories in tumors 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa453 PMID:32657374	研究论文	本文介绍了一种名为CONETT的组合优化方法，用于检测肿瘤中的重复进化轨迹，并构建了基于肿瘤样本中改变事件时间顺序的保守进化轨迹的共识树	提出了一种新的组合优化方法CONETT，用于识别肿瘤中的重复进化轨迹	NA	旨在从肿瘤活检测序数据中推断肿瘤的亚克隆组成和进化历史	多区域、时间序列和单细胞测序数据中的肿瘤进化特征	生物信息学	肾细胞癌，非小细胞肺癌	测序	组合优化方法	测序数据	100例肾透明细胞癌和99例非小细胞肺癌患者
25254	2024-08-09	A Bayesian framework for inter-cellular information sharing improves dscRNA-seq quantification 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa450 PMID:32657394	研究论文	本文介绍了一种贝叶斯框架，通过细胞间的信息共享来改进dscRNA-seq数据的基因定量估计	引入了一种基于锚点的方法来连接具有相似基因表达模式的细胞，并学习了提供给alevin基因多重映射分辨算法的经验性先验，从而改进了没有唯一映射读取的基因的定量估计	NA	改进dscRNA-seq数据的基因定量估计	dscRNA-seq数据的基因定量估计	数字病理学	NA	dscRNA-seq	贝叶斯框架	dscRNA-seq数据	多种模拟和真实数据集
25255	2024-08-09	BIRD: identifying cell doublets via biallelic expression from single cells 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa474 PMID:32657402	研究论文	本文介绍了一种名为BIRD的流程，通过单细胞转录组数据中的杂合遗传变异来识别双细胞	利用单等位基因与双等位基因表达的比例作为区分双细胞的特征，这一方法在识别具有相同遗传背景的细胞混合物中的双细胞方面具有创新性	BIRD的性能受实验方法、单倍型间的基因组多样性、序列覆盖度和深度等因素的影响	开发一种新的方法来识别和估计单细胞实验数据中的双细胞污染	单细胞转录组数据中的双细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	预测模型	转录组数据	163个初级成纤维细胞单细胞和约13,300个单细胞的外周血细胞
25256	2024-08-09	TinGa: fast and flexible trajectory inference with Growing Neural Gas 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa463 PMID:32657409	研究论文	本文介绍了一种名为TinGa的新型轨迹推断模型，该模型基于Growing Neural Graphs，具有快速和灵活的特点	TinGa模型在各种复杂度的数据集上都能产生准确的模型，并且在执行时间上表现最快	NA	开发一种新的轨迹推断方法，以改进现有的细胞发育动态模型	细胞发育动态的轨迹推断	单细胞转录组学	NA	Growing Neural Graphs	Growing Neural Gas	数据集	250个数据集，包括合成数据和真实数据
25257	2024-08-09	Single-cell lineage tracing unveils a role for TCF15 in haematopoiesis 2020-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2503-6 PMID:32669716	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和表达性慢病毒条形码技术，揭示了转录因子TCF15在造血干细胞（HSCs）中的作用及其对长期自我更新能力的调控	首次通过体内CRISPR筛选发现转录因子TCF15对于驱动HSC静止和长期自我更新是必需且充分的，并揭示了与功能性干细胞异质性相关的克隆内分子程序	测序实验的破坏性质阻止了同时观察干细胞状态和功能	探究造血干细胞在克隆水平上的再生行为的多样性及其背后的机制	造血干细胞（HSCs）及其在骨髓移植治疗中的长期再生能力	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	CRISPR筛选	RNA	单个成年造血干细胞及其克隆轨迹
25258	2024-08-09	ACE2 and TMPRSS2 expression by clinical, HLA, immune, and microbial correlates across 34 human cancers and matched normal tissues: implications for SARS-CoV-2 COVID-19 2020-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-001020 PMID:32675312	研究论文	本文通过整合多个数据库，研究了34种人类癌症及其匹配正常组织中ACE2和TMPRSS2基因表达与临床、HLA、免疫和微生物相关因素的关系，为SARS-CoV-2 COVID-19的防治提供依据	本文首次在大规模范围内整合了ACE2和TMPRSS2基因表达与临床、遗传和微生物领域的关联，并发现了与微生物群的新关联	本文未发现临床因素和HLA基因型与ACE2和TMPRSS2基因表达水平的持续显著关联	研究ACE2和TMPRSS2基因在不同癌症及正常组织中的表达情况，并探讨其与临床、遗传、免疫和微生物因素的关系	34种人类癌症及其匹配正常组织中的ACE2和TMPRSS2基因表达	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	34种人类癌症及其匹配正常组织
25259	2024-08-09	Temporal expression of MOF acetyltransferase primes transcription factor networks for erythroid fate 2020-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aaz4815 PMID:32671208	研究论文	本文探讨了组蛋白H4赖氨酸16乙酰转移酶MOF调控红细胞生成的作用机制	通过单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀测序揭示了MOF通过动态招募到染色质影响红细胞轨迹，并发现MOF的半合子不足导致短暂造血干细胞群体的积累	NA	研究MOF在红细胞命运决定中的作用及其分子机制	造血干细胞（HSCs）的自更新和分化	生物学	NA	单细胞RNA测序，染色质免疫沉淀测序	NA	RNA，染色质	单细胞水平
25260	2024-08-09	Profiling APOL1 Nephropathy Risk Variants in Genome-Edited Kidney Organoids with Single-Cell Transcriptomics 2020-Mar, Kidney360 IF:3.2Q1 DOI:10.34067/kid.0000422019 PMID:32656538	研究论文	本文利用单细胞转录组测序技术研究了APOL1基因风险变异在基因编辑的人类肾脏类器官中的表达及其对不同肾单位细胞类型的影响	首次使用单细胞RNA测序技术分析了APOL1风险变异在人类基因编辑肾脏类器官中的细胞特异性表达差异	NA	研究APOL1基因风险变异在肾脏疾病中的病理生理机制	APOL1基因风险变异在基因编辑的人类肾脏类器官中的表达及其对不同肾单位细胞类型的影响	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CRISPR-Cas9	转录组数据	包含肾单位样结构的肾脏类器官，包括肾小球上皮细胞、近端小管、远端小管和内皮细胞