单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25221	2024-08-09	Different lineage contexts direct common pro-neural factors to specify distinct retinal cell subtypes 2020-09-07, The Journal of cell biology IF:7.4Q1 DOI:10.1083/jcb.202003026 PMID:32699896	研究论文	本文通过在体谱系追踪技术研究斑马鱼视网膜前体细胞，揭示了神经元多样性如何从不同细胞谱系中产生	发现了亚型特异性的刻板神经发生谱系，并揭示了单个促神经因子在谱系依赖方式下指定不同神经元类型/亚型的能力	NA	探讨神经元多样性如何从不同细胞谱系中产生	斑马鱼视网膜前体细胞及其神经元亚型	神经科学	NA	单细胞RNA测序和ATAC测序	NA	细胞谱系数据	约1,000个单个斑马鱼视网膜前体细胞
25222	2024-08-09	The activation trajectory of plasmacytoid dendritic cells in vivo during a viral infection 2020-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-020-0731-4 PMID:32690951	研究论文	本研究通过结合Ifnb1报告小鼠、流式细胞术、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜和CD4 T细胞激活测定，深入描述并关联了感染小鼠巨细胞病毒的动物中pDC的激活状态	提出了一个新的模型，解释了个体pDC如何在病毒感染期间在时间和空间上紧密协调地执行不同功能	NA	研究pDC在病毒感染期间的功能及其调控机制	pDC在病毒感染中的激活轨迹及其功能	NA	NA	流式细胞术, 单细胞RNA测序, 共聚焦显微镜	NA	细胞	感染小鼠巨细胞病毒的动物
25223	2024-08-09	Corneal epithelial biology: Lessons stemming from old to new 2020-09, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2020.108094 PMID:32697979	综述	本文综述了角膜上皮细胞生物学的最新进展，特别关注了新型调控因子在干细胞稳态、伤口愈合、角膜/结膜边界维持中的作用以及单细胞RNA测序在视觉生物学研究中的应用	介绍了单细胞RNA测序技术在视觉生物学研究中的应用	NA	探讨角膜上皮细胞生物学中的新型调控因子及其在干细胞稳态和伤口愈合中的作用	角膜上皮细胞、干细胞、伤口愈合机制	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25224	2024-08-09	TOX correlates with prognosis, immune infiltration, and T cells exhaustion in lung adenocarcinoma 2020-09, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.3324 PMID:32700817	研究论文	本研究探讨了TOX在肺腺癌中的预后潜力及其与免疫浸润和T细胞功能的关系	发现TOX表达与肺腺癌中的免疫浸润水平和T细胞耗竭状态显著相关	NA	探索TOX作为多种癌症特别是肺腺癌的预后生物标志物的潜力	TOX在不同癌症中的表达及其与免疫浸润和T细胞功能的关系	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25225	2024-08-09	Microglia Require CD4 T Cells to Complete the Fetal-to-Adult Transition 2020-08-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.06.026 PMID:32702313	研究论文	本文通过成像、单细胞和外科手术方法，研究了小鼠和人类大脑中CD69 CD4 T细胞的分布及其在脑发育中的作用	首次揭示了CD4 T细胞在大脑发育中的作用，以及它们如何影响微胶质细胞从胎儿到成人的转变	NA	探讨CD4 T细胞在脑发育中的功能及其与免疫和神经系统的相互作用	小鼠和人类大脑中的CD4 T细胞及其对微胶质细胞成熟的影响	NA	NA	成像技术、单细胞测序	NA	单细胞数据	小鼠和人类大脑样本
25226	2024-08-09	Altered proximal tubular cell glucose metabolism during acute kidney injury is associated with mortality 2020-08, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-020-0238-1 PMID:32694833	研究论文	研究探讨了急性肾损伤（AKI）期间近端小管细胞葡萄糖代谢的变化及其与死亡率的关联	首次揭示了AKI期间肾脏葡萄糖新生受损的情况，并探讨了其对全身代谢的影响	研究主要基于回顾性队列和动物模型，需要进一步的人体临床试验验证	探讨AKI期间肾脏葡萄糖和乳酸代谢的变化及其对死亡率的影响	急性肾损伤患者和实验动物的肾脏葡萄糖和乳酸代谢	NA	急性肾损伤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	包括人类患者和实验动物（小鼠和 rats）
25227	2024-08-09	Identification of cell types from single cell data using stable clustering 2020-07-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-66848-3 PMID:32703984	研究论文	本文提出了一种框架，用于从单细胞转录组数据中识别细胞类型，通过稳定的聚类方法来解决正确识别真实细胞类型的挑战	本文提出的方法假设数据的有意义特征在小数据扰动下仍然保持，并通过实验验证了其性能优于现有的五种方法	NA	从单细胞转录组数据中识别细胞类型	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	八组公开可用的scRNA-seq数据集和五组模拟数据集
25228	2024-08-09	Author Correction: Feature selection and dimension reduction for single-cell RNA-Seq based on a multinomial model 2020-Jul-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02109-w PMID:32698904	correction	对基于多项式模型的单细胞RNA测序特征选择和降维方法的论文进行修正	NA	NA	修正先前发表的论文	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25229	2024-08-09	A robust nonlinear low-dimensional manifold for single cell RNA-seq data 2020-Jul-21, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03625-z PMID:32693778	研究论文	本文介绍了一种非线性潜在变量模型，该模型采用鲁棒的、重尾误差和自适应核学习方法，用于估计单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的低维非线性结构	本文提出了一种新的方法，能够处理未过滤和未归一化的计数数据，并在低维空间中估计不确定性	NA	探索细胞类型、状态和发展轨迹，以扩大我们对组织和器官中细胞异质性的理解	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	高斯过程潜在变量模型（GPLVM）	基因表达数据	多种scRNA-seq数据集
25230	2024-08-09	Maturational Changes in Mouse Cutaneous Touch and Piezo2-Mediated Mechanotransduction 2020-07-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107912 PMID:32697985	研究论文	本研究探讨了小鼠皮肤触觉和Piezo2介导的机械转导在成熟过程中的变化	揭示了小鼠成熟过程中皮肤触觉敏感性和Piezo2介导的机械转导的下降，并发现了Piezo2表达的机械敏感DRG神经元中独特的转录变化	NA	强调准确年龄匹配的必要性，并揭示皮肤触觉在行为、机械转导和转录水平上的先前未知的成熟可塑性	小鼠皮肤触觉和Piezo2介导的机械转导	NA	NA	单细胞RNA测序（patch-seq）	NA	行为数据和电生理数据	使用4到12周龄的小鼠
25231	2024-08-09	Parallel bimodal single-cell sequencing of transcriptome and chromatin accessibility 2020-07, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.257840.119 PMID:32699019	研究论文	本文开发了一种高灵敏度的自动化方法ASTAR-seq，用于同时测量单细胞内的全细胞转录组和染色质可及性	ASTAR-seq方法能够同时测量单细胞内的转录组和染色质可及性，揭示了不同细胞状态的转录和染色质可及性景观	NA	研究单细胞中转录状态与上游调控程序之间的关系	小鼠胚胎干细胞、人类不同谱系来源的细胞以及正在经历红细胞分化的人类脐带血细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据、染色质可及性数据	384个mESCs，424个人类细胞，480个脐带血细胞
25232	2024-08-09	[A method of screening highly common neoantigens with immunogenicity in colorectal cancer based on public somatic mutation library] 2020-Jun-20, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.20-032 PMID:32694118	研究论文	本文基于公共体细胞突变库，筛选出25种HLA-A*1101限制的高亲和力（IC<50 nmol/L）和呈现分数（>0.90）的常见新抗原，这些新抗原在结直肠癌（CRC）中具有免疫原性	本文首次建立了一种基于公共体细胞突变库筛选结直肠癌中具有免疫原性的常见新抗原的方法	研究主要集中在HLA-A*1101限制的新抗原，可能不适用于所有患者	开发一种方法来筛选结直肠癌中具有免疫原性的常见新抗原，以促进免疫治疗的应用	结直肠癌患者的常见新抗原及其免疫原性	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	体细胞突变数据	321名结直肠癌患者
25233	2024-08-09	Targeted pharmacological therapy restores β-cell function for diabetes remission 2020-02, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-020-0171-3 PMID:32694693	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和小鼠模型，探讨了药物干预对β细胞去分化和功能恢复的影响，以实现糖尿病缓解。	首次揭示了通过药物干预可以靶向去分化的β细胞，实现糖尿病缓解的新机制。	研究主要在小鼠模型上进行，需要进一步在人体中验证其有效性和安全性。	探讨药物干预对去分化β细胞的影响，以实现糖尿病的缓解。	β细胞的去分化和功能恢复。	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
25234	2024-08-09	Single-cell Transcriptome Profiling reveals Dermal and Epithelial cell fate decisions during Embryonic Hair Follicle Development 2020, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.44306 PMID:32685006	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了胚胎期毛囊发育过程中真皮和表皮细胞命运决定的分子途径	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了毛囊发育过程中不同细胞群的动态基因表达模式和细胞间通信，为理解毛囊从头形态发生的分子途径提供了宝贵的资源	由于毛囊细胞的高度异质性和不同步发育，目前对毛囊发育的分子机制理解仍然有限	研究毛囊从头形态发生的分子途径，为未来的脱发治疗提供理论基础	胚胎期和新生小鼠的背侧皮肤细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入（tSNE）	转录组	E13.5（诱导阶段）、E16.5（器官发生）和新生小鼠（出生后第0天，P0）的背侧皮肤细胞
25235	2024-08-09	Single-Cell Studies of Intestinal Stem Cell Heterogeneity During Homeostasis and Regeneration 2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0747-3_9 PMID:32705640	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究肠道干细胞在稳态和再生过程中的异质性	描述了许多新的肠道干细胞及其后代的潜在标记物，并识别出成熟细胞类型的新亚群及其发育轨迹	NA	探讨这些亚群在组织稳态中的功能，以及在组织损伤后具有诱导再生潜力的潜在亚群	肠道干细胞及其在稳态和再生过程中的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
25236	2024-08-09	Click chemistry-based amplification and detection of endogenous RNA and DNA molecules in situ using clampFISH probes 2020, Methods in enzymology DOI:10.1016/bs.mie.2020.04.049 PMID:32713535	研究论文	本文介绍了一种基于点击化学的放大和检测内源性RNA和DNA分子的方法——clampFISH探针，该方法能够在固定细胞中可视化基因组位点和单个RNA转录本	clampFISH方法通过使用C形寡核苷酸探针和点击化学反应，实现了荧光信号的放大，同时保持了特异性，适用于高通量技术	传统的单分子RNA荧光原位杂交（FISH）方法由于荧光信号较弱，需要长时间曝光和高倍显微镜，导致样本量有限	开发一种能够放大荧光信号并保持特异性的新技术，以提高FISH方法的通量和适用性	内源性RNA和DNA分子	分子生物学	NA	荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	单个细胞
25237	2024-08-09	"Zooming in" on Glioblastoma: Understanding Tumor Heterogeneity and its Clinical Implications in the Era of Single-Cell Ribonucleic Acid Sequencing 2021-02-16, Neurosurgery IF:3.9Q1 DOI:10.1093/neuros/nyaa305 PMID:32674143	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术深入探讨了胶质母细胞瘤的异质性及其临床意义	引入了单细胞RNA测序技术，以更详细地理解胶质母细胞瘤的异质性	NA	探讨胶质母细胞瘤的异质性及其对个性化医疗的影响	胶质母细胞瘤的基因组和转录组异质性	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
25238	2024-08-09	Immune cell infiltration features and related marker genes in lung cancer based on single-cell RNA-seq 2021-Feb, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-020-02435-2 PMID:32656582	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了肺癌中的免疫细胞浸润特征及相关标记基因	揭示了肺癌组织与正常组织中免疫细胞类型的显著差异	NA	分析肺癌免疫微环境中免疫细胞的浸润特征及相关标记基因	肺癌细胞及其免疫微环境中的免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11,485个肺癌细胞
25239	2024-08-09	Weighted gene co-expression network analysis can sort cancer-associated fibroblast-specific markers promoting bladder cancer progression 2021-02, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.29939 PMID:32657439	研究论文	本文通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）研究了膀胱尿路上皮癌（BLCA）中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特定基因表达模块，这些基因与癌症进展和生存状态相关	首次在膀胱尿路上皮癌中应用WGCNA分析CAFs的特定基因表达模块，并确定了15个关键基因作为BLCA特异性CAF标记	NA	探讨CAFs在膀胱尿路上皮癌进展中的作用及其特定基因标记	膀胱尿路上皮癌中的癌症相关成纤维细胞及其基因表达	数字病理学	膀胱癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	基因表达数据	NA
25240	2024-08-09	Lessons from single cell sequencing in CNS cell specification and function 2020-12, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2020.05.043 PMID:32679535	review	本文综述了单细胞RNA测序技术在中枢神经系统（CNS）细胞特化和功能研究中的应用	单细胞RNA测序技术提高了对CNS细胞类型的分辨率，并揭示了它们的发展轨迹和物种间的多样性变化	NA	探讨单细胞基因组学时代的优势、创新和挑战，以及它如何影响我们对神经发育和神经功能的理解	中枢神经系统（CNS）中的神经元、星形胶质细胞和少突胶质细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA