单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27818 篇文献，本页显示第 25001 - 25020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 25001 | 2024-08-09 |
A semi-automatic cell type annotation method for single-cell RNA sequencing dataset
2020-Sep, Genomics & informatics
DOI:10.5808/GI.2020.18.3.e26
PMID:33017870
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研究论文 | 本文提出了一种半自动的细胞类型注释方法，用于单细胞RNA测序数据集 | 该方法通过计算用户提供的细胞类型特异性标记基因列表的归一化分数，实现了细胞类型的半自动注释 | NA | 开发一种高效的细胞类型注释方法，用于单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 35个t-SNE聚类 |
| 25002 | 2024-08-09 |
Landscape of transcript isoforms in single T cells infiltrating in non-small-cell lung cancer
2020-07-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2020.06.006
PMID:32998846
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研究论文 | 本文提出了一种名为IDEA的计算方法，用于全面检测和注释肿瘤浸润T细胞中的差异表达的转录本异构体，并应用于非小细胞肺癌的单细胞RNA测序数据集 | 首次在转录本异构体水平上分析肿瘤浸润T细胞，揭示了T细胞在肿瘤微环境中的分子特征 | NA | 旨在深入了解肿瘤浸润T细胞的分子机制 | 非小细胞肺癌中的肿瘤浸润T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 计算方法（IDEA） | 转录本异构体数据 | 12,346个T细胞 |
| 25003 | 2024-08-09 |
Corrigendum: FB5P-seq: FACS-Based 5-Prime End Single-Cell RNA-seq for Integrative Analysis of Transcriptome and Antigen Receptor Repertoire in B and T Cells
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.02047
PMID:33013865
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correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25004 | 2024-08-09 |
Novel Glial Cell Functions: Extensive Potency, Stem Cell-Like Properties, and Participation in Regeneration and Transdifferentiation
2020, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2020.00809
PMID:33015034
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综述 | 本文综述了胚胎期和成年期施万细胞的多潜能特性及其在再生和转分化中的作用 | 探讨了施万细胞在神经和非神经组织损伤修复中的潜在应用，以及在肿瘤发展调控中的可能作用 | NA | 深入了解施万细胞的生物学特性，以开发有效的治疗策略 | 施万细胞的多潜能特性和其在再生及转分化中的作用 | NA | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25005 | 2024-08-09 |
scLRTD : A Novel Low Rank Tensor Decomposition Method for Imputing Missing Values in Single-Cell Multi-Omics Sequencing Data
2022 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2020.3025804
PMID:32960767
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研究论文 | 本文提出了一种名为scLRTD的新方法，利用低秩张量分解基于核范数来填补单细胞多组学测序数据中的缺失值 | scLRTD方法不同于一般的单类型单细胞数据填补方法，能够处理不同阶段、组织或条件的单细胞RNA测序数据 | NA | 开发有效的方法来填补单细胞数据分析中的缺失值 | 单细胞多组学测序数据和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序 | 低秩张量分解 | 测序数据 | 四组模拟数据和两组来自小鼠胚胎干细胞和肝细胞癌的真实单细胞RNA测序数据 |
| 25006 | 2024-08-09 |
Model-based autoencoders for imputing discrete single-cell RNA-seq data
2021-08, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2020.09.010
PMID:32971193
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研究论文 | 本文提出了一种基于零膨胀负二项（ZINB）模型的自编码器，用于填补离散的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的缺失值 | 该方法的创新点在于除了优化ZINB似然外，还通过使用Gumbel-Softmax分布显式建模导致缺失值的丢失事件，并对原始计数矩阵进行零膨胀重建优化 | NA | 提高离散scRNA-seq数据中缺失值的填补准确性，并增强下游分析的有效性 | 离散的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 自编码器 | 离散数据 | 大量 |
| 25007 | 2024-08-09 |
BP4RNAseq: a babysitter package for retrospective and newly generated RNA-seq data analyses using both alignment-based and alignment-free quantification method
2021-06-09, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa832
PMID:32976573
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研究论文 | 本文开发了一个名为BP4RNAseq的R包，用于回顾性和新产生的RNA-seq数据分析，结合了基于比对和无比对量化的先进工具 | BP4RNAseq包通过优化流程提高了RNA-seq分析的敏感性和准确性，仅需两个非技术参数即可输出六种格式的基因表达量化结果 | NA | 开发一个高度自动化的工具，简化RNA-seq数据分析流程 | RNA-seq数据分析 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | NA |
| 25008 | 2024-08-09 |
Genes influenced by MEF2C contribute to neurodevelopmental disease via gene expression changes that affect multiple types of cortical excitatory neurons
2021-05-31, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaa213
PMID:32975584
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研究论文 | 研究探讨了MEF2C基因在神经发育过程中的作用及其对神经发育疾病的影响 | 首次揭示了MEF2C影响的基因在特定类型的皮层兴奋性神经元中的表达变化，以及这些变化与神经发育疾病之间的关联 | 研究主要基于小鼠模型和基因组关联研究数据，可能需要进一步的人类临床研究来验证结果 | 探究MEF2C基因在神经发育中的作用及其对神经发育疾病的影响机制 | MEF2C基因及其影响的基因在神经发育中的作用 | 神经科学 | 神经发育疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1055个基因在小鼠大脑中的差异表达 |
| 25009 | 2024-08-09 |
Cellular heterogeneity and microenvironmental control of skin cancer
2021-05, Journal of internal medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1111/joim.13177
PMID:32976658
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综述 | 本文综述了皮肤组织中突变细胞与其微环境之间的相互作用，探讨了维持组织稳态的关键机制以及可能导致肿瘤形成的因素 | 揭示了表皮（干细胞）及其微环境中的巨大细胞异质性和可塑性，以及这些细胞在预防癌症形成和恶性进展中的关键作用 | NA | 探讨皮肤组织中突变细胞与微环境的关系，以及如何影响肿瘤形成 | 皮肤组织中的突变细胞及其微环境 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | NA |
| 25010 | 2024-08-09 |
Sympathetic Input to Multiple Cell Types in Mouse and Human Colon Produces Region-Specific Responses
2021-03, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.09.030
PMID:32980343
|
研究论文 | 研究探讨了交感神经对小鼠和人结肠中多种细胞类型的区域特异性调节作用及其对结肠运动模式的影响 | 首次确定了交感神经对肠肌神经网络大规模活动的影响，并发现交感神经递质可以调节非神经细胞（如肠神经胶质和先天免疫细胞）的活动 | NA | 研究交感神经后节神经元如何调节结肠功能 | 小鼠和人的结肠 | NA | NA | 免疫组织化学、光遗传学（GCaMP钙成像、通道视紫红质）、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA序列 | 小鼠和人的结肠样本 |
| 25011 | 2024-08-09 |
Recent developments in the pathobiology of lung myofibroblasts
2021-02, Expert review of respiratory medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1080/17476348.2021.1829972
PMID:32981357
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综述 | 本文综述了过去五年内关于肺肌成纤维细胞的定义、起源、活性调控及靶向治疗肺纤维化的最新进展 | 通过改进细胞谱系特征和单细胞RNA测序技术，对肺肌成纤维细胞的起源和间质异质性有了更清晰的认识 | NA | 深入理解肺纤维化的发病机制并探索针对肺肌成纤维细胞的治疗策略 | 肺肌成纤维细胞及其在肺纤维化中的作用 | NA | 肺纤维化 | scRNA-seq | NA | NA | NA |
| 25012 | 2024-08-09 |
Specimen Preparation for Single-Cell Sequencing Analysis of Skeletal Cells
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0989-7_7
PMID:32979200
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研究论文 | 本文描述了一种从骨骼组织中制备单细胞悬液的方法，以便进行单细胞测序研究 | 介绍了用于骨骼细胞的荧光激活细胞分选（FACS）的附加步骤，使后续的单细胞RNA测序研究能够聚焦于特定的感兴趣群体 | NA | 开发一种有效的方法来制备骨骼细胞的单细胞悬液，以进行单细胞测序分析 | 骨骼细胞及其生物学功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | NA |
| 25013 | 2024-08-09 |
A reliable strategy for single-cell RNA sequencing analysis using cryoconserved primary cortical cells
2021-01-01, Journal of neuroscience methods
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.jneumeth.2020.108960
PMID:32987100
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研究论文 | 本文介绍了一种新的策略，使用冷冻保存的初级皮质细胞进行单细胞RNA测序分析 | 首次展示了在离线设置中使用初级皮质细胞进行单细胞RNA测序实验的可能性，确保了细胞的完整性和多样性 | NA | 验证一种新的策略，使用冷冻保存的初级皮质细胞进行单细胞RNA测序研究 | 从E15.5小鼠胚胎中分离的冷冻保存的初级皮质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNASeq） | NA | RNA | 35,763个冷冻保存的单细胞 |
| 25014 | 2024-08-09 |
Kidney Single-Cell Atlas Reveals Myeloid Heterogeneity in Progression and Regression of Kidney Disease
2020-12, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020060806
PMID:32978267
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在肾脏疾病进展和恢复过程中揭示了髓系细胞的异质性。 | 通过单细胞转录组学技术，识别了12种髓系细胞亚群，这些亚群在传统流式细胞术标记中未被发现，为肾脏疾病的治疗提供了新的靶点。 | NA | 探索髓系细胞在肾脏损伤和修复中的作用，并识别新的髓系细胞亚型。 | 肾脏中的髓系细胞及其在肾脏疾病进展和恢复中的作用。 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了小鼠单侧输尿管梗阻模型进行研究 |
| 25015 | 2024-08-09 |
Single-Cell Genomics Reveals a Novel Cell State During Smooth Muscle Cell Phenotypic Switching and Potential Therapeutic Targets for Atherosclerosis in Mouse and Human
2020-11-24, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文通过结合平滑肌细胞（SMC）命运图谱和单细胞RNA测序技术，揭示了SMC在动脉粥样硬化中的转分化轨迹，并识别了潜在的治疗靶点。 | 发现了SMC在动脉粥样硬化中转变为一种新的中间细胞状态，并确定了视黄酸信号通路作为调控SMC向SEM细胞转变的关键因素。 | NA | 揭示SMC在动脉粥样硬化中的转分化轨迹，并识别分子治疗靶点。 | 小鼠和人类动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞（SMC）。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 小鼠和人类动脉粥样硬化斑块样本 |
| 25016 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome profiling reveals the mechanism of abnormal proliferation of epithelial cells in congenital cystic adenomatoid malformation
2020-11-15, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2020.112299
PMID:32979365
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了先天性囊性腺瘤样畸形中上皮细胞异常增殖的机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了先天性囊性腺瘤样畸形的细胞景观，并揭示了与该疾病相关的细胞和分子事件 | 研究样本仅来自一名4.25岁的患者，可能存在样本量不足的问题 | 探索先天性囊性腺瘤样畸形的发病机制 | 先天性囊性腺瘤样畸形患者的病变和非病变区域细胞 | 数字病理学 | 先天性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 共获取19,904个细胞 |
| 25017 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals a Crucial Role for CTHRC1 (Collagen Triple Helix Repeat Containing 1) Cardiac Fibroblasts After Myocardial Infarction
2020-11-10, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，揭示了心肌梗死后心脏成纤维细胞中CTHRC1的关键作用 | 首次鉴定并表征了心肌梗死后出现的一种独特的心脏成纤维细胞亚群，并发现CTHRC1是其关键调节因子 | NA | 定义心肌梗死后心脏成纤维细胞的异质性及其在心室重塑过程中的作用机制 | 心脏成纤维细胞及其在心肌梗死后的反应 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括小鼠、猪和心肌梗死及扩张型心肌病患者的心脏组织样本 |
| 25018 | 2024-08-09 |
Microanatomy of the Human Atherosclerotic Plaque by Single-Cell Transcriptomics
2020-11-06, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.120.316770
PMID:32981416
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学和染色质可及性分析，深入探讨了人类动脉粥样硬化斑块的细胞异质性和分子复杂性 | 首次全面评估了人类动脉粥样硬化斑块中细胞的分子复杂性，并揭示了细胞间的相互转换和激活状态 | NA | 深入理解人类动脉粥样硬化的病理生理机制 | 人类颈动脉动脉粥样硬化斑块中的细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序 | NA | 转录组数据和表观基因组数据 | 涉及14种不同的细胞群体，包括内皮细胞、平滑肌细胞、肥大细胞、B细胞、骨髓细胞和T细胞等 |
| 25019 | 2024-08-09 |
Multilineage murine stem cells generate complex organoids to model distal lung development and disease
2020-11-02, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2019103476
PMID:32985719
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研究论文 | 本文建立了一种三维（3D）小鼠细支气管肺泡肺类器官（BALO）模型，该模型允许通过与肺驻留间充质细胞共培养来克隆扩展和自我组织流式细胞术分选的细支气管肺泡干细胞（BASCs）。 | BALO模型能够重建远端肺的表皮-间充质-髓样单位，为研究肺发育、感染和体外再生过程开辟了新的途径。 | NA | 研究肺发育和疾病 | 小鼠细支气管肺泡干细胞（BASCs）和肺驻留间充质细胞 | 数字病理学 | 肺疾病 | 流式细胞术（FACS），单细胞RNA测序 | 3D类器官模型 | 细胞 | NA |
| 25020 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals different subsets of non-specific cytotoxic cells in teleost
2020-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2020.09.031
PMID:32971213
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对尼罗罗非鱼头肾来源的白细胞进行分析，揭示了非特异性细胞毒性细胞（NCC）的不同亚群 | 首次揭示了NCC群体中的四个亚群，包括记忆样NCC、成熟NCC、未成熟NCC和前NCC | NA | 阐明硬骨鱼免疫系统中非特异性细胞毒性细胞（NCC）的亚群及其调控网络 | 尼罗罗非鱼头肾来源的白细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 约24,062个头肾来源的白细胞 |