单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27818 篇文献，本页显示第 24781 - 24800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24781 | 2024-08-09 |
Benchmarking algorithms for pathway activity transformation of single-cell RNA-seq data
2020, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2020.10.007
PMID:33209207
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研究论文 | 本文收集了七种广泛使用的通路活性转换算法和32个基于16种scRNA-seq技术的数据集，提出一个综合框架评估这些算法的准确性、稳定性和可扩展性 | 提出了一个综合框架来评估通路活性转换算法的性能，并发现Pagoda2在准确性、可扩展性和稳定性方面表现最佳 | NA | 评估不同通路活性转换算法在单细胞RNA测序数据分析中的性能 | 七种通路活性转换算法和32个scRNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 32个数据集 |
| 24782 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Microenvironmental Infiltration of Plasma Cells and Hepatocytic Prognostic Markers in HCC With Cirrhosis
2020, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2020.596318
PMID:33224891
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了肝硬化相关肝细胞癌（HCC）中浆细胞的微环境浸润及肝细胞的预后标志物 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了肝硬化相关HCC中体液免疫浸润的关键作用及肝细胞自身的关键肿瘤预后基因 | NA | 揭示肝硬化相关肝细胞癌中的免疫细胞浸润情况及肝细胞的预后标志物 | 健康供体、肝硬化患者及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 健康供体、肝硬化患者及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据 |
| 24783 | 2024-08-09 |
A systematic performance evaluation of clustering methods for single-cell RNA-seq data
2018, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.15666.3
PMID:30271584
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研究论文 | 本文对14种基于不同算法的聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能进行了系统且可扩展的评估 | 首次系统评估了多种聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能，并探讨了共识聚类的效果 | 评估主要基于公开的单细胞RNA-seq数据集和模拟数据，可能未涵盖所有可能的数据情况 | 评估不同聚类方法在单细胞RNA-seq数据上的性能，以识别最优方法 | 14种聚类算法在单细胞RNA-seq数据上的性能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | 单细胞RNA-seq数据 | 使用了九个公开的单细胞RNA-seq数据集以及三个模拟数据集 |
| 24784 | 2024-08-09 |
Neuraminidase inhibitors rewire neutrophil function in vivo in murine sepsis and ex vivo in COVID-19
2022-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.11.12.379115
PMID:33200130
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研究论文 | 研究报告了抗病毒神经氨酸酶抑制剂在体内外调节中性粒细胞功能的作用，特别是在小鼠脓毒症和COVID-19患者中的应用 | 首次揭示了神经氨酸酶抑制剂通过限制宿主神经氨酸酶活性、表面唾液酸释放、ROS产生和中性粒细胞释放的NETs，来控制感染和提高宿主生存率 | NA | 探讨神经氨酸酶抑制剂在严重感染中调节中性粒细胞功能的作用 | 小鼠脓毒症模型和COVID-19患者的血液细胞 | NA | 脓毒症, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 公开数据集中的呼吸道样本 |
| 24785 | 2024-08-09 |
FunRes: resolving tissue-specific functional cell states based on a cell-cell communication network model
2021-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa283
PMID:33179736
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FunRes的计算方法，用于识别组织特异性的功能细胞状态，该方法基于单细胞RNA测序数据重建细胞间通信网络，进而划分细胞类型为功能细胞状态 | FunRes能够识别现有计算工具无法再现的各种细胞类型的已知功能细胞状态 | NA | 开发一种新的计算方法来识别组织特异性的功能细胞状态 | 177种细胞类型在10种不同组织中的功能细胞状态 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 细胞间通信网络模型 | 单细胞RNA测序数据 | 177种细胞类型在10种不同组织中 |
| 24786 | 2024-08-09 |
Are dropout imputation methods for scRNA-seq effective for scHi-C data?
2021-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa289
PMID:33201180
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研究论文 | 本文探讨了将单细胞RNA测序（scRNA-seq）的缺失值插补方法应用于单细胞Hi-C（scHiC）数据的有效性 | 本文首次将scRNA-seq的插补方法应用于scHiC数据，并评估了其在识别结构零和插补缺失值方面的效果 | 文章未提及具体的局限性 | 研究目的是评估scRNA-seq插补方法在scHiC数据中的应用效果 | 研究对象是scHiC数据中的缺失值和结构零 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scHiC | NA | 基因组数据 | 文章未提及具体的样本数量 |
| 24787 | 2024-08-09 |
An extracellular vesicle-related gene expression signature identifies high-risk patients in medulloblastoma
2021-04-12, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaa254
PMID:33175161
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞转录组学、细胞培养模型和生物物理方法等技术，探索髓母细胞瘤（MB）中的细胞间通讯，并识别与高风险患者相关的基因表达特征。 | 本研究发现了与髓母细胞瘤高风险患者相关的新型基因表达特征EVS，具有较高的预后意义。 | NA | 研究髓母细胞瘤的转录组景观，并识别高风险患者的基因表达特征。 | 髓母细胞瘤及其亚组的肿瘤细胞和患者样本。 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞转录组学、纳米粒子跟踪分析、电子显微镜 | NA | 基因表达数据 | 大规模患者样本 |
| 24788 | 2024-08-09 |
A Hierarchy of Proliferative and Migratory Keratinocytes Maintains the Tympanic Membrane
2021-02-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.10.006
PMID:33181078
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、谱系追踪、全器官移植和活细胞成像技术，揭示了鼓膜表皮与其他表皮部位不同的稳态机制，并展示了鼓膜表皮中多个角质形成细胞群体的三维层次结构。 | 首次揭示了鼓膜表皮的稳态机制，包括其独特的三维层次结构和角质形成细胞的定向侧向迁移。 | NA | 研究鼓膜表皮的稳态机制及其在鼓膜疾病中的作用。 | 鼓膜表皮中的角质形成细胞及其稳态机制。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 24789 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analyses reveal heterogeneity in suspension cultures and clonal markers of CHO-K1 cells
2021-02, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.27624
PMID:33179258
|
研究论文 | 本研究探讨了高细胞密度悬浮培养中CHO-K1细胞转录组的异质性及其与细胞周期的关系 | 首次揭示了高细胞密度悬浮培养中CHO-K1细胞转录组的异质性，并开发了一种线粒体全基因组单细胞测序方法用于验证细胞克隆性 | 研究未发现细胞周期依赖性亚群和细胞簇，且观察到的细胞异质性增加未见减弱 | 探究高细胞密度悬浮培养中细胞转录组的异质性及其与细胞周期的关系 | CHO-K1细胞在高细胞密度悬浮培养中的转录组异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序，线粒体全基因组单细胞测序 | NA | 转录组数据，线粒体基因组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 24790 | 2024-08-09 |
Characterization of sheep spermatogenesis through single-cell RNA sequencing
2021-02, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202001035RRR
PMID:33197070
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术全面无偏地分析了绵羊精子发生过程中的细胞转录水平变化 | 首次对绵羊精子发生进行了全面的单细胞转录组研究，并意外发现了一种含有白细胞的体细胞 | NA | 探索绵羊精子发生过程中不同细胞类型的转录水平变化 | 绵羊的精子发生过程及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从成年绵羊睾丸中收集了11,772个细胞 |
| 24791 | 2024-08-09 |
Molecular detection of maturation stages in the developing kidney
2021-02, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2020.11.002
PMID:33197428
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠发育中肾脏的不同阶段，以确定肾脏发育阶段的分子标志 | 首次使用单细胞RNA测序技术来确定肾脏发育阶段的分子标志，并应用于体外培养的肾脏类器官 | 当前的类器官仍然不成熟，且其精确的成熟阶段难以确定 | 建立与肾脏发育阶段相关的分子坐标 | 小鼠发育中肾脏的不同阶段 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 不同发育阶段的小鼠肾脏样本 |
| 24792 | 2024-08-09 |
TISCH: a comprehensive web resource enabling interactive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment
2021-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa1020
PMID:33179754
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research paper | 本文介绍了Tumor Immune Single Cell Hub (TISCH)，一个大规模的单细胞转录组数据库，整合了来自27种癌症类型的近200万个细胞的单细胞转录组数据。 | TISCH提供了一个用户友好的界面，用于系统地可视化、搜索和下载肿瘤微环境中的基因表达图谱，支持跨多个数据集的单细胞或集群级别的交互式基因表达可视化。 | NA | 旨在通过整合和利用大量已发表的单细胞RNA-seq数据集，为免疫治疗提供信息支持。 | 肿瘤微环境中的免疫系统异质性。 | digital pathology | NA | single-cell RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 近200万个细胞，来自76个高质量肿瘤数据集 |
| 24793 | 2024-08-09 |
Spatiotemporal sequence of mesoderm and endoderm lineage segregation during mouse gastrulation
2021-01-07, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.193789
PMID:33199445
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研究论文 | 本文研究了小鼠原条期间中胚层和内胚层谱系分离的时空序列 | 结合遗传命运标记和成像方法与单细胞RNA测序(scRNA-seq)来追踪转录身份并定义细胞类型的谱系轨迹 | NA | 探索小鼠胚胎原条期间中胚层和内胚层谱系分离的精确时空模式和分子细节 | 小鼠胚胎中的中胚层和内胚层谱系 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24794 | 2024-08-09 |
VEGF-B Promotes Endocardium-Derived Coronary Vessel Development and Cardiac Regeneration
2021-01-05, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文研究了血管内皮生长因子B（VEGF-B）在心脏中促进源自心内膜的冠状血管发育和心脏再生的作用。 | VEGF-B在心脏发育期间促进源自心内膜的冠状血管形成，并在成年小鼠中促进心内膜下心肌的血管内皮细胞增殖，以及心肌梗死后心脏组织的结构和功能恢复。 | NA | 研究VEGF-B在心脏中对冠状血管发育和心脏再生的影响。 | VEGF-B在心脏中的作用及其对冠状血管发育和心脏再生的影响。 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 基因转移，细胞周期标记，流式细胞术，组织学，免疫组织化学，生物化学方法，单细胞RNA测序，生物信息学分析，微型计算机断层扫描，荧光和示踪剂介导的血管灌注成像分析。 | NA | 图像 | 使用表达VEGF-B转基因的小鼠和大鼠，VEGF-B基因敲除的小鼠和大鼠，以及成年小鼠中的病毒载体介导的VEGF-B基因转移。 |
| 24795 | 2024-08-09 |
Decoding myofibroblast origins in human kidney fibrosis
2021-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2941-1
PMID:33176333
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，分析了健康和纤维化人肾脏近端和非近端小管细胞的转录组，以高分辨率绘制了整个人肾脏的细胞图谱，并识别了在人肾脏纤维化过程中形成瘢痕的主要细胞来源。 | 首次通过单细胞RNA测序和时空转录组学技术，高分辨率地揭示了人肾脏纤维化中肌成纤维细胞的起源和分化过程，并鉴定了潜在的治疗靶点NKD2。 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能存在种属差异；且未进行临床试验验证NKD2作为治疗靶点的有效性。 | 揭示人肾脏纤维化中肌成纤维细胞的起源和分化机制，并寻找潜在的治疗靶点。 | 人肾脏纤维化中的肌成纤维细胞及其前体细胞。 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 时空转录组学 | NA | 转录组数据 | 健康和纤维化人肾脏的近端和非近端小管细胞 |
| 24796 | 2024-08-09 |
Sharing and Helping: Regularity and Characteristics of Pathogenesis of a Widely Used Transgene Initiated Murine Acute Promyelocytic Leukemia Model
2021-01-01, Stem cells and development
IF:2.5Q2
DOI:10.1089/scd.2020.0125
PMID:33176587
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研究论文 | 本文通过改进的急性早幼粒细胞白血病（APL）小鼠模型，补充了该模型发病规律和特征的数据 | 本文填补了现有文献中关于该模型发病规律和特征数据的空白 | NA | 旨在补充和完善APL小鼠模型的发病规律和特征数据 | APL小鼠模型的发病时间、潜伏期、发病率、寿命及APL细胞在外周血、脾脏、骨髓中的比例等 | NA | 急性早幼粒细胞白血病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 24797 | 2024-08-09 |
Linking axon morphology to gene expression: a strategy for neuronal cell-type classification
2020-12, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2020.10.006
PMID:33181399
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研究论文 | 本文探讨了将轴突形态与基因表达联系起来，以进行神经细胞类型分类的策略 | 本文提出了一种将单细胞转录组学与轴突投影模式相结合的方法，以更好地描述细胞类型 | NA | 研究大脑如何驱动认知和行为，并理解其细胞组成 | 神经细胞类型的分类 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据，形态学数据 | 小鼠大脑 |
| 24798 | 2024-08-09 |
BMP signaling: at the gate between activated melanocyte stem cells and differentiation
2020-12-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.340281.120
PMID:33184221
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和比较基因表达分析，研究了静止、激活和黑素细胞成熟过程中黑素细胞干细胞的转录动力学，并探讨了WNT和BMP信号通路在这一过程中的整合作用。 | 本文揭示了WNT和BMP信号通路在黑素细胞干细胞激活和分化过程中的协同作用，并强调了BMP信号在驱动完全分化中的关键作用。 | NA | 阐明黑素细胞干细胞在静止、激活和黑素细胞成熟过程中的转录动力学，并理解WNT和BMP信号通路的整合机制。 | 黑素细胞干细胞及其在毛发周期中的激活和分化过程。 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 24799 | 2024-08-09 |
Guidelines for reporting single-cell RNA-seq experiments
2020-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-00744-z
PMID:33188371
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24800 | 2024-08-09 |
Analyses of metastasis-associated genes in IDH wild-type glioma
2020-Nov-16, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-020-07628-0
PMID:33198677
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据挖掘，探索了IDH野生型胶质瘤中的转移相关基因，并构建了基于这些基因的预后模型 | 首次通过单细胞测序数据识别胶质瘤中的转移相关基因，并构建了预后模型 | NA | 探索胶质瘤转移相关基因，并识别可能的预后标志物 | IDH野生型胶质瘤中的转移相关基因 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | PCA, tSNE | 基因数据 | 数据来自GEO数据库和TCGA/CGGA数据库 |