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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2461 | 2025-12-23 |
GSDME-dependent pyroptosis drives abdominal aortic aneurysm via promoting vascular senescence
2025-Dec-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66103-1
PMID:41407670
|
研究论文 | 本研究探讨了GSDME依赖性非经典焦亡在腹主动脉瘤中的作用及其通过促进血管衰老的机制 | 首次揭示了GSDME依赖性非经典焦亡在腹主动脉瘤中作为'主开关'调控血管衰老的作用 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本,临床转化潜力需进一步验证 | 确定GSDME依赖性非经典焦亡在腹主动脉瘤病理中的作用 | 腹主动脉瘤小鼠模型和患者样本 | 数字病理 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多重流式细胞术 | NA | RNA测序数据, 流式细胞数据 | 小鼠模型和患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2462 | 2025-12-23 |
Neutrophil-derived thrombospondin-1 (THBS1) drives type 2 diabetes-induced osteoporosis via CD36-PPARγ-POU2F2 signaling
2025-Dec-15, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2025.168139
PMID:41407214
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研究论文 | 本研究揭示了2型糖尿病中中性粒细胞来源的血小板反应蛋白-1通过CD36-PPARγ-POU2F2信号通路促进破骨细胞生成,从而加剧骨质疏松的新机制 | 首次发现中性粒细胞来源的THBS1在2型糖尿病诱导的骨质疏松中的关键作用,并阐明了其通过CD36-PPARγ-POU2F2-c-FOS轴促进破骨细胞分化的分子通路 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人体临床相关性有待进一步验证;虚拟筛选发现的抑制剂nasunin的临床疗效和安全性需要更多研究 | 探究2型糖尿病中中性粒细胞如何促进骨质疏松及其分子机制,寻找潜在治疗靶点 | 2型糖尿病小鼠模型、野生型小鼠、原代细胞培养、中性粒细胞、巨噬细胞、破骨细胞 | NA | 2型糖尿病、骨质疏松 | 单细胞RNA测序、TRAP染色、micro-CT成像、定量PCR、Western blotting、染色质免疫沉淀-qPCR、流式细胞术、虚拟筛选 | NA | 基因表达数据、影像数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2463 | 2025-12-23 |
Lipid accumulation in foam cells drives C1q-dependent synaptic loss and impairs motor function recovery after spinal cord injury
2025-Dec-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09167-5
PMID:41390852
|
研究论文 | 本研究揭示了脊髓损伤后巨噬细胞脂质积累通过C1q依赖性突触损失损害运动功能恢复的新机制 | 首次将巨噬细胞脂质代谢与C1q依赖性突触损伤联系起来,并发现bazedoxifene作为潜在治疗候选物 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究脊髓损伤后巨噬细胞功能机制及其对功能恢复的影响 | 脊髓损伤小鼠模型中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,高通量筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2464 | 2025-12-23 |
Fibroblasts sense spatial proximity via an EGFR-CREB5 axis to restore quiescent synovial lining in remission rheumatoid arthritis
2025-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.10.693501
PMID:41427340
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学揭示了类风湿关节炎缓解期成纤维细胞通过EGFR-CREB5轴感知空间邻近性以恢复静息滑膜内衬的机制 | 首次发现成纤维细胞通过HB-EGF-EGFR信号通路感知空间密度,并通过CREB5转录因子调控滑膜内衬成纤维细胞分化的新机制 | 研究样本仅限于缓解期RA患者活检组织,未探讨其他关节炎类型或疾病活动期的机制差异 | 探究类风湿关节炎缓解期滑膜内衬稳态恢复的分子机制 | 类风湿关节炎患者的滑膜活检组织 | 空间转录组学 | 类风湿关节炎 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 缓解期RA患者活检样本(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2465 | 2025-12-23 |
SIDISH integrates single-cell and bulk transcriptomics to identify high-risk cells and guide precision therapeutics through in silico perturbation
2025-Dec-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66162-4
PMID:41372157
|
研究论文 | SIDISH是一个神经网络框架,通过整合单细胞和批量转录组数据来识别高风险细胞群并指导精准治疗 | 结合变分自编码器、深度Cox回归和迁移学习,实现单细胞粒度与大规模临床数据的整合,并包含in silico扰动模块以模拟干预 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 开发一个计算工具,用于疾病风险评估和治疗优先排序,以促进精准医学 | 单细胞和批量转录组数据,以及空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,空间转录组学 | 变分自编码器,深度Cox回归,神经网络 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 2466 | 2025-12-23 |
Elucidating a Myofibroblast-dominated Fibrotic Niche in Crohn's Disease-associated Fibrostenosis Through High-resolution Spatial Transcriptomics
2025-Dec-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101701
PMID:41344440
|
研究论文 | 本研究通过高分辨率空间转录组学揭示了克罗恩病相关纤维狭窄中一个以肌成纤维细胞为主的纤维化微环境 | 首次在克罗恩病纤维狭窄中应用高分辨率空间转录组学技术,明确了肌成纤维细胞的细胞身份、起源及周细胞向肌成纤维细胞样表型的转录重编程 | 研究样本量有限(仅分析了1例非纤维化和1例纤维狭窄性回肠标本),且为回顾性分析,可能影响结果的普遍性 | 阐明克罗恩病相关纤维狭窄中黏膜下层肌样细胞增生的细胞身份和分子机制 | 克罗恩病患者(正常、非狭窄性和狭窄性)的回肠组织,以及公共单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 高分辨率空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光,原代周细胞培养,定量聚合酶链反应 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,组织学图像 | 117例克罗恩病患者回顾性超声分析,104例组织样本(25例正常,35例非狭窄性CD,44例狭窄性CD),外加公共单细胞RNA测序数据集(n=158) | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2467 | 2025-12-23 |
TMPRSS11B promotes an acidified microenvironment and immune suppression in squamous lung cancer
2025-Dec, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00631-1
PMID:41214366
|
研究论文 | 本研究揭示了跨膜丝氨酸蛋白酶TMPRSS11B通过促进肿瘤微环境酸化和免疫抑制,驱动肺鳞状细胞癌进展的机制 | 首次发现TMPRSS11B通过促进乳酸外排导致肿瘤微环境酸化,并富集免疫抑制性巨噬细胞,为肺鳞癌提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证尚不充分;TMPRSS11B的具体下游信号通路机制有待进一步阐明 | 探究TMPRSS11B对肺鳞状细胞癌肿瘤微环境及免疫系统的影响 | 肺鳞状细胞癌(LUSC)肿瘤微环境、免疫细胞、Krt13 hillock样细胞 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | RNA FISH、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像、代谢物分析 | NA | 空间转录组数据、代谢物数据、成像数据 | 免疫健全小鼠模型(SNL模型) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2468 | 2025-12-23 |
Beyond FoxP3-Identification of a Chicken Regulatory T Cell Signature
2025-Dec, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.70106
PMID:41416935
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术,定义了鸡调节性T细胞的可靠标记物,包括CD4、CD25、CTLA-4和GITR的组合,揭示了其进化保守性和物种特异性差异 | 首次描述了鸡特异性CTLA-4抗体,该抗体仅染色细胞内CTLA-4,区别于哺乳动物,并首次通过单细胞RNA测序确认了富含CTLA4和TNFRSF18表达的FOXP3簇 | CTLA-4的细胞内表达限制了其在功能实验中的应用 | 研究鸡调节性T细胞的表型,以定义可靠的标记物用于其鉴定和表征 | 鸡的CD4脾细胞,包括CD25+、CD25-和CD25亚群 | 免疫学 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2469 | 2025-12-23 |
Multiomics reveals CCL3-driving neuronal sensitization in chronic pruritus of unknown origin
2025-Nov-29, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.620
PMID:41320115
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了慢性不明原因瘙痒中CCL3驱动的神经元敏化机制 | 首次发现CCL3可作为慢性不明原因瘙痒的诊断生物标志物,并揭示了CCL3-CCR1轴作为慢性瘙痒的关键神经免疫通路 | 未在人类中直接验证CCL3-CCR1轴的治疗效果,主要依赖小鼠模型 | 探究慢性不明原因瘙痒的潜在机制并寻找诊断标志物和治疗靶点 | 慢性不明原因瘙痒患者及小鼠慢性干性皮肤瘙痒模型 | 单细胞组学 | 慢性瘙痒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、血浆样本数据 | 慢性不明原因瘙痒患者与健康对照(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2470 | 2025-12-23 |
Spatial Transcriptomics Reveals CXCL12 + Fibroblasts as Central Immune Organizers through CXCR4 Signaling in Abdominal Aortic Aneurysm
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690328
PMID:41357983
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,揭示了腹主动脉瘤中CXCL12+成纤维细胞通过CXCR4信号通路作为免疫组织中心的关键作用 | 首次构建了人类腹主动脉瘤的高分辨率空间转录组图谱,识别了CXCL12+成纤维细胞作为免疫微环境核心组织者的新角色 | 研究为观察性横断面设计,样本量相对较小(11例患者和12例对照),且仅基于福尔马林固定石蜡包埋组织 | 探究腹主动脉瘤中免疫-基质相互作用的分子机制和空间组织 | 腹主动脉瘤患者和对照的主动脉组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 11例腹主动脉瘤患者和12例对照的福尔马林固定石蜡包埋组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学平台 |
| 2471 | 2025-12-23 |
Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690228
PMID:41357981
|
研究论文 | 本文提出了一种名为Amaranth的新型单细胞转录本组装工具,通过区分性建模UMI reads和internal reads,显著提高了单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性 | 首次识别并系统描述了UMI reads和internal reads在链特异性、5'/3'覆盖偏好性和局部分布上的显著差异,并基于此开发了专门针对这两种reads不同偏好的新启发式算法 | 主要针对Smart-seq3协议数据进行了验证,在其他单细胞测序协议上的性能尚未全面评估 | 提高单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性,以支持异构体水平的表达分析 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 区分性建模 | 测序reads | NA | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq3 | Smart-seq3协议,结合UMI-linked reads和internal reads |
| 2472 | 2025-12-23 |
ARCADIA Reveals Spatially Dependent Transcriptional Programs through Integration of scRNA-seq and Spatial Proteomics
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.20.689521
PMID:41332705
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研究论文 | 本文提出了一种名为ARCADIA的生成式框架,用于整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据,以揭示空间依赖的转录程序 | ARCADIA框架无需细胞条形码配对,也不假设特征间的直接对应关系,通过识别模态特异性原型并跨模态对齐这些原型锚点,构建了一个共享坐标系,实现了模态间的双向转换 | NA | 开发一种无需细胞条形码配对和特征直接对应关系的跨模态整合方法,以阐明空间生态位如何塑造转录程序 | 人类扁桃体组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | 变分自编码器 | 单细胞转录组数据, 空间蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 2473 | 2025-12-23 |
Single Cell and Spatial Transcriptomics Identify Novel Immune-Stromal Interactions in Cardiac Allograft Vasculopathy
2025-Nov-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7812112/v1
PMID:41333445
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了心脏同种异体移植血管病变(CAV)中独特的免疫-基质细胞相互作用及其分子特征,并发现I型干扰素介导的炎症通路可能是其发病机制的关键 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,系统描绘了CAV的细胞和转录组景观,并识别出I型干扰素信号通路作为潜在治疗靶点 | 研究样本量有限,且小鼠模型结果需在更大规模临床研究中验证 | 阐明心脏同种异体移植血管病变(CAV)的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 人类冠状动脉样本(CAV、动脉粥样硬化病变及非病变对照)及小鼠CAV模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | RNA测序数据,空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及人类冠状动脉样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 2474 | 2025-12-23 |
A Multimodal Atlas Reveals the Anatomical Distribution of Medium Spiny Neuron Subtypes and a Novel RGS6+ Population in the Primate Striatum
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.16.688724
PMID:41332519
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研究论文 | 本研究结合单核多组学测序和高通量空间转录组学,构建了猕猴纹状体中型多棘神经元(MSN)的综合图谱,揭示了新的神经元亚型和疾病风险关联 | 首次结合单核多组学测序与空间转录组学技术,在灵长类纹状体中识别出两个新的腹侧纹状体MSN亚型(D1-VS-RGS6和D2-VS-RGS6),并揭示了细胞类型特异性与多种神经精神疾病的多基因风险关联 | 研究主要基于猕猴模型,结果向人类直接推广需谨慎;空间转录组学数据虽覆盖广泛,但分辨率可能不足以捕捉所有细胞亚型的细微差异 | 构建灵长类纹状体中型多棘神经元(MSN)的全面细胞图谱,以解析其细胞多样性、空间分布及与神经精神疾病的关联 | 猕猴纹状体中的中型多棘神经元(MSN) | 单细胞组学 | 帕金森病、物质使用障碍、精神分裂症、双相情感障碍 | 单核多组学测序、高通量空间转录组学、ATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、表观基因组数据 | 约540万个空间解析细胞,覆盖纹状体全范围 | NA | 单核多组学测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 2475 | 2025-12-23 |
CBKMR: A Copula-based Bayesian Kernel Machine Regression Framework for Optimal Marker Detection in Omics Data
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.18.689140
PMID:41332520
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研究论文 | 本文提出了一种基于Copula的贝叶斯核机器回归框架CBKMR,用于从组学数据中检测最优生物标志物 | 提出了CBKMR模型,通过Copula方法处理离散结果变量,解决了传统BKMR在离散结果上的推断偏差问题,并引入了基于最近邻高斯过程的NNCBKMR变体以提高计算效率 | 未在摘要中明确说明 | 开发一个能够从高通量组学数据中识别紧凑、可解释的生物标志物集的统计框架 | 组学数据中的基因表达特征 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 贝叶斯核机器回归,Copula模型,高斯过程 | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2476 | 2025-12-23 |
sc4D: spatio-temporal single-cell transcriptomics analysis through embedded optimal transport identifies joint glial response to Alzheimer's disease pathology
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.19.689166
PMID:41332677
|
研究论文 | 本研究提出了一个名为sc4D的生物可解释时空分析框架,用于整合单细胞转录组数据,以研究阿尔茨海默病中的胶质细胞反应 | 开发了首个结合自编码器嵌入与最优传输的时空(4D)分析框架,能够联合建模疾病过程中的复杂动态并推断细胞轨迹 | 当前计算方法在联合建模复杂动态或从扰动实验中推断细胞轨迹方面的能力有限 | 阐明疾病机制并预测能够改善细胞反应的候选干预措施 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的胶质细胞(小胶质细胞和星形胶质细胞) | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学,空间转录组学 | 自编码器,最优传输 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 2477 | 2025-12-23 |
Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Neutrophil Clusters Associated with Autoimmune Neuroinflammation
2025-Nov-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8012709/v1
PMID:41333423
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了与自身免疫性神经炎症相关的嗜中性粒细胞亚群,并发现Saa3/SAA1作为潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次在实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中,通过单细胞RNA测序揭示了嗜中性粒细胞在脑和脊髓中的异质性,并识别出Saa3/SAA1作为新的生物标志物和治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且机制细节需进一步探索 | 探究嗜中性粒细胞在自身免疫性神经炎症中的具体作用及其异质性 | 多发性硬化症(MS)小鼠模型(EAE)中的嗜中性粒细胞 | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠模型中的嗜中性粒细胞样本,包括小脑和脊髓组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2478 | 2025-12-23 |
Transcriptomic Profiling of Bronchial Epithelium Reveals Dysregulated Interferon and Inflammatory Responses to Rhinovirus in Exacerbation-Prone Pediatric Asthma
2025-Oct-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.19.683298
PMID:41279354
|
研究论文 | 本研究通过转录组学分析揭示了易发作性儿童哮喘患者支气管上皮细胞对鼻病毒感染表现出失调的干扰素和炎症反应 | 首次在易发作性儿童哮喘患者中,结合器官型支气管上皮培养、批量与单细胞转录组学及靶向蛋白分析,系统揭示了低基线干扰素水平是宿主对鼻病毒不良反应易感性的可调节因果决定因素 | 研究样本量有限,且主要基于体外培养模型,可能无法完全反映体内复杂环境 | 探究宿主因素对鼻病毒诱导哮喘发作易感性的影响 | 来自哮喘儿童和健康儿童的器官型支气管上皮培养物 | 数字病理学 | 哮喘 | 批量转录组学, 单细胞转录组学, 靶向蛋白分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据 | 来自哮喘儿童和健康儿童的支气管上皮培养物样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2479 | 2025-12-23 |
Induction of menstruation in mice reveals the regulation of menstrual shedding
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681007
PMID:41332577
|
研究论文 | 本研究通过建立转基因小鼠模型,模拟人类月经的关键特征,并利用单细胞空间转录组学揭示了月经前子宫内膜分层和脱落的空间调控新机制 | 首次建立了能够重现人类月经关键特征的转基因小鼠模型,并提出了子宫内膜成纤维细胞空间分化驱动组织分层和脱落的新范式 | 小鼠模型与人类月经生理仍存在差异,研究结果需要进一步在人类样本中验证 | 研究月经过程中子宫内膜选择性脱落的调控机制 | 转基因小鼠的子宫内膜组织 | 单细胞空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞空间转录组学,靶向化学遗传学激活 | 转基因小鼠模型 | 空间转录组数据 | 转基因小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 2480 | 2025-12-23 |
Cmpk2 Protects Against Acute Lung Injury in Mice
2025-Jul-05, Lung
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s00408-025-00829-z
PMID:40616692
|
研究论文 | 本研究探讨了线粒体代谢酶Cmpk2在铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤中的作用及其保护机制 | 首次揭示了Cmpk2通过STING依赖的机制增强中性粒细胞吞噬功能并减轻肺部炎症,从而在急性肺损伤中发挥保护作用 | 研究主要基于小鼠和斑马鱼模型,在人体中的直接验证尚不充分,且STING通路的具体调控机制有待进一步阐明 | 探究Cmpk2在急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征中的功能与分子机制 | Cmpk2基因敲除小鼠、斑马鱼胚胎、ARDS患者样本 | 数字病理学 | 急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISA、GO/KEGG分析、苏木精-伊红染色 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、病理图像、细胞计数数据 | 未明确样本数量,但使用了小鼠模型、斑马鱼胚胎及公共数据库(GEO)中ARDS患者数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |