单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2441	2024-11-08	Reconstructing human brown fat developmental trajectory in vitro 2023-11-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.001 PMID:37647896	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肩胛间棕色脂肪的发育过程，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化轨迹	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了棕色脂肪细胞分化过程中GATA6转录因子的表达，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化	研究主要集中在小鼠模型上，人类棕色脂肪细胞的分化过程可能存在差异	揭示棕色脂肪细胞的发育轨迹，并探索在体外重现人类棕色脂肪细胞分化的方法	小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞的单细胞样本
2442	2024-11-08	Combined inactivation of RB and Hippo converts differentiating Drosophila photoreceptors into eye progenitor cells through derepression of homothorax 2023-11-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.003 PMID:37848027	研究论文	研究了RB和Hippo通路在果蝇光感受器细胞分化中的相互作用	揭示了RB和Hippo通路通过抑制homothorax表达来维持光感受器细胞分化的机制	NA	探讨RB和Hippo通路在细胞增殖和分化中的相互作用机制	果蝇光感受器细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2443	2024-11-08	Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses 2023-Oct-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3384541/v1 PMID:37886581	研究论文	本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架用于单细胞RNA测序分析	本文的创新点在于提出了贝叶斯-频率主义混合框架，以提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	本文的局限性在于仅在一个特例（特发性肺纤维化）中进行了验证，尚未在其他疾病或数据集中进行广泛验证	本文的研究目的是提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	本文的研究对象是单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	肺部疾病	单细胞RNA测序	贝叶斯-频率主义混合框架	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
2444	2024-11-08	Single-nucleus chromatin accessibility identifies a critical role for TWIST1 in idiopathic pulmonary fibrosis myofibroblast activity 2023-07, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00474-2022 PMID:37142338	研究论文	研究通过单核染色质可及性分析，揭示了TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞活性中的关键作用	首次通过单核染色质可及性分析结合单细胞RNA测序数据，精确识别了TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞中的关键转录因子活性	研究样本量较小，仅包括3例特发性肺纤维化患者和2例供体对照	探讨TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞活性中的调控作用	特发性肺纤维化患者的肺组织和肌成纤维细胞	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、单核染色质可及性测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	3例特发性肺纤维化患者和2例供体对照的肺组织，以及10例特发性肺纤维化和8例对照的单细胞RNA测序数据
2445	2024-11-08	Single-cell transcriptomics reveals that tumor-infiltrating natural killer cells are activated by localized ablative immunotherapy and share anti-tumor signatures induced by immune checkpoint inhibitors 2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.02.539163 PMID:37205468	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示肿瘤浸润自然杀伤细胞在局部消融免疫疗法激活下与免疫检查点抑制剂诱导的抗肿瘤特征共享	首次揭示局部消融免疫疗法激活自然杀伤细胞的细胞毒性，并发现上调基因与癌症患者的有益临床结果正相关	NA	探讨自然杀伤细胞在癌症治疗中的激活基因特征和通路	自然杀伤细胞在肿瘤微环境中的转录变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用MMTV-PyMT小鼠模型和人类样本进行分析
2446	2024-11-08	M-CSFR/CSF1R signaling regulates myeloid fates in zebrafish via distinct action of its receptors and ligands 2022-03-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021005459 PMID:34979548	研究论文	研究了斑马鱼中M-CSFR/CSF1R信号通路在髓系细胞分化、增殖和存活中的作用	揭示了Csf1rb在斑马鱼粒细胞生成中的未知作用，并发现Il34信号通过Csf1rb对粒细胞的重要性	NA	探讨斑马鱼中Csf1rs及其配体在胚胎和成年髓系生成中的作用	斑马鱼的Csf1rs及其配体（Csf1a、Csf1b和Il34）在髓系生成中的作用	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年斑马鱼的全肾骨髓（WKM）造血细胞
2447	2024-11-07	CD137 Protein Expression Pattern Determines the Functional Role of Galectin-9 in Colorectal Cancer 2024-Nov-06, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23838 PMID:39503215	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析结直肠癌（CRC）数据，开发了一种新的临床预后工具，并探讨了LGALS9基因作为潜在治疗靶点的可能性	本研究首次基于单细胞测序数据开发了CRC预后评分系统（SDRS），并发现LGALS9在CRC中的表达与CD137密切相关，提示LGALS9可能作为治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类CRC样本中验证SDRS的预后价值和LGALS9的治疗潜力	开发新的CRC临床预后工具，并探索LGALS9作为潜在治疗靶点	结直肠癌（CRC）患者的单细胞测序数据和LGALS9基因及其蛋白Galectin-9的功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	小鼠CRC模型和CRC患者的单细胞测序数据
2448	2024-11-07	Efficient Predictor for Immunotherapy Efficacy: Detecting Pan-Clones Effector Tumor Antigen Antigen-Specific T Cells in Blood by Nanoparticles Loading Whole Tumor Antigens 2024-Nov-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409913 PMID:39498880	研究论文	研究利用纳米颗粒负载的全肿瘤抗原检测血液中泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞，以预测免疫治疗效果	开发了一种新的方法，通过纳米颗粒负载的全肿瘤抗原检测血液中的泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞，以非侵入性方式预测免疫治疗效果	NA	开发一种高效、特异、非侵入性的生物标志物，用于预测免疫治疗在肺癌和其他癌症中的疗效	肺癌患者血液中的效应肿瘤抗原特异性T细胞	数字病理学	肺癌	纳米颗粒技术	NA	血液样本	NA
2449	2024-11-07	Enhanced BMP Signaling Alters Human β-Cell Identity and Function 2024-Nov-05, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400470 PMID:39499224	研究论文	本文研究了增强的BMP信号通路对人类β细胞身份和功能的影响	首次揭示了炎症激活的BMP信号通路对胰腺β细胞的负面影响，并提出BMP信号通路可作为保护β细胞身份和功能的治疗靶点	仅限于体外实验和单细胞转录组分析，缺乏体内实验验证	探讨炎症诱导的β细胞功能障碍与BMP信号通路的关系，寻找潜在的治疗策略	人类胰腺β细胞	NA	糖尿病	单细胞转录组分析，qPCR	NA	基因表达数据	NA
2450	2024-11-07	Application of computational algorithms for single-cell RNA-seq and ATAC-seq in neurodegenerative diseases 2024-Nov-05, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae044 PMID:39500613	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）技术在神经退行性疾病中的应用	本文介绍了将scRNA-seq和scATAC-seq数据整合的计算工具和机器学习方法，以揭示神经退行性疾病中的染色质可及性和基因表达变化	面临数据稀疏性和计算需求等挑战	探讨单细胞技术在神经退行性疾病中的应用，揭示病理机制和潜在治疗靶点	阿尔茨海默病和帕金森病等神经退行性疾病	生物信息学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因组数据	NA
2451	2024-11-07	Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology 2024-Nov-05, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006 PMID:39503694	综述	本文综述了空间多组学技术在皮肤病学中的基本原理、应用、优势、局限性和潜在发展	空间多组学技术能够在单个组织切片中同时可视化基因组、蛋白质组和表观基因组目标，无需标记多个相邻切片	早期工作主要集中在RNA（空间转录组学），但目前技术可以同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质，具有空间分辨的单细胞分辨率	探讨空间多组学技术在皮肤病学研究中的应用潜力	皮肤组织中的基因组、蛋白质组和表观基因组目标	数字病理学	皮肤病	空间多组学技术	NA	基因组、蛋白质组和表观基因组数据	NA
2452	2024-11-07	Inhibition of SUMOylation Induces Adaptive Antitumor Immunity against Pancreatic Cancer through Multiple Effects on the Tumor Microenvironment 2024-Nov-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0572 PMID:39150446	研究论文	研究通过抑制SUMOylation诱导胰腺癌的适应性抗肿瘤免疫，并探讨其在肿瘤微环境中的多重效应	首次探讨了SUMOylation抑制在胰腺癌肿瘤微环境中对适应性抗肿瘤免疫的影响	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在临床试验中验证	探索改善胰腺导管腺癌患者预后的新治疗靶点	胰腺导管腺癌及其肿瘤微环境	NA	胰腺癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	使用临床相关的小鼠胰腺癌模型进行研究
2453	2024-11-07	CRISPR Screening of Transcribed Super-Enhancers Identifies Drivers of Triple-Negative Breast Cancer Progression 2024-Nov-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3995 PMID:39186674	研究论文	研究通过CRISPR筛选转录超级增强子，识别三阴性乳腺癌进展的驱动因素	系统分析了三阴性乳腺癌特异性转录增强子的调控机制及其非编码增强子RNA（eRNA）转录本，并使用高吞吐量CRISPR干扰实验结合RNA测序，无偏倚地检测了全基因组的目标基因	NA	探讨eRNA产生的超级增强子如何驱动基因表达网络，从而影响三阴性乳腺癌的生物学特性	三阴性乳腺癌（TNBC）的转录超级增强子及其eRNA转录本	数字病理学	乳腺癌	CRISPR干扰、RNA测序、Hi-C染色质相互作用图谱、单细胞RNA测序、高吞吐量测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
2454	2024-11-07	HiDDEN: a machine learning method for detection of disease-relevant populations in case-control single-cell transcriptomics data 2024-Nov-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53666-8 PMID:39487129	研究论文	本文介绍了一种名为HiDDEN的机器学习方法，用于在病例对照单细胞转录组数据中检测与疾病相关的细胞群体	HiDDEN方法能够改进病例对照标签，准确反映每个细胞的扰动状态，从而在模拟数据和实际数据中表现出优于标准分析流程的能力	标准单细胞分析方法在受影响子集较小或扰动强度较弱时无法有效隔离受影响的病例细胞及其标记	开发一种能够准确检测病例对照单细胞转录组数据中与疾病相关细胞群体的方法	病例对照单细胞转录组数据中的细胞群体及其与疾病相关的扰动状态	机器学习	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括人类多发性骨髓瘤前体条件数据和鼠类脱髓鞘模型数据
2455	2024-11-07	Single-cell sequencing: Current applications in various tuberculosis specimen types 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13698 PMID:38956399	综述	本文综述了单细胞测序技术在结核病研究中的应用，特别是其在分析不同来源结核病样本中的应用	单细胞测序技术具有高分辨率，能够超越传统技术，揭示与结核病发病机制相关的免疫细胞亚群的组成和比例	NA	探讨单细胞测序技术在结核病研究中的临床应用潜力	结核病样本，主要包括外周血和肺部样本	数字病理学	结核病	单细胞测序	NA	细胞	NA
2456	2024-11-07	Combined lineage tracing and scRNA-seq reveal the activation of Sox9+ cells in renal regeneration with PGE2 treatment 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13679 PMID:38801100	研究论文	研究揭示了PGE2处理下Sox9+细胞在肾再生中的激活机制	首次结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了PGE2在急性肾损伤后激活Sox9+细胞并促进其分化为近端小管上皮细胞的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	揭示内源性再生和修复机制，开发针对驻留干细胞谱系的特定疗法	Sox9+干细胞在急性肾损伤后的命运决定机制	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	Sox9谱系追踪小鼠模型中的样本
2457	2024-11-07	Macrophages in the infarcted heart acquire a fibrogenic phenotype, expressing matricellular proteins, but do not undergo fibroblast conversion 2024-Nov, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.07.010 PMID:39089570	研究论文	研究探讨了心肌梗死后巨噬细胞是否转化为成纤维细胞及其对细胞外基质表达的影响	首次通过谱系追踪和单细胞转录组学方法，证明了心肌梗死后的巨噬细胞并未转化为成纤维细胞，但表达多种促纤维化基质蛋白	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类心肌梗死的数据	验证心肌梗死后巨噬细胞是否转化为成纤维细胞，并分析其细胞外基质表达特征	心肌梗死后的巨噬细胞及其细胞外基质表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠心肌梗死模型
2458	2024-11-07	Beyond the Heartbeat: Single-Cell Omics Redefining Cardiovascular Research 2024-Nov, Current cardiology reports IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s11886-024-02117-3 PMID:39158785	综述	本文综述了单细胞组学技术在人类心脏各个区域的应用，揭示了细胞多样性、调控网络和疾病机制	单细胞组学技术在心脏研究中的应用，揭示了心脏细胞组成、细胞类型异质性和分子动力学	NA	探索单细胞组学技术在心脏研究中的最新进展	人类心脏的细胞多样性、调控网络和疾病机制	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、基因组学、蛋白质组学、表观基因组学和空间转录组学	NA	细胞	NA
2459	2024-11-07	Immunologic Profiling of CSF in Subarachnoid Neurocysticercosis Reveals Specific Interleukin-10-Producing Cell Populations During Treatment 2024-Nov, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200320 PMID:39475624	研究论文	研究了在治疗期间，蛛网膜下腔神经囊虫病（SANCC）患者脑脊液（CSF）中免疫细胞群体的特征，特别是IL-10产生细胞的分布和作用	首次全面分析了SANCC患者CSF和外周血中IL-10产生细胞的多样性和动态变化	样本量较小，仅包括5名患者，可能影响结果的普遍性	深入理解SANCC的免疫学机制，特别是IL-10在治疗过程中的作用	SANCC患者的脑脊液和外周血中的免疫细胞群体	NA	神经囊虫病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	细胞	5名SANCC患者，共8份脑脊液样本和4份匹配的外周血样本
2460	2024-11-07	Molecular Profiling Defines Three Subtypes of Synovial Sarcoma 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404510 PMID:39257029	研究论文	本研究通过RNA和靶向DNA测序分析了91个滑膜肉瘤样本，确定了三种分子亚型，并探讨了其与临床特征的关系	首次通过分子谱分析定义了滑膜肉瘤的三种亚型，并揭示了其与临床预后的关联	样本量相对较小，可能需要更大规模的验证	阐明驱动滑膜肉瘤表型多样性的基因组事件	滑膜肉瘤的分子亚型及其与临床特征的关系	数字病理学	软组织肉瘤	RNA测序和靶向DNA测序	NA	基因表达数据	91个肿瘤样本来自55名患者