单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2421	2024-11-08	SARS-CoV-2 infection modifies the transcriptome of the megakaryocytes in the bone marrow 2024-06-11, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012367 PMID:38522092	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2感染对骨髓中巨核细胞转录组的影响	首次揭示了SARS-CoV-2感染在系统性炎症期间对骨髓巨核细胞转录组的显著影响，并发现这些变化与细胞靠近窦状血管的距离无关	研究仅限于小鼠模型，未检测到SARS-CoV-2 RNA在骨髓中的存在	探究SARS-CoV-2感染是否会影响骨髓中巨核细胞的转录组	骨髓中的巨核细胞	数字病理学	COVID-19	空间转录组学	机器学习	转录组数据	健康小鼠和COVID-19小鼠的骨髓巨核细胞
2422	2024-11-08	Development of novel lysosome-related signatures and their potential target drugs based on bulk RNA-seq and scRNA-seq for diabetic foot ulcers 2024-06-11, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00629-1 PMID:38862997	研究论文	本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别了与糖尿病足溃疡（DFU）相关的1393个差异表达基因（DEGs），并利用机器学习算法筛选出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并验证了其诊断性能。此外，通过靶向这些标志物，发现了latamoxef、parthenolide、meclofenoxate和lomustine作为潜在的抗DFU药物。	本研究首次通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据结合机器学习算法，识别出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并发现了潜在的抗DFU药物。	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此结果的临床应用仍需进一步验证。	识别糖尿病足溃疡（DFU）的新型分子标志物和潜在治疗药物，以改善DFU患者的预后和降低致残率。	糖尿病足溃疡（DFU）及其相关分子标志物和治疗药物。	数字病理学	糖尿病	RNA-seq	人工神经网络	RNA序列	NA
2423	2024-11-08	Pan-cancer analysis of CDKN2A alterations identifies a subset of gastric cancer with a cold tumor immune microenvironment 2024-05-31, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00615-7 PMID:38822443	研究论文	研究探讨了CDKN2A突变和缺失与泛癌种中免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联	发现CDKN2A突变和缺失与免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联，并揭示了CDKN2A突变和缺失对肿瘤免疫微环境的影响	研究样本主要来自四个队列，可能存在样本偏倚；未详细探讨CDKN2A突变和缺失的具体机制	确定CDKN2A突变和缺失与泛癌种中总体生存期及免疫检查点抑制剂治疗反应的关联	CDKN2A突变和缺失在泛癌种中的作用及其对免疫检查点抑制剂治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	肿瘤测序	NA	基因组数据	45,000名肿瘤患者
2424	2024-11-08	Characterization of the responses of brain macrophages to focused ultrasound-mediated blood-brain barrier opening 2024-May, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01107-0 PMID:37857722	研究论文	研究聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞的影响	首次使用单细胞测序技术分析了微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞在聚焦超声介导的血脑屏障开放后的不同反应	研究仅在老鼠模型中进行，结果可能不适用于人类	探讨聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞的影响及其在神经退行性疾病治疗中的潜在应用	微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	老鼠模型
2425	2024-11-08	A Multimodal Omics Framework to Empower Target Discovery for Cardiovascular Regeneration 2024-Apr, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-023-07484-7 PMID:37421484	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序技术在多物种和多发育阶段中研究健康和受损心脏的发现，并提出了一种多物种、多组学的元分析框架，以推动心血管再生新靶点的发现	提出了一个多物种、多组学的元分析框架，以推动心血管再生新靶点的发现	NA	推动心血管再生新靶点的发现	健康和受损心脏的细胞转录组	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组	多物种和多发育阶段的样本
2426	2024-11-08	Histone modification-linked prognostic model for ovarian cancer reveals LBX2 as a novel growth promoter 2024-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18260 PMID:38520216	研究论文	研究探讨了组蛋白修饰相关基因在卵巢癌患者预后预测中的作用	构建了基于组蛋白修饰相关基因的风险评分模型，并发现LBX2作为卵巢癌的新型生长促进因子	NA	研究组蛋白修饰相关基因在卵巢癌预后预测中的作用	卵巢癌患者的预后预测	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	Lasso回归	转录组数据	多个队列的bulk RNA-Seq数据和单细胞scRNA-Seq数据
2427	2024-11-08	Prognostic and immunotherapeutic potential of regulatory T cell-associated signature in ovarian cancer 2024-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18248 PMID:38520220	研究论文	本文研究了卵巢癌中调节性T细胞相关基因的预后和免疫治疗潜力	利用单细胞RNA测序和机器学习算法，开发了一种新的调节性T细胞相关签名（TAS），用于预测卵巢癌患者的预后和免疫治疗反应	NA	探讨调节性T细胞在卵巢癌中的预后和免疫治疗潜力	卵巢癌患者的调节性T细胞相关基因	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	随机生存森林（RSF）和最小绝对收缩与选择算子（LASSO）	基因表达数据	365个调节性T细胞相关基因，其中70个与卵巢癌预后相关
2428	2024-11-08	Construction of a prognostic model with CAFs for predicting the prognosis and immunotherapeutic response of lung squamous cell carcinoma 2024-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18262 PMID:38520221	研究论文	构建基于癌症相关成纤维细胞（CAFs）的预测模型，用于预测肺鳞状细胞癌（LUSC）的预后和免疫治疗反应	首次基于单细胞RNA测序数据对CAFs进行分类，并开发了一个具有显著预后相关性的预测模型，用于预测LUSC的预后和免疫治疗反应	NA	开发一个预测模型，用于评估肺鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	肺鳞状细胞癌（LUSC）患者的预后和免疫治疗反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox比例风险模型	基因表达数据	NA
2429	2024-11-08	InPACT: a computational method for accurate characterization of intronic polyadenylation from RNA sequencing data 2024-Mar-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46875-8 PMID:38519498	研究论文	提出了一种名为InPACT的计算方法，用于从RNA测序数据中准确表征内含子多聚腺苷酸化	InPACT能够从常规RNA-seq数据中精确表征内含子多聚腺苷酸化，并成功识别出许多先前未注释的内含子多聚腺苷酸化转录本	NA	开发一种可靠的方法来准确表征内含子多聚腺苷酸化	内含子多聚腺苷酸化转录本及其在不同细胞类型中的表达	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	人类细胞、单细胞RNA测序数据
2430	2024-11-08	Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness 2024-Mar-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.04.583333 PMID:38496661	研究论文	研究探讨了光线和多巴胺如何影响果蝇的昼夜节律神经元，促进早晨的清醒	首次揭示了光线通过调节多巴胺受体Dop1R1的mRNA水平，影响果蝇早晨清醒的机制	研究仅限于果蝇模型，尚未在哺乳动物中验证	探讨光线和多巴胺对果蝇早晨清醒的影响机制	果蝇的昼夜节律神经元和多巴胺受体Dop1R1	神经科学	NA	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、活体成像	NA	mRNA表达数据	17组昼夜节律神经元，包括两组特定的侧神经元(LNs)
2431	2024-11-08	Enhancing prognostic power in multiple myeloma using a plasma cell signature derived from single-cell RNA sequencing 2024-03-06, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01024-8 PMID:38443358	研究论文	利用单细胞RNA测序数据开发了一种新的浆细胞基因特征，并评估了其在多发性骨髓瘤中的预后能力	开发了一种新的浆细胞基因特征（PBM评分），该评分在多发性骨髓瘤中的预后效果独立于现有的国际分期系统（ISS）和修订ISS（R-ISS）	NA	提高多发性骨髓瘤的预后能力	多发性骨髓瘤及其相关浆细胞恶性肿瘤	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2115个样本，包括1978个多发性骨髓瘤、65个意义未明的单克隆丙种球蛋白病、35个冒烟型多发性骨髓瘤和37个健康对照
2432	2024-11-08	PPARγ Attenuates Cellular Senescence of Alveolar Macrophages in Asthma- COPD Overlap 2024-Mar-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4009724/v1 PMID:38496493	研究论文	研究探讨了哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠（ACO）中肺泡巨噬细胞的细胞衰老及其调控基因PPARγ的作用	首次揭示了PPARγ在调节ACO患者肺泡巨噬细胞衰老中的关键作用，并提出其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于公共单细胞RNA测序数据和独立队列研究的bulk RNA-Seq及CyTOF数据，缺乏体内实验验证	探讨ACO中主要炎症细胞及其细胞衰老情况，并揭示调控衰老的关键基因	ACO患者的肺组织和支气管肺泡灌洗液中的巨噬细胞	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、bulk RNA-Seq、CyTOF	NA	RNA序列数据	ACO患者肺组织样本及支气管肺泡灌洗液样本
2433	2024-11-08	A Panoramic View of Cell Population Dynamics in Mammalian Aging 2024-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.01.583001 PMID:38496474	研究论文	本文介绍了PanSci，一个包含超过2000万个细胞的单细胞转录组图谱，涵盖了623个不同生命阶段、性别和基因型的鼠类组织样本，以揭示哺乳动物衰老过程中的细胞群体动态变化	本文首次提供了全面的单细胞转录组数据，揭示了衰老过程中细胞动态变化的时空结构和器官特异性变化	NA	揭示哺乳动物衰老过程中全身细胞群体的动态变化	鼠类不同器官和生命阶段的细胞群体	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	623个鼠类组织样本，包含超过2000万个细胞
2434	2024-11-08	Diverse macrophage populations contribute to distinct manifestations of human cutaneous graft-versus-host disease 2024-02-16, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljad402 PMID:38010706	研究论文	研究了不同巨噬细胞群体在人类皮肤移植物抗宿主病中的不同表现	首次详细描述了单核吞噬细胞在急性皮肤移植物抗宿主病中的身份、起源和功能，并揭示了其在不同临床亚型中的动态作用	研究样本量较小，且仅限于急性皮肤移植物抗宿主病，可能无法全面反映所有类型移植物抗宿主病的情况	研究单核吞噬细胞在急性皮肤移植物抗宿主病中的作用，以期为治疗提供新策略	急性皮肤移植物抗宿主病患者中的单核吞噬细胞	NA	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序和多重组织免疫荧光	NA	RNA	36名急性皮肤移植物抗宿主病患者
2435	2024-11-08	Inflammatory Mediators Suppress FGFR2 Expression in Human Keratinocytes to Promote Inflammation 2024, Molecular and cellular biology IF:3.2Q3 DOI:10.1080/10985549.2024.2399766 PMID:39340759	研究论文	研究探讨了炎症介质如何抑制人角质形成细胞中FGFR2的表达以促进炎症	首次揭示了FGFR2在人角质形成细胞中抑制炎症的关键作用，并提出了FGFR2下调在特应性皮炎及其他炎症性疾病发病机制中的潜在作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探讨FGFR2在人角质形成细胞中的功能及其在炎症性疾病中的作用	人角质形成细胞及特应性皮炎患者皮肤样本	NA	特应性皮炎	CRISPR/Cas9基因编辑技术，RNA测序	NA	RNA	体外培养的人角质形成细胞及特应性皮炎患者皮肤样本
2436	2024-11-08	Single-Cell Transcriptomics Reveals STAT1 Drives LHPP Downregulation in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression 2024 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338241293485 PMID:39497541	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据探讨了食管鳞状细胞癌（ESCC）中STAT1对LHPP下调的驱动作用	发现了STAT1在ESCC发病机制中对LHPP表达的调控作用，揭示了STAT1与LHPP之间的复杂调控回路	NA	探索食管鳞状细胞癌（ESCC）的分子机制和细胞动力学，特别是转录因子STAT1及其与LHPP的调控关系	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者及其细胞系	数字病理学	食管癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	21名ESCC患者
2437	2024-11-08	Approaches for Benchmarking Single-Cell Gene Regulatory Network Methods 2024, Bioinformatics and biology insights IF:2.3Q3 DOI:10.1177/11779322241287120 PMID:39502448	研究论文	本文讨论了单细胞基因调控网络方法的基准测试方法	本文首次全面讨论了基准测试方法，并提出了替代的基准数据集和额外的考虑因素	本文未具体讨论每种方法的优缺点，而是集中在基准测试方法的讨论上	探讨单细胞基因调控网络方法的基准测试方法	单细胞基因调控网络方法	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	基因数据	NA
2438	2024-11-08	Ustekinumab affects myofibroblast metabolism to alleviate intestinal fibrosis by targeting KDELC1 in Crohn's disease through multi-machine learning combined with single-cell sequencing analysis 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1476592 PMID:39502647	研究论文	本研究通过多机器学习结合单细胞测序分析，探讨了乌司奴单抗通过靶向KDELC1基因缓解克罗恩病肠道纤维化的机制	首次揭示了乌司奴单抗通过靶向KDELC1基因影响肌成纤维细胞代谢，从而缓解肠道纤维化的机制	研究样本量较小，且仅限于克罗恩病患者，未来需扩大样本量并验证在其他疾病中的适用性	探讨乌司奴单抗在克罗恩病中缓解肠道纤维化的遗传机制	克罗恩病患者的肠道组织及健康对照组的肠道组织	生物信息学	克罗恩病	单细胞测序	随机森林	基因表达数据	克罗恩病患者和健康对照组的内镜手术标本
2439	2024-11-08	Histamine and Th2 cytokines independently and synergistically upregulate MMP12 expression in human M2 macrophages 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1429009 PMID:39502691	研究论文	研究探讨了组胺和Th2细胞因子在人M2巨噬细胞中独立及协同上调MMP12表达的机制	揭示了Th2细胞因子和组胺调控MMP12表达的新机制，可能影响特应性皮炎皮肤屏障稳态	NA	研究MMP12在特应性皮炎皮肤病变中的表达及其调控机制	特应性皮炎患者的皮肤病变和健康个体的M2巨噬细胞	NA	特应性皮炎	RNA测序 (scRNA-seq), 定量PCR, ELISA	NA	RNA	特应性皮炎患者和健康个体的M2巨噬细胞样本
2440	2024-11-08	Wound-healing plasticity enables clonal expansion of founder progenitor cells in colitis 2023-11-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.011 PMID:37652012	研究论文	研究揭示了急性小鼠结肠炎中，伤口愈合过程中的克隆扩展机制	首次通过三维成像、定量命运图谱和单细胞转录组学揭示了伤口愈合过程中上皮细胞的非增殖可塑状态及其对克隆扩展的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨慢性结肠损伤和炎症中克隆扩展的机制	急性小鼠结肠炎中的上皮细胞和创始前体细胞	NA	NA	三维成像、定量命运图谱、单细胞转录组学	NA	图像、转录组数据	小鼠模型