单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
24301	2024-08-09	Barcoded viral tracing of single-cell interactions in central nervous system inflammation 2021-04-23, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abf1230 PMID:33888612	研究论文	本文开发了一种名为RABID-seq的技术，结合条形码病毒追踪和单细胞RNA测序，用于研究中枢神经系统炎症中的星形胶质细胞相互作用	RABID-seq技术首次结合条形码病毒追踪和单细胞RNA测序，用于在体内研究星形胶质细胞相互作用	NA	研究星形胶质细胞在中枢神经系统炎症中的相互作用及其潜在的治疗靶点	星形胶质细胞和微胶质细胞的相互作用	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
24302	2024-08-09	A fetal wave of human type 3 effector γδ cells with restricted TCR diversity persists into adulthood 2021-04-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abf0125 PMID:33893173	研究论文	本文通过高通量测序和单细胞RNA测序等技术，研究了人类胎儿和成人血液中γδ T细胞的多样性和功能特性	首次揭示了人类胎儿期和成人期存在具有半不变Vγ9Vδ2 TCR的功能性不同的先天样效应γδ T细胞波	NA	探究人类胎儿和成人血液中γδ T细胞的多样性和功能特性	γδ T细胞	免疫学	NA	高通量测序, 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术, TCR测序	NA	血液样本	新生儿和成人血液样本
24303	2024-08-09	scSensitiveGeneDefine: sensitive gene detection in single-cell RNA sequencing data by Shannon entropy 2021-Apr-22, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04136-1 PMID:33888056	研究论文	本研究开发了一种基于变异系数排名和香农熵的方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别敏感基因，并验证了该方法的有效性	首次提出使用变异系数排名和香农熵来识别敏感基因，这些基因对环境刺激有高度敏感性，可能对细胞类型注释产生重大影响	NA	揭示细胞中随机基因表达模式的普遍性，比较细胞标记基因、管家基因和敏感基因之间的差异，并改进无监督聚类的结果	单细胞RNA测序数据中的敏感基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11个来自不同人体组织的单细胞数据集
24304	2024-08-09	Two reactive behaviors of chondrocytes in an IL-1β-induced inflammatory environment revealed by the single-cell RNA sequencing 2021-04-20, Aging DOI:10.18632/aging.202857 PMID:33879632	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了在IL-1β诱导的炎症环境中体外扩增的软骨细胞的异质性反应	本研究首次揭示了在IL-1β诱导的炎症环境中，软骨细胞通过两种不同的路径转化为具有骨关节炎表型和促炎特性的终端细胞簇	研究仅限于体外实验，尚未在体内环境中验证这些发现	探究在IL-1β诱导的炎症环境中体外扩增的软骨细胞的异质性反应	人关节软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	体外扩增的人关节软骨细胞，处理时间为0、24和48小时
24305	2024-08-09	XYZeq: Spatially resolved single-cell RNA sequencing reveals expression heterogeneity in the tumor microenvironment 2021-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abg4755 PMID:33883145	研究论文	本文介绍了XYZeq工作流程，该流程将空间元数据编码到单细胞RNA测序库中，以揭示肿瘤微环境中细胞表达的异质性	XYZeq工作流程的创新之处在于它能够捕获空间条形码转录组，从而提供细胞在解剖空间中的功能信息	NA	研究目的是更好地理解个体细胞在解剖空间中的功能	研究对象包括小鼠肿瘤模型中的细胞类型和状态	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数万个细胞
24306	2024-08-09	Single-cell analyses reveal SARS-CoV-2 interference with intrinsic immune response in the human gut 2021-04, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202110232 PMID:33904651	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究，揭示了SARS-CoV-2感染人肠道后对固有免疫反应的干扰	发现了SARS-CoV-2感染肠道细胞后抑制自分泌干扰素作用，限制了干扰素刺激基因的表达	NA	探究SARS-CoV-2感染人肠道后触发的抗病毒程序	SARS-CoV-2感染的肠道类器官	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
24307	2024-08-09	Non-linear Normalization for Non-UMI Single Cell RNA-Seq 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.612670 PMID:33897755	研究论文	本文介绍了一种非线性归一化方法，用于处理非UMI单细胞RNA测序数据中的技术噪声	提出了一种细胞和基因特异性的非线性归一化方法，能够更有效地减少技术变异而不影响生物变异	NA	开发一种新的归一化方法，以减少单细胞RNA测序数据中的技术噪声	单细胞RNA测序数据中的技术噪声	基因组学	NA	单细胞RNA测序	非线性归一化方法	基因表达数据	NA
24308	2024-08-09	LGR6 marks nephron progenitor cells 2021-11, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.346 PMID:33848015	研究论文	本文识别了LGR6作为肾元前体细胞（NPCs）的标记物，并探讨了其在胚胎肾发生中的多重命运及其潜在的再生能力	首次鉴定LGR6为正在进行间充质向上皮转变（MET）的NPCs的标记物	NA	研究LGR6在肾元前体细胞分化和胚胎肾发生中的作用	肾元前体细胞（NPCs）及其在胚胎和出生后肾发生中的作用	NA	NA	共聚焦成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA序列	胚胎移植体
24309	2024-08-09	Identification of a novel subset of alveolar type 2 cells enriched in PD-L1 and expanded following pneumonectomy 2021-10, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.04168-2020 PMID:33863742	研究论文	本研究通过流式细胞术、定量PCR、ATAC-seq、基因阵列、肺切除术和精确切割肺切片培养等方法，鉴定了在小鼠中存在一种新的肺泡II型细胞亚群，该亚群在肺切除术后扩增并表达PD-L1。	本研究首次鉴定了在小鼠中存在一种新的肺泡II型细胞亚群，该亚群在肺切除术后扩增并表达PD-L1，并提供了人类中存在此类细胞的证据。	NA	鉴定新的肺泡II型细胞亚群并研究其在肺再生中的作用。	小鼠和人类的肺泡II型细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC-seq	NA	基因表达数据	小鼠和人类肺组织样本
24310	2024-08-09	Elucidating transcriptomic profiles from single-cell RNA sequencing data using nature-inspired compressed sensing 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab125 PMID:33855366	研究论文	本文介绍并比较了四种基于自然启发优化算法的压缩感知框架，以提高单细胞RNA测序数据中转录组剖面的质量	提出了四种新的压缩感知框架（CSCS, ABCCS, BACS 和 FACS），并通过实验证明了FACS方法在多个数据集上的优越性能	未明确提及	改进单细胞RNA测序数据处理中的压缩感知技术	单细胞RNA测序数据中的转录组剖面	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	压缩感知	基因表达数据	九个不同的数据集
24311	2024-08-09	Deep learning of gene relationships from single cell time-course expression data 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab142 PMID:33876191	研究论文	本文利用单细胞时间序列表达数据，开发了一种新的深度学习方法来推断基因间的调控和信号关系	提出了一种新的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）表达数据编码方法，并在此基础上开发了用于时间序列数据交互预测的深度学习模型	NA	开发新的计算方法来分析单细胞时间序列基因表达数据，以推断基因间的相互作用	单细胞时间序列基因表达数据	机器学习	NA	scRNA-Seq	卷积神经网络（CNN）和循环神经网络（RNN）	时间序列数据	五种不同的单细胞时间序列scRNA-Seq数据集
24312	2024-08-09	Determinants of Response and Intrinsic Resistance to PD-1 Blockade in Microsatellite Instability-High Gastric Cancer 2021-09, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-0219 PMID:33846173	研究论文	本研究探讨了微卫星不稳定性高（MSI-H）胃癌对PD-1抑制剂反应的决定因素和内在抵抗机制	通过结合全外显子测序和单细胞RNA测序，识别了肿瘤动态进化和T细胞受体多样性与治疗反应的关系	研究仅限于MSI-H胃癌患者，且为单臂II期试验，需要进一步验证和扩展	揭示MSI-H胃癌对PD-1抑制剂的反应异质性，并探索提高反应性的策略	MSI-H胃癌患者及其肿瘤和血液样本	数字病理学	胃癌	全外显子测序（WES），单细胞RNA测序	NA	组织样本，血液样本	包括多个MSI-H胃癌患者的组织和血液样本
24313	2024-08-09	Downregulation of TGR5 (GPBAR1) in biliary epithelial cells contributes to the pathogenesis of sclerosing cholangitis 2021-09, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2021.03.029 PMID:33872692	研究论文	本文研究了胆管上皮细胞中TGR5（GPBAR1）表达下调对硬化性胆管炎发病机制的影响	发现TGR5在胆管上皮细胞中的表达减少促进了反应性胆管上皮细胞表型的形成，加重了胆管损伤，并揭示了norUDCA恢复胆管TGR5表达水平的新机制	NA	探讨TGR5表达变化在原发性硬化性胆管炎发病机制中的作用	胆管上皮细胞中的TGR5表达及其在原发性硬化性胆管炎中的作用	NA	硬化性胆管炎	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	mRNA和蛋白质水平	使用了来自不同小鼠模型的胆管上皮细胞和肝脏组织样本
24314	2024-08-09	A comprehensive transcriptome signature of murine hematopoietic stem cell aging 2021-08-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2020009729 PMID:33876187	研究论文	本研究通过分析16个已发表和未发表的数据集，探讨了衰老小鼠造血干细胞（HSC）中是否存在一致的转录失调模式	发现了核心且稳健的HSC衰老标志，并揭示了失调的衰老基因主要由膜相关转录本组成，包括许多先前未与HSC生物学相关联的细胞表面分子	研究中存在显著的个体研究间异质性	确定衰老小鼠造血干细胞中是否存在一致的转录失调模式	衰老小鼠的造血干细胞	NA	NA	单细胞转录组学分析	NA	转录组数据	16个数据集
24315	2024-08-09	Spatial tissue profiling by imaging-free molecular tomography 2021-08, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00879-7 PMID:33875865	研究论文	本文介绍了一种无需成像的分子断层扫描框架，通过将样本切成薄条并进行后续图像重建，实现组织内高通量读数的空间定位	提出了一种无需成像的空间转录组学技术（STRP-seq），并成功应用于小鼠大脑和澳大利亚鬃狮蜥大脑的空间转录组分析	NA	开发一种新的空间解析组学分析技术，无需特定检测策略或专业仪器	小鼠大脑和澳大利亚鬃狮蜥大脑的空间转录组	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	小鼠大脑和澳大利亚鬃狮蜥大脑样本
24316	2024-08-09	Tenascin-C-mediated suppression of extracellular matrix adhesion force promotes entheseal new bone formation through activation of Hippo signalling in ankylosing spondylitis 2021-07, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/annrheumdis-2021-220002 PMID:33858850	研究论文	本研究旨在探讨tenascin-C（TNC）在附着点新骨形成中的作用及其分子机制	首次揭示了TNC通过抑制细胞外基质（ECM）的粘附力并激活Hippo信号通路，促进附着点新骨形成	NA	识别tenascin-C在附着点新骨形成中的作用及其分子机制	来自强直性脊柱炎患者的韧带组织样本及动物模型	NA	强直性脊柱炎	免疫组织化学染色、单细胞RNA测序、原子力显微镜	NA	组织样本、RNA序列	来自强直性脊柱炎患者的韧带组织样本及DBA/1模型动物
24317	2024-08-09	Novel antigens of CAR T cell therapy: New roads; old destination 2021-Jul, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2021.101079 PMID:33862524	综述	本文综述了针对新型肿瘤抗原的CAR-T细胞疗法的最新进展及其在临床上的抗肿瘤成就	利用生物信息学和细胞生物学的新技术，如单细胞RNA测序，发现新的肿瘤抗原，为CAR-T疗法在实体瘤治疗中提供新的靶点	CAR-T疗法在实体瘤治疗中仍面临肿瘤抗原不明确、免疫抑制性肿瘤微环境和CAR-T细胞浸润不良等挑战	探讨和总结针对新型肿瘤抗原的CAR-T疗法的开发及其临床应用	CAR-T细胞疗法及其在治疗复发/难治性B细胞急性淋巴细胞白血病、弥漫大B细胞淋巴瘤、多发性骨髓瘤和套细胞淋巴瘤中的应用	免疫治疗	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
24318	2024-08-09	A single cell atlas of human cornea that defines its development, limbal progenitor cells and their interactions with the immune cells 2021-07, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2021.03.010 PMID:33865984	研究论文	本文通过单细胞分析技术，构建了人类角膜从胚胎到成年的全面单细胞图谱，并揭示了角膜发育、边缘祖细胞及其与免疫细胞的相互作用。	首次通过单细胞RNA测序和ATAC测序技术，详细描绘了人类角膜及其相邻结膜细胞类型的发育过程，并发现了一种新的边缘祖细胞表面标记物GPHA2。	NA	旨在通过单细胞分析技术，深入理解角膜发育过程及其与免疫细胞的相互作用，为眼表疾病的诊断和治疗提供新的见解。	人类角膜及其相邻结膜的细胞类型，特别是边缘祖细胞和免疫细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和ATAC测序	UMAP和Seurat图谱聚类	细胞	21,343个细胞来自四个成年人类角膜和相邻结膜，89,897个细胞来自胚胎和胎儿角膜
24319	2024-08-09	Activation of Sympathetic Signaling in Macrophages Blocks Systemic Inflammation and Protects against Renal Ischemia-Reperfusion Injury 2021-Jul, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2020121723 PMID:33875568	研究论文	本研究探讨了交感神经系统信号在巨噬细胞中的激活对LPS诱导的脓毒症和肾脏缺血再灌注损伤的影响	发现β2-肾上腺素能受体信号在巨噬细胞中的激活通过诱导Tim3表达，引起抗炎表型改变，从而保护肾脏免受缺血再灌注损伤	NA	研究交感神经系统信号在巨噬细胞中的作用及其对炎症性疾病的影响	巨噬细胞中的交感神经系统信号、LPS诱导的脓毒症、肾脏缺血再灌注损伤	NA	肾脏疾病	RNA测序	NA	RNA	使用小鼠巨噬细胞系进行实验
24320	2024-08-09	Spatial transcriptomics of the nematode Caenorhabditis elegans using RNA tomography 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100411 PMID:33870220	研究论文	本文介绍了使用RNA断层扫描技术对线虫秀丽隐杆线虫进行空间转录组学分析的方法	结合mRNA测序和冷冻切片技术，实现了基因表达的空间解析	NA	开发适用于线虫的近细胞分辨率的前后基因表达图谱	线虫秀丽隐杆线虫的基因表达	数字病理学	NA	RNA断层扫描（tomo-seq）	NA	基因表达数据	NA