单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2401	2025-06-13	An individualized stemness-related signature to predict prognosis and immunotherapy responses for gastric cancer using single-cell and bulk tissue transcriptomes 2024-01, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.6908 PMID:38168907	研究论文	开发了一种基于胃癌干细胞特性的个体化特征签名，用于预测预后和免疫治疗反应	利用单细胞RNA-Seq数据和批量组织转录组数据，开发了一种能够逐个分析患者个体化特征的签名，克服了批次效应问题	研究依赖于现有的单细胞和批量转录组数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	开发一个个体化的胃癌干细胞相关特征签名，用于预测患者预后和免疫治疗效果	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-Seq, 批量组织转录组分析	NA	转录组数据	多个独立测试数据集中的胃癌样本
2402	2025-06-13	Abomasal RNA-seq reveals a strong local cellular response in suckling lambs with resistance against Haemonchus contortus 2023-11, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2023.06.008 PMID:37673202	研究论文	通过RNA测序分析比较了抗性和易感性羊羔对Haemonchus contortus感染的黏膜转录组差异	首次利用单细胞RNA测序数据注释差异表达基因，揭示了抗性羊羔中内皮细胞和簇细胞的显著表达增加及其在抗性机制中的作用	样本量较小（每种羊羔各4只），且研究仅针对特定年龄段的羊羔	探索羊羔对Haemonchus contortus感染的抗性机制	Santa Ines和Ile de France羊羔的皱胃组织	转录组学	寄生虫感染	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA序列数据	8只羊羔（SI和IF各4只）
2403	2025-06-12	3D-printed advanced scaffold armed with exosomes derived from human skeletal stem cell identified by single-cell RNA sequencing enhances osteochondral regeneration 2025-Sep, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.04.028 PMID:40487240	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序鉴定了来自髌下脂肪垫的骨骼干细胞，并利用其外泌体结合3D打印技术开发了一种新型水凝胶支架，用于增强骨软骨缺损的再生	利用单细胞RNA测序鉴定具有高分化潜能的骨骼干细胞，开发了结合外泌体的3D打印水凝胶支架，显著促进骨软骨同步修复	研究仅在大鼠模型中进行，尚未进行临床试验	开发一种新型骨软骨再生策略	骨骼干细胞及其外泌体、骨软骨缺损	组织工程	骨软骨缺损	单细胞RNA测序(ScRNA-seq)、流式细胞术、3D打印技术	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	大鼠骨软骨缺损模型
2404	2025-06-12	Skeletal site-specific variations in myeloid cells: insights from single-cell RNA sequencing of the mandible and femur 2025-Jul, JBMR plus IF:3.4Q2 DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf074 PMID:40486046	research paper	通过单细胞RNA测序研究下颌骨和股骨骨髓中CD11b+髓系细胞的差异，揭示下颌骨来源细胞具有独特的炎症基因特征	首次通过单细胞RNA测序揭示下颌骨与股骨骨髓中CD11b+髓系细胞的转录组差异，并发现KLF4基因在下颌骨来源细胞分化中的特异性作用	研究仅使用2月龄C57BL/6小鼠样本，未涉及其他年龄段或品系	探究不同骨骼部位（下颌骨与股骨）髓系细胞群的生物学差异	2月龄C57BL/6小鼠下颌骨和股骨骨髓中的CD11b+髓系细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转座酶可及染色质测序（ATAC-seq），定量逆转录PCR（qRT-PCR）	NA	单细胞转录组数据，表观遗传数据	2月龄C57BL/6小鼠的下颌骨和股骨骨髓样本
2405	2025-06-12	l-Cysteine Alleviates Peritoneal Fibrosis by Repressing PKM2 in Peritoneal Mesothelial Cells 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500229R PMID:40497367	研究论文	本文探讨了l-半胱氨酸通过抑制PKM2减轻腹膜纤维化的机制	揭示了PKM2通过乙酰化组蛋白H3K9促进SNAI2表达，进而促进腹膜纤维化的分子机制，并发现l-半胱氨酸可阻断这一过程	分子机制研究尚未完全阐明，临床转化效果需进一步验证	探究腹膜纤维化的分子机制及潜在治疗策略	腹膜间皮细胞及腹膜纤维化患者	分子生物学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫共沉淀、染色质免疫沉淀、基因沉默技术	NA	基因表达数据	长期腹膜透析患者的流出液细胞
2406	2025-06-12	Engineering CRISPR System-Based Bacterial Outer Membrane Vesicle Potentiates T Cell Immunity for Enhanced Cancer Immunotherapy 2025-Jun-11, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202501565 PMID:40495695	研究论文	本研究开发了一种基于CRISPR系统的工程化细菌外膜囊泡(OMV)，用于增强T细胞免疫以改善癌症免疫治疗效果	首次将CRISPR系统与OMV结合，实现了多基因的高效包装和递送，显著增强了T细胞的趋化和激活能力	研究仅在鼠模型和人源化小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	开发新型癌症基因治疗平台以克服免疫治疗耐药性	膀胱癌和乳腺癌肿瘤模型	基因治疗	膀胱癌, 乳腺癌	CRISPR系统, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	鼠MB49和B16F10肿瘤模型, 人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及两种鼠肿瘤模型和人源化小鼠模型
2407	2025-06-12	Filtering for Highly Variable Genes and High-Quality Spots Improves Phylogenetic Analysis of Cancer Spatial Transcriptomics Visium Data 2025-Jun-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0614 PMID:40495757	research paper	该研究探讨了在Visium空间转录组数据中进行系统发育分析的预处理和建模方法，以提高重建的拓扑关系和分支长度估计的准确性	提出使用高变基因和考虑组织覆盖斑点中RNA捕获异质性的方法，改进了空间转录组数据的系统发育分析	未提及具体样本量或实验验证的详细结果	改进癌症空间转录组数据的系统发育分析方法	Visium空间转录组数据	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, RNA-seq	NA	spatial transcriptomics data	NA
2408	2025-06-12	Single-Cell RNA Sequencing Study on Two Synovial Derived Tumors in the Temporomandibular Joint 2025-Jun-11, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.70003 PMID:40495754	research paper	通过单细胞RNA测序研究颞下颌关节中两种滑膜来源肿瘤的细胞组成和分化轨迹	首次使用单细胞RNA测序技术分析SC和D-TSGCT的细胞组成、分化轨迹及细胞间通讯，并验证FLS在SC初期的软骨分化潜能	研究仅针对颞下颌关节的两种特定肿瘤，可能不适用于其他部位的类似肿瘤	探究颞下颌关节滑膜软骨瘤病（SC）和弥漫性腱鞘巨细胞瘤（D-TSGCT）的细胞组成及分化轨迹	滑膜软骨瘤病（SC）和弥漫性腱鞘巨细胞瘤（D-TSGCT）	digital pathology	temporomandibular joint tumors	single-cell RNA sequencing, cell culture, morphological experiments	NA	RNA sequencing data, cell morphology data	未明确提及样本数量
2409	2025-06-12	C-C Chemokine Receptor 2 is a Tissue Biomarker for Abdominal Aortic Aneurysmal and Occlusive Disease 2025-Jun-11, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000006778 PMID:40495781	研究论文	评估CCR2作为主动脉疾病严重程度的组织生物标志物，特别是在腹主动脉瘤（AAA）患者中的应用	首次提出CCR2作为AAA疾病严重程度的组织生物标志物，并通过单细胞RNA测序数据集验证其在人类AAA组织中的表达	样本量较小（42例），且仅针对特定类型的主动脉疾病进行研究	寻找能够监测AAA进展和预测破裂风险的组织生物标志物	腹主动脉瘤（AAA）、破裂腹主动脉瘤（rAAA）、主动脉髂动脉闭塞性疾病（AOD）及正常腹主动脉（NAA）患者	生物标志物研究	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	组织样本、RNA测序数据	42例主动脉组织样本
2410	2025-06-12	Novel GABAAR antagonists target networked gene hubs at the leading-edge in high-grade gliomas 2025-Jun-11, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf143 PMID:40497637	研究论文	该研究通过基因共表达网络分析识别高级别胶质瘤中的关键离子通道基因，并验证了GABAAR拮抗剂对肿瘤生长的抑制作用	首次发现GABAAR基因在高级别胶质瘤前沿的富集，并验证了GABAAR拮抗剂对肿瘤侵袭和增殖的抑制作用	研究主要基于体外模型（GBOs），未在体内模型中验证药物效果	识别高级别胶质瘤中关键的离子通道基因并寻找靶向药物	高级别胶质瘤（包括弥漫性中线胶质瘤和胶质母细胞瘤）	肿瘤生物学	胶质瘤	RNAseq、scRNA-seq、空间转录组学、免疫组织化学	WGCNA	基因表达数据、组织切片图像	患者来源的胶质母细胞瘤外植体类器官（GBOs）
2411	2025-06-12	Patterns of intra- and inter-tumor phenotypic heterogeneity in lethal prostate cancer 2025-Jun-10, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186599 PMID:40493417	research paper	本研究旨在定义致死性前列腺癌中肿瘤间和肿瘤内表型异质性的模式、程度和后果	结合原位组织学和测序方法，分析了52名mPC患者的630多个肿瘤样本，揭示了患者、转移和细胞水平的表型异质性	样本量相对较小，可能无法完全代表所有mPC患者的异质性	探索致死性前列腺癌的肿瘤间和肿瘤内表型异质性	52名转移性前列腺癌（mPC）患者的630多个肿瘤样本	digital pathology	prostate cancer	in situ tissue-based and sequencing approaches, single-cell sequencing	NA	tissue samples, sequencing data	630 tumor samples from 52 mPC patients
2412	2025-06-12	Spatial Transcriptomics Unveils the Blueprint of Mammalian Lung Development 2025-Jun-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf053 PMID:40493888	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，构建了小鼠肺部发育的全景图谱，揭示了从假腺期到肺泡期的基因表达模式和调控机制	整合空间表观基因组数据，发现新的TF-增强子驱动的调节子（eRegulons），并揭示了肺泡AT1和AT2细胞的不同发育轨迹及胶原通路在肺泡形成中的作用	研究仅基于小鼠模型，结果在人类肺部发育中的适用性尚需验证	理解哺乳动物肺部发育过程中复杂的细胞和分子调控机制	小鼠肺部发育过程中的细胞类型和基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间基因表达数据	覆盖小鼠肺部从早期假腺期到肺泡期的多个发育阶段
2413	2025-06-12	CD206+ macrophages facilitate wound healing through interactions with Gpnmbhi fibroblasts 2025-Jun-10, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00496-4 PMID:40495034	研究论文	本文研究了CD206+巨噬细胞通过与Gpnmbhi成纤维细胞的相互作用促进伤口愈合的机制	揭示了CD206+巨噬细胞通过PDGF-A信号通路与Gpnmbhi成纤维细胞通讯，促进伤口愈合的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CD206+巨噬细胞在伤口愈合过程中的作用机制	CD206+巨噬细胞和Gpnmbhi成纤维细胞	细胞生物学	伤口愈合	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA
2414	2025-06-12	Integrated muti-omics data and machine learning reveal CD151 as a key biomarker inducing chemoresistance in metabolic syndrome-related early-onset left-sided colorectal cancer 2025-Jun-09, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01634-w PMID:40484863	研究论文	本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，揭示了CD151作为代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌化疗耐药的关键生物标志物	首次将CD151识别为代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌的关键生物标志物，并揭示了其在基质重塑和化疗耐药中的作用	研究主要基于医院队列，样本代表性可能有限	阐明代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌的遗传和分子机制，并寻找关键生物标志物	代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌患者	数字病理学	结肠直肠癌	scRNA-seq, qRT-PCR, western blotting, IHC染色	random forest, SVM-RFE	基因表达数据	医院队列中的EOCRC患者
2415	2025-06-12	SERPINA1 is a new frontier in cancer immunotherapy and drug targeting by pan-cancer analysis 2025-Jun-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02832-5 PMID:40483643	research paper	该研究通过泛癌分析探讨了SERPINA1在癌症免疫治疗和药物靶向中的潜在作用	首次将SERPINA1作为癌症免疫治疗和靶向治疗的新靶点进行系统研究	研究主要基于数据库分析，需要更多实验验证	探索SERPINA1在癌症免疫治疗和靶向治疗中的潜在应用价值	SERPINA1基因及其在多种癌症中的表达和作用	癌症研究	多种癌症（特别提到乳腺癌和胶质瘤）	多组学数据库分析、单细胞测序	NA	mRNA和蛋白质表达数据、甲基化和突变数据	基于多组学数据库的泛癌样本（未明确具体数量）
2416	2025-06-12	Establishment of M2 macrophage-related prognostic signature in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Jun-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02838-z PMID:40483657	研究论文	本研究探讨了M2巨噬细胞在胰腺导管腺癌(PDAC)中的潜在通讯和临床意义，并构建了与M2标志基因相关的预后特征	首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了M2巨噬细胞的分化途径及其与恶性PDAC细胞的相互作用，并构建了基于M2标志基因的预后模型	研究结果仅为初步发现，需要通过体外/体内实验进一步验证这些特征基因或配体-受体对在巨噬细胞发育中的作用	探索M2巨噬细胞在PDAC微环境中的功能意义及其临床价值	胰腺导管腺癌(PDAC)中的M2巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), bulk RNA测序, LASSO算法	预后模型	RNA测序数据	NA
2417	2025-06-12	Glutamate transporter SLC1A6 promotes resistance to immunotherapy in cancer 2025-Jun-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04074-4 PMID:40481876	研究论文	本研究探讨了谷氨酸转运体SLC1A6在癌症免疫治疗抵抗中的作用及其机制	首次揭示了SLC1A6在免疫治疗抵抗中的关键作用，并提出了靶向SLC1A6作为改善免疫治疗反应的新策略	研究主要基于膀胱癌和肺癌数据，其他癌症类型的普适性尚需验证	探究SLC1A6在癌症免疫治疗抵抗中的作用机制	膀胱癌和肺癌患者样本及肿瘤模型	肿瘤免疫学	膀胱癌, 肺癌	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 单细胞数据	膀胱癌和肺癌患者队列数据及体内肿瘤模型
2418	2025-06-12	Annexin A1-FPR1 Interaction in dendritic cells promotes immune microenvironment modulation in Thyroid Cancer 2025-Jun-07, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10042-6 PMID:40483281	研究论文	本研究探讨了甲状腺癌中树突状细胞通过Annexin A1-FPR1相互作用调节免疫微环境的机制	揭示了ANXA1-FPR1轴在甲状腺癌免疫调节中的新机制，并提出了针对该轴的免疫治疗新策略	NA	研究甲状腺癌免疫微环境中树突状细胞的作用机制	甲状腺癌组织和树突状细胞	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序和转录组RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2419	2025-06-12	Integrating spatial and single-cell transcriptomics to characterize mouse long bone fracture healing process 2025-Jun-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08316-0 PMID:40483363	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，深入描述了小鼠长骨骨折愈合过程中的细胞定位和相互作用	优化了脱钙方法，显著提高了RNA质量，并结合Visium CytAssist平台及Seurat、CARD和Monocle软件包进行综合分析，准确定位了关键细胞群并识别了调控其激活和分化的关键转录因子	研究仅针对小鼠模型，结果在人类骨折愈合中的适用性尚需进一步验证	揭示骨折愈合过程中的细胞和分子机制	小鼠股骨骨折模型	空间转录组学	骨折	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠股骨骨折模型在骨折前（Day 0）及骨折后第5天和第15天的样本
2420	2025-06-12	Unraveling the genetic blueprint of doxorubicin-induced cardiotoxicity through systems genetics approaches 2025-Jun-03, Cardio-oncology (London, England) DOI:10.1186/s40959-025-00349-y PMID:40462234	research paper	本研究通过系统遗传学方法，利用BXD重组近交系小鼠群体，探索阿霉素诱导的心脏毒性的遗传基础	首次使用BXD重组近交系小鼠群体进行系统遗传学分析，识别与阿霉素心脏毒性相关的QTLs和候选基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中进行验证	揭示阿霉素诱导心脏毒性的遗传机制	BXD重组近交系小鼠	遗传学	心血管疾病	系统遗传学方法、QTL定位、孟德尔随机化分析	BXD小鼠模型	基因型数据、表型数据	58个BXD品系小鼠及亲本B6和D2小鼠（每个品系/性别≥4只，3-4月龄）