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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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24081 | 2024-08-09 |
Calibrating genomic and allelic coverage bias in single-cell sequencing
2015-Apr-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms7822
PMID:25879913
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研究论文 | 本文描述了用于定量评估单细胞基因组DNA全基因组扩增引起的扩增偏差的统计方法 | 开发了统计模型来校准单细胞全基因组扩增中的等位基因偏差,并展示了基于普查的策略,用于从低输入活检样本中高效准确地检测变异 | NA | 定量评估和校准单细胞基因组扩增中的偏差 | 单细胞基因组DNA的全基因组扩增偏差 | 基因组学 | NA | 全基因组扩增(WGA) | 统计模型 | 基因组数据 | 不同技术的单细胞DNA文库 |
24082 | 2024-08-09 |
Single-cell analysis of lung adenocarcinoma cell lines reveals diverse expression patterns of individual cells invoked by a molecular target drug treatment
2015-Apr-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-015-0636-y
PMID:25887790
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了七种肺腺癌细胞系的基因表达模式,特别是在分子靶向药物治疗后的变化。 | 本文揭示了在分子靶向药物治疗下,单个细胞的基因表达多样性特征,这些特征在传统的批量细胞转录组分析中难以发现。 | NA | 研究单个癌细胞在分子靶向药物治疗下的基因表达异质性。 | 肺腺癌细胞系及其在分子靶向药物治疗下的基因表达模式。 | 数字病理学 | 肺癌 | 下一代测序(NGS) | NA | RNA-Seq | 336个单细胞RNA-Seq文库 |
24083 | 2024-08-09 |
Single-cell genomics-based analysis of virus-host interactions in marine surface bacterioplankton
2015-Nov, The ISME journal
DOI:10.1038/ismej.2015.48
PMID:25848873
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术,对海洋表层细菌浮游生物中的病毒-宿主相互作用进行了基于基因组分析的研究 | 首次在Thaumarchaeota、Marinimicrobia、Verrucomicrobia以及Gammaproteobacteria集群SAR86和SAR92中发现了已知病毒 | 研究主要集中在少数培养的宿主群体,对海洋中所有微生物群体受病毒感染的影响程度了解有限 | 揭示海洋微生物群落中病毒-宿主相互作用的机制 | 海洋表层细菌和古菌细胞内的病毒 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 58个来自不同地理位置和系统发育的单扩增基因组(SAGs)的海洋细菌和古菌 |
24084 | 2024-08-09 |
Single-cell genomics of a rare environmental alphaproteobacterium provides unique insights into Rickettsiaceae evolution
2015-Nov, The ISME journal
DOI:10.1038/ismej.2015.46
PMID:25848874
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研究论文 | 本研究通过单细胞基因组学方法,对从Damariscotta湖采集的稀有环境α变形菌'Candidatus Arcanobacter lacustris'进行了测序和分析,揭示了Rickettsiaceae科细菌的进化新见解。 | 首次在Rickettsiaceae科细菌中发现了趋化基因和垂直遗传的鞭毛基因,表明Rickettsiaceae的祖先可能具有兼性细胞内生活方式。 | NA | 探索Rickettsiaceae科细菌的起源和进化机制。 | 稀有环境α变形菌'Candidatus Arcanobacter lacustris'及其基因组。 | 微生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组 | 单个细胞 |
24085 | 2024-08-09 |
High-throughput spatial mapping of single-cell RNA-seq data to tissue of origin
2015-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.3209
PMID:25867922
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研究论文 | 本文介绍了一种高通量方法,用于确定通过单细胞RNA测序分析的细胞在特定组织中的空间起源 | 该方法通过比较细胞的完整、特异性加权的mRNA谱与从基因表达图谱中获得的位点基因表达谱,实现了细胞在组织中的精确分配 | 该方法的有效性依赖于具有足够高分辨率的参考基因表达数据库 | 旨在理解多细胞生物中细胞类型身份,通过整合单个细胞的基因表达谱及其在特定组织中的空间位置 | 研究对象为通过单细胞RNA测序分析的细胞及其在特定组织中的空间位置 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 研究中使用了海洋环节动物Platynereis dumerilii的脑组织样本 |
24086 | 2024-08-09 |
Spatial reconstruction of single-cell gene expression data
2015-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.3192
PMID:25867923
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Seurat的计算策略,通过整合单细胞RNA测序数据与原位RNA模式来推断细胞定位,并应用于斑马鱼胚胎的851个单细胞的空间映射 | Seurat策略能够将单细胞RNA测序数据与原位RNA模式结合,实现复杂组织中细胞空间定位的精确推断 | NA | 开发一种新的计算方法来推断细胞在复杂组织中的空间定位 | 斑马鱼胚胎中的851个单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Seurat | 基因表达数据 | 851个单细胞 |
24087 | 2024-08-09 |
Correction: comparison of multiple displacement amplification (MDA) and multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC) in single-cell sequencing
2015, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0124990
PMID:25875279
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correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
24088 | 2024-08-09 |
A simple strategy for reducing false negatives in calling variants from single-cell sequencing data
2015, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0123789
PMID:25876174
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研究论文 | 本文提出了一种简单策略,用于减少单细胞测序数据中变异检测的假阴性率 | 该方法通过模拟显示其错误率极低,显著低于预期的假阴性率 | 该方法受限于人类基因组中低SNP密度 | 旨在减少单细胞测序数据分析中的假阴性 | 单细胞测序数据中的变异检测 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 外显子数据 | 几十个单肿瘤细胞 |
24089 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptome amplification with MALBAC
2015, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0120889
PMID:25822772
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研究论文 | 本文介绍了使用MALBAC技术进行单细胞转录组扩增的方法,并展示了其在小鼠胚胎早期原肠胚阶段细胞中的应用 | 开发了基于MALBAC的单细胞转录组扩增技术,具有高检测效率、准确性和可重复性 | NA | 探索单细胞转录组扩增技术在胚胎细胞中的应用 | 小鼠胚胎早期原肠胚阶段的细胞 | 数字病理学 | NA | MALBAC | NA | 转录组 | 3个来自小鼠胚胎早期原肠胚阶段的胚层细胞 |
24090 | 2024-08-09 |
Identification of cell types from single-cell transcriptomes using a novel clustering method
2015-Jun-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btv088
PMID:25805722
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研究论文 | 本文介绍了一种名为共享最近邻(SNN)-Cliq的新算法,用于从单细胞转录组数据中识别细胞类型 | SNN-Cliq算法利用共享最近邻的概念,在处理高维数据方面显示出优势,并在多种合成和真实实验数据集上优于现有方法 | NA | 开发一种新的计算方法来聚类单细胞转录组数据,以准确识别细胞类型 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | SNN-Cliq算法 | 基因表达数据 | 多种合成和真实实验数据集 |
24091 | 2024-08-09 |
ID4 controls mammary stem cells and marks breast cancers with a stem cell-like phenotype
2015-Mar-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms7548
PMID:25813983
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研究论文 | 本研究揭示了抑制分化4(ID4)在乳腺干细胞自我更新中的关键作用,并标记了具有干细胞样表型的一类基底样乳腺癌(BLBC) | 首次证明ID4是乳腺干细胞自我更新的关键调节因子,并将其与BLBC的病因联系起来 | NA | 探讨基底样乳腺癌的细胞起源和病因 | 乳腺干细胞和基底样乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用ID4GFP敲入报告小鼠模型和人类BLBC样本 |
24092 | 2024-08-09 |
SC3-seq: a method for highly parallel and quantitative measurement of single-cell gene expression
2015-May-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkv134
PMID:25722368
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SC3-seq的新型单细胞mRNA 3'端测序方法,该方法基于PCR扩增和3'端富集,能够高度并行和定量地测量单细胞中的基因表达 | SC3-seq方法在定量测量转录水平和达到转录检测饱和所需的测序深度方面优于其他典型的单细胞RNA-seq方法 | NA | 开发一种新的单细胞mRNA测序方法,以提高基因表达测量的定量性和并行性 | 单细胞中的基因表达 | 生物医学科学 | NA | PCR扩增,3'端富集 | NA | mRNA | 从10,000个细胞到单个细胞 |
24093 | 2024-08-09 |
Embryo genome profiling by single-cell sequencing for preimplantation genetic diagnosis in a β-thalassemia family
2015-Apr, Clinical chemistry
IF:7.1Q1
DOI:10.1373/clinchem.2014.228569
PMID:25722458
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研究论文 | 本文开发了一种通过单细胞测序获取胚胎全基因组的方法,用于β-地中海贫血携带者家庭的植入前遗传诊断。 | 本文首次通过单细胞测序技术实现了胚胎全基因组的恢复,并在此基础上进行了全面的孟德尔遗传病诊断和人类白细胞抗原匹配测试。 | NA | 开发一种新的方法,通过单细胞测序技术进行胚胎基因组分析,以实现植入前遗传诊断。 | β-地中海贫血携带者家庭的胚胎基因组。 | 数字病理学 | 地中海贫血 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 包括单个胚胎细胞和家庭三重奏样本 |
24094 | 2024-08-09 |
Technology: Bead capture for single-cell transcriptomics
2015-Apr, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/nrg3919
PMID:25707926
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
24095 | 2024-08-09 |
Genomic expansion of domain archaea highlights roles for organisms from new phyla in anaerobic carbon cycling
2015-Mar-16, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2015.01.014
PMID:25702576
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研究论文 | 本研究通过基因组解析的宏基因组分析,探讨了古菌在陆地地下生物地球化学循环中的多样性、基因组大小、代谢能力和潜在作用 | 首次使用无培养方法重建了古菌的完整基因组,并解析了两个新的古菌门,揭示了古菌在碳和氢代谢中的重要作用 | NA | 研究古菌在陆地地下生物地球化学循环中的作用 | 古菌的多样性、基因组大小、代谢能力和潜在作用 | 基因组学 | NA | 宏基因组分析 | NA | DNA | 从科罗拉多河附近的含水层采集的复杂沉积物和浮游生物群落样本,以及151个新的古菌序列 |
24096 | 2024-08-09 |
Brain structure. Cell types in the mouse cortex and hippocampus revealed by single-cell RNA-seq
2015-Mar-06, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaa1934
PMID:25700174
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研究论文 | 本文利用大规模单细胞RNA测序技术对小鼠体感皮层和海马CA1区域的细胞进行分类 | 发现了47个分子上独特的亚类,包括皮层中所有已知的主要细胞类型,并识别出许多标记基因,这些基因与已知的细胞类型、形态和位置相匹配 | NA | 揭示小鼠皮层和海马中的细胞类型 | 小鼠体感皮层和海马CA1区域的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 大规模单细胞样本 |
24097 | 2024-08-09 |
The coexistence of Sjögren's syndrome and primary biliary cirrhosis: a comprehensive review
2015-Jun, Clinical reviews in allergy & immunology
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s12016-015-8471-1
PMID:25682089
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综述 | 本文全面回顾了干燥综合征与原发性胆汁性肝硬化共存的情况 | 探讨了B细胞、细胞毒性T细胞和辅助T细胞在慢性炎症中的作用,以及雌激素受体在疾病中的潜在影响 | 尽管有现有数据,治疗方案仍然不尽如人意,且近期研究(如使用利妥昔单抗的B细胞耗竭)仅部分有益 | 探讨干燥综合征与原发性胆汁性肝硬化共存的机制及治疗策略 | 干燥综合征与原发性胆汁性肝硬化 | NA | 自身免疫性疾病 | NA | NA | NA | NA |
24098 | 2024-08-09 |
Sexual cell-fate reprogramming in the ovary by DMRT1
2015-Mar-16, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2015.01.034
PMID:25683803
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研究论文 | 本文研究了DMRT1转录因子在卵巢中对细胞性别命运重编程的影响 | 首次展示了DMRT1在卵巢中不仅必要而且足以指定雄性细胞身份,并通过单细胞RNA测序识别了动态表达的候选介质 | NA | 探讨DMRT1在卵巢中对细胞性别命运重编程的作用及其在人类性别发育障碍中的潜在影响 | DMRT1转录因子及其在卵巢中的表达对细胞性别命运的影响 | NA | 性别发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
24099 | 2024-08-09 |
A multi-scale approach reveals that NF-κB cRel enforces a B-cell decision to divide
2015-Feb-13, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20145554
PMID:25680807
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研究论文 | 本文通过多尺度方法研究NF-κB cRel在B细胞分裂决策中的作用 | 构建了一个基于单细胞时间轨迹、转录组和免疫荧光分析的代理多模块计算模型,模拟淋巴细胞群体动态 | NA | 理解多细胞器官功能与细胞内分子网络之间的关系,预测表型从基因型 | B淋巴细胞的群体动态及其在免疫反应和疫苗有效性中的作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组分析、免疫荧光分析 | 代理多模块计算模型 | 时间轨迹数据、转录组数据、免疫荧光图像 | 数百个B细胞 |
24100 | 2024-08-09 |
Computational and analytical challenges in single-cell transcriptomics
2015-Mar, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/nrg3833
PMID:25628217
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研究论文 | 本文探讨了单细胞转录组学中的计算和分析挑战 | 本文强调了单细胞RNA测序数据分析所需的新计算策略 | 需要克服特定的计算和分析挑战 | 探讨单细胞转录组学中的计算和分析问题 | 单细胞转录组学数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 大量单细胞 |