单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2381	2024-11-09	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.10.588953 PMID:38645099	研究论文	本文研究了人类特异性增强子在调节神经前体细胞增殖和神经发生能力以及皮质发育中的作用	揭示了人类特异性加速区域（HARs）作为关键调控元件在人类大脑皮质扩展和复杂性中的新功能	NA	探讨人类特异性增强子在皮质发育中的功能及其对神经前体细胞行为的影响	人类特异性增强子、神经前体细胞、皮质发育	NA	NA	基因编辑、活体成像、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、图像数据	基因编辑的小鼠和灵长类模型、人类和黑猩猩的神经前体细胞及皮质类器官
2382	2024-11-09	Pan-cancer scRNA-seq analysis reveals immunological and diagnostic significance of the peripheral blood mononuclear cells 2024-02-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddad187 PMID:37944069	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了癌症患者和健康供者外周血单核细胞的组成和状态差异，并探讨了这些特征在癌症诊断中的潜力	首次系统性地分析了癌症患者外周血单核细胞的免疫激活和分化状态，并基于这些特征构建了高敏感性的癌症诊断模型	研究样本量相对较小，且仅限于特定类型的癌症和健康对照	探讨外周血单核细胞在癌症进展中的免疫反应及其在癌症诊断中的应用潜力	癌症患者和健康供者的外周血单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	逻辑回归	RNA	262,025个外周血单核细胞，来自68个癌症样本和14个健康样本
2383	2024-11-09	Humanized CXCL12 antibody delays onset and modulates immune response in alopecia areata mice: insights from single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1444777 PMID:39483478	研究论文	研究通过单细胞RNA测序探讨人源化CXCL12抗体在斑秃小鼠模型中的作用机制	首次使用人源化CXCL12抗体治疗斑秃，并通过单细胞RNA测序揭示其分子机制	研究仅限于小鼠模型，需进一步在人体中验证	探讨人源化CXCL12抗体在斑秃治疗中的作用及其分子机制	斑秃小鼠模型及其免疫细胞	NA	斑秃	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型中的皮肤样本
2384	2024-11-09	mRNA-seq-based analysis predicts: AEG-1 is a therapeutic target and immunotherapy biomarker for pan-cancer, including OSCC 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1484226 PMID:39483471	研究论文	本文通过mRNA-seq分析预测AEG-1是泛癌治疗靶点和免疫治疗生物标志物，包括OSCC	首次全面分析了AEG-1表达与OSCC及其他肿瘤类型中免疫浸润的关系，并发现AEG-1与免疫浸润标志物之间的强相关性	NA	探讨AEG-1在泛癌中的表达及其与免疫浸润和患者预后的关系	AEG-1在不同肿瘤类型中的表达水平、预后和临床病理特征	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	mRNA-seq	NA	基因表达数据	多个数据库中的多种肿瘤样本，包括OSCC
2385	2024-11-09	Potential molecular mechanisms of ETV6-RUNX1-positive B progenitor cell cluster in acute lymphoblastic leukemia revealed by single-cell RNA sequencing 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18445 PMID:39498293	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了ETV6-RUNX1阳性B祖细胞簇在急性淋巴细胞白血病中的潜在分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ETV6-RUNX1阳性B祖细胞簇在急性淋巴细胞白血病中的细胞周期调控机制及其与NK细胞和T细胞的相互作用	NA	探索免疫景观和免疫细胞在急性淋巴细胞白血病进展中的作用	ETV6-RUNX1阳性B祖细胞簇及其在急性淋巴细胞白血病中的作用	数字病理学	血液系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自GSE132509的ETV6-RUNX1和健康儿科样本的骨髓单个核细胞
2386	2024-11-09	Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380 PMID:37950869	研究论文	本文通过整合22个单细胞RNA测序库，生成了一个包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱，并揭示了与疾病相关的血管细胞状态和标记物	本文通过整合多个单细胞RNA测序数据集，生成了一个全面的人类动脉粥样硬化图谱，并揭示了平滑肌细胞在冠状动脉疾病、心肌梗死和冠状动脉钙化中的关键作用	NA	揭示与冠状动脉疾病相关的血管细胞状态和标记物	人类动脉粥样硬化中的血管和免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	118,578个细胞
2387	2024-11-09	Characterization of cell-type specific circular RNAs associated with colorectal cancer metastasis 2023-Jun, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcad021 PMID:37213253	研究论文	研究了与结直肠癌转移相关的细胞类型特异性环状RNA	首次系统地研究了结直肠癌转移过程中细胞类型特异性环状RNA的表达和功能	研究样本量有限，且仅限于结直肠癌患者	探讨环状RNA在结直肠癌转移中的作用及其细胞类型特异性	结直肠癌患者的正常、原发和转移样本以及结直肠癌细胞系	数字病理学	结直肠癌	RNA测序	非负最小二乘统计模型	RNA	30个匹配的正常、原发和转移样本，14名结直肠癌转移患者，5个结直肠癌细胞系
2388	2024-11-09	A human model of asthma exacerbation reveals transcriptional programs and cell circuits specific to allergic asthma 2023-05-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abq6352 PMID:37146132	研究论文	研究使用单细胞RNA测序比较过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组的下呼吸道黏膜，揭示了过敏性哮喘特有的转录程序和细胞回路	首次在人类模型中揭示了过敏性哮喘加重的特异性转录程序和细胞回路，特别是涉及T2细胞、DC2和MCs的相互作用	研究仅限于过敏性哮喘患者和对照组，未涵盖其他类型的哮喘	探究过敏性哮喘加重的分子机制和细胞回路	过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组的下呼吸道黏膜	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	过敏性哮喘患者和过敏性非哮喘对照组
2389	2024-11-09	JAG1-NOTCH4 mechanosensing drives atherosclerosis 2022-09-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo7958 PMID:36044575	研究论文	研究揭示了JAG1-NOTCH4信号通路在动脉粥样硬化中的机械感应作用	首次探讨了Notch通路在感应血流紊乱中的潜在作用	NA	探讨动脉粥样硬化的发病机制	动脉粥样硬化斑块中的内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了猪、小鼠和人类冠状动脉内皮细胞样本
2390	2024-11-09	Single-Cell Transcriptomics Analysis Identifies Nuclear Protein 1 as a Regulator of Docetaxel Resistance in Prostate Cancer Cells 2020-09, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-20-0051 PMID:32513898	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析，揭示了核蛋白1（NUPR1）在前列腺癌细胞对多西他赛耐药性中的调控作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出NUPR1作为前列腺癌多西他赛耐药性的关键调控因子	仅限于DU145和PC3两种前列腺癌细胞系的研究，结果的普适性有待进一步验证	探讨前列腺癌细胞对多西他赛耐药性的分子机制	DU145和PC3前列腺癌细胞系的多西他赛敏感和耐药变异体	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	DU145和PC3前列腺癌细胞系的多西他赛敏感和耐药变异体
2391	2024-11-08	High-throughput and multimodal profiling of antigen-specific T cells with a droplet-based cell-cell interaction screening platform 2025-Jan-01, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2024.116815 PMID:39348735	研究论文	开发了一种基于液滴的细胞间相互作用筛选平台DropCCI，用于高通量和多模态分析抗原特异性T细胞	提出了DropCCI方法，通过液滴封装DNA条码和抗原负载的抗原呈递细胞，结合点击化学修饰的T细胞，实现了高通量、无污染的多模态分析	NA	开发一种新的策略，用于高通量和多模态分析抗原特异性T细胞，以改进T细胞免疫疗法的设计	抗原特异性T细胞	生物技术	NA	点击化学	NA	单细胞组学数据	NA
2392	2024-11-08	Identification of the 4CL family in cassava (Manihot esculenta Crantz) and expression pattern analysis of the Me4CL32 gene 2024-Nov-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150731 PMID:39423574	研究论文	本文通过生物信息学方法鉴定了木薯基因组中的4CL家族，并分析了Me4CL32基因的表达模式	首次在木薯基因组中鉴定出50个Me4CL基因，并进行了全面的4CL基因家族分析	NA	研究木薯4CL基因家族的功能，以理解植物生长、发育和抗逆机制	木薯4CL基因家族及其在环境压力和激素信号响应中的表达模式	NA	NA	生物信息学分析、qRT-PCR、RNA-seq、单细胞转录组分析	NA	基因组数据、转录组数据	NA
2393	2024-11-08	Enhancing Single-Cell RNA-seq Data Completeness with a Graph Learning Framework 2024-Nov-06, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384 PMID:39504287	研究论文	本文提出了一种基于图学习框架的单细胞RNA测序数据完整性增强方法	开发了VAImpute，一种基于变分图自编码器的插补技术，利用细胞/基因之间的copula相关性学习单细胞RNA测序数据构建的大网络/图的固有分布	NA	提高单细胞RNA测序数据的完整性	单细胞RNA测序数据中的缺失表达值	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分图自编码器	单细胞表达矩阵	模拟和真实单细胞RNA测序数据集
2394	2024-11-08	Stem cell transplantation extends the reproductive life span of naturally aging cynomolgus monkeys 2024-Nov-05, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00726-4 PMID:39496598	研究论文	研究探讨了间充质干细胞移植对自然衰老的食蟹猴卵巢功能的影响	首次证明了人胚胎干细胞衍生的MSC样细胞（M细胞）移植可以显著改善自然衰老卵巢的功能，并成功诞生了健康的幼猴	研究仅在食蟹猴模型中进行，尚未在人类中验证	探讨间充质干细胞移植对自然衰老卵巢功能的影响及其分子机制	自然衰老的食蟹猴卵巢	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了自然衰老的食蟹猴模型
2395	2024-11-08	Biallelic null variants in PNPLA8 cause microcephaly by reducing the number of basal radial glia 2024-Nov-04, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae185 PMID:39082157	研究论文	本文研究了PNPLA8基因的双等位基因缺失变异如何通过减少基底放射状胶质细胞的数量导致小头畸形	首次发现PNPLA8基因的双等位基因缺失变异与小头畸形相关，并通过人诱导多能干细胞生成的大脑类器官模型揭示了其分子机制	样本量较小，且仅限于特定家族，可能影响结果的普遍性	探讨PNPLA8基因变异与神经发育障碍之间的关系及其分子机制	PNPLA8基因、基底放射状胶质细胞、大脑类器官	NA	神经发育障碍	空间转录组学	NA	基因数据	25名受影响的个体，来自20个家庭
2396	2024-11-08	Multi-bioinformatics revealed potential biomarkers and repurposed drugs for gastric adenocarcinoma-related gastric intestinal metaplasia 2024-Nov-04, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00455-0 PMID:39496635	研究论文	本研究利用多组学生物信息学方法揭示了胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和重新定位药物	首次综合利用多种生物信息学工具，包括基因表达矩阵、单细胞RNA测序数据分析、信号通路分析等，揭示胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和治疗靶点	研究样本量较小，仅包括16名患者，可能影响结果的普适性	揭示胃腺癌相关胃肠化生的潜在生物标志物和预测潜在的药物重新定位	胃腺癌相关胃肠化生的生物标志物和治疗靶点	生物信息学	胃癌	基因表达矩阵、单细胞RNA测序、信号通路分析、分子对接分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据	16名胃腺癌相关胃肠化生患者，共64个样本
2397	2024-11-08	Immunopathological markers and cell types linked to COVID-19 symptom manifestation 2024-Nov-04, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-024-10139-z PMID:39497098	研究论文	研究分析了与COVID-19症状表现相关的免疫病理学标志物和细胞类型	首次通过血液蛋白因子分析和单细胞RNA测序数据，识别出与COVID-19症状相关的关键蛋白因子和特定细胞类型	研究样本量有限，未来需要进一步验证和扩展研究结果	深入理解COVID-19的免疫病理机制，为开发靶向治疗和预防措施提供依据	COVID-19症状相关的免疫病理学标志物和细胞类型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	LASSO算法	血液蛋白因子数据	420名个体（包括健康、无症状和有症状患者）和141名个体的单细胞RNA测序数据
2398	2024-11-08	Shared and unique patterns of autonomous human endogenous retrovirus loci transcriptomes in CD14 + monocytes from individuals with physical trauma or infection with COVID-19 2024-Nov-04, Retrovirology IF:2.7Q3 DOI:10.1186/s12977-024-00652-z PMID:39497142	研究论文	研究探讨了在物理创伤或COVID-19感染情况下，CD14+单核细胞中人类内源性逆转录病毒（HERV）位点的转录组模式	首次在单细胞RNA测序数据中分析了HERV位点在不同病理条件下的转录组模式，并发现了共享和独特的HERV位点	研究仅限于CD14+单核细胞，未涉及其他免疫细胞类型	探讨HERV在不同病理条件下对先天免疫细胞的调控作用	CD14+单核细胞中的HERV位点转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	21名正常个体和物理创伤或COVID-19感染患者的样本
2399	2024-11-08	Cancer-associated fibroblasts shape early myeloid cell response to chemotherapy-induced immunogenic signals in next generation tumor organoid cultures 2024-Nov-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009494 PMID:39500527	研究论文	研究了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在化疗诱导的免疫信号下对早期髓系细胞反应的影响，使用下一代肿瘤类器官培养系统	首次在复杂的初级共培养系统中研究了CAFs、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和类器官之间的相互作用，并评估了化疗和溶瘤病毒治疗对这些细胞的影响	研究主要集中在结直肠癌（CRC），可能不适用于其他类型的癌症	探讨CAFs在化疗诱导的免疫信号下对早期髓系细胞反应的影响，并评估其在肿瘤微环境中的作用	癌症相关成纤维细胞（CAFs）、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、结直肠癌细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学、流式细胞术	NA	细胞	从手术切除中获得的初级类器官和患者匹配的CAF培养物
2400	2024-11-08	Combining genetic and single-cell expression data reveals cell types and novel candidate genes for orofacial clefting 2024-11-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77724-9 PMID:39489835	研究论文	结合遗传数据和单细胞表达数据，揭示了与口腔颌面裂相关的细胞类型和新候选基因	开发了单细胞疾病相关性评分（scDRS）方法，结合基因共表达网络和差异基因表达分析，优先筛选出与口腔颌面裂相关的候选基因	NA	揭示非综合征性唇裂伴/不伴腭裂（nsCL/P）的效应基因和受风险等位基因影响的细胞类型	非综合征性唇裂伴/不伴腭裂（nsCL/P）的遗传风险变异和相关细胞类型	基因组学	先天性畸形	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自未受影响的人类胚胎头部的单细胞RNA测序数据