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当前共找到 44643 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2026-10-24 |
Alveolar macrophage activation and polarization signatures in stable lung transplant recipients and chronic lung allograft dysfunction
2026-Nov, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2026.06.016
PMID:42392286
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研究论文 | 该文通过空间转录组学分析稳定期肺移植受者、慢性肺移植物功能障碍（CLAD）患者及健康对照者的肺泡巨噬细胞转录组特征，揭示供体来源AMs的持续存在与良好预后相关，而CLAD则表现为炎症性受体细胞替代 | 首次利用空间转录组学系统比较超级幸存者、BOS、RAS及健康对照的肺泡巨噬细胞转录组特征，并结合X/Y FISH追踪AM来源，揭示移植后早期条件塑造巨噬细胞极化并影响长期结局 | 样本量相对有限，未在蛋白水平验证关键基因表达，且机制性因果关系尚未通过功能实验证实 | 探究肺移植后稳定移植物功能与慢性肺移植物功能障碍中肺泡巨噬细胞的转录组特征、来源及极化状态差异 | 超级幸存者（n=15）、BOS或RAS患者（n=24）、健康对照（n=9）的肺组织，以及性别不匹配病例（n=8） | 空间转录组学 | 肺移植慢性移植物功能障碍（BOS/RAS） | 空间转录组学、X/Y荧光原位杂交（FISH） | NA | 空间转录组数据、图像 | 48例肺组织样本（超级幸存者15例、BOS/RAS 24例、健康对照9例），其中8例性别不匹配病例用于FISH分析 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 222 | 2026-10-24 |
SMPD1 Inhibition Attenuates Abdominal Aortic Aneurysm via Ceramide-Mediated NLRP3 Inflammatory Pathway
2026-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.126.323961
PMID:42779539
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研究论文 | 该研究通过整合孟德尔随机化和实验验证，发现SMPD1是腹主动脉瘤的因果驱动基因，其通过神经酰胺介导的NLRP3炎症通路促进疾病，并验证了药物阿米替林的治疗潜力 | 首次通过大规模遗传学与蛋白质组学整合鉴定出SMPD1为腹主动脉瘤的因果治疗靶点，并阐明其通过神经酰胺（d18:1/16:0）介导NLRP3炎症通路发挥作用，同时发现FDA批准药物阿米替林可抑制SMPD1减轻腹主动脉瘤进展 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，SMPD1抑制在人体中的安全性和有效性仍需临床试验验证；孟德尔随机化分析可能受限于暴露和结局数据的欧洲人群代表性 | 鉴定并实验验证具有因果遗传支持的腹主动脉瘤相关蛋白作为治疗靶点 | 腹主动脉瘤患者（遗传学数据）、原代主动脉内皮细胞、主动脉平滑肌细胞、PPE诱导和血管紧张素II诱导的小鼠腹主动脉瘤模型 | 心血管疾病基因组学、蛋白质组学、机器学习（孟德尔随机化） | 腹主动脉瘤、心血管疾病 | 全基因组关联研究（GWAS）、血浆蛋白质组学、孟德尔随机化、共定位分析、单细胞RNA测序、细胞分离实验、RNA-seq | 孟德尔随机化模型、多变量孟德尔随机化、动物模型（小鼠） | 遗传变异数据、蛋白质组学数据、单细胞转录组数据、图像/表型数据 | 大规模腹主动脉瘤GWAS数据（具体样本量未在摘要中给出）、独立验证队列、单细胞RNA测序样本、小鼠模型（数量未明确） | NA | 全基因组关联研究、血浆蛋白质组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 223 | 2026-10-24 |
Robust identification of cell-cell communication heterogeneity in single cells
2026-Oct-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2026.101703
PMID:42607674
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研究论文 | 提出计算框架scRICH，利用单细胞和空间转录组数据识别细胞类型内细胞间通讯异质性，并结合RNA剪接动态信息将通讯与细胞命运决策联系 | 利用单细胞与空间转录组数据揭示细胞类型内通讯行为的异质性，整合RNA剪接动态信息将细胞间通讯与细胞命运决策关联，并通过构建多层调控网络连接细胞间相互作用与胞内响应 | 摘要未明确说明方法的局限性 | 从高通量数据中推断细胞间通讯，并研究通讯通路如何在跨生物学尺度上运行并影响细胞命运决策 | 单细胞转录组与空间转录组数据，以及角质形成细胞中EGF配体/受体共表达 | 单细胞分析 | NA | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | 多层调控网络计算框架 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 224 | 2026-10-24 |
A multi-omics study integrating single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics, and mendelian randomization unveil the implication of TRDMT1 expression in T cells on the immunotherapeutic response and prognosis in breast cancer
2026-Oct-21, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-026-02083-9
PMID:42901998
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研究论文 | 整合单细胞转录组学、空间转录组学和孟德尔随机化，揭示TRDMT1在T细胞中的表达与乳腺癌免疫治疗反应及预后的关系 | 首次通过孟德尔随机化探索m5C调控基因与乳腺癌易感性及预后的因果关系，并结合单细胞和空间转录组学揭示TRDMT1在CD8 T细胞中对免疫微环境和免疫治疗反应的影响 | 研究主要基于公共数据和有限样本的验证，需要更大规模的前瞻性队列验证TRDMT1作为生物标志物的临床实用性 | 探究m5C调控基因与乳腺癌的因果关系，并揭示TRDMT1在T细胞中对乳腺癌免疫治疗反应和预后的影响 | 乳腺癌患者和健康对照者的外周血单核细胞、原发性乳腺癌组织、组织芯片（120例患者） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量转录组学、孟德尔随机化、流式细胞术、免疫荧光分析 | NA | 图像、文本 | 120例乳腺癌患者组织芯片，以及公共单细胞RNA测序数据和全基因组关联研究数据 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学、批量RNA-seq | NA | NA |
| 225 | 2026-10-24 |
Identifying memory gene expression from single-sample scRNA-seq data using power-law signatures
2026-Oct-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2026.101707
PMID:42636813
|
研究论文 | 该论文提出了一种基于幂律特征的方法，从单样本单时间点的scRNA-seq数据中识别记忆基因 | 利用随机矩阵理论发现记忆基因导致细胞协方差矩阵特征谱呈现幂律特征，开发了Power-Seek算法，无需多重复或谱系信息即可从单样本scRNA-seq数据中识别记忆基因 | 未明确提及 | 开发一种从单样本单时间点scRNA-seq数据中识别记忆基因的计算方法 | 黑色素瘤细胞系和人类乳腺癌组织样本 | 机器学习 | 黑色素瘤, 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 一个黑色素瘤细胞系和一个人类乳腺癌组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 226 | 2026-10-24 |
Multi-omics profiling of the choroid plexus reveals developmental cellular remodeling, early immune gene activation, and epithelial cell heterogeneity
2026-Oct-21, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.118173
PMID:42905511
|
研究论文 | 该研究对小鼠和大鼠出生后及成年阶段侧脑室脉络丛进行了多组学分析，揭示了发育过程中的细胞重塑、早期免疫基因激活和上皮细胞异质性 | 首次对小鼠和大鼠侧脑室脉络丛进行涵盖bulk和单细胞的转录组与表观基因组综合分析，发现了上皮细胞发育重塑、一个具有独特转录特征的上皮细胞亚群，以及早期免疫相关基因的渐进性激活 | 研究仅基于小鼠和大鼠模型，未涉及人类样本验证；摘要未提及功能实验验证 | 揭示脉络丛在出生后至成年阶段发育过程中的细胞组成、基因表达和染色质可及性动态变化 | 小鼠和大鼠侧脑室脉络丛 | 多组学 | NA | bulk转录组测序, 单细胞转录组测序, 表观基因组测序 | NA | 文本, 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 表观基因组学 | NA | NA |
| 227 | 2026-10-24 |
HetAnn: Cell Type Annotation for Spatial Transcriptomics by Heterogeneous Graph Learning
2026-Oct-21, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3745540
PMID:42905585
|
研究论文 | 提出HetAnn，一种基于异构图学习的半监督深度学习方法，用于空间转录组数据的细胞类型注释 | 通过细胞图同时考虑细胞间空间距离和基因表达相似性学习ST特异性表示，并利用图注意力网络端到端联合训练ST和scRNA-seq数据，有效整合多模态信息并保留细胞类型异质性 | 仅在公共数据集上验证，未提及大规模临床样本验证或与其他模态（如蛋白）的整合 | 解决空间转录组数据细胞类型自动注释中多模态数据特征空间不同导致的细胞类型错配问题 | 空间转录组数据（ST）和参考单细胞RNA测序数据（scRNA-seq） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序, 单细胞RNA测序 | 图注意力网络 | 基因表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 228 | 2026-10-24 |
Disentangled Information Asymmetry in Spatial High-dimensional Data Interpretation
2026-Oct-21, IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence
IF:20.8Q1
DOI:10.1109/TPAMI.2026.3745900
PMID:42905594
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研究论文 | 提出DIaS框架，通过解耦空间诱导、内在与协调信息信号来建模空间高维数据中的信息不对称 | 提出以数据为中心的解耦框架DIaS，识别视图不对称与空间不对称两类信息不对称问题，采用高斯过程进行空间嵌入并利用不确定性量化动态推断空间通路，引入非对称协调机制自适应对齐空间与内在表示 | 仅在空间转录组学与高光谱成像两个领域进行验证，未涵盖其他类型的空间高维数据 | 解决空间高维数据中空间模式与高维属性之间的视图不对称以及高维数据内部通路的空间不对称问题 | 空间转录组学数据与高光谱成像数据 | 空间高维数据分析 | NA | 高斯过程空间嵌入 | 解耦框架 | 图像 | 18个基准数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 229 | 2026-10-24 |
FABP4 Couples Lipid Metabolism to PD-L1 Stabilization in Immunosuppressive Myeloid Cells
2026-Oct-21, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-26-0497
PMID:42906118
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研究论文 | 本文揭示了FABP4-PD-L1轴将脂质代谢与髓系细胞的免疫检查点调控联系起来，棕榈酸诱导FABP4并促进PD-L1棕榈酰化使其在细胞表面稳定，从而驱动免疫抑制和肿瘤进展 | 首次鉴定出FABP4-PD-L1轴连接脂质代谢与免疫检查点调控；发现棕榈酸通过FABP4促进PD-L1棕榈酰化实现非转录依赖的细胞表面稳定；揭示了肥胖相关脂质过量驱动免疫逃逸的新机制 | 摘要中未明确说明研究的具体局限性 | 探究脂质信号如何驱动免疫抑制，以及脂质代谢与免疫检查点调控之间的分子联系 | 高脂饮食条件下的脾脏巨噬细胞亚群、髓系细胞、乳腺肿瘤模型及人类外周血单核细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 230 | 2026-10-24 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals autophagy-associated transcriptional vulnerability of dopaminergic neurons after atrazine exposure
2026-Oct-21, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.120961
PMID:42906370
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析成年雄性小鼠暴露于阿特拉津28天后中脑组织的转录组变化，揭示多巴胺能神经元的自噬相关转录脆弱性 | 首次在单细胞水平上揭示阿特拉津暴露后中脑多巴胺能神经元的区域选择性转录脆弱性，发现黑质致密部多巴胺能神经元比腹侧被盖区神经元表现出更强的程序性细胞死亡和自噬相关反应，并通过计算推断出Th-Atg5调控关系 | 样本量较小（每组3只小鼠），仅采用雄性小鼠，暴露时间为28天的亚急性暴露，未涉及慢性暴露或雌性动物的研究 | 表征阿特拉津暴露后中脑多巴胺能神经元损伤相关的转录改变，探索其神经毒性机制 | 成年雄性小鼠中脑组织及多巴胺能神经元 | 神经科学、转录组学 | 神经毒性、帕金森病相关 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | 每组3只小鼠的中脑组织用于scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 231 | 2026-10-24 |
Single-cell and bulk transcriptomic analysis of inflammation-metabolism programs and the tumor microenvironment of colorectal cancer liver metastasis
2026-Oct-21, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103077
PMID:42906454
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研究论文 | 该文通过整合单细胞和bulk转录组数据，分析结直肠癌肝转移中的炎症-代谢程序和肿瘤微环境特征 | 联合使用配对的原发灶与肝转移灶单细胞及bulk转录组数据，从细胞组成、通路模块评分、配体-受体共表达和扩散图拟时序多层面刻画CRLM肿瘤微环境 | 患者数量有限、横断面采样、跨平台一致性弱（Spearman rho=0.106）、缺乏实验验证，配体-受体和轨迹结果仅为假设生成性而非因果或临床验证 | 解析结直肠癌原发灶与配对肝转移灶之间免疫、基质和代谢程序的差异 | 结直肠癌患者原发肿瘤、配对肝转移灶、外周血单个核细胞及正常结肠组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | 文本, 基因表达矩阵 | 单细胞数据集GSE178318共15份样本（6例原发CRC、6例配对肝转移、3例外周血单个核细胞），质控后保留132,915个单细胞；bulk数据集GSE50760共54份样本（18例患者的正常结肠、原发CRC和肝转移） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 232 | 2026-10-24 |
Integrative single-cell and computational pathology analyses reveal a C11orf24-associated stem-like epithelial population linked to tumor microenvironment remodeling and immune evasion in bladder cancer
2026-Oct-21, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.103082
PMID:42906452
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研究论文 | 该文通过整合单细胞和计算病理学分析，揭示了膀胱癌中一个与C11orf24相关的干性上皮细胞群体，该群体与肿瘤微环境重塑和免疫逃逸相关 | 识别了位于分化层级顶端的HStem干性上皮细胞群体，构建了基于86基因特征的图像预后模型，并将单细胞与空间转录组学与计算病理学相结合，发现C11orf24作为潜在干性相关调控因子和治疗靶点 | 药物基因组学分析发现的治疗脆弱性仍需实验验证 | 表征膀胱癌中干性相关的上皮细胞群体及其临床意义 | 膀胱癌（BLCA）初治样本中的上皮细胞及肿瘤微环境 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，深度学习图像分析 | 深度学习 | 图像，文本 | 13个初治BLCA样本共92,218个细胞，外加独立bulk队列 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 233 | 2026-10-24 |
Heterogeneous nanoplastic exposure induces integrated immunometabolic transcriptional responses in human monocytes under continuous flow
2026-Oct-21, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2026.129393
PMID:42906808
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研究论文 | 该研究结合微流控连续流暴露与单细胞RNA测序，探究不同粒径聚苯乙烯纳米塑料对原代人外周血单个核细胞免疫代谢转录响应的影响 | 首次在连续流动态暴露条件下结合微流控与单细胞RNA测序，系统比较单一粒径与混合粒径纳米塑料对人免疫细胞的转录响应，并在单细胞分辨率下揭示免疫代谢协同调控模式 | 仅使用三个供体的PBMC进行流式验证，样本量有限；未进行蛋白质水平或功能层面的系统验证；仅针对聚苯乙烯纳米塑料，未涵盖其他类型纳米塑料 | 阐明纳米塑料粒径和暴露复杂性在动态连续流条件下如何塑造人免疫细胞的转录响应 | 原代人外周血单个核细胞（PBMCs），包括单核细胞和适应性免疫细胞 | 单细胞转录组学、免疫学、环境毒理学 | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术、微流控连续流暴露 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据 | 三个供体的PBMCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 234 | 2026-10-24 |
Spatial transcriptomic sequencing identifies lipid metabolism and mitochondrial respiration as central features of T cell excluded esophageal adenocarcinomas
2026-Oct-21, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-026-03635-3
PMID:42907489
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研究论文 | 该研究利用空间转录组学分析食管腺癌中CD8+ T细胞排除与浸润肿瘤的免疫微环境差异，发现脂质代谢和线粒体呼吸是T细胞排除型肿瘤的核心特征 | 首次在治疗前食管腺癌中结合空间转录组学与代谢 profiling（SCENITH），揭示CD8-low肿瘤中癌细胞抗原呈递减少、脂质和线粒体代谢上调，以及PGC-1α通路和免疫抑制性髓系细胞富集与T细胞排除的关联 | 空间转录组样本量较小（N=12），验证队列代谢 profiling 样本仅5例，结论主要为相关性假设，需进一步功能实验验证靶向线粒体代谢能否改善化疗放疗反应 | 探究驱动CD8+ T细胞从肿瘤免疫微环境中排除的机制，以改善食管腺癌新辅助化疗放疗的疗效 | 治疗前食管腺癌（EAC）肿瘤组织，包括CD8-low和CD8-high肿瘤样本 | 空间转录组学、肿瘤免疫学 | 食管腺癌 | 空间转录组测序、bulk转录组数据分析、SCENITH代谢 profiling | NA | 空间转录组数据、bulk转录组数据、代谢 profiling 数据 | 空间转录组12例EAC样本（CD8-low和CD8-high），代谢 profiling 新鲜肿瘤标本5例，另使用TCGA bulk转录组数据验证 | NA | 空间转录组学、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 235 | 2026-10-24 |
A Photocurable Hydrogel Cardiac Patch Incorporating Formononetin-Loaded Lipid Nanoparticles for Myocardial Repair After Acute Ischemia
2026-Oct-21, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.71879
PMID:42908214
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研究论文 | 该研究开发了一种负载芒柄花黄素脂质纳米粒的光固化水凝胶心脏贴片（Gel-CS/FMN@LNP），用于急性心肌缺血后的心肌修复 | 将芒柄花黄素脂质纳米粒（FMN@LNPs）整合到由甲基丙烯酰化羧甲基壳聚糖（CACSMA）和甲基丙烯酰化明胶（GelMA）组成的光固化水凝胶中，构建兼具可注射性、机械强度和活性因子缓释的多靶点协同治疗心脏贴片 | 仅在MI模型大鼠中验证，缺乏大型动物实验和长期安全性评估；未系统评估水凝胶降解产物及LNP的体内分布与清除 | 开发一种光固化水凝胶心脏贴片用于急性心肌缺血后的心肌修复并阐明其多靶点修复机制 | 心肌梗死模型大鼠、人脐静脉内皮细胞（HUVECs）、心脏形成类器官（HFOs） | 再生医学与生物材料 | 心血管疾病（心肌梗死） | RNA-seq、scRNA-seq | NA | 基因表达数据、图像、组织学数据 | MI模型大鼠（具体数量未说明）、HUVECs及HFOs体外实验 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 236 | 2026-10-24 |
FOXG1 spatiotemporally orchestrates subtype fate specification and patch/matrix identity of striatal spiny projection neurons
2026-Oct-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2603031123
PMID:42879492
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序结合功能缺失实验，揭示了FOXG1在纹状体棘状投射神经元亚型命运特化及斑块/基质身份中的时空调控作用。 | 发现eSPNs与iSPNs在发育上更相似；揭示FOXG1在侧神经节隆起腹侧促进dSPN和iSPN命运而抑制eSPN命运；证明FOXG1缺失导致SPN聚集并损害斑块/基质身份；鉴定FOXG1驱动的转录程序及关键转录因子；发现FOXG1直接调控细胞迁移和黏附相关分子。 | 摘要未明确提及研究局限性。 | 探究纹状体棘状投射神经元亚型特化（尤其是eSPNs）的细胞基础以及斑块/基质互补模式的调控机制。 | 纹状体棘状投射神经元（包括dSPNs、iSPNs和eSPNs）及侧神经节隆起谱系。 | 单细胞转录组学、神经发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、功能缺失实验 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 237 | 2026-10-24 |
A gut microbiota-metabolite-host gene score for subtyping and predicting the treatment response in rheumatoid arthritis: integrative analysis with in silico knockout validation
2026-Oct-20, Bioresources and bioprocessing
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s40643-026-01149-7
PMID:42900335
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研究论文 | 该文整合多个转录组数据集，构建基于肠道菌群-代谢物-宿主基因调控轴的GMS评分，用于类风湿关节炎的分子分型与生物制剂疗效预测，并通过scRNA-seq、in silico敲除和分子对接进行验证 | 首次构建基于肠道菌群-代谢物-宿主基因调控轴的GMS评分，可量化该轴对RA分层和治疗反应的影响，并鉴定FOS/JUN为核心执行基因 | 研究主要基于计算建模和公共数据集整合分析，缺乏大规模前瞻性临床队列验证，体外和体内实验验证有限 | 构建可量化肠道菌群-代谢物-宿主基因调控轴影响的整合生物标志物，用于RA分子分型及治疗反应预测 | 类风湿关节炎患者及RA转录组数据集 | 机器学习, 转录组学, 微生物组学 | 类风湿关节炎 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, in silico基因敲除分析, 分子对接, CIBERSORT免疫浸润分析 | PCA, CIBERSORT, scTenifoldKnk, 分子对接 | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 238 | 2026-10-24 |
Revisiting Ehrlich carcinoma in the era of precision oncology: bridging classical models with modern systems biology
2026-Oct-20, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-026-03452-x
PMID:42900436
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综述 | 本文综述了Ehrlich癌（EC）及其腹水型（EAC）作为经典实验肿瘤模型的特点，指出其研究局限，并提出结合RISC调控网络及多组学等现代系统生物学方法提升其转化价值的思路 | 提出将RISC为中心的转录后调控网络与CRISPR、空间转录组学、代谢谱分析等新兴技术相结合，重新定位EC/EAC在精准肿瘤学时代的研究价值 | EC/EAC研究多局限于转录水平和单一信号通路，缺乏多组学、单细胞与空间分析、功能基因组学、免疫检查点分析及系统层面整合研究，RISC作用研究不足 | 重新审视Ehrlich癌模型的价值，探讨如何将其与现代农业系统生物学方法结合以研究肿瘤进展和治疗反应 | Ehrlich癌（EC）及Ehrlich腹水癌（EAC）模型 | 肿瘤生物学、系统生物学 | 癌症（Ehrlich癌/腹水癌） | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 239 | 2026-10-24 |
CYP1B1 is a potential target of kaempferol in renal fibrosis: a multi‑omics and single‑cell transcriptomics study
2026-Oct-20, Bioresources and bioprocessing
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s40643-026-01135-z
PMID:42900454
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研究论文 | 本研究结合多组学和单细胞转录组学，探讨山奈酚改善肾纤维化的分子靶点与机制，重点关注CYP1B1 | 首次整合转录组分析、WGCNA、多算法机器学习、单细胞转录组学、SHAP分析、CIBERSORT免疫浸润评估、scTenifoldKnk虚拟基因敲除和分子对接，系统识别山奈酚干预肾纤维化的核心靶点CYP1B1，并模拟其功能缺失对成纤维细胞活化和ECM沉积的影响 | 研究结果仅为假设生成性，缺乏实验验证；仅基于计算预测，未进行体内外功能实验确认CYP1B1靶点作用 | 探索山奈酚改善肾纤维化的分子靶点和机制，重点阐明CYP1B1的作用 | 肾纤维化相关的转录组数据和单细胞转录组数据 | 多组学与单细胞转录组学 | 肾纤维化 | 转录组分析、WGCNA、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接 | LASSO、SVM-RFE、随机森林、SHAP、CIBERSORT、scTenifoldKnk | 转录组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq、single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 240 | 2026-10-24 |
Longitudinal proteomics integrated with multi‑omics reveal molecular drivers of responses to neoadjuvant chemotherapy in rectal cancer
2026-Oct-20, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2026.109699
PMID:42901338
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研究论文 | 该研究对156例局部晚期直肠癌患者进行纵向4D-DIA蛋白质组学分析，并结合bulk RNA测序、单细胞转录组学和功能验证，揭示新辅助化疗应答的分子驱动因素 | 首次对直肠癌新辅助化疗进行纵向4D-DIA蛋白质组学分析并整合多组学数据；发现RAC2作为应答预测标志物具有强预测性能（训练AUC=0.867，测试AUC=0.857）；揭示RAC2-high肿瘤在治疗过程中与应答者具有一致的通路动态变化；通过单细胞分析揭示RAC2介导的肿瘤-免疫细胞通讯机制 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 揭示局部晚期直肠癌新辅助化疗应答的分子决定因素，鉴定预测标志物和潜在治疗靶点 | 156例局部晚期直肠癌患者（包括31例配对治疗前后标本）的治疗前和治疗后肿瘤标本 | 数字病理学、肿瘤多组学 | 直肠癌 | 4D-DIA蛋白质组学、bulk RNA测序、单细胞转录组学、功能验证（体外和体内实验） | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | 156例患者的治疗前后肿瘤标本，其中31例为配对治疗前后标本 | NA | 4D-DIA蛋白质组学、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |