单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-09-03	Comprehensive Characterization of Bihormonal Cells and Endocrine Cell Lineages in Mammalian Pancreatic Islets 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416326 PMID:40439685	研究论文	本研究全面表征了哺乳动物胰腺胰岛中的双激素细胞和内分泌细胞谱系，揭示了其稀有性和非过渡性本质	通过多技术整合（基因工程小鼠、成像流式细胞术、单细胞RNA测序和双重组酶谱系追踪）系统验证双激素细胞的稀有性，重新定义内分泌细胞分类并发现物种特异性差异	主要基于小鼠模型，人类样本分析相对有限，可能无法完全代表人类胰岛生物学的复杂性	阐明双激素细胞在胰腺胰岛中的作用、 prevalence 及其在β细胞恢复中的潜力	哺乳动物（小鼠和人类）胰腺胰岛中的内分泌细胞，特别是双激素细胞	细胞生物学	糖尿病	基因工程小鼠模型、成像流式细胞术、单细胞RNA测序、双重组酶谱系追踪、基因共表达网络分析	NA	单细胞转录组数据、荧光成像数据	基因工程小鼠品系和人类胰岛样本（具体数量未在摘要中说明）
222	2025-09-03	HLA-DR⁺ Tumor Cells Show an Association with a Distinct Immune Microenvironment and CD8⁺ T-Cell Exhaustion in HBV-Associated Hepatocellular Carcinoma 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502979 PMID:40464412	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和多尺度蛋白验证，揭示了HLA-DR⁺肿瘤细胞在HBV相关肝细胞癌中的独特作用及其与免疫微环境和T细胞耗竭的关联	首次在HBV相关肝癌中鉴定出HLA-DR⁺肿瘤细胞群体，并揭示其与免疫抑制微环境、CD8⁺ T细胞耗竭的特定关联机制	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证机制因果关系	探究HBV相关肝细胞癌中肿瘤微环境的免疫学特征和机制差异	HBV相关肝细胞癌患者肿瘤样本和免疫细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	scRNA-seq, 多重免疫荧光, 组织微阵列	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	160个样本（来自124名患者）的单细胞数据和198个HCC标本的蛋白验证数据
223	2025-09-03	Real-Time Evolutionary Landscape of the Bronchial Epithelium and Corresponding Dynamic Immune Cell Alterations in Lung Squamous Cell Carcinogenesis 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413256 PMID:40470646	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肺鳞状细胞癌发生过程中支气管上皮细胞的进化轨迹及免疫微环境动态变化	首次在烟草致癌物诱导的大鼠模型中系统描绘从正常上皮到浸润性癌的全过程单细胞进化图谱，并发现CNV在癌前病变阶段已广泛出现	研究基于大鼠模型，与人类疾病存在物种差异；单细胞测序技术本身存在检测灵敏度限制	解析肺鳞癌发生过程中肿瘤细胞与微环境的协同进化机制	大鼠支气管上皮细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞	单细胞组学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	涵盖正常、增生、化生、异型增生、原位癌到浸润性癌的多阶段样本
224	2025-09-03	Mapping the role of cytokine signaling at single-cell and structural resolution in uveal melanoma 2025-Aug, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00337-3 PMID:40490526	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和结构生物学方法，揭示葡萄膜黑色素瘤中细胞因子信号相关基因的预后和治疗意义	首次在单细胞和结构分辨率水平整合分析葡萄膜黑色素瘤的细胞因子信号网络，并发现ISG20作为关键预后标志物和治疗靶点	样本量较小（8个原发和3个转移样本），需要更大队列验证	解析葡萄膜黑色素瘤肿瘤微环境复杂性并识别新的治疗策略	葡萄膜黑色素瘤患者组织样本（原发和转移灶）	计算生物学	葡萄膜黑色素瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, AlphaFold 2, 分子对接分析	Cox回归, LASSO风险模型	单细胞转录组数据, 批量RNA测序数据	8个原发眼组织样本和3个肝转移样本
225	2025-09-03	Paracrine Orchestration of Tumor Microenvironment Remodeling Induced by GLO1 Potentiates Lymph Node Metastasis in Breast Cancer 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500722 PMID:40492378	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境的重塑机制，并发现GLO1在促进转移和维持氧化还原平衡中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序绘制乳腺癌淋巴结转移的完整生态系统图谱，并发现GLO1通过调控GSS蛋白稳定性影响微环境重塑的新机制	样本量有限（23名患者的28个淋巴结样本），且机制研究仍需进一步实验验证	探究乳腺癌淋巴结转移过程中肿瘤微环境重塑的分子机制	乳腺癌患者的淋巴结样本及其中包含的各类细胞（包括癌细胞、成纤维细胞、巨噬细胞和T细胞等）	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞RNA测序、多组学分析	NA	RNA测序数据、多组学数据	23名患者的28个淋巴结样本
226	2025-09-03	DNA damage repair (DDR) related prognostic risk model in multiple myeloma based on single-cell and bulk sequencing 2025-Aug, DNA repair IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.dnarep.2025.103857 PMID:40527059	研究论文	基于单细胞和批量测序构建多发性骨髓瘤DNA损伤修复相关预后风险模型	整合单细胞RNA测序和批量RNA-seq数据，首次构建多发性骨髓瘤DDR相关预后模型并鉴定关键基因	NA	开发多发性骨髓瘤的预后风险分层模型并探索治疗靶点	多发性骨髓瘤患者	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA-seq, WGCNA, 差异表达分析	预后风险模型	基因组测序数据	训练队列和验证队列患者样本
227	2025-09-03	Morphodynamics of human early brain organoid development 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09151-3 PMID:40533563	研究论文	本研究通过活体光片显微镜和计算分析技术，系统追踪了人脑类器官发育过程中的形态动力学和细胞行为	开发了新型双通道多蛋白标记策略与计算解复用方法，首次实现长期同步量化脑类器官发育中多个亚细胞特征的动态变化	研究主要基于无引导脑类器官模型，可能与体内真实大脑发育存在差异	探究人脑早期发育的形态动力学机制及细胞自组织过程	人诱导多能干细胞衍生的脑类器官	发育生物学	NA	光片显微镜、单细胞转录组测序、计算解复用	NA	图像、转录组数据	未明确样本数量的人脑类器官
228	2025-09-03	[Research advances in perineural invasion of pancreatic cancer] 2025-Aug-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery] DOI:10.3760/cma.j.cn112139-20241208-00561 PMID:40556405	综述	本文系统回顾了胰腺癌神经浸润领域的最新研究进展，涵盖其解剖基础、调控网络、实验模型及手术策略创新	整合单细胞空间转录组学的手术导航策略及分子靶向探针联合神经丛精准切除技术	多学科技术临床转化融合仍面临挑战	总结胰腺癌神经浸润机制并探索治疗策略优化	胰腺癌及其神经浸润现象	数字病理	胰腺癌	单细胞空间转录组学、分子靶向探针	NA	NA	NA
229	2025-09-03	Single-Cell RNA Sequencing Identifies MMP11+ Cancer-Associated Fibroblasts as Drivers of Angiogenesis and Bladder Cancer Progression 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502774 PMID:40552583	研究论文	通过单细胞RNA测序识别MMP11+癌症相关成纤维细胞（mCAF）作为膀胱癌血管生成和进展的关键驱动因素	首次发现并表征MMP11 mCAF亚群，揭示其通过WNT5A-MCAM轴调控内皮细胞迁移，并通过CCL11/CCL2招募SPP1巨噬细胞促进血管生成	NA	探索癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤进展中的调控作用	膀胱癌组织中的细胞亚群，包括MMP11+ CAFs、内皮细胞和巨噬细胞	单细胞生物学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
230	2025-09-03	CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in preclinical models of alcoholic pancreatitis 2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574376 PMID:38903082	研究论文	本研究探讨了在酒精性慢性胰腺炎背景下，CREB与致癌Kras协同驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并促进胰腺癌进展的机制	揭示了CREB在酒精性胰腺炎模型中通过持续超活化促进腺泡-导管化生（ADM）和胰腺上皮内瘤变（PanIN）的关键作用，并证明靶向CREB可抑制肿瘤进展	研究主要基于临床前小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明CREB与Kras在慢性炎症环境下促进胰腺癌进展的分子机制	遗传修饰小鼠模型（Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+）及腺泡细胞	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、谱系追踪分析、Western blotting、磷酸激酶阵列、qPCR	NA	基因表达数据、组织学数据	多种遗传工程小鼠模型（包括KC和KCC-/-小鼠）
231	2025-09-03	Maintenance of chronic neuroinflammation in multiple sclerosis via interferon signaling and CD8 T cell-mediated cytotoxicity 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.09.658729 PMID:40568143	研究论文	本研究通过单细胞转录组和T细胞受体测序揭示了多发性硬化中慢性神经炎症的机制，涉及干扰素信号和CD8 T细胞毒性作用	首次结合scRNAseq、scTCR-seq和蛋白质组学方法，在放射学特征明确的患者中鉴定出PRL相关的干扰素信号增强和CD8 TEM细胞克隆扩增	样本量相对有限（34例MS患者和5例健康对照），且治疗组样本较少（仅6例接受B细胞清除治疗）	探究多发性硬化中慢性神经炎症的维持机制及其与疾病进展的关系	多发性硬化患者（包括未治疗和B细胞清除治疗组）和健康对照者的脑脊液及血液免疫细胞	神经免疫学	多发性硬化	scRNAseq, scTCR-seq, 蛋白质组学, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据, 蛋白质组数据	34例多发性硬化成人患者（17例未治疗，6例B细胞清除治疗）和5例健康对照
232	2025-09-03	Identifying Causal Brain Structures, Genes, and Proteins for Osteoarthritis: A Large-Scale Genetic Correlation Study Based on Brain Imaging-Derived Phenotypes, Transcriptomes, and Proteomes 2025-Jun-10, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glaf083 PMID:40247738	研究论文	通过整合脑成像衍生表型、转录组和蛋白质组数据，识别与骨关节炎风险因果相关的脑结构、基因和蛋白质	首次大规模整合脑成像表型、转录组和蛋白质组数据，系统研究脑结构与骨关节炎的遗传相关性并识别因果基因	NA	验证脑结构与骨关节炎风险的相关性，并识别关键因果基因	骨关节炎患者及脑结构、基因和蛋白质数据	生物信息学	骨关节炎	LDSC, MR, TWAS, PWAS, 单细胞RNA-seq eQTL	NA	基因组关联研究(GWAS)数据、转录组数据、蛋白质组数据	826,690名参与者，5,138个脑转录组，152个人脑蛋白质组
233	2025-09-03	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Jun-02, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文回顾了显微分辨率空间转录组学（μST）的技术进展、挑战及未来发展方向	系统总结了μST技术在细胞和亚细胞尺度转录组图谱构建中的突破性进展，并提出了多组学整合与AI驱动分析的新方向	面临每个微米级空间单元转录本发现稀疏、数据跨平台碎片化以及缺乏可扩展通用分析方法的挑战	探讨显微分辨率空间转录组学领域的技术机遇与挑战	空间转录组学技术及其数据分析方法	空间组学	NA	测序和成像为基础的空间转录组学技术	人工智能（AI）驱动分析	空间转录组数据	NA
234	2025-09-03	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	介绍HemaScope，一个专用于分析造血细胞单细胞和空间转录组数据的生物信息学工具包	首个针对造血细胞设计的集成scRNA-seq和ST分析的专业工具包，提供多种用户友好部署形式	NA	开发能够处理单细胞和空间信息的组织良好且用户友好的分析工具	造血细胞	生物信息学	血液疾病	scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	涉及人类骨髓、小鼠急性髓系白血病细胞、血管免疫母细胞T细胞淋巴瘤和原发性中枢神经系统淋巴瘤样本
235	2025-09-03	Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005 PMID:39945785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了正常造血系统的参考层次结构，并开发了HematoMap工具用于解析白血病细胞的异质性和谱系异常	利用余弦距离算法开发似然评分系统，将白血病细胞映射到正常造血层次，并建立LASSO评分模型揭示谱系异常	NA	解析白血病异质性并识别细胞起源和谱系异常	急性髓系白血病(AML)和B细胞前体急性淋巴细胞白血病(BCP-ALL)患者样本	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), bulk RNA测序(RNA-seq)	LASSO	基因表达数据	25名健康捐赠者的10万多个骨髓单核细胞，以及AML和BCP-ALL患者样本
236	2025-09-03	Immune signatures of megakaryocytes in persistent inflammation-immunosuppression and catabolism syndrome 2025-May-30, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025087 PMID:40443348	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析持续性炎症-免疫抑制和分解代谢综合征（PICS）患者中巨核细胞的免疫特征及其作用机制	首次发现巨核细胞在PICS中存在五个功能亚群（MK1-MK5），并揭示其通过CCL5表达和细胞间互作调节免疫稳态的新功能	样本量较小（仅11例人类样本），且动物模型与人类疾病存在潜在差异	探究巨核细胞在PICS中的免疫学作用及其分子机制	人类外周血单核细胞样本（PICS患者、脓毒症患者和健康对照）及PICS模型小鼠	免疫学	脓毒症后并发症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因本体分析，配体-受体互作分析	NA	RNA测序数据	11例人类样本（6例PICS、5例脓毒症、5例健康对照）及小鼠模型
237	2025-09-03	EryDB: A Transcriptomic Profile Database for Erythropoiesis and Erythroid-related Diseases 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae029 PMID:39436241	研究论文	介绍EryDB，一个专注于红细胞生成和红细胞相关疾病转录组数据的开放数据库	构建首个全面整合并精心策划的红细胞生成特异性数据库，支持多物种、多组织类型和多疾病的数据浏览与分析	NA	促进红细胞生成及红细胞相关疾病的基因表达数据挖掘和大规模研究	红细胞生成过程及红细胞相关疾病	生物信息学	红细胞相关疾病	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	3803个样本和1,187,119个单细胞，来自107项公共研究，涵盖3个物种、9种组织类型和5种疾病
238	2025-09-03	Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01622-z PMID:40011560	研究论文	利用可扩展的单细胞扰动筛选系统重建分子通路特征	开发改进的计算框架Mixscale处理扰动效率的细胞变异，并优化统计方法学习差异表达基因列表和保守分子特征	NA	系统识别信号调节因子在不同生物背景下的靶标，并推断扰动特征图谱	六种细胞系和五种生物信号背景中的分子通路	功能基因组学	NA	Perturb-seq（混合遗传筛选与单细胞测序），组合索引，NGS	NA	单细胞测序数据	超过1500次扰动，涉及六种细胞系和五种生物信号背景
239	2025-01-23	Finding and Profiling Renal Cells with Spatial Transcriptomics 2025-Jan-22, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000632 PMID:39836482	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
240	2025-09-03	Single-Cell Transcriptome Sequencing and Analysis Provide a New Approach for the Treatment of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix 2025, Neuroendocrinology IF:3.2Q2 DOI:10.1159/000542833 PMID:39602898	研究论文	首次对宫颈小细胞神经内分泌癌进行单细胞转录组测序，揭示其分子特征和肿瘤微环境，筛选关键预后基因	首次应用scRNA-Seq技术研究SCNECC，发现两种恶性细胞群及肿瘤进展路径，识别ERBB4/NRG1-mTOR等关键信号通路上调	样本量较小（仅1例患者肿瘤组织），依赖公共数据库健康对照数据	探究SCNECC的分子特征、细胞起源和发病机制	宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）患者肿瘤组织及健康宫颈组织	单细胞组学	宫颈癌	scRNA-Seq（单细胞转录组测序）	NA	单细胞转录组数据	1例SCNECC患者肿瘤样本 + 公共数据库健康宫颈组织数据