单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23961	2024-08-09	CEL-Seq: single-cell RNA-Seq by multiplexed linear amplification 2012-Sep-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2012.08.003 PMID:22939981	research paper	本文介绍了一种名为CEL-Seq的单细胞RNA测序方法，通过条形码和样本池化，使用体外转录进行线性扩增，以克服RNA起始量小的限制。	CEL-Seq方法比基于PCR的扩增方法提供更可重复、线性和敏感的结果。	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序方法，以实现对复杂组织中多样细胞群体的转录组分析。	C. elegans早期胚胎发育的单细胞分辨率研究。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	NA
23962	2024-08-09	Genomic sequencing of uncultured microorganisms from single cells 2012-Sep, Nature reviews. Microbiology DOI:10.1038/nrmicro2857 PMID:22890147	综述	本文综述了单细胞基因组测序技术的发展及其在微生物研究中的应用	单细胞测序技术使得无需培养方法即可直接从环境样本或临床标本中测序细菌物种，且近期技术改进常能从这些难以接触的物种中近乎完整地组装基因组	NA	探讨单细胞测序技术的发展及其在微生物研究中的应用	微生物基因组	基因组学	NA	单细胞测序	NA	DNA	单个细胞
23963	2024-08-09	An automated microfluidic device for assessment of mammalian cell genetic stability 2012-Oct-21, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c2lc40437k PMID:22814625	研究论文	本文报道了一种集成微流控方法，用于快速测量单个细胞中的基因表达，以评估细胞群体的遗传稳定性	开发了一种集成系统，具有单独的控制器，用于有效的单细胞转录组分析，能够高回收率地将单个细胞操纵到纳升反应器中	NA	解决现有微流控平台无法有效处理单细胞进行常规分子分析的问题	单细胞转录组分析，遗传稳定性评估	生物技术	NA	微流控技术	NA	基因表达数据	大量HeLa细胞和293T细胞
23964	2024-08-09	Full-length mRNA-Seq from single-cell levels of RNA and individual circulating tumor cells 2012-Aug, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.2282 PMID:22820318	研究论文	本文介绍了一种名为Smart-Seq的稳健mRNA-Seq协议，适用于单细胞水平的转录组分析	Smart-Seq相较于现有方法，提高了转录本的读取覆盖率，增强了替代转录本和单核苷酸多态性的详细分析	尽管单细胞的基因表达估计增加了噪声，但仍能通过少量细胞类型识别数百个差异表达基因	开发和验证一种适用于单细胞转录组分析的新技术	单细胞水平的RNA和循环肿瘤细胞	基因组学	黑色素瘤	mRNA-Seq	NA	RNA	少量细胞类型
23965	2024-08-09	Metagenome, metatranscriptome and single-cell sequencing reveal microbial response to Deepwater Horizon oil spill 2012-Sep, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2012.59 PMID:22717885	研究论文	本研究通过宏基因组、宏转录组和单细胞测序技术，揭示了深水地平线石油泄漏事件中微生物群落对石油的响应	首次揭示了Oceanospirillales在石油降解中的功能角色，并通过单细胞测序技术阐明了其降解环己烷的完整途径	研究主要集中在石油泄漏初期的微生物响应，未涉及长期生态影响	确定Oceanospirillales和其他本地微生物群落成员在石油泄漏中的功能角色	深水地平线石油泄漏事件中的微生物群落	宏基因组学	NA	宏基因组测序、宏转录组测序、单细胞测序	NA	DNA、RNA	涉及石油泄漏区域的样本和未受污染的海水样本
23966	2024-08-09	The biology of genomes. Single-cell sequencing tackles basic and biomedical questions 2012-May-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.336.6084.976 PMID:22628633	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23967	2024-08-09	IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth 2012-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bts174 PMID:22495754	研究论文	介绍了一种基于de Bruijn图方法的IDBA-UD算法，用于组装来自单细胞测序或宏基因组测序技术的不均匀测序深度的读取数据	采用了多种非平凡技术来解决不均匀测序深度的问题，包括使用多个深度相关阈值来去除错误k-mer，以及使用配对端信息的局部组装技术来解决低深度短重复区域的分支问题	NA	开发一种能够处理不均匀测序深度的基因组组装算法	单细胞测序和宏基因组测序数据	基因组学	NA	单细胞测序，宏基因组测序	de Bruijn图	测序读取数据	不同数据集
23968	2024-08-09	SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing 2012-May, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2012.0021 PMID:22506599	研究论文	本文介绍了一种新的基因组装算法SPAdes，并展示了其在单细胞测序中的应用	SPAdes算法在单细胞和标准（多细胞）组装中均表现优异，超过了E+V-SC和流行的Velvet及SoapDeNovo组装器	NA	旨在通过单细胞基因组学补充基于基因的元基因组数据，提供无法培养的生物的完整基因组信息	无法在实验室中克隆的细菌基因组	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
23969	2024-08-09	Single-cell sequencing provides clues about the host interactions of segmented filamentous bacteria (SFB) 2012-Jun, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.131482.111 PMID:22434425	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，从老鼠肠道中分离出五条分段丝状细菌（SFB）的丝状体，并对其基因组进行了测序和比较分析	发现SFB依赖宿主获取多种必需营养素，具有高比例的细胞周期控制和细胞膜生物合成相关蛋白，以及SFB特异性的自溶素和一种类似dynamin的蛋白	NA	揭示分段丝状细菌（SFB）与宿主的相互作用及其在哺乳动物肠道中的适应性	分段丝状细菌（SFB）的基因组	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组序列	五条SFB丝状体
23970	2024-08-09	Single-cell exome sequencing and monoclonal evolution of a JAK2-negative myeloproliferative neoplasm 2012-Mar-02, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2012.02.028 PMID:22385957	研究论文	本文介绍了一种在单细胞核苷酸水平上分析癌症基因组的方法，并通过单细胞全外显子测序研究了一名JAK2阴性骨髓增殖性肿瘤患者的细胞	开发了一种高吞吐量的全基因组单细胞测序方法，并首次在单细胞水平上揭示了JAK2阴性骨髓增殖性肿瘤的单克隆进化	研究样本量较小，仅为90个细胞，且仅针对一名患者	探索肿瘤异质性对克隆进化和驱动基因识别的影响，并开发新的单细胞测序技术	JAK2阴性骨髓增殖性肿瘤患者的单细胞	数字病理学	骨髓增殖性肿瘤	单细胞全外显子测序	NA	基因组数据	90个单细胞
23971	2024-08-09	Genomic insights to SAR86, an abundant and uncultivated marine bacterial lineage 2012-Jun, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2011.189 PMID:22170421	研究论文	本研究利用生物信息学技术从海洋宏基因组中组装出两个近乎完整的SAR86细菌基因组，并通过单细胞测序获得了两个部分基因组，以增加对海洋表面非光合细菌的了解。	首次从宏基因组数据中组装出SAR86细菌的近乎完整基因组，并通过系统发生基因组学分析确定了其在γ-变形菌中的基础和分化地位。	研究主要依赖于生物信息学分析和单细胞测序，未进行实验室培养，可能限制了对SAR86细菌生理生态特性的全面了解。	增加对海洋表面非光合细菌SAR86的基因组和代谢特性的了解。	海洋微生物群落中的SAR86细菌。	微生物学	NA	宏基因组学，单细胞测序	NA	基因组数据	四个SAR86细菌基因组（两个近乎完整，两个部分）
23972	2024-08-09	Drug targets: single-cell transcriptomics hastens unbiased discovery 2012-Jan, Trends in pharmacological sciences IF:13.9Q1 DOI:10.1016/j.tips.2011.09.006 PMID:22032985	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在神经和精神药理学药物发现中的应用	使用下一代测序技术进行单细胞转录组学分析，能够识别数百种不同的受体和通道，并验证其功能基因产物	NA	旨在通过单细胞转录组学技术发现新的药物靶点	神经和精神药理学中的药物靶点	生物技术	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	数百个不同的受体和通道
23973	2024-08-09	The transcriptome of a human polar body accurately reflects its sibling oocyte 2011-Nov-25, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.M111.289868 PMID:21953461	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，研究了人类极体与其姐妹卵母细胞的转录组相似性	首次证明了人类极体的转录组可以准确反映其姐妹卵母细胞的转录组，为体外受精（IVF）中的卵母细胞质量评估提供了新的分子诊断方法	NA	开发一种可靠且准确的方法来评估体外受精前卵母细胞的质量	人类极体和卵母细胞的转录组	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	超过12,700个独特的mRNA和miRNA来自卵母细胞样本，5,431个mRNA来自姐妹极体
23974	2024-08-09	High-throughput single-cell sequencing identifies photoheterotrophs and chemoautotrophs in freshwater bacterioplankton 2012-Jan, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2011.84 PMID:21716306	研究论文	本文通过单细胞和宏基因组DNA测序技术，研究了温带多样性淡水湖泊光照区中的主要光异养菌和化能自养菌	本文显著扩展了淡水光异养菌的已知分类范围，并发现了跨门水平基因转移和重组的证据	NA	揭示淡水生态系统中光异养菌和化能自养菌的丰度和分类身份	淡水湖泊光照区中的光异养菌和化能自养菌	微生物学	NA	单细胞测序, 宏基因组测序	NA	DNA	712个单扩增基因组
23975	2024-08-09	Error correction of high-throughput sequencing datasets with non-uniform coverage 2011-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btr208 PMID:21685062	research paper	本文开发了一种名为Hammer的方法，用于对非均匀覆盖的高通量测序数据集进行错误校正	Hammer方法不依赖于均匀性假设，基于汉明图和简单的概率模型进行错误校正，适用于非均匀的单细胞测序数据	NA	解决非均匀覆盖的高通量测序数据集的错误校正问题	高通量测序数据集的错误校正方法	NA	NA	HTS	NA	sequencing reads	NA
23976	2024-08-09	Future medical applications of single-cell sequencing in cancer 2011-May-31, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/gm247 PMID:21631906	综述	本文综述了单细胞测序技术在癌症诊断和治疗中的应用及其面临的挑战和技术细节	单细胞测序技术能够解析复杂细胞混合物中的基因组差异，如异质性肿瘤，这在以往的方法中是无法实现的	文章中未明确提及具体的局限性	探讨单细胞测序技术在医学中的应用，特别是在癌症的早期检测、循环肿瘤细胞监测、肿瘤内异质性测量和化疗指导中的应用	单细胞测序技术及其在癌症治疗中的应用	数字病理学	癌症	下一代测序方法	NA	基因组数据	单个细胞
23977	2024-08-09	Characterization of the single-cell transcriptional landscape by highly multiplex RNA-seq 2011-Jul, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.110882.110 PMID:21543516	研究论文	本文描述了一种新的策略，通过高度多重RNA测序来表征单细胞转录组景观	提出了一种无需已知标记即可分类细胞类型的新策略，通过单细胞RNA测序生成表达谱并聚类形成二维细胞图	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示复杂组织中细胞类型的真实表达模式	单细胞转录组	基因表达分析	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	85个单细胞，两种不同类型
23978	2024-08-09	A single-cell sequencing approach to the classification of large, vacuolated sulfur bacteria 2011-Jun, Systematic and applied microbiology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.syapm.2011.02.001 PMID:21498017	研究论文	本文通过单细胞测序方法对大型、含硫空泡细菌进行分类研究	提出了保留Beggiatoaceae科的建议，并增加了九个Candidatus种和七个新的Candidatus属	NA	通过基因测序和形态学分析，重新评估大型硫细菌的分类	非丝状和已知丝状的大型硫细菌，包括Thiomargarita namibiensis等	微生物学	NA	16S rRNA基因和内部转录间隔区（ITS）测序	NA	序列数据	128个近全长16S rRNA-ITS序列
23979	2024-08-09	Tumour evolution inferred by single-cell sequencing 2011-Apr-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature09807 PMID:21399628	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了人类乳腺癌肿瘤的细胞群体结构和进化过程	利用流式细胞仪分离的细胞核、全基因组扩增和下一代测序技术，准确量化了个体细胞核内的基因组拷贝数	仅分析了两个乳腺癌病例，可能不足以代表所有乳腺癌的进化模式	探索肿瘤细胞的遗传异质性及其在肿瘤进化中的作用	人类乳腺癌肿瘤的细胞群体结构和进化	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	分析了200个单细胞样本，分别来自两个乳腺癌病例
23980	2024-08-09	Capturing diversity of marine heterotrophic protists: one cell at a time 2011-Apr, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2010.155 PMID:20962875	研究论文	本文采用单细胞测序技术评估缅因湾小型（直径小于10微米）异养原生生物的组成	使用单细胞测序技术，相比传统环境PCR克隆方法，能更准确地评估原生生物群落组成，并能分析未培养原生生物群组的多个基因或整个基因组	现有的研究工具存在PCR和克隆偏差、低系统发育分辨率等显著限制	评估海洋中异养原生生物的多样性	小型异养原生生物	分子方法	NA	单细胞测序	NA	基因序列	单个细胞