单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23901	2024-08-09	Single-cell sequencing provides clues about the host interactions of segmented filamentous bacteria (SFB) 2012-Jun, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.131482.111 PMID:22434425	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，从老鼠肠道中分离出五条分段丝状细菌（SFB）的丝状体，并对其基因组进行了测序和比较分析	发现SFB依赖宿主获取多种必需营养素，具有高比例的细胞周期控制和细胞膜生物合成相关蛋白，以及SFB特异性的自溶素和一种类似dynamin的蛋白	NA	揭示分段丝状细菌（SFB）与宿主的相互作用及其在哺乳动物肠道中的适应性	分段丝状细菌（SFB）的基因组	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组序列	五条SFB丝状体
23902	2024-08-09	Single-cell exome sequencing and monoclonal evolution of a JAK2-negative myeloproliferative neoplasm 2012-Mar-02, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2012.02.028 PMID:22385957	研究论文	本文介绍了一种在单细胞核苷酸水平上分析癌症基因组的方法，并通过单细胞全外显子测序研究了一名JAK2阴性骨髓增殖性肿瘤患者的细胞	开发了一种高吞吐量的全基因组单细胞测序方法，并首次在单细胞水平上揭示了JAK2阴性骨髓增殖性肿瘤的单克隆进化	研究样本量较小，仅为90个细胞，且仅针对一名患者	探索肿瘤异质性对克隆进化和驱动基因识别的影响，并开发新的单细胞测序技术	JAK2阴性骨髓增殖性肿瘤患者的单细胞	数字病理学	骨髓增殖性肿瘤	单细胞全外显子测序	NA	基因组数据	90个单细胞
23903	2024-08-09	Genomic insights to SAR86, an abundant and uncultivated marine bacterial lineage 2012-Jun, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2011.189 PMID:22170421	研究论文	本研究利用生物信息学技术从海洋宏基因组中组装出两个近乎完整的SAR86细菌基因组，并通过单细胞测序获得了两个部分基因组，以增加对海洋表面非光合细菌的了解。	首次从宏基因组数据中组装出SAR86细菌的近乎完整基因组，并通过系统发生基因组学分析确定了其在γ-变形菌中的基础和分化地位。	研究主要依赖于生物信息学分析和单细胞测序，未进行实验室培养，可能限制了对SAR86细菌生理生态特性的全面了解。	增加对海洋表面非光合细菌SAR86的基因组和代谢特性的了解。	海洋微生物群落中的SAR86细菌。	微生物学	NA	宏基因组学，单细胞测序	NA	基因组数据	四个SAR86细菌基因组（两个近乎完整，两个部分）
23904	2024-08-09	Drug targets: single-cell transcriptomics hastens unbiased discovery 2012-Jan, Trends in pharmacological sciences IF:13.9Q1 DOI:10.1016/j.tips.2011.09.006 PMID:22032985	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在神经和精神药理学药物发现中的应用	使用下一代测序技术进行单细胞转录组学分析，能够识别数百种不同的受体和通道，并验证其功能基因产物	NA	旨在通过单细胞转录组学技术发现新的药物靶点	神经和精神药理学中的药物靶点	生物技术	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	数百个不同的受体和通道
23905	2024-08-09	The transcriptome of a human polar body accurately reflects its sibling oocyte 2011-Nov-25, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.M111.289868 PMID:21953461	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，研究了人类极体与其姐妹卵母细胞的转录组相似性	首次证明了人类极体的转录组可以准确反映其姐妹卵母细胞的转录组，为体外受精（IVF）中的卵母细胞质量评估提供了新的分子诊断方法	NA	开发一种可靠且准确的方法来评估体外受精前卵母细胞的质量	人类极体和卵母细胞的转录组	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	超过12,700个独特的mRNA和miRNA来自卵母细胞样本，5,431个mRNA来自姐妹极体
23906	2024-08-09	High-throughput single-cell sequencing identifies photoheterotrophs and chemoautotrophs in freshwater bacterioplankton 2012-Jan, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2011.84 PMID:21716306	研究论文	本文通过单细胞和宏基因组DNA测序技术，研究了温带多样性淡水湖泊光照区中的主要光异养菌和化能自养菌	本文显著扩展了淡水光异养菌的已知分类范围，并发现了跨门水平基因转移和重组的证据	NA	揭示淡水生态系统中光异养菌和化能自养菌的丰度和分类身份	淡水湖泊光照区中的光异养菌和化能自养菌	微生物学	NA	单细胞测序, 宏基因组测序	NA	DNA	712个单扩增基因组
23907	2024-08-09	Error correction of high-throughput sequencing datasets with non-uniform coverage 2011-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btr208 PMID:21685062	research paper	本文开发了一种名为Hammer的方法，用于对非均匀覆盖的高通量测序数据集进行错误校正	Hammer方法不依赖于均匀性假设，基于汉明图和简单的概率模型进行错误校正，适用于非均匀的单细胞测序数据	NA	解决非均匀覆盖的高通量测序数据集的错误校正问题	高通量测序数据集的错误校正方法	NA	NA	HTS	NA	sequencing reads	NA
23908	2024-08-09	Future medical applications of single-cell sequencing in cancer 2011-May-31, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/gm247 PMID:21631906	综述	本文综述了单细胞测序技术在癌症诊断和治疗中的应用及其面临的挑战和技术细节	单细胞测序技术能够解析复杂细胞混合物中的基因组差异，如异质性肿瘤，这在以往的方法中是无法实现的	文章中未明确提及具体的局限性	探讨单细胞测序技术在医学中的应用，特别是在癌症的早期检测、循环肿瘤细胞监测、肿瘤内异质性测量和化疗指导中的应用	单细胞测序技术及其在癌症治疗中的应用	数字病理学	癌症	下一代测序方法	NA	基因组数据	单个细胞
23909	2024-08-09	Characterization of the single-cell transcriptional landscape by highly multiplex RNA-seq 2011-Jul, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.110882.110 PMID:21543516	研究论文	本文描述了一种新的策略，通过高度多重RNA测序来表征单细胞转录组景观	提出了一种无需已知标记即可分类细胞类型的新策略，通过单细胞RNA测序生成表达谱并聚类形成二维细胞图	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示复杂组织中细胞类型的真实表达模式	单细胞转录组	基因表达分析	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	85个单细胞，两种不同类型
23910	2024-08-09	A single-cell sequencing approach to the classification of large, vacuolated sulfur bacteria 2011-Jun, Systematic and applied microbiology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.syapm.2011.02.001 PMID:21498017	研究论文	本文通过单细胞测序方法对大型、含硫空泡细菌进行分类研究	提出了保留Beggiatoaceae科的建议，并增加了九个Candidatus种和七个新的Candidatus属	NA	通过基因测序和形态学分析，重新评估大型硫细菌的分类	非丝状和已知丝状的大型硫细菌，包括Thiomargarita namibiensis等	微生物学	NA	16S rRNA基因和内部转录间隔区（ITS）测序	NA	序列数据	128个近全长16S rRNA-ITS序列
23911	2024-08-09	Tumour evolution inferred by single-cell sequencing 2011-Apr-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature09807 PMID:21399628	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了人类乳腺癌肿瘤的细胞群体结构和进化过程	利用流式细胞仪分离的细胞核、全基因组扩增和下一代测序技术，准确量化了个体细胞核内的基因组拷贝数	仅分析了两个乳腺癌病例，可能不足以代表所有乳腺癌的进化模式	探索肿瘤细胞的遗传异质性及其在肿瘤进化中的作用	人类乳腺癌肿瘤的细胞群体结构和进化	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	分析了200个单细胞样本，分别来自两个乳腺癌病例
23912	2024-08-09	Capturing diversity of marine heterotrophic protists: one cell at a time 2011-Apr, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2010.155 PMID:20962875	研究论文	本文采用单细胞测序技术评估缅因湾小型（直径小于10微米）异养原生生物的组成	使用单细胞测序技术，相比传统环境PCR克隆方法，能更准确地评估原生生物群落组成，并能分析未培养原生生物群组的多个基因或整个基因组	现有的研究工具存在PCR和克隆偏差、低系统发育分辨率等显著限制	评估海洋中异养原生生物的多样性	小型异养原生生物	分子方法	NA	单细胞测序	NA	基因序列	单个细胞
23913	2024-08-09	Transcriptome study for early hematopoiesis--achievement, challenge and new opportunity 2010-Jun, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.22065 PMID:20143329	研究论文	本文研究造血干细胞前体细胞中的基因表达，以理解早期造血作用的遗传调控程序并识别干预造血障碍的基因靶点	采用了新开发的单细胞转录组方法和下一代DNA测序技术，为早期造血作用的转录组研究提供了新机遇	造血干细胞前体细胞的稀有性为研究设定了物理限制，传统基因组技术难以实现全面的转录组检测，且传统生物学方法难以从大量表达基因中识别控制干细胞自我更新和分化的关键基因	理解早期造血作用的遗传机制	造血干细胞前体细胞中的基因表达	基因组学	NA	单细胞转录组方法，下一代DNA测序技术	NA	转录组	NA
23914	2024-08-09	PGD on a recombinant allele: crossover between the TSC2 gene and 'linked' markers impairs accurate diagnosis 2008-Oct, Prenatal diagnosis IF:2.7Q2 DOI:10.1002/pd.2070 PMID:18792920	研究论文	本文探讨了在基于家族单体型开发准确的植入前遗传诊断（PGD）协议时考虑可能重组的重要性	本文首次在PGD分析中考虑了多代家族成员的单体型构建，以检测重组事件并实现精确诊断	文章未提及具体的局限性	开发一种基于家族单体型的准确植入前遗传诊断协议	研究对象为受结节性硬化症（TSC）影响的家族及其胚胎	NA	结节性硬化症	多重聚合酶链反应（PCR）、单细胞测序	NA	基因组DNA	涉及一个受TSC影响的家族及其胚胎
23915	2024-08-09	Genomic sequencing of single microbial cells from environmental samples 2008-Jun, Current opinion in microbiology IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.mib.2008.05.006 PMID:18550420	研究论文	本文探讨了将单细胞基因组测序技术应用于实验室环境样品中微生物细胞的研究策略	单细胞测序技术提供了一种无需培养即可进行基因组测序的替代方法，通过多重置换扩增（MDA）从单个细菌中扩增出所需的微克级DNA	MDA可能无法从大多数细菌中的单拷贝中恢复整个基因组，且在DNA扩增反应中可能发生一些序列重排	研究如何将单细胞基因组测序技术应用于实验室环境样品中的微生物细胞	环境样品中的单个微生物细胞	基因组学	NA	多重置换扩增（MDA）	NA	DNA	单个细菌细胞
23916	2024-08-09	TCR-based lineage tracing: no evidence for conversion of conventional into regulatory T cells in response to a natural self-antigen in pancreatic islets 2007-Sep-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20070822 PMID:17724131	研究论文	本文通过TCR基的谱系追踪技术，研究了在胰腺胰岛中自然自身抗原反应下，常规T细胞向调节性T细胞的转化情况	使用高吞吐量的单细胞测序技术，分析了T reg和T conv细胞在TCRalpha链上的CDR3alpha区域的差异，以此作为标记来检测T conv向T reg细胞的转化	研究仅限于特定的小鼠模型和特定的TCR，可能不适用于所有情况	验证在自然自身抗原反应下，常规T细胞是否能转化为调节性T细胞，从而在外周产生耐受性	BDC2.5 TCR转基因小鼠的T reg和T conv细胞	免疫学	糖尿病	单细胞测序	NA	序列数据	大量外周BDC(+)Valpha2(+)细胞
23917	2024-08-09	Single-cell sequencing and mini-sequencing for preimplantation genetic diagnosis 2003-Aug, Prenatal diagnosis IF:2.7Q2 DOI:10.1002/pd.658 PMID:12913874	研究论文	本文评估了单细胞水平上DNA测序和微测序技术在临床诊断中的可靠性和准确性，并报告了利用微测序技术进行囊性纤维化、镰状细胞贫血和β-地中海贫血诊断的单细胞协议。	微测序技术允许分析非常小的DNA片段，小扩增子具有较低的等位基因脱落率，这可能提高PGD的可靠性。	NA	评估单细胞测序和微测序技术在植入前遗传诊断中的应用。	囊性纤维化、镰状细胞贫血和β-地中海贫血的诊断。	NA	囊性纤维化、镰状细胞贫血、β-地中海贫血	单细胞测序、微测序	NA	DNA	单细胞
23918	2024-08-09	Single-cell transcriptional analysis of neuronal progenitors 2003-Apr-24, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/s0896-6273(03)00229-0 PMID:12718852	研究论文	本文通过单细胞转录组分析技术，研究了神经前体细胞和成熟感觉神经元的表达谱，揭示了神经分化和多样化的分子机制	本文首次展示了单细胞转录组分析技术在神经前体细胞和成熟感觉神经元中的应用，能够精确识别数百种转录差异，并定义了多种信号通路	NA	揭示神经分化和多样化的分子机制	神经前体细胞和成熟感觉神经元	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	从分离的组织或完整切片中收集的单个神经元和前体细胞