单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23861	2024-08-09	Nearly finished genomes produced using gel microdroplet culturing reveal substantial intraspecies genomic diversity within the human microbiome 2013-May, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.142208.112 PMID:23493677	研究论文	本文通过凝胶微滴培养技术揭示了人类微生物组中物种内基因组多样性	使用凝胶微滴培养技术减少了MDA反应中的偏差，并显著提高了基因组测序和组装的准确性	MDA技术从单个染色体拷贝中存在放大偏差和大量特异性损失的问题	探索微生物基因组多样性，并改进基因组测序技术	人类口腔和粪便微生物组样本中的两种细菌物种	NA	NA	多重置换扩增(MDA)	NA	基因组数据	数百至数千个遗传上相同的细胞
23862	2024-08-09	Single-cell sequencing in its prime 2013-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.2523 PMID:23471069	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23863	2024-08-09	Inferring the kinetics of stochastic gene expression from single-cell RNA-sequencing data 2013-Jan-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/gb-2013-14-1-r7 PMID:23360624	research paper	本文开发了一种统计框架，用于从单细胞RNA测序数据中研究随机基因表达的动力学	提出了一个新的统计模型，能够从单细胞RNA测序数据中推断基因表达的动力学参数，并发现组蛋白修饰对转录爆发的影响	NA	研究基因表达的动力学特性	单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	RNA-seq	统计模型	数据	小鼠胚胎干细胞的单细胞RNA测序数据集
23864	2024-08-09	High-throughput sequencing for biology and medicine 2013, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/msb.2012.61 PMID:23340846	综述	本文综述了高通量测序技术在生物学和医学领域的广泛应用及其带来的新见解	介绍了高通量测序技术在转录组动态、基因组结构和基因组变异分析方面的创新方法	讨论了高通量测序在生物学和健康领域未来可能面临的障碍	探讨高通量测序技术在生物学和医学领域的新应用及其对复杂生物系统的洞察	涉及转录组、基因组结构、基因组变异、单细胞测序等多个生物学和医学研究对象	基因组学	NA	高通量测序	NA	基因组数据	NA
23865	2024-08-09	BayesHammer: Bayesian clustering for error correction in single-cell sequencing 2013, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/1471-2164-14-S1-S7 PMID:23368723	研究论文	本文介绍了一种基于汉明图和贝叶斯子聚类的新型错误校正工具BAYESHAMMER，用于单细胞测序中的错误校正	引入了基于汉明图和贝叶斯子聚类的新算法，这些算法在单细胞测序项目中表现出色，并且比现有的多细胞测序错误校正工具更快	NA	开发一种适用于单细胞测序的错误校正工具，并验证其在多细胞测序数据中的性能	单细胞测序数据和多细胞测序数据的错误校正	测序技术	NA	单细胞测序	贝叶斯聚类	测序读取数据	NA
23866	2024-08-09	Molecular characterization of heterogeneous mesenchymal stem cells with single-cell transcriptomes 2013 Mar-Apr, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2012.12.003 PMID:23266308	综述	本文综述了间充质干细胞（MSC）的潜在治疗应用，并讨论了使用单细胞转录组分析对异质细胞群进行分子表征的系统方法	提出了一种基于单细胞转录组分析的系统方法，用于在没有已知生物标志物的情况下对异质细胞群进行分子表征	NA	探讨间充质干细胞的分子表征及其在再生医学中的治疗应用	间充质干细胞及其在不同临床情况下的治疗价值	再生医学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组	NA
23867	2024-08-09	Genome-wide detection of single-nucleotide and copy-number variations of a single human cell 2012-Dec-21, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.1229164 PMID:23258894	研究论文	本文报道了一种新的扩增方法——多次退火和循环扩增环（MALBAC），用于单细胞全基因组测序，实现了高均匀性的基因组覆盖	提出了MALBAC扩增方法，提高了单细胞全基因组测序的覆盖率和均匀性	NA	开发和验证一种新的单细胞全基因组扩增方法，用于检测单细胞中的单核苷酸变异和拷贝数变异	单个人类细胞的基因组	基因组学	癌症	MALBAC	NA	DNA	三个相关细胞
23868	2024-08-09	Cancer genome sequencing: understanding malignancy as a disease of the genome, its conformation, and its evolution 2013-Nov-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2012.10.018 PMID:23111104	研究论文	本文探讨了癌症基因组测序技术的发展及其在理解癌症基因组结构和进化中的应用	介绍了高通量测序技术在癌症基因组和转录组变异分析中的新化学和计算技术，以及单细胞测序在研究肿瘤进化中的潜力	NA	研究癌症基因组测序技术，以更好地理解癌症作为基因组、其结构和进化的疾病	癌症基因组及其结构和进化	数字病理学	NA	高通量测序	NA	基因组数据	涉及多种恶性肿瘤
23869	2024-08-09	DNA template strand sequencing of single-cells maps genomic rearrangements at high resolution 2012-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2206 PMID:23042453	研究论文	本文开发了Strand-seq技术，用于独立测序单个细胞中的父母DNA模板链，以高分辨率映射基因组重排	Strand-seq技术使得以比以往高几个数量级的分辨率映射姐妹染色单体交换（SCEs）成为可能	NA	开发新技术以高分辨率映射基因组重排并优化参考基因组	单个细胞中的DNA模板链和基因组重排	基因组学	NA	Strand-seq	NA	DNA序列	62个单个的小鼠胚胎干细胞（mES细胞）
23870	2024-08-09	CEL-Seq: single-cell RNA-Seq by multiplexed linear amplification 2012-Sep-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2012.08.003 PMID:22939981	research paper	本文介绍了一种名为CEL-Seq的单细胞RNA测序方法，通过条形码和样本池化，使用体外转录进行线性扩增，以克服RNA起始量小的限制。	CEL-Seq方法比基于PCR的扩增方法提供更可重复、线性和敏感的结果。	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序方法，以实现对复杂组织中多样细胞群体的转录组分析。	C. elegans早期胚胎发育的单细胞分辨率研究。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	NA
23871	2024-08-09	Genomic sequencing of uncultured microorganisms from single cells 2012-Sep, Nature reviews. Microbiology DOI:10.1038/nrmicro2857 PMID:22890147	综述	本文综述了单细胞基因组测序技术的发展及其在微生物研究中的应用	单细胞测序技术使得无需培养方法即可直接从环境样本或临床标本中测序细菌物种，且近期技术改进常能从这些难以接触的物种中近乎完整地组装基因组	NA	探讨单细胞测序技术的发展及其在微生物研究中的应用	微生物基因组	基因组学	NA	单细胞测序	NA	DNA	单个细胞
23872	2024-08-09	An automated microfluidic device for assessment of mammalian cell genetic stability 2012-Oct-21, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c2lc40437k PMID:22814625	研究论文	本文报道了一种集成微流控方法，用于快速测量单个细胞中的基因表达，以评估细胞群体的遗传稳定性	开发了一种集成系统，具有单独的控制器，用于有效的单细胞转录组分析，能够高回收率地将单个细胞操纵到纳升反应器中	NA	解决现有微流控平台无法有效处理单细胞进行常规分子分析的问题	单细胞转录组分析，遗传稳定性评估	生物技术	NA	微流控技术	NA	基因表达数据	大量HeLa细胞和293T细胞
23873	2024-08-09	Full-length mRNA-Seq from single-cell levels of RNA and individual circulating tumor cells 2012-Aug, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.2282 PMID:22820318	研究论文	本文介绍了一种名为Smart-Seq的稳健mRNA-Seq协议，适用于单细胞水平的转录组分析	Smart-Seq相较于现有方法，提高了转录本的读取覆盖率，增强了替代转录本和单核苷酸多态性的详细分析	尽管单细胞的基因表达估计增加了噪声，但仍能通过少量细胞类型识别数百个差异表达基因	开发和验证一种适用于单细胞转录组分析的新技术	单细胞水平的RNA和循环肿瘤细胞	基因组学	黑色素瘤	mRNA-Seq	NA	RNA	少量细胞类型
23874	2024-08-09	Metagenome, metatranscriptome and single-cell sequencing reveal microbial response to Deepwater Horizon oil spill 2012-Sep, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2012.59 PMID:22717885	研究论文	本研究通过宏基因组、宏转录组和单细胞测序技术，揭示了深水地平线石油泄漏事件中微生物群落对石油的响应	首次揭示了Oceanospirillales在石油降解中的功能角色，并通过单细胞测序技术阐明了其降解环己烷的完整途径	研究主要集中在石油泄漏初期的微生物响应，未涉及长期生态影响	确定Oceanospirillales和其他本地微生物群落成员在石油泄漏中的功能角色	深水地平线石油泄漏事件中的微生物群落	宏基因组学	NA	宏基因组测序、宏转录组测序、单细胞测序	NA	DNA、RNA	涉及石油泄漏区域的样本和未受污染的海水样本
23875	2024-08-09	The biology of genomes. Single-cell sequencing tackles basic and biomedical questions 2012-May-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.336.6084.976 PMID:22628633	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23876	2024-08-09	IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth 2012-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bts174 PMID:22495754	研究论文	介绍了一种基于de Bruijn图方法的IDBA-UD算法，用于组装来自单细胞测序或宏基因组测序技术的不均匀测序深度的读取数据	采用了多种非平凡技术来解决不均匀测序深度的问题，包括使用多个深度相关阈值来去除错误k-mer，以及使用配对端信息的局部组装技术来解决低深度短重复区域的分支问题	NA	开发一种能够处理不均匀测序深度的基因组组装算法	单细胞测序和宏基因组测序数据	基因组学	NA	单细胞测序，宏基因组测序	de Bruijn图	测序读取数据	不同数据集
23877	2024-08-09	SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing 2012-May, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2012.0021 PMID:22506599	研究论文	本文介绍了一种新的基因组装算法SPAdes，并展示了其在单细胞测序中的应用	SPAdes算法在单细胞和标准（多细胞）组装中均表现优异，超过了E+V-SC和流行的Velvet及SoapDeNovo组装器	NA	旨在通过单细胞基因组学补充基于基因的元基因组数据，提供无法培养的生物的完整基因组信息	无法在实验室中克隆的细菌基因组	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
23878	2024-08-09	Single-cell sequencing provides clues about the host interactions of segmented filamentous bacteria (SFB) 2012-Jun, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.131482.111 PMID:22434425	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，从老鼠肠道中分离出五条分段丝状细菌（SFB）的丝状体，并对其基因组进行了测序和比较分析	发现SFB依赖宿主获取多种必需营养素，具有高比例的细胞周期控制和细胞膜生物合成相关蛋白，以及SFB特异性的自溶素和一种类似dynamin的蛋白	NA	揭示分段丝状细菌（SFB）与宿主的相互作用及其在哺乳动物肠道中的适应性	分段丝状细菌（SFB）的基因组	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组序列	五条SFB丝状体
23879	2024-08-09	Single-cell exome sequencing and monoclonal evolution of a JAK2-negative myeloproliferative neoplasm 2012-Mar-02, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2012.02.028 PMID:22385957	研究论文	本文介绍了一种在单细胞核苷酸水平上分析癌症基因组的方法，并通过单细胞全外显子测序研究了一名JAK2阴性骨髓增殖性肿瘤患者的细胞	开发了一种高吞吐量的全基因组单细胞测序方法，并首次在单细胞水平上揭示了JAK2阴性骨髓增殖性肿瘤的单克隆进化	研究样本量较小，仅为90个细胞，且仅针对一名患者	探索肿瘤异质性对克隆进化和驱动基因识别的影响，并开发新的单细胞测序技术	JAK2阴性骨髓增殖性肿瘤患者的单细胞	数字病理学	骨髓增殖性肿瘤	单细胞全外显子测序	NA	基因组数据	90个单细胞
23880	2024-08-09	Genomic insights to SAR86, an abundant and uncultivated marine bacterial lineage 2012-Jun, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2011.189 PMID:22170421	研究论文	本研究利用生物信息学技术从海洋宏基因组中组装出两个近乎完整的SAR86细菌基因组，并通过单细胞测序获得了两个部分基因组，以增加对海洋表面非光合细菌的了解。	首次从宏基因组数据中组装出SAR86细菌的近乎完整基因组，并通过系统发生基因组学分析确定了其在γ-变形菌中的基础和分化地位。	研究主要依赖于生物信息学分析和单细胞测序，未进行实验室培养，可能限制了对SAR86细菌生理生态特性的全面了解。	增加对海洋表面非光合细菌SAR86的基因组和代谢特性的了解。	海洋微生物群落中的SAR86细菌。	微生物学	NA	宏基因组学，单细胞测序	NA	基因组数据	四个SAR86细菌基因组（两个近乎完整，两个部分）