单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23821	2024-08-09	Deciphering developmental processes from single-cell transcriptomes 2014-May-12, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2014.04.032 PMID:24823374	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了小鼠肺部发育过程中的肺泡形成	首次应用单细胞RNA测序技术解析小鼠肺部发育中肺泡的胚胎起源	NA	探讨肺泡在肺部发育过程中的胚胎起源	小鼠肺部的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
23822	2024-08-09	Methods, Challenges and Potentials of Single Cell RNA-seq 2012-Nov-16, Biology DOI:10.3390/biology1030658 PMID:24832513	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的当前进展，讨论了实验协议、挑战和潜力	单细胞RNA测序技术使得对细胞分化、细胞间变异和基因调控的深入生物学洞察成为可能	NA	探讨单细胞RNA测序技术在转录组学中的应用及其带来的新生物学见解	单细胞RNA测序技术及其在细胞分化、细胞间变异和基因调控中的应用	转录组学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	NA
23823	2024-08-09	Behavioral abnormalities and circuit defects in the basal ganglia of a mouse model of 16p11.2 deletion syndrome 2014-May-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2014.03.036 PMID:24794428	研究论文	研究通过删除小鼠同源区域，揭示了16p11.2缺失综合征小鼠模型基底神经节的电路缺陷和行为异常	首次揭示了16p11.2缺失对基底神经节电路功能的影响，并通过行为实验验证了这些缺陷	NA	探讨16p11.2缺失综合征的神经生理机制及其与自闭症谱系障碍的关系	16p11.2缺失综合征小鼠模型的基底神经节和行为表现	NA	自闭症谱系障碍	MRI和高通量单细胞转录组学	NA	图像和转录组数据	幼年突变小鼠（16p11(+/-)）
23824	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals T helper cells synthesizing steroids de novo to contribute to immune homeostasis 2014-May-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2014.04.011 PMID:24813893	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和定量PCR分析，揭示了T辅助2细胞（Th2细胞）在体内外产生孕烯醇酮，并探讨了其在免疫抑制中的作用	首次报道了Th2细胞能够从头合成孕烯醇酮，并提出孕烯醇酮作为“淋巴类固醇”的概念	NA	探讨Th2细胞合成孕烯醇酮的机制及其在免疫调节中的作用	T辅助2细胞（Th2细胞）及其合成的孕烯醇酮	免疫学	NA	单细胞RNA测序，定量PCR	NA	RNA	NA
23825	2024-08-09	How to infer relative fitness from a sample of genomic sequences 2014-Jul, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1534/genetics.113.160986 PMID:24770330	研究论文	本文展示了通过分析从适应性多样但无结构的无性群体中随机抽取的中等数量基因组样本的重构谱系树形状，来预测样本内个体相对适应性的方法	提出了一种启发式算法，通过识别重构树中快速合并的谱系来推断适应性排序，并验证了其与实际适应性的强相关性	推断准确性随样本大小单调增加，但样本量达到200时性能接近饱和	开发一种方法来推断从单细胞测序肿瘤和监测病毒爆发中获得的基因组的相对适应性	基因组序列的相对适应性	NA	NA	单细胞测序	线性判别器	基因组序列	中等数量（约200）
23826	2024-08-09	Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing 2014-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1402030111 PMID:24782542	研究论文	本文介绍了一种在微流控平台上进行的单细胞全转录组测序技术，该技术提高了mRNA检测的灵敏度和测量精度	将单细胞RNA-Seq技术与微流控平台结合，提高了检测灵敏度和实验通量	NA	验证微流控技术在单细胞全转录组分析中的优势	单个小鼠胚胎细胞的转录组	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	文本	94个单细胞文库
23827	2024-08-09	Validation of noise models for single-cell transcriptomics 2014-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2930 PMID:24747814	研究论文	本文通过单分子荧光原位杂交技术验证了用于校正单细胞转录组学中技术变异性的噪声模型	提出了用于校正单细胞转录组学中采样噪声和全局细胞间测序效率变异的噪声模型	NA	验证噪声模型在单细胞转录组学中的应用	单细胞转录组学中的技术变异性	单细胞转录组学	NA	单分子荧光原位杂交	噪声模型	基因表达数据	小鼠胚胎干细胞
23828	2024-08-09	Reconstructing lineage hierarchies of the distal lung epithelium using single-cell RNA-seq 2014-May-15, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature13173 PMID:24739965	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，重建了小鼠远端肺上皮细胞的分化谱系层次结构	采用微流控单细胞RNA测序技术，避免了传统转录组分析中的集合平均效应，能够直接测量发育中的肺内各种细胞类型及其层次结构	NA	揭示控制肺祖细胞沿不同谱系分化为成熟肺泡细胞类型的机制	小鼠远端肺上皮细胞的分化谱系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	198个单细胞
23829	2024-08-09	The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells 2014-Apr, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.2859 PMID:24658644	研究论文	本文介绍了一种名为Monocle的无监督算法，该算法利用单细胞RNA-Seq数据提高转录组动态的时间分辨率	Monocle算法能够揭示细胞分化过程中的开关样表达变化、连续的基因调控波以及未知的调控因子	NA	定义细胞分化等时间过程的转录动力学	单细胞RNA-Seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	无监督算法	转录组数据	多个时间点的单细胞RNA-Seq数据
23830	2024-08-09	Massively parallel single-cell RNA-seq for marker-free decomposition of tissues into cell types 2014-Feb-14, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.1247651 PMID:24531970	研究论文	本文介绍了一种自动化的大规模并行单细胞RNA测序方法，用于分析数千个单细胞在体内的转录状态，并结合无监督分类算法，对脾脏组织的细胞类型进行从头鉴定。	本文创新性地使用大规模并行单细胞RNA测序技术，结合无监督分类算法，实现了对复杂组织中细胞类型的全面分解。	NA	研究目的是开发一种新的方法，用于解析多细胞生物中由异质细胞类型组成的复杂器官的细胞组成。	研究对象包括脾脏组织中的树突状细胞和其他造血细胞类型。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	无监督分类算法	转录组数据	数千个单细胞
23831	2024-08-09	Single-cell sequencing 2014-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2771 PMID:24524131	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23832	2024-08-09	Entering the era of single-cell transcriptomics in biology and medicine 2014-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2764 PMID:24524133	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23833	2024-08-09	The promise of single-cell sequencing 2014-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2769 PMID:24524134	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23834	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals dynamic, random monoallelic gene expression in mammalian cells 2014-Jan-10, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.1245316 PMID:24408435	research paper	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了哺乳动物细胞中动态且随机的单等位基因表达现象	首次在单细胞水平上进行全基因组范围内的等位基因表达分析，发现了大量的单等位基因表达现象，并揭示了其随机性和动态性	NA	研究哺乳动物细胞中单等位基因表达的动态性和随机性	小鼠着床前胚胎的单细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	混合背景的小鼠着床前胚胎细胞
23835	2024-08-09	Full-length RNA-seq from single cells using Smart-seq2 2014-Jan, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2014.006 PMID:24385147	research paper	本文介绍了使用Smart-seq2方法从单个细胞中进行全长RNA-seq的详细协议	Smart-seq2方法优化了灵敏度、准确性和全长转录本覆盖范围	目前方法缺乏链特异性，且无法检测非多聚腺苷酸化（polyA(-)）RNA	揭示细胞间变异的程度、功能和起源	单个细胞中的基因表达	基因组学	NA	RNA-seq	NA	RNA	单个细胞
23836	2024-08-09	Base preferences in non-templated nucleotide incorporation by MMLV-derived reverse transcriptases 2013, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0085270 PMID:24392002	研究论文	研究了MMLV衍生逆转录酶在非模板核苷酸掺入中的碱基偏好性，并优化了单细胞cDNA扩增的模板切换条件	首次详细确定了模板切换位点处非模板核苷酸的碱基偏好性，并基于此结果优化了模板切换条件	文章未提及具体的局限性	研究MMLV衍生逆转录酶的非模板核苷酸掺入机制，并优化单细胞RNA测序中的模板切换效率	MMLV衍生逆转录酶的非模板核苷酸掺入机制及其在单细胞cDNA扩增中的应用	NA	NA	逆转录酶	NA	核酸序列	文章未提及具体的样本数量
23837	2024-08-09	Quantitative single-cell RNA-seq with unique molecular identifiers 2014-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2772 PMID:24363023	研究论文	本文介绍了使用独特分子标识符（UMI）进行定量单细胞RNA测序的方法，以减少cDNA合成和扩增过程中的量化误差。	通过使用分子标签和微流体样品制备技术，实现了mRNA捕获效率的五倍提升，并几乎消除了扩增噪声。	NA	提高单细胞RNA测序的定量准确性，以揭示细胞异质性和肿瘤微进化。	单细胞RNA测序中的cDNA合成和扩增过程。	基因组学	NA	RNA-seq	NA	文本	NA
23838	2024-08-09	From single-cell to cell-pool transcriptomes: stochasticity in gene expression and RNA splicing 2014-Mar, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.161034.113 PMID:24299736	研究论文	本文使用SMART-seq单细胞RNA测序技术研究GM12878淋巴母细胞系，通过插入量化标准估计每个基因的RNA分子绝对数量，并探讨细胞间基因表达和RNA剪接的随机性	本文通过池/分割设计直接测量技术随机性，发现细胞间表达存在显著差异，并评估了细胞间可变剪接和等位基因偏倚的差异	NA	探索细胞间基因表达、转录处理和编辑以及调控模块活性的变异	GM12878淋巴母细胞系的单细胞转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序(SMART-seq)	NA	转录组数据	涉及50,000至300,000个转录本每细胞
23839	2024-08-09	Using phage display selected antibodies to dissect microbiomes for complete de novo genome sequencing of low abundance microbes 2013-Nov-27, BMC microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.1186/1471-2180-13-270 PMID:24279426	研究论文	本文介绍了一种结合抗体噬菌体展示和荧光激活细胞分选（FACS）的新方法，用于从微生物群中测序单个物种的基因组	该方法通过抗体噬菌体展示选择特定抗体，结合FACS技术，能够有效富集低丰度的微生物，实现完整的从头基因组测序	NA	提高复杂微生物群中低丰度微生物基因组测序的覆盖率	乳酸杆菌（Lactobacillus acidophilus）及其在微生物群中的富集	微生物学	NA	抗体噬菌体展示，荧光激活细胞分选（FACS）	NA	基因组数据	实验室培养和商业来源的细菌混合物
23840	2024-08-09	Serotonergic neuron regulation informed by in vivo single-cell transcriptomics 2014-Feb, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.13-240267 PMID:24192459	研究论文	本文通过使用单细胞转录组学技术，研究了背侧中缝（DR）的血清素能（5-HT）神经元在抑郁症和焦虑症中的分子组成和潜在药物靶点	首次通过单细胞RNA测序分析，识别了超过500种G蛋白偶联受体（GPCRs），并发现催产素和溶血磷脂酸1受体与α1-肾上腺素受体共同刺激DR 5-HT神经元的放电活动	NA	揭示血清素能神经元的分子调控机制	背侧中缝的血清素能神经元	NA	抑郁症，焦虑症	单细胞RNA测序	NA	RNA	单个血清素能神经元