单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23801	2024-08-09	Bioinformatics approaches to single-blastomere transcriptomics 2015-Feb, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gau083 PMID:25239944	综述	本文综述了应用于小鼠植入前胚胎卵裂球的单细胞转录组学的最新技术及其研究成果	介绍了全基因组扩增技术和基于微流控的定量RT-PCR技术在单细胞转录组学中的应用	NA	探讨小鼠植入前胚胎发育过程中细胞身份差异的基因表达网络	小鼠植入前胚胎的卵裂球	生物信息学	NA	全基因组扩增技术，微流控定量RT-PCR	NA	转录组数据	单细胞
23802	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies extracellular matrix gene expression by pancreatic circulating tumor cells 2014-Sep-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2014.08.029 PMID:25242334	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了胰腺癌小鼠模型中循环肿瘤细胞（CTCs）与匹配的原发肿瘤的全基因组表达谱，发现CTCs具有低增殖特征，表达与干细胞相关的基因Aldh1a2，以及表达与基质衍生细胞外基质（ECM）蛋白相关的基因	首次揭示了胰腺CTCs中基质衍生细胞外基质基因的异常表达，并指出了这些基因在肿瘤远处器官扩散中的作用	NA	定义循环肿瘤细胞的组成及其在肿瘤远处器官扩散中的作用	胰腺癌小鼠模型中的循环肿瘤细胞和原发肿瘤	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠及人类胰腺循环肿瘤细胞
23803	2024-08-09	Cancer genomics: one cell at a time 2014-Aug-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-014-0452-9 PMID:25222669	研究论文	本文探讨了从定性显微图像到定量基因组数据集的单个癌细胞研究转变	引入了单细胞测序技术，为研究人类癌症中的复杂生物过程提供了新的强大方法	NA	研究单个癌细胞的基因组学	单个癌细胞	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
23804	2024-08-09	Tumor cells are dislodged into the pulmonary vein during lobectomy 2014-Dec, The Journal of thoracic and cardiovascular surgery IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jtcvs.2014.06.074 PMID:25172322	研究论文	本研究使用单细胞测序技术准确识别肿瘤细胞，并探讨在肺叶切除术中肿瘤细胞是否被移入肺静脉	采用单细胞测序和嵌套聚合酶链反应技术，能够准确区分正常上皮细胞和肿瘤细胞	EpCAM标记不能区分正常和肿瘤细胞	准确识别手术过程中肿瘤细胞的脱落情况	肺叶切除术中肿瘤细胞的脱落情况	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	血液样本	42份血液样本
23805	2024-08-09	Single-cell transcriptome in the identification of disease biomarkers: opportunities and challenges 2014-Aug-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-014-0212-3 PMID:25113546	研究论文	本文探讨了单细胞转录组测序在疾病生物标志物识别中的机遇与挑战	单细胞测序技术能够用于识别罕见细胞中的遗传变化，如癌症和组织干细胞	单细胞测序技术仍面临许多挑战和困难，包括方法的敏感性和重复性	研究单细胞测序在临床样本中识别和验证疾病特异性生物标志物的应用	单细胞转录组测序技术及其在疾病生物标志物识别中的应用	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
23806	2024-08-09	A quantitative comparison of single-cell whole genome amplification methods 2014, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0105585 PMID:25136831	研究论文	本文比较了三种单细胞全基因组扩增方法在E. coli DNA样本上的应用	首次对三种先进的单细胞全基因组扩增方法进行了定量比较	没有一种方法在所有标准上表现最佳，选择哪种扩增方法取决于实验的具体问题	评估不同单细胞全基因组扩增方法的性能	E. coli DNA的单细胞和批量样本	NA	NA	全基因组扩增	NA	DNA	单细胞和批量样本
23807	2024-08-09	Modeling genome coverage in single-cell sequencing 2014-Nov-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btu540 PMID:25107873	研究论文	本文提出了一种方法，利用初始浅层测序实验的信息来预测深度测序实验的基因组覆盖率	该方法通过非参数经验贝叶斯泊松模型估计深度测序的覆盖率增益，无需实际进行深度测序即可了解其统计特征	NA	优化和比较单细胞测序协议或筛选文库	单细胞DNA测序实验中的基因组覆盖率	基因组学	NA	单细胞测序	非参数经验贝叶斯泊松模型	基因组数据	NA
23808	2024-08-09	Cell fate inclination within 2-cell and 4-cell mouse embryos revealed by single-cell RNA sequencing 2014-Nov, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.177725.114 PMID:25096407	研究论文	通过深度单细胞RNA测序技术，研究了2细胞和4细胞小鼠胚胎中的细胞命运倾向	报告了高度可重复的细胞间基因表达差异，这些差异足以将姐妹胚胎细胞聚类为不同的组	NA	探究哺乳动物中第一个细胞命运决定何时以及如何发生	2细胞和4细胞小鼠胚胎中的姐妹胚胎细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	10个2细胞胚胎和5个4细胞胚胎
23809	2024-08-09	Greater than the sum of its parts: single-nucleus sequencing identifies convergent evolution of independent EGFR mutants in GBM 2014-Aug, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-14-0635 PMID:25092745	研究论文	本研究利用单核全基因组测序技术，结合批量肿瘤测序数据，识别出胶质母细胞瘤中独立EGFR突变体的趋同进化	开发了一种新的综合方法，通过联合检测克隆和亚克隆事件来识别肿瘤亚群，揭示了单个肿瘤中多个互斥的独立EGFR功能获得性变异的趋同进化	NA	探索复杂肿瘤的基因组多样性，揭示其进化路径，并提出更有效的治疗方法	胶质母细胞瘤中的EGFR突变体	数字病理学	脑肿瘤	单核全基因组测序	NA	基因组数据	NA
23810	2024-08-09	TITAN: inference of copy number architectures in clonal cell populations from tumor whole-genome sequence data 2014-Nov, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.180281.114 PMID:25060187	研究论文	本文介绍了一种名为TITAN的概率模型，用于从肿瘤全基因组测序数据中推断克隆细胞群体中的拷贝数结构变异和杂合性缺失事件	TITAN模型能够处理细胞群体混合，并估计携带每种事件的细胞比例，这在计算方法中是新颖的	NA	开发和评估一种新的计算方法，用于分析肿瘤全基因组测序数据中的拷贝数变异和杂合性缺失	肿瘤细胞群体中的拷贝数变异和杂合性缺失	数字病理学	卵巢癌, 乳腺癌	全基因组测序	概率模型	基因组数据	23个乳腺癌全基因组数据和来自同一卵巢癌患者的基因组异质性肿瘤位点的全基因组序列
23811	2024-08-09	Single-cell RNA-seq: advances and future challenges 2014-Aug, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gku555 PMID:25053837	review	本文综述了单细胞RNA测序技术的发展及其在生物学研究中的应用，并探讨了当前的挑战和未来的发展方向	单细胞RNA测序技术作为一种强大的工具，能够在大规模基因组水平上分析细胞间的变异性，对生物学过程的理解产生了重大影响	不同的单细胞RNA测序协议各有其优势和当前的局限性	综述单细胞RNA测序技术的发展及其在生物学研究中的应用，并探讨当前的挑战和未来的发展方向	单细胞RNA测序技术及其在生物学研究中的应用	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	transcriptomic landscape	NA
23812	2024-08-09	Single cell sequencing approaches for complex biological systems 2014-Jun, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2014.06.004 PMID:25016438	综述	本文综述了单细胞测序技术在复杂生物系统中的最新进展及其在揭示生物系统中的应用	讨论了单细胞测序技术带来的新颖生物学观察	NA	增强我们对生物系统背后原理的理解	单细胞的基因、表观遗传和转录状态	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
23813	2024-08-09	Preparation of Single-Cell RNA-Seq Libraries for Next Generation Sequencing 2014-Jul-01, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/0471142727.mb0422s107 PMID:24984854	研究论文	本文介绍了一种结合多种技术的高通量制备单细胞RNA-Seq文库的方法	利用单细胞RNA-Seq技术，能够在前所未有的深度上分析单个细胞的转录组响应，揭示细胞群体内的异质性	NA	开发一种高通量的单细胞RNA-Seq文库制备方法	单细胞RNA-Seq文库	基因组学	NA	单细胞RNA-Seq	NA	转录组数据	96个独特索引样本
23814	2024-08-09	Clonal architecture of secondary acute myeloid leukemia defined by single-cell sequencing 2014-Jul, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1004462 PMID:25010716	研究论文	本文通过单细胞测序技术验证了次级急性髓系白血病的克隆结构	本文通过单细胞突变分析，解决了最初不明确的单核苷酸变异的克隆归属，并发现了之前未被重视的复杂区域	NA	验证通过深度测序未分选材料分析肿瘤克隆性的关键假设	次级急性髓系白血病患者	数字病理学	白血病	单细胞测序	NA	基因组数据	3名患者
23815	2024-08-09	Seeing is believing: new methods for in situ single-cell transcriptomics 2014-Mar-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/gb4169 PMID:25000927	研究论文	本文介绍了利用RNA测序技术在复杂组织中研究单个细胞的新方法	开发了在原位通过序列或从单个光激活细胞捕获mRNA的新技术	NA	探索在复杂组织中进行单细胞转录组学研究的新方法	单个细胞及其在复杂组织中的转录组	基因组学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	NA
23816	2024-08-09	Single-cell RNA-seq highlights intratumoral heterogeneity in primary glioblastoma 2014-Jun-20, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.1254257 PMID:24925914	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了五例原发性胶质母细胞瘤中的430个细胞，揭示了肿瘤内异质性及其对疾病生物学、预后和治疗的影响	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了胶质母细胞瘤内部的多重调控程序异质性，并揭示了其对疾病预后的潜在影响	NA	揭示胶质母细胞瘤内部的异质性及其对疾病生物学、预后和治疗的影响	原发性胶质母细胞瘤中的细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	430个细胞，来自五例原发性胶质母细胞瘤
23817	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals dynamic paracrine control of cellular variation 2014-Jun-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature13437 PMID:24919153	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠骨髓来源的树突状细胞在不同实验条件下的基因表达变异	揭示了细胞间旁分泌信号在控制细胞异质性中的重要作用，并展示了多细胞群体建立复杂动态响应的一般策略	NA	探索单细胞水平上基因表达变异的本质及其功能	小鼠骨髓来源的树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过1,700个单细胞样本
23818	2024-08-09	ExSPAnder: a universal repeat resolver for DNA fragment assembly 2014-Jun-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btu266 PMID:24931996	研究论文	本文介绍了一种名为ExSPAnder的算法，用于在标准和单细胞测序项目中准确解析重复序列	ExSPAnder算法能够有效利用来自单个或多个读对库的信息，解决了传统组装器在处理单细胞项目时假设均匀读覆盖的问题	NA	开发一种能够在单细胞测序项目中准确解析重复序列的算法	下一代测序技术中的重复序列解析问题	生物信息学	NA	NGS	NA	DNA序列	NA
23819	2024-08-09	EGFR variant heterogeneity in glioblastoma resolved through single-nucleus sequencing 2014-Aug, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-13-0879 PMID:24893890	研究论文	本文通过单核全基因组测序技术研究了EGFR扩增的胶质母细胞瘤中的基因组异质性	开发了一种新的单细胞测序方法，能够从存档的冷冻临床标本中识别独特的、非重叠的亚克隆改变	NA	研究EGFR扩增的胶质母细胞瘤中的基因组异质性及其对治疗抵抗的影响	EGFR扩增的胶质母细胞瘤	数字病理学	脑瘤	单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	约50%的新诊断病例
23820	2024-08-09	CD8+ TCR transgenic strains expressing public versus private TCR targeting the respiratory syncytial virus K(d)M2(82-90) epitope demonstrate similar functional profiles 2014, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0099249 PMID:24897427	研究论文	本文通过单细胞测序选择T细胞受体序列，生成针对呼吸道合胞病毒K(d)M2(82-90)表位的公共和私有T细胞受体转基因小鼠，并评估这些转基因小鼠的CD8+ T细胞的增殖、细胞因子和细胞溶解活性	本文生成了新的、特征明确的转基因小鼠品系，为研究CD8+ T细胞反应的分子机制提供了新的机会	NA	研究CD8+ T细胞反应的分子机制	针对呼吸道合胞病毒K(d)M2(82-90)表位的公共和私有T细胞受体转基因小鼠的CD8+ T细胞功能	NA	呼吸道疾病	单细胞测序	T细胞受体转基因小鼠	细胞	TRBV13-1（私有）和TRBV13-2（公共）TCR转基因小鼠的细胞