单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23781	2024-08-09	Applications for single cell trajectory analysis in inner ear development and regeneration 2015-Jul, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-014-2079-2 PMID:25532874	研究论文	本文讨论了单细胞轨迹分析在耳内发育和再生中的应用，介绍了三种不同的方法：主成分分析、'Monocle'算法和自组织映射，并使用先前发表的qRT-PCR数据集进行分析	本文展示了单细胞轨迹分析在耳内发育和再生研究中的独特优势	每种方法都有其局限性，如数据处理复杂性和对细胞数量的依赖	探讨单细胞轨迹分析在耳内发育和再生中的应用	耳内发育和再生的单神经母细胞	生物信息学	NA	单细胞轨迹分析	主成分分析、'Monocle'算法、自组织映射	基因表达数据	从发育中的小鼠内耳分离的单神经母细胞
23782	2024-08-09	Lineage-negative progenitors mobilize to regenerate lung epithelium after major injury 2015-Jan-29, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature14112 PMID:25533958	研究论文	本文研究了在重大肺损伤后，未分化的肺上皮干细胞/祖细胞（LNEP）在肺组织再生中的作用	首次定义了在正常远端肺中存在的稀有LNEP细胞的再生作用，并展示了其在肺损伤后的激活和分化过程	研究主要基于小鼠模型，尚需在人类中验证LNEP细胞的作用	探讨肺组织再生的机制，特别是LNEP细胞在肺损伤后的作用	肺上皮干细胞/祖细胞（LNEP）及其在肺损伤后的再生能力	数字病理学	肺疾病	单细胞测序	NA	细胞	小鼠模型
23783	2024-08-09	Biased allelic expression in human primary fibroblast single cells 2015-Jan-08, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2014.12.001 PMID:25557783	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术检测了203个人类初级成纤维细胞中133,633个独特的杂合单核苷酸变异（hetSNVs）的等位基因特异性mRNA水平	发现了大多数基因在单细胞中的转录主要来自一个等位基因，且相邻的hetSNVs显示出一致的等位基因比例，而远距离的位点则与单倍型结构无关	NA	研究哺乳动物单细胞中基因表达的等位基因模式	人类初级成纤维细胞中的等位基因特异性表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	203个人类初级成纤维细胞
23784	2024-08-09	[Single-cell sequencing and tumour heterogeneity] 2014-Dec, Medecine sciences : M/S DOI:10.1051/medsci/20143012023 PMID:25537050	研究论文	本文通过单细胞新一代测序技术精确记录肿瘤异质性	首次通过单细胞测序技术详细展示了乳腺癌细胞中每个细胞独特的点突变模式	NA	研究肿瘤异质性及其对治疗抵抗的影响	乳腺癌细胞的遗传多样性	数字病理学	乳腺癌	单细胞新一代测序	NA	基因组数据	多个乳腺癌细胞样本
23785	2024-08-09	The importance of study design for detecting differentially abundant features in high-throughput experiments 2014-Dec-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-014-0527-7 PMID:25517037	研究论文	本文介绍了EDDA工具，用于优化高通量实验中的差异丰度检测，通过合理选择统计测试和预测性能来减少资源浪费	EDDA工具引入了基于模式的归一化方法，提高了检测差异丰度的鲁棒性和精确度	NA	优化高通量实验中的差异丰度检测，减少资源浪费	RNA-seq、Nanostring和宏基因组分析	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	测序数据	NA
23786	2024-08-09	Polar bodies in assisted reproductive technology: current progress and future perspectives 2015-Jan, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1095/biolreprod.114.125575 PMID:25472922	综述	本文综述了极体在辅助生殖技术中的新角色，主要关注单细胞测序技术在极体基因组分析中的应用及其在预防线粒体DNA相关疾病传递中的作用	探讨了极体在辅助生殖技术中的新应用，如单细胞测序技术分析极体基因组和极体转移预防线粒体DNA相关疾病	NA	探索极体在人类生殖健康中的新角色及其在辅助生殖技术中的应用	极体及其在辅助生殖技术中的应用	辅助生殖技术	生殖健康	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
23787	2024-08-09	Comparison of multiple displacement amplification (MDA) and multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC) in single-cell sequencing 2014, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0114520 PMID:25485707	研究论文	本文比较了两种广泛应用于单细胞测序的扩增方法：多重置换扩增（MDA）和基于多重退火和循环扩增的环化（MALBAC）	MALBAC作为一种结合了改进的MDA和调整后的PCR的方法，具有更高的均匀性、特异性和可重复性	NA	比较不同扩增方法在单细胞测序中的效果	单细胞测序中的扩增方法	基因组学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	单个精子样本
23788	2024-08-09	Single-cell transcriptomics for microbial eukaryotes 2014-Nov-17, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2014.10.026 PMID:25458215	研究论文	本文介绍了一种简单且可重复的单细胞转录组学方法，用于从五种模型纤毛虫物种中手动分离的细胞，并评估了扩增偏差和污染的影响，以及与传统基于培养的转录组学在基因发现效率上的比较	提出了针对未培养真核微生物的单细胞转录组学方法，该方法能够保留细胞身份、形态和微生物群落内活动的分配信息	尚未测试单细胞转录组学的效率和偏差	探索单细胞转录组学在未培养真核微生物中的应用潜力	五种模型纤毛虫物种的单细胞	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	五种模型纤毛虫物种的单细胞
23789	2024-08-09	Single-cell sequencing technologies: current and future 2014-Oct-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2014.09.005 PMID:25438696	review	本文综述了单细胞测序技术的发展现状及其在基因转录、胚胎发育和癌变等生物现象中的应用	单细胞测序技术相较于传统测序方法，在解决生物异质性和生物材料数量有限的问题上具有显著优势	单细胞测序技术面临高扩增偏差、低准确性和可重复性等内在问题的挑战	总结单细胞分离技术，并回顾当前用于单细胞基因组、转录组和表观基因组测序的技术	单细胞测序技术及其在生物学领域的应用	NA	NA	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组数据	NA
23790	2024-08-09	Identification of 4438 novel lincRNAs involved in mouse pre-implantation embryonic development 2015-Apr, Molecular genetics and genomics : MGG IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00438-014-0952-z PMID:25428585	研究论文	本研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，在鼠胚胎植入前发育过程中鉴定了4438个新的长链非编码RNA（lincRNA），并建立了一个包含5808个lincRNA的参考目录。	首次在大规模水平上鉴定了鼠胚胎植入前发育过程中的lincRNA，并建立了一个详细的参考目录。	需要进一步的功能研究来验证这些新鉴定的lincRNA在鼠早期胚胎发育中的具体作用。	鉴定和表征可能参与鼠胚胎植入前发育过程的新lincRNA。	鼠胚胎植入前发育过程中的长链非编码RNA。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及的样本数量未在摘要中明确提及
23791	2024-08-09	WemIQ: an accurate and robust isoform quantification method for RNA-seq data 2015-Mar-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btu757 PMID:25406327	研究论文	本文介绍了一种名为WemIQ的RNA-seq数据isoform定量方法，该方法通过加权对数似然期望最大化算法有效分配reads，提高了isoform和基因表达的定量精度。	WemIQ通过集成有效的偏差去除和加权期望最大化算法，显著提高了isoform和基因表达的定量精度，并能区分单细胞RNA-seq数据中的偏差异质性和真实生物异质性。	NA	开发一种准确且稳健的RNA-seq数据isoform定量方法。	RNA-seq数据的isoform表达定量。	基因组学	NA	RNA-seq	期望最大化算法	RNA-seq数据	NA
23792	2024-08-09	Unbiased classification of sensory neuron types by large-scale single-cell RNA sequencing 2015-Jan, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.3881 PMID:25420068	研究论文	本文通过大规模单细胞RNA测序技术，对622个单个鼠神经元进行综合转录组分析，以无偏见的方式分类感官神经元类型	揭示了十一种感官神经元类型，包括三种低阈值机械感受神经元、两种本体感受神经元和六种主要类型的热敏感、痒敏感、低阈值机械敏感和伤害感受神经元，并提供了新的功能性亚型的标记	NA	解析感官响应细胞为不同的神经元类型	鼠的感官神经元	NA	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	622个单个鼠神经元
23793	2024-08-09	A ratiometric-based measure of gene co-expression 2014-Nov-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/1471-2105-15-331 PMID:25411051	研究论文	本文开发并实施了一种基于比率的方法（简称RA），用于检测基因关联，该方法基于每对基因测量表达比的变化系数	提出了一种新的比率方法（RA），用于识别传统关联方法可能忽略或排名较低的生物学上重要的基因表达关系	NA	开发一种新的方法来检测基因关联，特别是在相对同质的样本中	基因表达数据，特别是来自1000 Genomes Project的淋巴母细胞RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	来自1000 Genomes Project的淋巴母细胞RNA-seq数据集，以及单细胞RNA-seq数据
23794	2024-08-09	NeatFreq: reference-free data reduction and coverage normalization for De Novo sequence assembly 2014-Nov-19, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-014-0357-3 PMID:25407910	研究论文	本文介绍了一种名为NeatFreq的软件工具，用于无参考数据集的降维和覆盖率归一化，以改进从头序列组装	NeatFreq通过聚类和选择基于中值kmer频率（RMKF）和唯一性的读段，实现了数据集的均匀覆盖，并增加了最独特、最低覆盖率基因组片段的整合	NA	开发一种新的软件工具，以解决下一代测序平台产生的深度覆盖变化和高序列错误率带来的计算挑战	细菌、病毒斑块和单细胞测序数据	生物信息学	NA	下一代测序（NGS）	NA	序列数据	NA
23795	2024-08-09	Single-cell transcriptomics: an emerging tool in the study of cardiometabolic disease 2014-Nov-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-014-0312-0 PMID:25377125	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23796	2024-08-09	Time-variant clustering model for understanding cell fate decisions 2014-Nov-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1407388111 PMID:25339442	research paper	本文研究了时间序列数据中随时间变化的聚类问题，开发了一种层次模型来同时对每个时间点的对象进行聚类并描述时间点之间的聚类关系	提出了一个包含分支过程泛化形式的隐藏层的层次模型，并采用可逆跳跃马尔可夫链蒙特卡罗方法进行模型推断	NA	探索早期胚胎发育中的细胞命运决策	时间序列数据中的聚类问题	生物学	NA	single-cell RNA-seq	层次模型	基因表达数据	NA
23797	2024-08-09	Generation of haploid spermatids with fertilization and development capacity from human spermatogonial stem cells of cryptorchid patients 2014-Oct-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2014.08.004 PMID:25358793	研究论文	本研究报告了一种从隐睾症患者的人精原干细胞中高效生成具有受精和发育能力的单倍体精子细胞的方法	通过使用视黄酸和干细胞因子处理，增强了隐睾症患者人精原干细胞中减数分裂和减数分裂后男性生殖细胞标记物的表达，并诱导了SCP3-、MLH1-和CREST阳性细胞及单倍体细胞的显著增加	NA	探索治疗男性不育症的新方法	隐睾症患者的人精原干细胞	NA	男性不育症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
23798	2024-08-09	Diverse and widespread contamination evident in the unmapped depths of high throughput sequencing data 2014, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0110808 PMID:25354084	研究论文	本文探讨了高通量测序数据中未映射深度的广泛污染问题，并分析了其对实验结果的影响	首次系统地研究了高通量测序数据中的污染问题，并提出了污染对实验结果影响的证据	负控制库在恢复低频污染物的有限能力未得到充分控制	揭示高通量测序数据中污染的普遍性和多样性，并评估其对实验结果的影响	高通量测序数据中的污染物分布及其对实验结果的影响	基因组学	NA	高通量测序	NA	DNA序列	四项单细胞测序实验
23799	2024-08-09	Identification and functional analysis of long non-coding RNAs in mouse cleavage stage embryonic development based on single cell transcriptome data 2014-Oct-03, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/1471-2164-15-845 PMID:25277336	研究论文	本研究基于单细胞转录组数据，对小鼠卵裂期胚胎发育中的长非编码RNA（lncRNA）进行了全面的鉴定和功能分析	首次展示了小鼠卵裂期胚胎中lncRNA的表达谱，并揭示了其在早期胚胎发育中的分子机制	NA	研究小鼠卵裂期胚胎发育中lncRNA的表达谱及其功能	小鼠卵裂期胚胎中的长非编码RNA	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3492个位点，5563个新鉴定的lncRNA
23800	2024-08-09	How deep is enough in single-cell RNA-seq? 2014-Oct, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3039 PMID:25299920	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA