单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2361	2024-11-08	Genetic inference and single cell expression analysis of potential targets in heart failure and breast cancer 2024-Oct-26, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06010-y PMID:39460820	研究论文	本研究通过结合遗传推断和单细胞表达分析，探索心力衰竭和乳腺癌中的潜在遗传靶点，并使用孟德尔随机化方法评估这些靶点的因果关系	本研究首次将遗传推断与单细胞表达分析相结合，揭示心力衰竭和乳腺癌中的潜在遗传靶点，并验证其因果效应	本研究主要依赖于基因组关联研究和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探索心力衰竭和乳腺癌中的潜在遗传靶点，并评估其因果关系	心力衰竭和乳腺癌中的遗传变异及其在不同细胞类型中的表达模式	基因组学	心血管疾病和乳腺癌	基因组关联研究（GWAS）和单细胞RNA测序	NA	基因组数据和单细胞RNA表达数据	涉及心力衰竭和乳腺癌的多个遗传变异及其在心脏和乳腺细胞中的表达模式
2362	2024-11-08	Single-cell omics and machine learning integration to develop a polyamine metabolism-based risk score model in breast cancer patients 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06001-z PMID:39441216	研究论文	本文通过整合单细胞组学和机器学习技术，开发了一种基于多胺代谢途径的乳腺癌风险评分模型	本文创新性地结合了单细胞RNA测序和机器学习算法，开发了一种新的乳腺癌风险评分模型，并验证了其在预测患者预后中的高准确性	NA	开发一种基于多胺代谢途径的乳腺癌风险评分模型，以提高乳腺癌患者的预后预测准确性	乳腺癌患者及其肿瘤微环境中的多胺代谢相关基因	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序	SuperPC模型	基因表达数据	286个与多胺途径相关的差异表达基因
2363	2024-11-08	A prospective diagnostic model for breast cancer utilizing machine learning to examine the molecular immune infiltrate in HSPB6 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05995-w PMID:39441229	研究论文	研究利用机器学习模型分析HSPB6中的分子免疫浸润，开发用于乳腺癌诊断的前瞻性模型	首次开发了基于HSPB6的机器学习模型用于乳腺癌诊断，并揭示了Tregs和M2巨噬细胞在肿瘤免疫环境中的重要作用	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏临床验证	深入理解乳腺癌进展的分子机制，并开发新的诊断标记物	乳腺癌相关的基因表达和免疫细胞浸润	机器学习	乳腺癌	基因集富集分析（GSEA）、加权共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	涉及多个乳腺癌相关基因和免疫细胞类型
2364	2024-11-08	Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619254 PMID:39484434	研究论文	本文开发了一种使用人类胎儿脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞（NSPCs）模拟胶质瘤起始的模型	首次使用人类神经干细胞和祖细胞构建胶质瘤异质性模型，并通过单细胞RNA测序分析细胞起源对肿瘤细胞亚型的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证	探究细胞起源如何影响胶质瘤的异质性	神经干细胞和祖细胞（NSPCs）以及胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用从人类胎儿脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞，并在免疫缺陷小鼠中进行移植和分析
2365	2024-11-08	YY1 knockout in pro-B cells impairs lineage commitment, enabling unusual hematopoietic lineage plasticity 2024-Oct-16, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351734.124 PMID:39362773	研究论文	研究YY1在B细胞发育中的作用，发现YY1敲除导致B细胞系分化受阻，并表现出异常的造血系可塑性	首次揭示YY1在B细胞系分化中的关键作用，并发现YY1敲除后B细胞表现出异常的造血系可塑性	NA	探讨YY1在B细胞发育中的作用及其对细胞系分化的影响	YY1敲除的B细胞	NA	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, scATAC-seq	NA	RNA, 染色质	YY1敲除的B细胞，OP9-DL4饲养系统培养的细胞，Rag1小鼠体内注射的细胞
2366	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis reveals alveolar dendritic cell-T cell immunity hubs defending against pulmonary infection 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00733-5 PMID:39414763	研究论文	本文通过高分辨率技术免疫制图，结合空间和单细胞RNA测序，研究了SARS-CoV-2感染的叙利亚仓鼠模型中肺部感染过程中免疫细胞的时空协调机制	首次揭示了肺泡树突状细胞-T细胞免疫枢纽在SARS-CoV-2感染中的快速扩展和病毒清除机制	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中直接验证	揭示肺部感染过程中免疫细胞的时空协调机制	肺泡树突状细胞、T细胞、巨噬细胞等免疫细胞	数字病理学	肺部感染	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	142,965个细胞，45个肺叶，25只仓鼠，5个时间点
2367	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis of the lungs reveals Slamf9+ macrophages involved in viral clearance and inflammation resolution 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00734-4 PMID:39414783	研究论文	研究了SARS-CoV-2感染后肺部免疫稳态的恢复过程，发现Slamf9+巨噬细胞在病毒清除和炎症消退中的作用	首次揭示了Slamf9+巨噬细胞在SARS-CoV-2感染后肺部组织修复和炎症消退中的关键作用	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中进行直接验证	探究肺部在SARS-CoV-2感染后免疫稳态的恢复机制	SARS-CoV-2感染后的肺部免疫反应和组织修复过程	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA-seq数据	叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，以及公开的人类尸检单细胞RNA-seq数据
2368	2024-11-08	An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07926-8 PMID:39232171	研究论文	研究了呼吸道病毒感染后的长期生理后果，特别是COVID-19后的后遗症，并建立了一个小鼠模型来识别驱动肺纤维化的异常免疫-上皮祖细胞生态位	通过空间转录组学和成像技术，揭示了肺驻留CD8 T细胞-巨噬细胞相互作用在急性病毒性肺炎后阻碍肺泡再生和驱动纤维化后遗症中的核心作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨呼吸道病毒感染后的长期生理后果，特别是COVID-19后的后遗症，并寻找治疗策略	呼吸道病毒感染后的肺部纤维化和肺泡再生	数字病理学	肺部疾病	空间转录组学和成像技术	NA	转录组数据和图像	三个呼吸道PASC患者队列和小鼠模型
2369	2024-11-08	TREM2 macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2024-Sep-18, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001098 PMID:39292863	研究论文	研究探讨了减肥手术对代谢相关脂肪性肝炎（MASH）的改善作用，并揭示了TREM2+巨噬细胞在此过程中的关键作用	首次揭示了TREM2+巨噬细胞在减肥手术改善MASH中的重要作用，并阐明了其机制	研究基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨减肥手术对MASH的改善机制	TREM2+巨噬细胞在减肥手术中的作用	NA	代谢相关脂肪性肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
2370	2024-11-08	Endosialin-positive CAFs promote hepatocellular carcinoma progression by suppressing CD8+ T cell infiltration 2024-Sep-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009111 PMID:39260826	研究论文	研究了Endosialin阳性CAFs通过抑制CD8+ T细胞浸润促进肝细胞癌进展的机制	首次揭示了Endosialin通过抑制STAT1磷酸化和核转位，减少CXCL9/10表达和分泌，从而抑制CD8+ T细胞浸润，促进肝细胞癌进展	NA	探讨Endosialin阳性CAFs在肝细胞癌进展中的作用及其机制	Endosialin阳性CAFs、CD8+ T细胞、CXCL9/10	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序、流式细胞术、RNA测序	NA	细胞	ENKO小鼠、Hepa1-6细胞、肝细胞癌患者肿瘤组织
2371	2024-11-08	Comprehensive characterization of cytokines in patients under extracorporeal membrane oxygenation: Evidence from integrated bulk and single-cell RNA sequencing data using multiple machine learning approaches 2024-Aug-23, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002425 PMID:39503329	研究论文	本文通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，利用多种机器学习方法，全面分析了接受体外膜氧合（ECMO）治疗的患者中细胞因子的表达模式及其潜在的生物学过程	开发了一个基于九个关键细胞因子相关基因（CRGs）的预测模型（CRG分类器），该模型在预测ECMO患者的死亡率和提供独立风险因素方面表现出色	NA	研究ECMO治疗期间细胞因子的表达模式及其对患者的影响，并开发预测模型以指导个性化治疗	接受ECMO治疗的患者及其细胞因子相关基因的表达	机器学习	NA	RNA测序	支持向量机（SVM）、随机森林（RF）、Lasso惩罚回归、极端梯度提升（XGBoost）、人工神经网络（ANN）	RNA测序数据	三个ECMO支持数据集，包括两个bulk RNA测序和一个单细胞RNA测序
2372	2024-11-08	Inference of genomic lesions from single-cell RNA-seq in myeloma improves functional intraclonal and interclonal analysis 2024-08-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012409 PMID:38830132	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序和拷贝数异常（CNA）分析，建立了一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进了多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）的功能性克隆间和克隆内分析	本文首次将单细胞RNA测序与B细胞受体测序和拷贝数异常分析相结合，用于推断基因组损伤，并改进了克隆间和克隆内的功能分析	研究样本仅来自5名患者，可能不足以代表所有多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的情况	建立一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的功能性克隆间和克隆内分析	多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）患者的骨髓浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序、拷贝数异常（CNA）分析	NA	转录组数据	20,465个骨髓浆细胞，来自5名患者
2373	2024-11-08	Identification of novel immune-related signatures for keloid diagnosis and treatment: insights from integrated bulk RNA-seq and scRNA-seq analysis 2024-07-16, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00647-z PMID:39014455	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因	本研究首次识别出PTGFR、RBP5和LIF作为瘢痕疙瘩的免疫相关基因，并构建了基于这些基因转录组模式的人工神经网络分子诊断模型，为瘢痕疙瘩的诊断和治疗提供了新的策略	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此其临床应用效果有待进一步验证	本研究旨在通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因，并探索其潜在的治疗机制	本研究主要研究对象为瘢痕疙瘩及其相关的免疫相关基因	数字病理学	瘢痕疙瘩	RNA-seq	人工神经网络	转录组数据	NA
2374	2024-11-08	Elucidating the role of liver enzymes as markers and regulators in ovarian cancer: a synergistic approach using Mendelian randomization, single-cell analysis, and clinical evidence 2024-06-24, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00642-4 PMID:38915066	研究论文	研究肝酶作为卵巢癌标志物和调节因子的作用，通过孟德尔随机化、单细胞分析和临床证据的协同方法	首次通过孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，揭示了碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶与卵巢癌的因果关系，并提出它们作为保护因子的作用	研究主要基于基因组关联研究和单细胞数据，缺乏大规模临床试验验证	探讨肝酶与卵巢癌的关联，验证其作为生物标志物的潜力及其在卵巢癌中的机制	碱性磷酸酶、天冬氨酸氨基转移酶等肝酶，以及卵巢癌细胞和组织	NA	卵巢癌	孟德尔随机化、单细胞转录组学分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	283个单核苷酸多态性位点和209个与碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶相关的单核苷酸多态性位点，以及卵巢癌患者和健康个体的样本
2375	2024-11-08	SARS-CoV-2 infection modifies the transcriptome of the megakaryocytes in the bone marrow 2024-06-11, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012367 PMID:38522092	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2感染对骨髓中巨核细胞转录组的影响	首次揭示了SARS-CoV-2感染在系统性炎症期间对骨髓巨核细胞转录组的显著影响，并发现这些变化与细胞靠近窦状血管的距离无关	研究仅限于小鼠模型，未检测到SARS-CoV-2 RNA在骨髓中的存在	探究SARS-CoV-2感染是否会影响骨髓中巨核细胞的转录组	骨髓中的巨核细胞	数字病理学	COVID-19	空间转录组学	机器学习	转录组数据	健康小鼠和COVID-19小鼠的骨髓巨核细胞
2376	2024-11-08	Development of novel lysosome-related signatures and their potential target drugs based on bulk RNA-seq and scRNA-seq for diabetic foot ulcers 2024-06-11, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00629-1 PMID:38862997	研究论文	本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别了与糖尿病足溃疡（DFU）相关的1393个差异表达基因（DEGs），并利用机器学习算法筛选出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并验证了其诊断性能。此外，通过靶向这些标志物，发现了latamoxef、parthenolide、meclofenoxate和lomustine作为潜在的抗DFU药物。	本研究首次通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据结合机器学习算法，识别出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并发现了潜在的抗DFU药物。	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此结果的临床应用仍需进一步验证。	识别糖尿病足溃疡（DFU）的新型分子标志物和潜在治疗药物，以改善DFU患者的预后和降低致残率。	糖尿病足溃疡（DFU）及其相关分子标志物和治疗药物。	数字病理学	糖尿病	RNA-seq	人工神经网络	RNA序列	NA
2377	2024-11-08	Pan-cancer analysis of CDKN2A alterations identifies a subset of gastric cancer with a cold tumor immune microenvironment 2024-05-31, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00615-7 PMID:38822443	研究论文	研究探讨了CDKN2A突变和缺失与泛癌种中免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联	发现CDKN2A突变和缺失与免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联，并揭示了CDKN2A突变和缺失对肿瘤免疫微环境的影响	研究样本主要来自四个队列，可能存在样本偏倚；未详细探讨CDKN2A突变和缺失的具体机制	确定CDKN2A突变和缺失与泛癌种中总体生存期及免疫检查点抑制剂治疗反应的关联	CDKN2A突变和缺失在泛癌种中的作用及其对免疫检查点抑制剂治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	肿瘤测序	NA	基因组数据	45,000名肿瘤患者
2378	2024-11-08	Characterization of the responses of brain macrophages to focused ultrasound-mediated blood-brain barrier opening 2024-May, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01107-0 PMID:37857722	研究论文	研究聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞的影响	首次使用单细胞测序技术分析了微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞在聚焦超声介导的血脑屏障开放后的不同反应	研究仅在老鼠模型中进行，结果可能不适用于人类	探讨聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞的影响及其在神经退行性疾病治疗中的潜在应用	微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	老鼠模型
2379	2024-11-08	A Multimodal Omics Framework to Empower Target Discovery for Cardiovascular Regeneration 2024-Apr, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-023-07484-7 PMID:37421484	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序技术在多物种和多发育阶段中研究健康和受损心脏的发现，并提出了一种多物种、多组学的元分析框架，以推动心血管再生新靶点的发现	提出了一个多物种、多组学的元分析框架，以推动心血管再生新靶点的发现	NA	推动心血管再生新靶点的发现	健康和受损心脏的细胞转录组	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组	多物种和多发育阶段的样本
2380	2024-11-08	Histone modification-linked prognostic model for ovarian cancer reveals LBX2 as a novel growth promoter 2024-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18260 PMID:38520216	研究论文	研究探讨了组蛋白修饰相关基因在卵巢癌患者预后预测中的作用	构建了基于组蛋白修饰相关基因的风险评分模型，并发现LBX2作为卵巢癌的新型生长促进因子	NA	研究组蛋白修饰相关基因在卵巢癌预后预测中的作用	卵巢癌患者的预后预测	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	Lasso回归	转录组数据	多个队列的bulk RNA-Seq数据和单细胞scRNA-Seq数据