单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23895 篇文献，本页显示第 23761 - 23780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23761 | 2024-08-09 |
Spatial reconstruction of single-cell gene expression data
2015-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.3192
PMID:25867923
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Seurat的计算策略，通过整合单细胞RNA测序数据与原位RNA模式来推断细胞定位，并应用于斑马鱼胚胎的851个单细胞的空间映射 | Seurat策略能够将单细胞RNA测序数据与原位RNA模式结合，实现复杂组织中细胞空间定位的精确推断 | NA | 开发一种新的计算方法来推断细胞在复杂组织中的空间定位 | 斑马鱼胚胎中的851个单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Seurat | 基因表达数据 | 851个单细胞 |
| 23762 | 2024-08-09 |
Correction: comparison of multiple displacement amplification (MDA) and multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC) in single-cell sequencing
2015, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0124990
PMID:25875279
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23763 | 2024-08-09 |
A simple strategy for reducing false negatives in calling variants from single-cell sequencing data
2015, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0123789
PMID:25876174
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研究论文 | 本文提出了一种简单策略，用于减少单细胞测序数据中变异检测的假阴性率 | 该方法通过模拟显示其错误率极低，显著低于预期的假阴性率 | 该方法受限于人类基因组中低SNP密度 | 旨在减少单细胞测序数据分析中的假阴性 | 单细胞测序数据中的变异检测 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 外显子数据 | 几十个单肿瘤细胞 |
| 23764 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptome amplification with MALBAC
2015, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0120889
PMID:25822772
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研究论文 | 本文介绍了使用MALBAC技术进行单细胞转录组扩增的方法，并展示了其在小鼠胚胎早期原肠胚阶段细胞中的应用 | 开发了基于MALBAC的单细胞转录组扩增技术，具有高检测效率、准确性和可重复性 | NA | 探索单细胞转录组扩增技术在胚胎细胞中的应用 | 小鼠胚胎早期原肠胚阶段的细胞 | 数字病理学 | NA | MALBAC | NA | 转录组 | 3个来自小鼠胚胎早期原肠胚阶段的胚层细胞 |
| 23765 | 2024-08-09 |
Identification of cell types from single-cell transcriptomes using a novel clustering method
2015-Jun-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btv088
PMID:25805722
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研究论文 | 本文介绍了一种名为共享最近邻（SNN）-Cliq的新算法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞类型 | SNN-Cliq算法利用共享最近邻的概念，在处理高维数据方面显示出优势，并在多种合成和真实实验数据集上优于现有方法 | NA | 开发一种新的计算方法来聚类单细胞转录组数据，以准确识别细胞类型 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | SNN-Cliq算法 | 基因表达数据 | 多种合成和真实实验数据集 |
| 23766 | 2024-08-09 |
ID4 controls mammary stem cells and marks breast cancers with a stem cell-like phenotype
2015-Mar-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms7548
PMID:25813983
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研究论文 | 本研究揭示了抑制分化4（ID4）在乳腺干细胞自我更新中的关键作用，并标记了具有干细胞样表型的一类基底样乳腺癌（BLBC） | 首次证明ID4是乳腺干细胞自我更新的关键调节因子，并将其与BLBC的病因联系起来 | NA | 探讨基底样乳腺癌的细胞起源和病因 | 乳腺干细胞和基底样乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用ID4GFP敲入报告小鼠模型和人类BLBC样本 |
| 23767 | 2024-08-09 |
SC3-seq: a method for highly parallel and quantitative measurement of single-cell gene expression
2015-May-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkv134
PMID:25722368
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SC3-seq的新型单细胞mRNA 3'端测序方法，该方法基于PCR扩增和3'端富集，能够高度并行和定量地测量单细胞中的基因表达 | SC3-seq方法在定量测量转录水平和达到转录检测饱和所需的测序深度方面优于其他典型的单细胞RNA-seq方法 | NA | 开发一种新的单细胞mRNA测序方法，以提高基因表达测量的定量性和并行性 | 单细胞中的基因表达 | 生物医学科学 | NA | PCR扩增，3'端富集 | NA | mRNA | 从10,000个细胞到单个细胞 |
| 23768 | 2024-08-09 |
Embryo genome profiling by single-cell sequencing for preimplantation genetic diagnosis in a β-thalassemia family
2015-Apr, Clinical chemistry
IF:7.1Q1
DOI:10.1373/clinchem.2014.228569
PMID:25722458
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研究论文 | 本文开发了一种通过单细胞测序获取胚胎全基因组的方法，用于β-地中海贫血携带者家庭的植入前遗传诊断。 | 本文首次通过单细胞测序技术实现了胚胎全基因组的恢复，并在此基础上进行了全面的孟德尔遗传病诊断和人类白细胞抗原匹配测试。 | NA | 开发一种新的方法，通过单细胞测序技术进行胚胎基因组分析，以实现植入前遗传诊断。 | β-地中海贫血携带者家庭的胚胎基因组。 | 数字病理学 | 地中海贫血 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 包括单个胚胎细胞和家庭三重奏样本 |
| 23769 | 2024-08-09 |
Technology: Bead capture for single-cell transcriptomics
2015-Apr, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/nrg3919
PMID:25707926
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23770 | 2024-08-09 |
Genomic expansion of domain archaea highlights roles for organisms from new phyla in anaerobic carbon cycling
2015-Mar-16, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2015.01.014
PMID:25702576
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研究论文 | 本研究通过基因组解析的宏基因组分析，探讨了古菌在陆地地下生物地球化学循环中的多样性、基因组大小、代谢能力和潜在作用 | 首次使用无培养方法重建了古菌的完整基因组，并解析了两个新的古菌门，揭示了古菌在碳和氢代谢中的重要作用 | NA | 研究古菌在陆地地下生物地球化学循环中的作用 | 古菌的多样性、基因组大小、代谢能力和潜在作用 | 基因组学 | NA | 宏基因组分析 | NA | DNA | 从科罗拉多河附近的含水层采集的复杂沉积物和浮游生物群落样本，以及151个新的古菌序列 |
| 23771 | 2024-08-09 |
Brain structure. Cell types in the mouse cortex and hippocampus revealed by single-cell RNA-seq
2015-Mar-06, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaa1934
PMID:25700174
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研究论文 | 本文利用大规模单细胞RNA测序技术对小鼠体感皮层和海马CA1区域的细胞进行分类 | 发现了47个分子上独特的亚类，包括皮层中所有已知的主要细胞类型，并识别出许多标记基因，这些基因与已知的细胞类型、形态和位置相匹配 | NA | 揭示小鼠皮层和海马中的细胞类型 | 小鼠体感皮层和海马CA1区域的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 大规模单细胞样本 |
| 23772 | 2024-08-09 |
The coexistence of Sjögren's syndrome and primary biliary cirrhosis: a comprehensive review
2015-Jun, Clinical reviews in allergy & immunology
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s12016-015-8471-1
PMID:25682089
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综述 | 本文全面回顾了干燥综合征与原发性胆汁性肝硬化共存的情况 | 探讨了B细胞、细胞毒性T细胞和辅助T细胞在慢性炎症中的作用，以及雌激素受体在疾病中的潜在影响 | 尽管有现有数据，治疗方案仍然不尽如人意，且近期研究（如使用利妥昔单抗的B细胞耗竭）仅部分有益 | 探讨干燥综合征与原发性胆汁性肝硬化共存的机制及治疗策略 | 干燥综合征与原发性胆汁性肝硬化 | NA | 自身免疫性疾病 | NA | NA | NA | NA |
| 23773 | 2024-08-09 |
Sexual cell-fate reprogramming in the ovary by DMRT1
2015-Mar-16, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2015.01.034
PMID:25683803
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研究论文 | 本文研究了DMRT1转录因子在卵巢中对细胞性别命运重编程的影响 | 首次展示了DMRT1在卵巢中不仅必要而且足以指定雄性细胞身份，并通过单细胞RNA测序识别了动态表达的候选介质 | NA | 探讨DMRT1在卵巢中对细胞性别命运重编程的作用及其在人类性别发育障碍中的潜在影响 | DMRT1转录因子及其在卵巢中的表达对细胞性别命运的影响 | NA | 性别发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 23774 | 2024-08-09 |
A multi-scale approach reveals that NF-κB cRel enforces a B-cell decision to divide
2015-Feb-13, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20145554
PMID:25680807
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研究论文 | 本文通过多尺度方法研究NF-κB cRel在B细胞分裂决策中的作用 | 构建了一个基于单细胞时间轨迹、转录组和免疫荧光分析的代理多模块计算模型，模拟淋巴细胞群体动态 | NA | 理解多细胞器官功能与细胞内分子网络之间的关系，预测表型从基因型 | B淋巴细胞的群体动态及其在免疫反应和疫苗有效性中的作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组分析、免疫荧光分析 | 代理多模块计算模型 | 时间轨迹数据、转录组数据、免疫荧光图像 | 数百个B细胞 |
| 23775 | 2024-08-09 |
Computational and analytical challenges in single-cell transcriptomics
2015-Mar, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/nrg3833
PMID:25628217
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研究论文 | 本文探讨了单细胞转录组学中的计算和分析挑战 | 本文强调了单细胞RNA测序数据分析所需的新计算策略 | 需要克服特定的计算和分析挑战 | 探讨单细胞转录组学中的计算和分析问题 | 单细胞转录组学数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 大量单细胞 |
| 23776 | 2024-08-09 |
Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell
2015-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.3129
PMID:25599178
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研究论文 | 本文介绍了一种准线性扩增策略，用于从同一细胞中定量测序基因组DNA和mRNA，无需在扩增前物理分离核酸 | 提出了一种集成基因组和转录组测序的新方法，能够在同一细胞中同时测序基因组DNA和mRNA | NA | 旨在解决从同一细胞中同时测序基因组DNA和mRNA的挑战 | 单细胞基因组和转录组 | 基因组学 | NA | 基因组和转录组测序 | NA | 基因组DNA和mRNA | 单个细胞 |
| 23777 | 2024-08-09 |
Quantification of cell identity from single-cell gene expression profiles
2015-Jan-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-015-0580-x
PMID:25608970
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研究论文 | 本文利用细胞类型特异性转录组数据库，从单细胞RNA测序数据中量化细胞身份，准确分类了拟南芥根尖和人类胶质母细胞瘤肿瘤中的细胞 | 本文提出了一种新方法，通过使用细胞类型特异性转录组数据库，从单细胞RNA测序数据中量化细胞身份，揭示了之前未被描述的远离损伤部位的身份崩溃的短暂现象 | NA | 定义细胞身份是生物学中的核心问题，本文旨在开发更好的方法来映射细胞身份，特别是在发育过渡期间 | 拟南芥根尖和人类胶质母细胞瘤肿瘤中的细胞 | 生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23778 | 2024-08-09 |
Reconstructing each cell's genome within complex microbial communities-dream or reality?
2014, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2014.00771
PMID:25620966
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研究论文 | 本文探讨了在复杂微生物群落中重建每个细胞基因组的方法及其挑战 | 介绍了单细胞基因组学作为解决微生物生态学和环境微生物学中未培养微生物基因组信息获取问题的新方法 | 讨论了方法学限制和固有偏差，基于环境和基准数据评估了实现目标的距离 | 旨在从环境中每个细胞中恢复基因组序列，以更好地理解群落代谢潜力并提供实验工作基础 | 复杂微生物群落中的每个细胞基因组 | 环境微生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 23779 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analysis reveals dynamic changes in lncRNA expression during reprogramming
2015-Jan-08, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2014.11.005
PMID:25575081
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了在细胞重编程过程中长非编码RNA（lncRNA）表达的动态变化 | 首次详细探讨了lncRNA在细胞重编程中的潜在功能，并揭示了其在调控细胞命运中的作用 | NA | 探究lncRNA在细胞重编程过程中的表达模式及其功能 | lncRNA在细胞重编程中的表达和作用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自组织映射（SOM） | 转录组数据 | 包括437个lncRNA在内的超过16,000个基因 |
| 23780 | 2024-08-09 |
[Recent progress in single-cell RNA-Seq analysis]
2014-Nov, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.3724/SP.J.1005.2014.1069
PMID:25567865
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在方法学和应用方面的最新进展 | 介绍了多种cDNA扩增方法、技术的灵敏度和噪声定量分析，以及低覆盖率高通量单细胞RNA测序和原位RNA测序技术的发展 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术的方法学和应用进展 | 单细胞RNA测序技术 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 单个细胞 |