单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23741	2024-08-09	Marrying microfluidics and microwells for parallel, high-throughput single-cell genomics 2015-Jun-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0695-0 PMID:26087845	研究论文	本文介绍了一种基于微孔的创新平台，用于单细胞RNA测序（RNA-seq），结合了成本效益、可扩展性和并行性	该平台为单细胞基因组学提供了高吞吐量的平行处理能力，开启了新的生物学研究途径	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序技术	单细胞RNA测序	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	NA	NA
23742	2024-08-09	Single-cell mRNA sequencing identifies subclonal heterogeneity in anti-cancer drug responses of lung adenocarcinoma cells 2015-Jun-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0692-3 PMID:26084335	研究论文	本文通过单细胞mRNA测序技术，研究了肺腺癌细胞对抗癌药物反应的亚克隆异质性	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了肺腺癌细胞对抗癌药物反应的亚克隆异质性，并识别出与抗癌药物耐药性相关的候选肿瘤细胞亚群	NA	研究肿瘤内异质性如何影响治疗结果，并探索个性化抗癌治疗的可能性	肺腺癌细胞及其对抗癌药物的反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	34个来自肺腺癌患者肿瘤异种移植的肿瘤细胞
23743	2024-08-09	Linking Micronuclei to Chromosome Fragmentation 2015-Jun-18, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.06.005 PMID:26091034	研究论文	文章通过结合活细胞成像和单细胞测序技术，研究了人类癌细胞中染色体重排的分子机制	首次使用活细胞成像和单细胞测序技术结合的方法，揭示了微核中染色体经常发生类似染色体碎裂的重排	NA	探索人类癌细胞中染色体重排的分子机制	人类癌细胞中的染色体重排	NA	癌症	活细胞成像和单细胞测序	NA	图像和序列数据	NA
23744	2024-08-09	Deep sequencing reveals cell-type-specific patterns of single-cell transcriptome variation 2015-Jun-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0683-4 PMID:26056000	研究论文	本文通过深度测序揭示了不同细胞类型中单细胞转录组变异的模式	开发了过滤基因以进行可靠定量的方法，并校准了生物变异	需要仔细分析以利用单细胞RNA测序数据，并考虑技术变异	探讨转录组状态与细胞表型之间的关系，并解决单细胞转录组学面临的分析挑战	来自五种小鼠组织和两种大鼠组织的91个细胞和18个细胞，以及30个稀释至单细胞水平的批量RNA对照样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	91个小鼠细胞，18个大鼠细胞，30个对照样本
23745	2024-08-09	Scalable microfluidics for single-cell RNA printing and sequencing 2015-Jun-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0684-3 PMID:26047807	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞RNA打印和测序的可扩展微流控平台	开发了一种简单平台，用于在密封的皮升微孔中捕获单细胞裂解物，并能够打印RNA在玻璃上或捕获RNA在珠子上	NA	开发一种高效、低成本的工具，用于大规模单细胞转录组学研究	单细胞RNA	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	RNA	数百个单细胞
23746	2024-08-09	Computer vision for image-based transcriptomics 2015-Sep-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2015.05.016 PMID:26014038	研究论文	本文讨论了基于图像的转录组学实验流程的设置，并详细描述了开发的高通量算法，用于从数万个单细胞中提取转录分子丰度、定位和模式的多变量特征集	基于图像的转录组学方法无需将RNA转化为cDNA即可进行信号放大和转录定量，效率高于其他方法，并能研究单细胞中转录组的空间组织	为了充分发挥基于图像的转录组学的潜力，需要对单分子和细胞进行稳健的计算机视觉处理	开发和描述用于基于图像的转录组学的高通量计算机视觉算法	单细胞中的转录分子丰度、定位和模式	计算机视觉	NA	NA	NA	图像	数万个单细胞
23747	2024-08-09	Recent advances and current issues in single-cell sequencing of tumors 2015-Aug-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2015.04.022 PMID:26003306	综述	本文综述了单细胞测序技术在肿瘤内异质性研究中的最新进展和当前面临的挑战	介绍了单细胞测序技术在深入研究肿瘤内复杂分子机制方面的潜力	NA	探讨单细胞测序方法在肿瘤学过程中的应用，从肿瘤发生到进展、转移和治疗抵抗	肿瘤内异质性	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	大规模
23748	2024-08-09	MERFISHing for spatial context 2015-Jul, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2015.05.002 PMID:26013647	研究论文	介绍了一种名为MERFISH的新技术，该技术扩展了单分子成像技术，用于分析数千个基因的拷贝数和定位模式	MERFISH技术在空间转录组学领域取得了重大进展，具有在免疫学中的潜在应用	NA	推动空间转录组学的发展，探索其在免疫学中的应用	数千个基因的拷贝数和定位模式	空间转录组学	NA	MERFISH	NA	基因数据	数千个基因
23749	2024-08-09	Single-cell transcriptome analyses reveal signals to activate dormant neural stem cells 2015-May-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.04.001 PMID:26000486	研究论文	本研究通过单细胞转录组和加权基因共表达网络分析（WGCNA）揭示了成年小鼠前脑神经发生区中CD133(+)/GFAP(-)室管膜细胞的分子特性	研究发现室管膜CD133(+)/GFAP(-)静息细胞特有的基因网络中显著的枢纽基因富集了免疫应答基因和编码血管生成因子受体的基因，并揭示了损伤后丰富的信号激活这些休眠的室管膜神经干细胞	NA	揭示休眠神经干细胞的分子特性和激活信号	成年小鼠前脑神经发生区中的CD133(+)/GFAP(-)室管膜细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析, 加权基因共表达网络分析 (WGCNA)	NA	转录组数据	成年小鼠前脑神经发生区的室管膜细胞
23750	2024-08-09	Single-cell transcriptomics enters the age of mass production 2015-May-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2015.05.019 PMID:26000840	研究论文	本文介绍了两种高通量单细胞转录组学的新方法，通过使用液滴微流控技术和复杂的条形码方案，对数千个单个细胞进行转录组分析	引入了液滴微流控技术和复杂的条形码方案，实现了高通量的单细胞转录组学分析	NA	探索和实现高通量的单细胞转录组学技术	单细胞转录组学	单细胞转录组学	NA	液滴微流控技术	NA	转录组数据	数千个单个细胞
23751	2024-08-09	Advances and applications of single-cell sequencing technologies 2015-May-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2015.05.005 PMID:26000845	综述	本文综述了单细胞测序技术（SCS）的发展及其在多个生物学领域的应用	SCS技术为研究稀有细胞和复杂细胞群体提供了强大的工具	NA	探讨单细胞测序技术及其在临床转化应用中的应用	单细胞测序技术在微生物学、神经生物学、发育生物学、组织镶嵌性、免疫学和癌症研究中的应用	NA	NA	单细胞测序（SCS）	NA	DNA和RNA数据	NA
23752	2024-08-09	The technology and biology of single-cell RNA sequencing 2015-May-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2015.04.005 PMID:26000846	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序技术的发展及其在生物学和医学中的应用	单细胞mRNA测序方法提供了无偏差、高通量和高分辨率的单细胞转录组分析，相较于传统的细胞群分析方法，增加了转录组信息的维度	NA	探讨单细胞RNA测序技术在生物学和医学中的应用	单细胞的转录组	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个细胞
23753	2024-08-09	Thermophiles in the genomic era: Biodiversity, science, and applications 2015-Nov-01, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2015.04.007 PMID:25911946	综述	本文综述了嗜热菌和超嗜热菌的多样性、基因组学研究进展及其在工业、农业和医药领域的应用	强调了基因组学时代对嗜热菌多样性、基因组、转录组、宏基因组和单细胞测序的最新理解	NA	总结嗜热菌和嗜热酶的主要当前应用，并强调基因组学时代对嗜热菌研究的最新进展	嗜热菌和超嗜热菌及其生物产品	NA	NA	基因组测序	NA	基因组数据	超过120个超嗜热菌的完整基因组序列
23754	2024-08-09	Emerging single-cell technologies in immunology 2015-Jul, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1189/jlb.6RU0115-020R PMID:25908734	综述	本文综述了新兴的单细胞技术在免疫学中的应用及其对免疫反应研究的贡献	介绍了单细胞技术在免疫学中的创新应用，如微流控技术和单细胞RNA测序，以及质谱流式细胞术在蛋白质水平分析中的进展	传统研究工具如多色流式细胞术或基于显微镜的方法可能忽略了个体细胞的特定贡献	探讨免疫细胞多样性的基础和结果，以及这些多样性如何影响宿主免疫防御反应的研究	免疫细胞及其在宿主防御中的作用	免疫学	NA	微流控技术，单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	细胞	NA
23755	2024-08-09	SNES makes sense? Single-cell exome sequencing evolves 2015-Apr-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0650-0 PMID:25926122	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞全外显子测序方法，用于在单细胞分辨率下研究人类基因组的所有编码序列	提出了一种新的单细胞全外显子测序技术	NA	开发和评估单细胞全外显子测序技术	人类基因组的编码序列	基因组学	NA	单细胞全外显子测序	NA	基因组数据	NA
23756	2024-08-09	Calibrating genomic and allelic coverage bias in single-cell sequencing 2015-Apr-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms7822 PMID:25879913	研究论文	本文描述了用于定量评估单细胞基因组DNA全基因组扩增引起的扩增偏差的统计方法	开发了统计模型来校准单细胞全基因组扩增中的等位基因偏差，并展示了基于普查的策略，用于从低输入活检样本中高效准确地检测变异	NA	定量评估和校准单细胞基因组扩增中的偏差	单细胞基因组DNA的全基因组扩增偏差	基因组学	NA	全基因组扩增(WGA)	统计模型	基因组数据	不同技术的单细胞DNA文库
23757	2024-08-09	Single-cell analysis of lung adenocarcinoma cell lines reveals diverse expression patterns of individual cells invoked by a molecular target drug treatment 2015-Apr-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0636-y PMID:25887790	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了七种肺腺癌细胞系的基因表达模式，特别是在分子靶向药物治疗后的变化。	本文揭示了在分子靶向药物治疗下，单个细胞的基因表达多样性特征，这些特征在传统的批量细胞转录组分析中难以发现。	NA	研究单个癌细胞在分子靶向药物治疗下的基因表达异质性。	肺腺癌细胞系及其在分子靶向药物治疗下的基因表达模式。	数字病理学	肺癌	下一代测序（NGS）	NA	RNA-Seq	336个单细胞RNA-Seq文库
23758	2024-08-09	Single-cell genomics-based analysis of virus-host interactions in marine surface bacterioplankton 2015-Nov, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2015.48 PMID:25848873	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，对海洋表层细菌浮游生物中的病毒-宿主相互作用进行了基于基因组分析的研究	首次在Thaumarchaeota、Marinimicrobia、Verrucomicrobia以及Gammaproteobacteria集群SAR86和SAR92中发现了已知病毒	研究主要集中在少数培养的宿主群体，对海洋中所有微生物群体受病毒感染的影响程度了解有限	揭示海洋微生物群落中病毒-宿主相互作用的机制	海洋表层细菌和古菌细胞内的病毒	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	58个来自不同地理位置和系统发育的单扩增基因组(SAGs)的海洋细菌和古菌
23759	2024-08-09	Single-cell genomics of a rare environmental alphaproteobacterium provides unique insights into Rickettsiaceae evolution 2015-Nov, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2015.46 PMID:25848874	研究论文	本研究通过单细胞基因组学方法，对从Damariscotta湖采集的稀有环境α变形菌'Candidatus Arcanobacter lacustris'进行了测序和分析，揭示了Rickettsiaceae科细菌的进化新见解。	首次在Rickettsiaceae科细菌中发现了趋化基因和垂直遗传的鞭毛基因，表明Rickettsiaceae的祖先可能具有兼性细胞内生活方式。	NA	探索Rickettsiaceae科细菌的起源和进化机制。	稀有环境α变形菌'Candidatus Arcanobacter lacustris'及其基因组。	微生物学	NA	单细胞测序	NA	基因组	单个细胞
23760	2024-08-09	High-throughput spatial mapping of single-cell RNA-seq data to tissue of origin 2015-May, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3209 PMID:25867922	研究论文	本文介绍了一种高通量方法，用于确定通过单细胞RNA测序分析的细胞在特定组织中的空间起源	该方法通过比较细胞的完整、特异性加权的mRNA谱与从基因表达图谱中获得的位点基因表达谱，实现了细胞在组织中的精确分配	该方法的有效性依赖于具有足够高分辨率的参考基因表达数据库	旨在理解多细胞生物中细胞类型身份，通过整合单个细胞的基因表达谱及其在特定组织中的空间位置	研究对象为通过单细胞RNA测序分析的细胞及其在特定组织中的空间位置	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	研究中使用了海洋环节动物Platynereis dumerilii的脑组织样本