单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23721	2024-08-09	Single-Cell Analysis: The Differences That Kill 2015-Sep-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.08.053 PMID:26359980	研究论文	Avraham等人利用单细胞RNA测序技术研究了巨噬细胞对感染反应的变异性是如何被病原体群体内的变异性控制的	发现Salmonella毒力因子PhoP的异质表达及其随后的细胞壁修饰导致感染巨噬细胞中干扰素反应的双峰诱导	NA	研究巨噬细胞对感染反应的变异性	巨噬细胞对Salmonella感染的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
23722	2024-08-09	A computational strategy for predicting lineage specifiers in stem cell subpopulations 2015-Sep, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2015.08.006 PMID:26368290	研究论文	本文提出了一种计算方法，用于预测干细胞亚群中的谱系指定因子	该方法通过重建亚群特异性转录调控网络（TRNs），并基于假设每个亲本干细胞亚群由其特定的TRN稳定性核心维持的稳定状态，预测谱系指定因子	该方法目前仅适用于二元命运分化系统，并且需要单细胞基因表达数据	旨在开发一种计算方法，用于识别干细胞分化过程中的谱系指定因子	干细胞亚群及其特异性转录调控网络和谱系指定因子	生物信息学	NA	单细胞RT-PCR和单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	涉及三种不同的干细胞系统
23723	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of Bone Marrow-Derived Mesenchymal Stem Cells Reveals Unique Profiles of Lineage Priming 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0136199 PMID:26352588	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了从骨髓中提取的间充质干细胞的转录多样性	发现了与间充质干细胞多能性相关的基因在单个细胞中高度一致表达，而与特定分化途径相关的基因在单个细胞中表达水平差异较大	研究结果表明，即使以免疫调节为目标，间充质干细胞的体内或临床使用仍需谨慎，因为可能存在多种中胚层甚至外胚层的分化结果	评估骨髓来源的间充质干细胞的转录多样性及其分化潜能和免疫调节功能的异质性	骨髓来源的间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠骨髓来源的间充质干细胞的单细胞样本
23724	2024-08-09	RNA-seq based transcriptomic analysis of single bacterial cells 2015-Nov, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1039/c5ib00191a PMID:26331465	研究论文	本文报道了首个细菌单细胞RNA测序（RNA-seq）方法BaSiC RNA-seq，该方法整合了RNA分离、cDNA合成与扩增以及单个蓝细菌Synechocystis sp. PCC 6803细胞的全转录组RNA-seq分析	首次实现了对单个细菌细胞的全转录组RNA-seq分析，并展示了环境胁迫下基因表达的异质性	初步结果显示，该方法在不同时间点的基因识别率存在差异，且样本量较小	研究单个细菌细胞在环境胁迫下的基因表达异质性	蓝细菌Synechocystis sp. PCC 6803细胞	基因组学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	3个24小时和3个72小时氮饥饿处理后的单细胞，以及相应的批量细胞对照
23725	2024-08-09	Uniform and accurate single-cell sequencing based on emulsion whole-genome amplification 2015-Sep-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1513988112 PMID:26340991	research paper	本文介绍了一种基于乳化全基因组扩增的均匀且准确的单细胞测序方法	提出了一种新的乳化全基因组扩增（eWGA）方法，通过将单细胞基因组DNA分割成大量微小水滴，每个水滴中的DNA片段在扩增前达到饱和，从而最小化了片段间扩增增益的差异	NA	开发一种新的全基因组扩增方法，以提高单细胞测序的均匀性和准确性	单细胞基因组DNA	生物技术	NA	全基因组扩增（WGA）	NA	基因组数据	单个人类细胞
23726	2024-08-09	Application of an RNA amplification method for reliable single-cell transcriptome analysis 2015-Sep, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.2144/000114331 PMID:26345506	研究论文	本文介绍了一种新的RNA扩增方法，用于高保真度的单细胞转录组分析	该技术显著减少了3'偏倚问题，能够检测所有区域的转录本，包括短或完全缺失多聚A尾的mRNA、非编码RNA以及任何给定基因产物的全套剪接异构体	通过统计和生物信息学分析微阵列数据来评估该技术的局限性	研究单细胞分辨率下的细胞类型特异性转录特征	从小鼠侧脑室下带（SVZ）分离的单个细胞	基因组学	NA	RNA扩增	NA	微阵列数据	多个来自小鼠侧脑室下带的单个细胞
23727	2024-08-09	Single-cell transcriptomics and functional target validation of brown adipocytes show their complex roles in metabolic homeostasis 2016-Jan, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.15-273797 PMID:26304220	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究棕色脂肪细胞（BAs）在代谢稳态中的复杂作用，并验证了其功能性靶点	本文通过单细胞转录组学技术，揭示了棕色脂肪细胞转录组的变异性，并扩展了已知棕色脂肪细胞受体的数量	NA	研究棕色脂肪细胞在代谢稳态中的作用及其激活信号	棕色脂肪细胞及其在代谢稳态中的作用	数字病理学	代谢疾病	单细胞转录组学	NA	mRNA	小鼠棕色脂肪细胞
23728	2024-08-09	Oscope identifies oscillatory genes in unsynchronized single-cell RNA-seq experiments 2015-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.3549 PMID:26301841	研究论文	本文介绍了一种名为Oscope的统计方法，用于在非同步单细胞RNA测序实验中识别和表征振荡基因的转录动力学	Oscope方法能够在非同步细胞群体的单细胞RNA测序数据中识别振荡基因	文章未明确提及	开发和验证一种新的统计方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别振荡基因	振荡基因的转录动力学	基因表达	NA	单细胞RNA测序	统计模型	RNA测序数据	多个数据集
23729	2024-08-09	Defining the three cell lineages of the human blastocyst by single-cell RNA-seq 2015-Sep-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.123547 PMID:26293300	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了人类和小鼠植入前胚胎的早期发育，揭示了保守的转录程序及人类特异的转录程序，并在蛋白质水平上验证了RNA测序结果，进一步揭示了人类和小鼠胚胎基因表达的差异	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了人类植入前胚胎的三种细胞谱系，并发现了人类特异的基因表达模式，如KLF17转录因子的特异性表达	研究主要集中在植入前胚胎阶段，对于后续发育阶段的细胞谱系分化及基因表达变化未进行深入探讨	深入理解人类早期胚胎发育的分子机制及其与干细胞的关系	人类和小鼠的植入前胚胎	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及人类和小鼠的植入前胚胎样本
23730	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq with Waterfall Reveals Molecular Cascades underlying Adult Neurogenesis 2015-Sep-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2015.07.013 PMID:26299571	研究论文	本文通过单细胞RNA测序结合Waterfall生物信息学管道，揭示了成人海马静息神经干细胞（qNSCs）及其后代在神经发生过程中的分子级联反应	开发了Waterfall生物信息学管道，用于统计量化单细胞基因表达沿自建连续发育轨迹的情况，并揭示了成人qNSCs的分子特征及其激活和神经发生启动的分子级联	NA	系统地分析干细胞行为，解决传统方法无法解析细胞异质性或捕捉发育动态的问题	成人海马静息神经干细胞（qNSCs）及其后代	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	具体样本数量未在摘要中提及
23731	2024-08-09	Identification of Distinct Tumor Subpopulations in Lung Adenocarcinoma via Single-Cell RNA-seq 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0135817 PMID:26305796	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了来自人肺腺癌患者衍生的异种移植模型中的34个单细胞的转录组数据，以识别肿瘤内部的异质性群体	本研究采用共调控基因模块而非单个基因进行聚类分析，有效减少了单细胞测序中的读取缺失错误，并揭示了两个主要的肿瘤内亚群	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术识别肺腺癌中的不同肿瘤亚群	人肺腺癌患者衍生的异种移植模型中的单细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	34个单细胞
23732	2024-08-09	The reduced genomes of Parcubacteria (OD1) contain signatures of a symbiotic lifestyle 2015, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2015.00713 PMID:26257709	研究论文	本文通过重建8个部分至近乎完整的OD1细菌基因组，并与其他基因组数据进行比较，探讨了OD1细菌的基因组特征及其可能的共生生活方式	首次详细分析了OD1细菌的基因组特征，揭示了其基因组的高度简化及可能的共生生活方式	由于OD1细菌尚未在实验室中分离，研究主要基于基因组重建数据，可能存在一定的不完整性	探讨OD1细菌的基因组特征及其生活方式	OD1细菌的基因组及其代谢能力	微生物学	NA	元基因组测序，单细胞测序	NA	基因组数据	8个部分至近乎完整的OD1细菌基因组
23733	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals a Population of Dormant Neural Stem Cells that Become Activated upon Brain Injury 2015-Sep-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2015.07.002 PMID:26235341	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了在脑损伤后被激活的休眠神经干细胞亚群	首次发现并描述了在稳态下表达特定组合的谱系特异性转录因子的休眠神经干细胞亚群，并阐明了其在脑缺血后的激活机制	NA	揭示神经干细胞激活和谱系启动的一般原理，并为脑再生医学提供潜在途径	成体侧脑室下区神经干细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
23734	2024-08-09	Quantitative and qualitative characterization of expanded CD4+ T cell clones in rheumatoid arthritis patients 2015-Aug-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep12937 PMID:26245356	研究论文	本研究利用单细胞分析和下一代测序技术，详细描述了类风湿关节炎患者中扩增的CD4+ T细胞克隆的特性和转录组变化	首次深入分析了类风湿关节炎中扩增的CD4+ T细胞克隆的转录组特征，揭示了免疫选择压力对克隆表型的影响	研究样本量较小，仅包括5名外周血患者和1名滑膜患者	揭示类风湿关节炎中扩增的CD4+ T细胞克隆的详细特性和转录组变化	类风湿关节炎患者的扩增CD4+ T细胞克隆	免疫学	类风湿关节炎	下一代测序（NGS）	NA	转录组数据	5名外周血患者和1名滑膜患者
23735	2024-08-09	Structure of silent transcription intervals and noise characteristics of mammalian genes 2015-Jul-27, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20156257 PMID:26215071	研究论文	本文通过单等位基因时间流逝记录技术，研究了哺乳动物基因沉默转录间隔区的结构及其噪声特性	首次揭示了哺乳动物基因沉默间隔区的结构，并阐明了其对基因产物波动的影响	研究仅限于小鼠细胞，可能不完全适用于其他哺乳动物	探究哺乳动物基因转录的随机性和沉默间隔区的结构	哺乳动物基因的转录过程及其对基因产物波动的影响	分子生物学	NA	单等位基因时间流逝记录技术	NA	时间序列数据	小鼠细胞
23736	2024-08-09	Single-cell RNA-seq transcriptome analysis of linear and circular RNAs in mouse preimplantation embryos 2015-Jul-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0706-1 PMID:26201400	研究论文	本文开发了一种单细胞通用poly(A)-独立RNA测序（SUPeR-seq）方法，用于从单个细胞中测序polyadenylated和non-polyadenylated RNA，并分析了小鼠植入前胚胎中的circRNAs和线性转录本	开发了SUPeR-seq方法，能够同时测序polyadenylated和non-polyadenylated RNA，并发现了2891个circRNAs和913个新的线性转录本	NA	揭示哺乳动物早期胚胎发育过程中circRNAs的调控机制	小鼠植入前胚胎中的circRNAs和线性转录本	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
23737	2024-08-09	Delineating cancer evolution with single-cell sequencing 2015-Jul-15, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aac8319 PMID:26180099	研究论文	本文利用单细胞测序技术探讨肿瘤内异质性和罕见亚群	单细胞测序技术为癌症研究和医学提供了强大的工具	NA	揭示癌症进化过程	肿瘤内异质性和罕见亚群	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
23738	2024-08-09	Computational assignment of cell-cycle stage from single-cell transcriptome data 2015-Sep-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2015.06.021 PMID:26142758	研究论文	本文描述并比较了五种已建立的监督机器学习方法和一个定制预测器，用于根据单细胞转录组数据分配细胞周期阶段	本文引入了基于主成分分析（PCA）的方法和定制预测器，并评估了不同归一化策略和先验知识对分类器预测能力的影响	文章指出，只有通过利用细胞周期注释基因形式的先验知识和使用基于秩的归一化预处理数据，才能在不同细胞类型、生物体和实验协议中稳健地捕捉转录细胞周期特征	开发和评估计算方法，以从单细胞转录组数据中准确分配细胞周期阶段	单细胞转录组数据中的细胞周期阶段	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督机器学习方法	转录组数据	使用先前发表的数据集进行测试
23739	2024-08-09	Whole-Transcriptome Amplification of Single Cells for Next-Generation Sequencing 2015-Jul-01, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/0471142727.mb0720s111 PMID:26131855	研究论文	本文描述了从细胞到下一代测序（NGS）的整个工作流程，包括细胞质量检测、细胞裂解、gDNA去除、全转录组扩增和NGS文库制备	介绍了用于单细胞转录组分析的全转录组扩增技术，以适应NGS平台对RNA量的要求	NA	阐明健康和疾病中的细胞变异性	单细胞转录组	基因组学	癌症	NGS	NA	RNA	单个细胞
23740	2024-08-09	Sincell: an R/Bioconductor package for statistical assessment of cell-state hierarchies from single-cell RNA-seq 2015-Oct-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btv368 PMID:26099264	研究论文	介绍了一个名为Sincell的R/Bioconductor包，用于从单细胞RNA测序数据中评估细胞状态层次结构	Sincell包引入了新的算法，为细胞状态层次结构提供统计支持，并考虑了单细胞RNA测序中的随机因素	NA	开发和验证一个用于评估单细胞RNA测序数据中细胞状态层次结构的计算工具	单细胞RNA测序数据中的细胞状态层次结构	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA