单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23701	2024-08-09	Heal Thy Cell(f): A Single-Cell View of Regeneration 2015-Dec-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2015.11.019 PMID:26651286	研究论文	本文利用单细胞转录组测序技术研究涡虫细胞在再生伤口反应中的细胞类型特异性和时间动态	采用单细胞转录组测序技术深入研究再生过程中的细胞特异性和时间动态	NA	探究再生过程中细胞类型的特异性和时间动态	涡虫细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
23702	2024-08-09	CD5L/AIM Regulates Lipid Biosynthesis and Restrains Th17 Cell Pathogenicity 2015-Dec-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.10.068 PMID:26607793	研究论文	研究揭示了CD5L/AIM在调节Th17细胞致病性中的作用及其机制	首次发现CD5L/AIM作为非致病性Th17细胞的调节因子，通过调节脂质生物合成影响Th17细胞的功能状态	NA	探究Th17细胞致病性与非致病性状态的平衡机制	Th17细胞及其调节因子CD5L/AIM	免疫学	自身免疫病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
23703	2024-08-09	Single-Cell Genomics Unveils Critical Regulators of Th17 Cell Pathogenicity 2015-Dec-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.11.009 PMID:26607794	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了Th17细胞在自身免疫性脑脊髓炎（EAE）高峰期从中枢神经系统（CNS）和淋巴结（LN）分离出的分子机制，以及其在体外分化条件下的异质性和致病性	本研究揭示了调控Th17细胞致病性和疾病易感性的基因，并使用基因敲除小鼠验证了四个新基因	NA	研究Th17细胞的分子机制及其在自身免疫中的功能	Th17细胞的异质性和致病性	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从CNS和LN分离的Th17细胞，以及在体外分化条件下的Th17细胞
23704	2024-08-09	SINCERA: A Pipeline for Single-Cell RNA-Seq Profiling Analysis 2015-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1004575 PMID:26600239	研究论文	本文介绍了一种名为SINCERA的计算流程，用于处理和分析来自整个器官或已分类细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	SINCERA流程支持区分和识别主要细胞类型、识别细胞类型特异性基因签名以及确定特定细胞类型的驱动因素	NA	开发一种通用的分析流程，用于处理和分析单细胞RNA测序数据，以理解细胞异质性及其在生物系统中的作用	从胚胎小鼠肺中分离的单细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	从胚胎小鼠肺中分离的多个单细胞
23705	2024-08-09	Reference-free inference of tumor phylogenies from single-cell sequencing data 2015, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/1471-2164-16-S11-S7 PMID:26576947	研究论文	本文提出了一种无参考的单细胞测序数据肿瘤系统发育推断方法	该方法通过提取单细胞肿瘤基因组DNA序列中的k-mer计数，利用归一化k-mer频率差异作为细胞间进化距离的代理，简化了从序列读取中提取系统发育标记的过程，并能绕过肿瘤基因组大规模重排对基于参考方法的挑战	NA	研究如何从单细胞测序数据中推断肿瘤的系统发育	单细胞肿瘤基因组DNA序列	生物信息学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	使用公开的乳腺癌单细胞测序数据集
23706	2024-08-09	Design and Analysis of Single-Cell Sequencing Experiments 2015-Nov-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.10.039 PMID:26544934	研究论文	本文综述了单细胞测序实验的设计和分析方法	介绍了单细胞测序技术在生物系统研究中的高分辨率潜力	单细胞测序面临重大技术挑战并产生复杂的数据输出	提供单细胞测序实验设计和数据分析的指南	单细胞测序技术及其在生物系统中的应用	NA	NA	单细胞测序	NA	数据	个体细胞
23707	2024-08-09	Deciphering Transcriptional Dynamics In Vivo by Counting Nascent RNA Molecules 2015-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1004345 PMID:26544860	研究论文	本文提出通过测量细胞间新生RNA分子的数量变异性来解析细胞中转录起始机制的方法	提出了一种简单的转录起始和延伸动力学模型，并通过实验验证了该模型在解析转录起始机制中的有效性	仅测试了十二个组成型表达的酵母基因，可能需要进一步研究以验证其在其他基因和物种中的适用性	解析基因表达调控序列如何响应细胞内外信号的挑战	转录过程及其动态，特别是转录起始机制	基因组学	NA	单细胞测序和成像技术	动力学模型	单细胞测序数据，单分子成像和电子显微镜固定细胞图像	十二个组成型表达的酵母基因
23708	2024-08-09	Full-length single-cell RNA-seq applied to a viral human cancer: applications to HPV expression and splicing analysis in HeLa S3 cells 2015, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1186/s13742-015-0091-4 PMID:26550473	研究论文	本文开发了一种新的高通量平台，用于在纳升规模上制备单细胞RNA，并成功应用于HeLa S3细胞的HPV表达和剪接分析。	首次使用全长度单细胞RNA测序技术研究病毒诱导的肿瘤细胞异质性，并揭示了HPV-18在单细胞水平上的表达和剪接多样性。	仅限于HeLa S3细胞系的研究，样本量相对较小。	研究病毒感染细胞系的异质性，特别是HPV感染的宫颈癌细胞。	HeLa S3细胞系，一种HPV阳性的宫颈癌细胞系。	数字病理学	宫颈癌	全长度单细胞RNA测序	NA	RNA	669个单细胞样本，其中40个用于单细胞RNA测序
23709	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals receptor transformations during olfactory neurogenesis 2015-Dec-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aad2456 PMID:26541607	研究论文	本文利用单神经元RNA测序技术，探索了小鼠鼻腔嗅觉神经元成熟过程中塑造嗅觉能力的发育机制	发现成熟的嗅觉神经元仅表达约1000个气味受体基因中的一个，而未成熟的神经元则表达多个气味受体基因，且这些基因在鼻腔上皮中的定位存在区域性偏倚	NA	揭示嗅觉神经发生过程中受体转化的机制	小鼠鼻腔嗅觉神经元的发育过程	数字病理学	NA	单神经元RNA测序	NA	基因表达数据	多个小鼠鼻腔嗅觉神经元样本
23710	2024-08-09	ZIFA: Dimensionality reduction for zero-inflated single-cell gene expression analysis 2015-Nov-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0805-z PMID:26527291	研究论文	本文开发了一种名为ZIFA的降维方法，专门用于处理零膨胀的单细胞基因表达数据	ZIFA方法明确地模拟了数据中的缺失事件特征，提高了模拟和生物数据集的建模准确性	NA	开发适用于零膨胀单细胞基因表达数据的降维方法	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	因子分析	基因表达数据	NA
23711	2024-08-09	Characterizing noise structure in single-cell RNA-seq distinguishes genuine from technical stochastic allelic expression 2015-Oct-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms9687 PMID:26489834	研究论文	本文描述并验证了一种生成统计模型，该模型通过外部RNA spike-ins准确量化单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的技术噪声，并区分真正的随机等位基因表达与技术性随机等位基因表达。	本文提出了一种新的生成统计模型，能够准确区分单细胞RNA测序中的生物变异与技术噪声。	文章未明确提及具体的局限性。	研究旨在区分单细胞RNA测序中的生物变异与技术噪声，并量化技术噪声对随机等位基因表达的影响。	研究对象为单细胞RNA测序中的随机等位基因表达模式。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生成统计模型	RNA	文章未提供具体的样本数量。
23712	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq resolves cellular complexity in sensory organs from the neonatal inner ear 2015-Oct-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms9557 PMID:26469390	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了新生小鼠内耳的椭圆囊和耳蜗感觉上皮细胞的转录组	首次通过单细胞RNA测序揭示了内耳感觉上皮细胞的复杂性和亚群特征	研究仅限于新生小鼠的内耳感觉上皮细胞	探究内耳感觉上皮细胞的转录组特征及其在发育过程中的分化	新生小鼠的椭圆囊和耳蜗感觉上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	301个单细胞
23713	2024-08-09	Intrinsic Age-Dependent Changes and Cell-Cell Contacts Regulate Nephron Progenitor Lifespan 2015-Oct-12, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2015.09.009 PMID:26460946	研究论文	本文研究了胎儿发育期间，肾元前体细胞的寿命受内在年龄依赖性变化和细胞间接触调控的机制	通过移植实验比较了老和年轻前体细胞在同一年轻微环境中的植入情况，发现老前体细胞在年轻邻居环绕下寿命显著延长	NA	探索控制前体细胞寿命的内在和外在机制	肾元前体细胞的寿命及其调控机制	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
23714	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals changes in cell cycle and differentiation programs upon aging of hematopoietic stem cells 2015-Dec, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.192237.115 PMID:26430063	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了年轻和老年小鼠的造血干细胞（HSC）和造血祖细胞群体的差异	发现老年HSC的G1期细胞频率降低，且老年短期HSC与年轻长期HSC的转录变化呈反向关系，表明老年HSC处于较少分化状态	NA	探讨衰老过程中造血干细胞的细胞周期和分化程序的变化	年轻和老年小鼠的造血干细胞及造血祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自两个品系的小鼠的年轻和老年HSC及造血祖细胞群体
23715	2024-08-09	An assessment of the amount of untapped fold level novelty in under-sampled areas of the tree of life 2015-Oct-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep14717 PMID:26434770	研究论文	本文探讨了通过单细胞测序、元基因组学和高通量培养技术获取的未培养和采样不足的门类基因组对蛋白质折叠空间多样性的潜在影响	研究发现，采样不足的门类基因组中存在大量未被当前蛋白质家族和折叠轮廓库覆盖的序列，且新折叠的发现率可能高达36%	尽管新折叠的发现率较高，但这些发现最终对全球新折叠的发现影响有限	评估未培养和采样不足的生物体对蛋白质折叠空间多样性的贡献	未培养和采样不足的门类基因组	NA	NA	单细胞测序, 元基因组学	NA	序列数据	NA
23716	2024-08-09	Somatic mutation in single human neurons tracks developmental and transcriptional history 2015-Oct-02, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aab1785 PMID:26430121	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了人脑皮层中36个神经元的体细胞单核苷酸变异（SNVs），揭示了这些变异与神经元发育和转录活动的关系	首次通过单细胞测序技术详细分析了人脑皮层神经元的体细胞SNVs，并揭示了这些变异与神经元发育和转录活动的关联	研究样本仅来自三位正常个体，可能限制了结果的普遍性	探讨人脑皮层神经元中的体细胞单核苷酸变异及其与神经元发育和转录历史的关系	人脑皮层中的神经元	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	DNA序列	36个神经元样本来自三位正常个体
23717	2024-08-09	The first five years of single-cell cancer genomics and beyond 2015-Oct, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.191098.115 PMID:26430160	review	本文回顾了单细胞测序技术在癌症基因组学领域的五年进展及其未来应用前景	单细胞测序技术为解决传统批量肿瘤测量难以回答的癌症生物学关键问题提供了新工具	目前的技术和研究应用仅触及了冰山一角，仍有大量未探索的应用领域	探讨单细胞测序技术在癌症研究与医学中的进展及其未来应用	癌症的进化、多样性以及罕见细胞在肿瘤进展中的作用	digital pathology	NA	单细胞测序（SCS）	NA	基因组数据	NA
23718	2024-08-09	Dynamic transcriptional symmetry-breaking in pre-implantation mammalian embryo development revealed by single-cell RNA-seq 2015-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.123950 PMID:26395495	研究论文	通过分析来自小鼠和人早期胚胎的单细胞转录组数据，揭示了哺乳动物早期胚胎发育中动态转录对称性破缺的现象	首次揭示了早期胚胎分裂阶段即出现的细胞间转录偏差，并发现这种偏差遵循二项分布模式，以及后续合子转录激活进一步加剧了这种偏差	NA	探究哺乳动物早期胚胎发育中首次出现不对称性的时机及其如何发展以指导不同细胞命运	小鼠和人类早期胚胎的单细胞转录组	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠和人类早期胚胎的单细胞
23719	2024-08-09	Single-cell transcriptomic reconstruction reveals cell cycle and multi-lineage differentiation defects in Bcl11a-deficient hematopoietic stem cells 2015-Sep-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0739-5 PMID:26387834	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析技术，揭示了Bcl11a缺陷造血干细胞的细胞周期和多系分化缺陷	本研究首次通过单细胞转录组分析，重建了造血干细胞的细胞周期进程，并揭示了Bcl11a缺陷造血干细胞的异常增殖表型和分化缺陷	NA	研究Bcl11a缺陷造血干细胞的分子异质性和分化缺陷	Bcl11a缺陷造血干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	180个高度纯化的造血干细胞（Bcl11a (+/+) 和 Bcl11a (-/-)）
23720	2024-08-09	Novel PRD-like homeodomain transcription factors and retrotransposon elements in early human development 2015-Sep-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms9207 PMID:26360614	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了348个卵母细胞、受精卵和2至3天胚胎的单个卵裂球的转录组，详细探讨了人类植入前发育过程中的转录调控	首次在人类植入前发育阶段鉴定出32和129个基因分别在卵母细胞到四细胞阶段和四细胞到八细胞阶段被转录，并发现多个先前未注释的PRD样同源框基因	NA	揭示人类植入前发育过程中的转录调控机制	人类卵母细胞、受精卵和早期胚胎的转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	348个卵母细胞、受精卵和早期胚胎的单个卵裂球