单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23561	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Human T Cells 2017, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-6548-9_16 PMID:27787803	研究论文	本文描述了一种生成人类血液CD4和CD8 T细胞单细胞转录组文库的协议，并介绍了处理由此产生的序列数据以进行进一步计算分析的基本生物信息学步骤	本文采用单细胞RNA测序技术，通过转录组分析无假设地评估细胞状态和亚群，这种方法在研究T细胞时尤为重要，因为它可以识别传统表型标准无法区分的不同T细胞亚型和过渡状态	NA	研究人类T细胞如何利用细胞异质性、可塑性和多样性在动态过程中（如发育、分化和抗原反应）实现广泛的功能灵活性	人类血液中的CD4和CD8 T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
23562	2024-08-09	Cells Respond to Distinct Nanoparticle Properties with Multiple Strategies As Revealed by Single-Cell RNA-Seq 2016-11-22, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.6b05452 PMID:27788331	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了不同纳米颗粒（NP）属性对肺泡上皮细胞反应的影响	首次采用单细胞RNA测序技术研究不同负荷的纳米颗粒对细胞反应的独特影响	研究仅限于特定的纳米颗粒类型和细胞类型	揭示纳米颗粒属性对细胞反应和人类健康的具体影响	肺泡上皮细胞与不同负荷的氨基化或羧基化量子点（QDs）	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	特定负荷的肺泡上皮细胞
23563	2024-08-09	Single Cell Total RNA Sequencing through Isothermal Amplification in Picoliter-Droplet Emulsion 2016-11-15, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.6b02581 PMID:27783484	研究论文	本文开发了一种名为“easier-seq”的新型RNA扩增方法，用于从单个细胞中逆转录和扩增总RNA，包括有和没有多聚腺苷酸尾的RNA，以实现高效率、可重复性和准确性的转录组测序。	该方法通过在油中将逆转录的cDNA分子分配到1.5 × 10的65-pL反应器中，使用随机引物在每个反应器中进行等温扩增，大大简化了单细胞RNA测序的实验步骤，并减少了引入错误的机会。	NA	开发一种新的RNA扩增方法，以提高单细胞RNA测序的效率和质量。	单个细胞中的总RNA，包括有和没有多聚腺苷酸尾的RNA。	基因组学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	单个细胞
23564	2024-08-09	A statistical approach for identifying differential distributions in single-cell RNA-seq experiments 2016-10-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-1077-y PMID:27782827	研究论文	本文提出了一种新的统计方法，用于在存在不同表达状态的情况下，表征生物条件内和之间的表达差异	该方法能够检测到比均值偏移更复杂的基因表达分布的细微差异，并能表征这些差异	NA	旨在量化细胞异质性，并表征在不同生物条件下的表达差异	单细胞RNA测序实验中的基因表达差异	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计方法	基因表达数据	NA
23565	2024-08-09	Single-cell RNA-seq identifies a PD-1hi ILC progenitor and defines its development pathway 2016-11-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature20105 PMID:27749818	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了小鼠骨髓前体细胞中的ILC前体亚群，揭示了ILC发育的不同阶段和途径	首次发现并定义了高表达PD-1的ILC前体细胞，并阐明了其在ILC2发育中的早期检查点作用	NA	探究ILC前体细胞的异质性、发育轨迹和信号依赖性	小鼠骨髓中的ILC前体细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠骨髓前体细胞
23566	2024-08-09	Massive and parallel expression profiling using microarrayed single-cell sequencing 2016-10-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms13182 PMID:27739429	研究论文	本文介绍了一种名为MASC-seq的新技术，该技术通过微阵列基础的条形码技术实现单细胞表达模式的并行大规模分析	MASC-seq技术能够在低成本（0.13美元/细胞）下实现高吞吐量和稳健性的单细胞分析，比商业系统成本低两个数量级	NA	加速对微妙克隆动态的研究，并提供对疾病发展和其它生物过程的关键见解	单细胞转录组	NA	NA	微阵列技术	NA	转录组数据	每天可分析数千个单细胞
23567	2024-08-09	Single-Cell Sequencing of Human Pancreatic Islets-New Kids on the Block 2016-10-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2016.09.012 PMID:27732832	研究论文	本文报道了从非糖尿病和2型糖尿病供体中分离出的单个胰腺细胞的转录组	首次对人类胰腺胰岛的单细胞进行RNA测序，提供了对胰岛转录组的深入了解	NA	探索人类胰腺胰岛中单个细胞的转录组	非糖尿病和2型糖尿病供体的胰腺细胞	基因组学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
23568	2024-08-09	Dynamic ASXL1 Exon Skipping and Alternative Circular Splicing in Single Human Cells 2016, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0164085 PMID:27736885	研究论文	本研究通过靶向删除、高分辨率剪接检测和单细胞测序技术，深入探究了ASXL1环状剪接的机制	发现环状剪接的有效性依赖于典型的转录起始位点和倒置的AluSx元件，并揭示了环状和线性ASXL1异构体在单细胞中的偏好表达	NA	探究环状RNA的生成机制及其在细胞生物学中的作用	ASXL1环状剪接及其异构体	分子生物学	NA	单细胞测序	NA	RNA序列	单个人类细胞
23569	2024-08-09	Predicting the functional states of human iPSC-derived neurons with single-cell RNA-seq and electrophysiology 2016-11, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/mp.2016.158 PMID:27698428	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和电生理学技术，预测人诱导多能干细胞衍生的神经元的功能状态	本文提出了一种多模态机器学习策略，用于识别预测单个神经元生理状态的新分子特征，无需考虑其在体外培养的时间	尽管电生理学是功能评估的金标准，但它通常缺乏疾病模型研究所需的扩展性	定义分化神经元的电生理功能状态的连续体，并探索其在体外脑疾病研究中的应用	人诱导多能干细胞衍生的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，电生理学	机器学习	基因表达数据，电生理数据	单个人神经元
23570	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Human Pancreas 2016-10-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2016.09.002 PMID:27693023	研究论文	本文开发了一种自动化平台，利用FACS、机器人技术和CEL-Seq2协议，从已故器官捐赠者的胰腺中获取数千个单细胞的转录组，实现了胰腺主要细胞类型的虚拟纯化。	本文首次通过单细胞转录组学方法，对人类胰腺的细胞类型及其标记基因进行了全面的分析，揭示了细胞类型特异的转录因子及亚群。	NA	深入理解胰腺生物学和糖尿病的病理生理学。	人类胰腺的细胞类型及其标记基因。	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组	数千个单胰腺细胞
23571	2024-08-09	Je, a versatile suite to handle multiplexed NGS libraries with unique molecular identifiers 2016-Oct-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1284-2 PMID:27717304	研究论文	本文介绍了Je工具套件，用于处理带有唯一分子标识符（UMI）的多种NGS文库，支持复杂的条码策略，提取UMI并过滤考虑UMI的读取重复	Je工具套件能够处理复杂的条码配置，提取UMI并过滤读取重复，这在现有工具中是不支持的	NA	开发一个能够处理复杂条码策略的工具套件，以提高NGS数据分析的准确性	带有UMI的多种NGS文库	生物信息学	NA	NGS	NA	序列数据	使用公开可用的scRNA-seq和iCLIP数据进行验证
23572	2024-08-09	Molecular Diversity of Midbrain Development in Mouse, Human, and Stem Cells 2016-Oct-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.09.027 PMID:27716510	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了人鼠胚胎腹侧中脑发育的分子多样性，并开发了一种评估人多能干细胞衍生的多巴胺能神经元真实性的方法	发现了25种分子定义的人类细胞类型，包括五种子类型的放射状胶质样细胞和四种前体细胞，以及在鼠中两种成熟的胎儿多巴胺能神经元亚型在成年后分化为五种类别。此外，开发了一种在单细胞水平上定量评估人多能干细胞衍生的多巴胺能神经元真实性的方法	NA	理解人类胚胎腹侧中脑发育，特别是与帕金森病相关的细胞类型和基因表达动态	人类和鼠的胚胎腹侧中脑发育，以及人多能干细胞衍生的多巴胺能神经元	NA	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类和鼠的胚胎腹侧中脑细胞
23573	2024-08-09	Out of Many, One: Computational Reconstruction of Mouse Skin using Single-Cell Transcriptomics 2016-10-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.09.009 PMID:27716520	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术对小鼠皮肤进行计算重建	揭示了不同皮肤区域转录程序的空间和伪时间差异，以及皮肤干细胞群体中的共同基础程序	NA	全面重建哺乳动物皮肤的复杂性	小鼠皮肤及其干细胞群体	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
23574	2024-08-09	Genomic Aberrations in Multiple Myeloma 2016, Cancer treatment and research DOI:10.1007/978-3-319-40320-5_3 PMID:27696256	综述	本文综述了多发性骨髓瘤的基因组异常情况	介绍了下一代测序技术在多发性骨髓瘤研究中的应用，包括全外显子、全基因组、RNA和单细胞测序以及全基因组关联研究	NA	全面回顾多发性骨髓瘤的基因组景观	多发性骨髓瘤的基因组异常	数字病理学	多发性骨髓瘤	下一代测序（NGS）	NA	基因组数据	NA
23575	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Bioinformatics and Computational Challenges 2016, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2016.00163 PMID:27708664	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术的生物信息学工具和方法，并讨论了该领域面临的关键分析挑战	NA	NA	探讨单细胞RNA测序技术在疾病和生物过程理解中的应用及其分析方法	单细胞RNA测序数据及其分析方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
23576	2024-08-09	Robust classification of single-cell transcriptome data by nonnegative matrix factorization 2017-01-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw607 PMID:27663498	研究论文	本文通过非负矩阵分解（NMF）方法对单细胞转录组数据进行分类，以识别细胞亚群	采用细胞中心的NMF方法，识别细胞亚型（'metacells'），而不是传统的基因中心的NMF方法	NA	研究如何通过非负矩阵分解（NMF）方法准确且稳健地识别单细胞转录组数据中的细胞亚群	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解（NMF）	非负矩阵分解（NMF）	转录组数据	数千个单细胞转录组
23577	2024-08-09	Analysis of allelic expression patterns in clonal somatic cells by single-cell RNA-seq 2016-11, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/ng.3678 PMID:27668657	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了克隆性体细胞中的等位基因表达模式	首次详细区分了体细胞中随机单等位基因表达的克隆性和动态性模式	研究主要集中在小鼠成纤维细胞和新鲜分离的人类CD8 T细胞，可能不适用于所有体细胞类型	探讨体细胞中随机单等位基因表达的遗传模式	小鼠成纤维细胞和人类CD8 T细胞	基因表达	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠成纤维细胞和人类CD8 T细胞的克隆样本
23578	2024-08-09	Computational methods for trajectory inference from single-cell transcriptomics 2016-11, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.201646347 PMID:27682842	综述	本文综述了单细胞转录组学中用于轨迹推断的计算方法，并分析了这些方法的优缺点	提出了一种新的方法分类框架，并概述了这些方法在细胞分化中的应用	轨迹推断领域仍处于起步阶段，存在进一步发展的空间	探讨单细胞转录组学在免疫学动态过程中的应用	单细胞转录组学数据及其在细胞发育路径重建中的应用	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
23579	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptomic Map of the Human and Mouse Pancreas Reveals Inter- and Intra-cell Population Structure 2016-10-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2016.08.011 PMID:27667365	研究论文	本文采用基于液滴的单细胞RNA测序方法，分析了来自四个人类供体和两种小鼠品系的超过12,000个胰腺细胞的转录组	首次详细描绘了人类和小鼠胰腺的单细胞转录组图谱，揭示了细胞间和细胞内的群体结构	NA	揭示胰腺中不同细胞类型的复杂相互作用及其基因表达模式	人类和小鼠的胰腺细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12,000个胰腺细胞
23580	2024-08-09	Protein C receptor (PROCR) is a negative regulator of Th17 pathogenicity 2016-10-17, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20151118 PMID:27670590	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析病原性与非病原性Th17细胞，发现蛋白C受体（PROCR）作为Th17细胞表面分子，通过调控Th17细胞分化和病原性基因表达，影响Th17细胞在自身免疫疾病中的作用	首次揭示PROCR作为Th17细胞的负调控因子，通过调控Th17细胞分化和病原性基因表达，影响Th17细胞在自身免疫疾病中的作用	NA	探讨蛋白C受体（PROCR）在Th17细胞分化和病原性中的作用	Th17细胞及其在自身免疫疾病中的作用	NA	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	病原性与非病原性Th17细胞