单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23521	2024-08-09	Quantitative approaches for investigating the spatial context of gene expression 2017-03, Wiley interdisciplinary reviews. Systems biology and medicine DOI:10.1002/wsbm.1369 PMID:28001340	研究论文	本文探讨了现代原位和单细胞遗传方法的基本原理，量化影响细胞决策的内在和外在力量的挑战，以及制作基因调控、形态和功能可视化图谱的技术要求	介绍了荧光原位测序（FISSEQ）等原位测序技术，尝试直接在显微镜图像中可视化遗传特征	量化影响细胞决策的内在和外在力量存在技术障碍	研究生长、发育和癌症进展过程中调控序列的功能进化	基因表达的空间信息及其在发育中的转录调控	NA	NA	荧光原位测序（FISSEQ）、单细胞RNA测序结合荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	NA
23522	2024-08-09	Falco: a quick and flexible single-cell RNA-seq processing framework on the cloud 2017-03-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw732 PMID:28025200	研究论文	介绍了一种基于云的单细胞RNA测序处理框架Falco，利用Apache Hadoop和Apache Spark技术实现大规模并行分析	Falco框架能够使现有的RNA测序处理流程并行化，处理速度比在高度优化的独立计算机上运行快2.6至145.4倍，并能利用亚马逊网络服务的低成本现货实例降低分析成本约65%	NA	开发一种快速且灵活的单细胞RNA测序处理框架	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个公开的单细胞RNA测序数据集
23523	2024-08-09	Single cell transcriptomics reveals unanticipated features of early hematopoietic precursors 2017-02-17, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw1214 PMID:28003475	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术分析了小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞在不同细胞周期阶段的分子特征	揭示了早期造血前体细胞的意外特征，并发现贫血诱导下细胞周期进展对前体细胞谱系特异性基因表达的影响	NA	探究干细胞分化过程中的分子变化	小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞样本
23524	2024-08-09	Single cell transcriptomic profiling of mouse pancreatic progenitors 2017-02-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00114.2016 PMID:28011883	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胚胎期13.5天的小鼠胰腺，并结合成熟胰腺的单细胞数据，识别了新的胰腺前体细胞标记基因和潜在的α细胞前体。	首次使用单细胞RNA测序技术在胚胎期13.5天的小鼠胰腺中识别出新的胰腺前体细胞标记基因和潜在的α细胞前体，并发现了SLC38A5作为早期α细胞系分化的标记基因。	研究仅限于胚胎期13.5天的小鼠胰腺，未涉及其他发育阶段或物种。	识别早期发育组织中的特征基因，特别是胰腺前体细胞和α细胞前体。	小鼠胚胎期13.5天的胰腺组织。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎期13.5天的小鼠胰腺细胞
23525	2024-08-09	Single-cell analysis of differences in transcriptomic profiles of oocytes and cumulus cells at GV, MI, MII stages from PCOS patients 2016-12-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep39638 PMID:28004769	研究论文	本文比较了多囊卵巢综合征（PCOS）患者与非PCOS患者的卵母细胞和卵丘细胞在GV、MI、MII阶段的转录组差异，并评估了辅助生殖技术（ARTs）对PCOS患者的治疗效果	通过单细胞RNA测序技术，首次详细分析了PCOS患者卵母细胞和卵丘细胞在不同成熟阶段的转录组差异，并探讨了这些差异基因在PCOS发病机制中的潜在作用	研究样本量较小，且仅限于特定阶段的卵母细胞和卵丘细胞，可能无法全面反映PCOS的复杂性	比较PCOS患者与非PCOS患者的卵母细胞和卵丘细胞的转录组差异，并评估ARTs的治疗效果	PCOS患者和非PCOS患者的卵母细胞及卵丘细胞	NA	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	16名PCOS患者和非PCOS患者
23526	2024-08-09	acdc - Automated Contamination Detection and Confidence estimation for single-cell genome data 2016-Dec-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1397-7 PMID:27998267	研究论文	本文介绍了一种名为acdc的工具，用于自动检测和评估单细胞基因组数据中的污染	acdc工具结合了监督和非监督方法，能够可靠地检测已知和新出现的污染物，并提供了无参考的检测方法	NA	开发一种新的工具，用于提高单细胞基因组数据质量控制过程中的污染检测效率	单细胞基因组数据中的污染检测	生物信息学	NA	16S rRNA基因预测、超快速精确比对技术、机器学习技术	机器学习模型	基因组数据	大量来自不同测序项目的样本
23527	2024-08-09	Molecular interrogation of hypothalamic organization reveals distinct dopamine neuronal subtypes 2017-02, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4462 PMID:27991900	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究者对下丘脑中的神经元身份进行了图谱绘制，区分了62种产生谷氨酸、多巴胺或GABA标记的神经元亚型，并发现了一种独特的多巴胺神经元亚型。	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了下丘脑中神经元的多样性和功能，特别是发现了一种新型多巴胺神经元亚型。	NA	揭示下丘脑组织的分子结构，特别是神经元亚型的多样性及其功能。	下丘脑中的神经元亚型及其在神经传递和神经内分泌中的作用。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	62种神经元亚型
23528	2024-08-09	XACT Noncoding RNA Competes with XIST in the Control of X Chromosome Activity during Human Early Development 2017-01-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.10.014 PMID:27989768	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和成像技术，揭示了长非编码RNA XACT和XIST在人类早期胚胎发育中的共激活和积累现象，并探讨了它们在调控X染色体活性中的作用。	发现了人类特有的调控X染色体活性的机制，并揭示了XIST RNA在早期胚胎中的非典型分布方式，以及XACT对XIST积累的影响。	NA	探讨人类早期胚胎发育中X染色体活性的调控机制。	长非编码RNA XACT和XIST在早期人类胚胎中的作用。	NA	NA	单细胞RNA测序和成像技术	NA	RNA	早期人类胚胎和人类胚胎干细胞
23529	2024-08-09	Intrinsic transcriptional heterogeneity in B cells controls early class switching to IgE 2017-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20161056 PMID:27994069	研究论文	本研究结合新型小鼠报告基因和单细胞RNA测序技术，揭示了IL-4诱导的I转录异质性，并阐明了早期Iε转录如何导致IgE类别转换	本研究首次揭示了IL-4诱导的I转录异质性，并阐明了早期Iε转录在较低激活阈值下指导IgE与IgG1选择的关键生理反应	NA	探究B细胞中IL-4诱导的I转录异质性及其对IgE类别转换的调控机制	B细胞中的I转录异质性及其对IgE类别转换的影响	免疫学	过敏和哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠样本
23530	2024-08-09	Perturb-Seq: Dissecting Molecular Circuits with Scalable Single-Cell RNA Profiling of Pooled Genetic Screens 2016-Dec-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.11.038 PMID:27984732	研究论文	本文开发了Perturb-seq技术，结合单细胞RNA测序和CRISPR-based扰动，对大量细胞进行基因扰动分析	Perturb-seq技术能够在大规模细胞池中进行复杂的表型分析，如转录组轮廓	NA	研究基因功能及其在免疫细胞中的作用	免疫细胞和细胞系中的转录因子及其对脂多糖（LPS）反应的调控	基因组学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq），CRISPR	NA	RNA	200,000个细胞
23531	2024-08-09	Dissecting Immune Circuits by Linking CRISPR-Pooled Screens with Single-Cell RNA-Seq 2016-Dec-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.11.039 PMID:27984734	研究论文	本文介绍了一种名为CRISP-seq的集成方法，结合单细胞RNA测序和CRISPR池筛选技术，用于解析多细胞生物中的免疫调节电路	CRISP-seq方法能够在同一细胞中同时分析基因组扰动和转录组，从而揭示多个因子及其相互作用的功能	NA	探索多细胞生物中免疫调节电路的功能和相互作用	先天免疫调节电路中的发育和信号依赖因子	基因编辑	NA	CRISPR-Pooled Screens, 单细胞RNA-seq	NA	RNA	数万个体外和鼠类扰动细胞
23532	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies diverse roles of epithelial cells in idiopathic pulmonary fibrosis 2016-12-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.90558 PMID:27942595	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了特发性肺纤维化（IPF）中的上皮细胞类型及其在疾病发病机制中的生物学过程	研究首次识别了IPF中三种不同的上皮细胞亚型，并揭示了这些细胞在病理过程中的作用	研究主要集中在细胞水平，未涉及更广泛的组织或器官层面的分析	探索特发性肺纤维化中上皮细胞的多样性和其在疾病发展中的作用	特发性肺纤维化中的上皮细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及正常人肺上皮细胞和IPF细胞的单细胞RNA测序分析
23533	2024-08-09	Mapping heterogeneity in patient-derived melanoma cultures by single-cell RNA-seq 2017-Jan-03, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.13666 PMID:27903987	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了来自三位不同患者的黑色素瘤转移样本的细胞异质性	首次应用单细胞RNA测序技术分析黑色素瘤患者来源培养物的细胞异质性，并发现与患者生存相关的基因表达模块	研究仅限于短期培养的黑色素瘤细胞，可能无法完全反映肿瘤的长期动态	探索黑色素瘤细胞的异质性及其对患者生存的影响，并寻找新的治疗靶点	来自三位不同患者的黑色素瘤转移样本的单细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	自组织映射	基因表达数据	307个单细胞，来自三位患者的三个活检样本
23534	2024-08-09	Single-cell barcoding and sequencing using droplet microfluidics 2017-Jan, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2016.154 PMID:27929523	research paper	本文介绍了一种名为inDrops的方法，利用液滴微流控技术进行单细胞RNA测序，能够高效地捕获和处理数千个单个细胞进行全转录组或基因组分析。	inDrops方法能够在短时间内索引超过15,000个细胞，并且能够捕获和分析高达75%的细胞，即使在非常小的样本中也能进行大规模的细胞分析。	NA	开发一种高效、可扩展的单细胞RNA测序方法，用于捕获和分析细胞的多样性。	单个细胞的RNA测序。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	数千至数万个细胞
23535	2024-08-09	High-performance multiplexed fluorescence in situ hybridization in culture and tissue with matrix imprinting and clearing 2016-12-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1617699113 PMID:27911841	研究论文	本文开发了一种用于FISH测量的样本清除方法，通过嵌入样本于聚丙烯酰胺中，固定RNA并清除细胞蛋白和脂质，以减少非特异性探针结合和细胞自发荧光，从而提高检测效率和灵敏度	提出了通过矩阵印迹和清除技术来减少FISH探针的非特异性结合和细胞自发荧光，从而提高多重荧光原位杂交技术的性能	NA	旨在提高多重荧光原位杂交技术在细胞培养和组织样本中的性能	研究对象包括FISH探针的非特异性结合、细胞自发荧光以及RNA的检测	数字病理学	NA	多重荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	在清除样本中测量了130种RNA物种的拷贝数，并使用矩阵印迹和清除方法对小鼠大脑复杂组织样本进行了MERFISH测量
23536	2024-08-09	Tracing the origin of disseminated tumor cells in breast cancer using single-cell sequencing 2016-12-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-1109-7 PMID:27931250	研究论文	本研究利用单细胞测序技术追踪乳腺癌中扩散肿瘤细胞的起源	首次通过单细胞测序技术详细分析了扩散肿瘤细胞的遗传变异，并追踪了其起源	研究样本仅来自六名非转移性乳腺癌患者，可能限制了结果的普遍性	揭示扩散肿瘤细胞的分子特性及其在肿瘤中的起源	乳腺癌患者的扩散肿瘤细胞及其遗传变异	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	DNA	63个单细胞来自6名非转移性乳腺癌患者
23537	2024-08-09	Macrophage Colony Stimulating Factor Derived from CD4+ T Cells Contributes to Control of a Blood-Borne Infection 2016-Dec, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1006046 PMID:27923070	研究论文	本文研究了CD4+ T细胞分泌的巨噬细胞集落刺激因子（MCSF）在控制血液传播感染中的作用	首次揭示了CD4+ T细胞作为体内生理相关的MCSF来源，并阐明了T辅助细胞通过调节髓系细胞限制血液传播的细胞内病原体生长的机制	NA	探讨CD4+ T细胞和MCSF在控制血液传播感染中的作用	CD4+ T细胞、MCSF、髓系细胞和血液传播的病原体	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及感染P. chabaudi的CD4+ T细胞和髓系细胞亚群
23538	2024-08-09	Neurogenic Radial Glia-like Cells in Meninges Migrate and Differentiate into Functionally Integrated Neurons in the Neonatal Cortex 2017-03-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.10.020 PMID:27889318	研究论文	本文报道了围产期小鼠脑膜中含有在胚胎发育期间形成的一群神经发生性前体细胞，这些细胞迁移到尾侧皮质并分化为皮质II-IV层的Satb2神经元	首次发现脑膜中的胚胎来源的放射状胶质样细胞能在新生期的大脑皮质中迁移并分化为功能性神经元	NA	探讨出生后大脑皮质是否会增加新的神经元	围产期小鼠的脑膜和新生期大脑皮质中的神经发生性前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	围产期小鼠的脑膜细胞
23539	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals lincRNA expression differences in Hela-S3 cells 2017-Mar, Biotechnology letters IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s10529-016-2260-7 PMID:27878653	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析Hela-S3细胞中的长链非编码RNA（lincRNA）表达差异	首次在单细胞水平上揭示了Hela-S3细胞中lincRNA的表达特异性及其在细胞功能网络中的作用	NA	研究宫颈癌发展中lincRNA的功能验证和临床应用	Hela-S3细胞中的lincRNA	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	37个Hela-S3细胞
23540	2024-08-09	Cerebral cortical neuron diversity and development at single-cell resolution 2017-02, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2016.11.001 PMID:27888678	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在单细胞分辨率下研究大脑皮层神经元的多样性和发育的早期努力、未来挑战和机遇。	scRNA-seq技术为分类大脑皮层神经元的多样性提供了全基因组基因表达模式，有望揭示神经元身份在发育、分化、活动和疾病中的转变。	NA	探讨应用scRNA-seq技术阐明神经元亚型及其发育的未来挑战和机遇。	大脑皮层神经元的多样性和发育。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数百上千的单细胞转录组