单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23501	2024-08-09	UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy 2017-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.209601.116 PMID:28100584	研究论文	本文介绍了UMI-tools软件包，该软件包采用网络方法来处理UMI序列中的错误，以提高定量准确性	引入了网络方法来处理UMI序列中的错误，并展示了在模拟条件和实际数据集中的改进效果	NA	提高使用UMI的高通量测序实验的定量准确性	UMI序列中的错误处理方法	生物信息学	NA	高通量测序	网络方法	序列数据	涉及iCLIP和单细胞RNA-seq数据集
23502	2024-08-09	Single-Cell Multiomics: Multiple Measurements from Single Cells 2017-02, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2016.12.003 PMID:28089370	综述	本文综述了从单个细胞中并行检测多种分子类型的首批实验方法，并探讨了这些及未来技术带来的挑战与机遇	介绍了从同一单个细胞中同时测量多种分子类型（如RNA、甲基化DNA或开放染色质）的技术	文章主要讨论了现有技术的挑战，未详细说明具体的技术限制	探讨单细胞多组学技术的发展及其在生物学研究中的应用	单个细胞中的多种分子类型	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	单个细胞
23503	2024-08-09	Single-Cell Genomics: Approaches and Utility in Immunology 2017-02, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2016.12.001 PMID:28094102	review	本文综述了单细胞基因组学在免疫学中的应用，特别是通过计算分析单细胞RNA测序数据的方法和应用	单细胞基因组学提供了强大的工具来研究免疫细胞，能够观察到在群体水平上无法解析的罕见和中间细胞状态	免疫学家面临的挑战是如何利用计算将大量的定量数据转化为有意义的免疫学原理、预测模型和治疗策略	综述单细胞RNA测序数据的计算分析方法及其在免疫学中的应用，并强调未来研究的重要方向	单细胞RNA测序数据及其在免疫学中的应用	natural language processing	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	NA
23504	2024-08-09	The impact of microRNAs on transcriptional heterogeneity and gene co-expression across single embryonic stem cells 2017-01-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14126 PMID:28102192	研究论文	本研究探讨了微小RNA（microRNA）在单个胚胎干细胞中的多目标抑制作用及其对转录异质性和基因共表达的影响	首次揭示了微小RNA在单细胞水平上对多个目标基因的抑制作用及其对细胞群体转录异质性的影响	NA	研究微小RNA如何影响基因共表达和细胞命运	微小RNA在单个胚胎干细胞中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	Dgcr8敲除小鼠胚胎干细胞
23505	2024-08-09	Nematophagous fungus Arthrobotrys oligospora mimics olfactory cues of sex and food to lure its nematode prey 2017-01-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.20023 PMID:28098555	研究论文	研究了捕食性真菌Arthrobotrys oligospora如何通过模拟性信息素和食物线索的气味来吸引线虫作为猎物	发现了一种化合物甲基3-甲基-2-丁烯酸酯（MMB），它不仅能模拟食物线索吸引线虫，还能干扰线虫的交配行为，表明MMB可能模拟了性信息素	NA	研究捕食者与猎物共同进化的分子基础	捕食性真菌Arthrobotrys oligospora及其猎物线虫	NA	NA	气相色谱-质谱分析	NA	挥发性代谢物	几种线虫物种
23506	2024-08-09	Erratum to: Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity 2017-01-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1154-x PMID:28100273	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23507	2024-08-09	Random X-chromosome inactivation dynamics in vivo by single-cell RNA sequencing 2017-01-17, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3466-8 PMID:28095777	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了雌性胚胎中随机X染色体失活（rXCI）的动态过程	本文首次在体内环境中研究了rXCI的动态过程，并确定了X染色体基因失活顺序的决定因素	NA	研究雌性哺乳动物体内随机X染色体失活的动态过程	雌性胚胎中的单细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自两个遗传距离较远的鼠种自然杂交的雌性胚胎
23508	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Analysis Defines Heterogeneity and Transcriptional Dynamics in the Adult Neural Stem Cell Lineage 2017-01-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.12.060 PMID:28099854	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，分析了成年神经干细胞（NSCs）群体的分子特征和异质性	本文发现了NSC谱系中存在的罕见中间状态，并验证了其独特的分子特征，同时识别了这些亚群NSCs的潜在表面标记和关键细胞内调控因子	NA	研究成年神经干细胞谱系的异质性和转录动力学	成年哺乳动物大脑中的神经干细胞及其分化细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
23509	2024-08-09	Primary Cell Culture of Live Neurosurgically Resected Aged Adult Human Brain Cells and Single Cell Transcriptomics 2017-01-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.12.066 PMID:28099855	研究论文	本文开发了一种基于木瓜蛋白酶辅助程序的培养系统，用于神经外科手术中切除的成人人类脑组织，并进行了单细胞转录组学分析。	首次实现了对活体成人患者脑细胞的单细胞分析，并揭示了细胞类型和患者特异性的转录层次结构。	NA	探索人类中枢神经系统疾病和药物效应，推动个性化精准医学的发展。	成人人类脑细胞及其单细胞转录组学特征。	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	超过300个细胞
23510	2024-08-09	Single-Cell Analysis Reveals a Close Relationship between Differentiating Dopamine and Subthalamic Nucleus Neuronal Lineages 2017-01-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.10.003 PMID:28094018	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了表达Lmx1a的鼠神经前体细胞的转录组，揭示了多巴胺神经元和丘脑下核神经元分化过程中的紧密关系	本文发现了多巴胺神经元和丘脑下核神经元分化过程中的一种紧密关系，并识别出区分这两种神经元的独特转录因子集	NA	优化帕金森病中脑修复策略的干细胞工程和移植方法	多巴胺神经元和丘脑下核神经元的分化过程	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	鼠神经前体细胞
23511	2024-08-09	A Single-Cell Roadmap of Lineage Bifurcation in Human ESC Models of Embryonic Brain Development 2017-01-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.09.011 PMID:28094016	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和克隆分析，揭示了人类胚胎干细胞（hESCs）在早期前脑和中/后脑细胞分化过程中的谱系树和分子信号	本文首次通过单细胞RNA测序和克隆分析，构建了人类胚胎干细胞在脑发育早期的细胞类型谱系树，并揭示了Wnt/β-catenin信号在控制谱系决定中的重要性	NA	研究人类胚胎干细胞在脑发育早期的细胞分化过程	人类胚胎干细胞（hESCs）在早期前脑和中/后脑细胞分化过程中的谱系树和分子信号	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯分析	转录组数据	41种不同的前体细胞、神经元和非神经细胞
23512	2024-08-09	Identifying T Cell Receptors from High-Throughput Sequencing: Dealing with Promiscuity in TCRα and TCRβ Pairing 2017-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1005313 PMID:28103239	研究论文	本文描述了一种算法（alphabetr），用于从高吞吐量测序数据中准确、全面且经济地恢复T细胞受体（TCR）序列，该算法考虑了CDR3α和CDR3β共享、细胞表达两个TCRα链以及多种测序错误	提出了一种新的算法alphabetr，能够处理CDR3α和CDR3β共享问题，同时考虑了细胞表达两个TCRα链和多种测序错误，并能准确估计克隆频率	目前使用的高吞吐量单细胞测序方法成本高且可能遗漏小克隆	开发一种准确、全面且经济的算法，用于从高吞吐量测序数据中恢复T细胞受体序列，以支持疫苗设计和免疫疗法	T细胞受体（TCR）序列及其在免疫反应中的作用	生物信息学	癌症, 自身免疫疾病	高吞吐量单细胞测序	算法（alphabetr）	序列数据	NA
23513	2024-08-09	Dissecting inherent intratumor heterogeneity in patient-derived glioblastoma culture models 2017-06-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/now253 PMID:28062830	研究论文	研究分析了源自患者的胶质母细胞瘤培养模型中的固有肿瘤内异质性	揭示了胶质母细胞瘤中固有的肿瘤内分子亚型异质性，并提供了一种研究表型可塑性的方法	NA	探讨胶质母细胞瘤中的肿瘤内异质性及其对治疗的影响	源自患者的胶质母细胞瘤干细胞样细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞	源自患者的胶质母细胞瘤干细胞样细胞样本
23514	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of small microbial eukaryotes: limitations and potential 2017-05, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2016.190 PMID:28060364	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在小型微生物真核生物研究中的局限性和潜力	单细胞转录组学在微生物真核生物研究中具有巨大的未开发潜力	在小型微生物真核生物中，单细胞转录组学的转录恢复率较低，且基因表达水平的随机性较高	探讨单细胞RNA-seq在小型微生物真核生物研究中的应用	小型微生物真核生物	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	转录组	两个小型原生生物（8和15 μm）
23515	2024-08-09	Molecular diversity of corticotropin-releasing hormone mRNA-containing neurons in the hypothalamus 2017-03, The Journal of endocrinology IF:3.4Q2 DOI:10.1530/JOE-16-0256 PMID:28057867	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序和电路图谱技术，探讨下丘脑中含皮质释放激素（CRH）mRNA神经元的分子多样性	提出CRH的产生反映了下丘脑神经元的状态转换，而非表型分离神经元的身份标志	NA	探讨下丘脑中CRH神经元的功能和分子多样性	下丘脑中含CRH mRNA的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
23516	2024-08-09	The nature and nurture of cell heterogeneity: accounting for macrophage gene-environment interactions with single-cell RNA-Seq 2017-01-07, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3445-0 PMID:28061811	研究论文	本文介绍了使用单细胞RNA测序技术研究巨噬细胞基因与环境相互作用的方法	引入了可编程的Polaris™微流控芯片实验室进行单细胞测序，同时进行活细胞成像并控制每个细胞的培养微环境	单细胞RNA测序在描述更高功能表型和蛋白质事件方面存在局限性	研究高度可塑性细胞如巨噬细胞的基因和环境修饰对异质性的影响及其在时间上的细胞群体动态变化	巨噬细胞的基因敲除效应及其在氧化应激反应中的旁分泌信号成分	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	基因编辑的巨噬细胞
23517	2024-08-09	Batch effects and the effective design of single-cell gene expression studies 2017-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep39921 PMID:28045081	研究论文	研究使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术处理人类诱导多能干细胞（iPSC）样本，探讨基因表达数据中的技术变异来源	提出了一个有效进行scRNA-seq研究的框架，并发现UMI计数并非基因表达水平的无偏估计	研究主要集中在技术变异上，未深入探讨生物学变异的其他方面	探讨scRNA-seq中的技术变异来源及其对基因表达数据的影响	人类诱导多能干细胞（iPSC）的基因表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个C1重复样本来自三个人类诱导多能干细胞（iPSC）系
23518	2024-08-09	Understanding development and stem cells using single cell-based analyses of gene expression 2017-01-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.133058 PMID:28049689	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在哺乳动物发育和干细胞生物学中的应用及其提供的深入见解	单细胞RNA测序技术使得能够全面量化地记录细胞类型多样性和发育动态	NA	探讨单细胞RNA测序技术在理解发育和干细胞分子机制中的应用	哺乳动物的发育过程和干细胞生物学	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数千个单个细胞
23519	2024-08-09	SLICE: determining cell differentiation and lineage based on single cell entropy 2017-04-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw1278 PMID:27998929	研究论文	开发了一种名为SLICE的新算法，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）基于单细胞熵定量测量细胞分化状态，并通过构建熵引导的细胞轨迹预测细胞分化谱系	SLICE算法通过单细胞熵定量测量细胞分化状态，并预测细胞分化谱系，具有创新性	NA	理解细胞的谱系和分化状态，以最终阐明器官形成和功能	单细胞的分化状态和谱系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用了来自人类和鼠类的三个独立数据集，以及胚胎小鼠肺的scRNA-seq数据
23520	2024-08-09	switchde: inference of switch-like differential expression along single-cell trajectories 2017-04-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw798 PMID:28011787	research paper	本文介绍了一种名为switchde的统计框架和相应的R包，用于识别沿着伪时间轨迹的基因开关样差异表达	提出了一种新的统计框架switchde，用于模型拟合快速，提供可解释的参数估计，并报告支持拒绝恒定表达模型的P值	NA	开发一种方法来模拟沿着单细胞轨迹的基因差异表达	单细胞RNA-seq数据中的基因差异表达	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	统计模型	基因表达数据	NA