单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23481	2024-08-09	Spatial transcriptomic analysis of cryosectioned tissue samples with Geo-seq 2017-03, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2017.003 PMID:28207000	研究论文	本文介绍了使用Geo-seq方法结合激光捕获显微切割（LCM）和单细胞RNA测序技术进行空间转录组分析的过程	Geo-seq方法能够同时解析细胞异质性和空间变异，保留了细胞的原生空间信息	数据分析时间较长，取决于数据量和处理器速度	探索细胞特性的生物学和病理学问题，如潜在的细胞命运、生物学功能和基因调控网络	小鼠早期胚胎、小鼠大脑、病理肝脏和精子组织的空间转录组	数字病理学	NA	Geo-seq	NA	转录组数据	少量细胞
23482	2024-08-09	The impact of melanoma genetics on treatment response and resistance in clinical and experimental studies 2017-03, Cancer metastasis reviews DOI:10.1007/s10555-017-9657-1 PMID:28210865	研究论文	本文探讨了黑色素瘤遗传学对治疗反应和耐药性的影响，特别是在临床和实验研究中	利用高通量测序技术识别了新的黑色素瘤相关基因和通路，并探讨了肿瘤异质性对治疗反应的影响	目前的研究主要集中在大量肿瘤的测序上，未充分考虑肿瘤内的小部分耐药细胞	旨在理解黑色素瘤的分子发病机制、治疗反应和耐药性	黑色素瘤的遗传变异及其对治疗反应和耐药性的影响	数字病理学	黑色素瘤	高通量测序技术	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
23483	2024-08-09	Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Methods 2017-Feb-16, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2017.01.023 PMID:28212749	研究论文	本文通过比较六种单细胞RNA测序方法在583个小鼠胚胎干细胞中的表现，评估了各方法的性能	首次系统性地比较了六种主要的单细胞RNA测序方法的性能	仅限于小鼠胚胎干细胞样本，未涵盖其他细胞类型或物种	评估和比较不同单细胞RNA测序方法的性能	六种单细胞RNA测序方法在583个小鼠胚胎干细胞中的表现	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	583个小鼠胚胎干细胞
23484	2024-08-09	Dpath software reveals hierarchical haemato-endothelial lineages of Etv2 progenitors based on single-cell transcriptome analysis 2017-02-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14362 PMID:28181481	research paper	本文开发了一种名为dpath的算法，利用metagene熵概念对细胞进行基于其分化潜能的排序，并结合自组织映射（SOM）和随机游走重启（RWR）算法，从分化细胞中分离出前体细胞并重建无偏的谱系层次结构。	提出了一种新的算法dpath，结合SOM和RWR算法，能够无偏地评估单细胞RNA-seq数据集中的前体细胞和分化状态。	NA	旨在通过单细胞转录组分析揭示Etv2前体细胞的血细胞-内皮细胞谱系层次结构。	Etv2-EYFP转基因小鼠胚胎的单细胞。	digital pathology	NA	single-cell RNA sequencing	SOM, RWR	transcriptome	Etv2-EYFP转基因小鼠胚胎的单细胞
23485	2024-08-09	Expression of β-globin by cancer cells promotes cell survival during blood-borne dissemination 2017-02-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14344 PMID:28181495	研究论文	本文通过比较乳腺癌、前列腺癌和肺癌中单细胞RNA测序（RNA-Seq）的CTCs（循环肿瘤细胞），观察到β-globin（HBB）的一致诱导现象，并探讨了其在肿瘤细胞血液传播中的生存机制。	首次发现并证实了β-globin在肿瘤细胞中的特异性表达，及其在循环肿瘤细胞中的保护作用。	研究主要集中在乳腺癌、前列腺癌和肺癌的CTCs上，可能不适用于所有类型的癌症。	探讨循环肿瘤细胞在血液中生存的机制，特别是β-globin的作用。	乳腺癌、前列腺癌和肺癌的循环肿瘤细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及乳腺癌、前列腺癌和肺癌的循环肿瘤细胞
23486	2024-08-09	New RNA-seq approaches for the study of bacterial pathogens 2017-02, Current opinion in microbiology IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.mib.2017.01.001 PMID:28214646	研究论文	本文探讨了利用新型RNA测序方法研究细菌病原体的基因表达和调控	介绍了超越标准mRNA分析的新型RNA测序方法，包括捕获由小RNA控制的转录后网络和发现相关的RNA结合蛋白，以及同时分析病原体和宿主的双RNA测序和单细胞RNA测序	NA	深入了解细菌如何引发疾病，特别是基因表达和调控在感染过程中的作用	细菌病原体的基因表达和调控	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
23487	2024-08-09	DNA copy number profiling using single-cell sequencing 2018-09-28, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbx004 PMID:28159966	研究论文	本文介绍了一种新的工具包SCNV，用于从单细胞DNA测序数据中检测拷贝数变异并构建全基因组拷贝数图谱	SCNV采用了一种高效的无需分箱的分割方法，提供了最高分辨率的断点检测和随后的拷贝数调用	NA	开发用于单细胞DNA测序数据中拷贝数变异检测和全基因组拷贝数图谱构建的软件工具	单细胞DNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	一组来自同一批次的正常细胞
23488	2024-08-09	Whole-genome single-cell copy number profiling from formalin-fixed paraffin-embedded samples 2017-Mar, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/nm.4279 PMID:28165479	研究论文	本文开发并验证了一种稳健准确的方法，用于从福尔马林固定石蜡包埋的临床肿瘤样本中获取的单个细胞核进行全基因组拷贝数分析	首次实现了从福尔马林固定石蜡包埋样本中进行单细胞全基因组拷贝数分析	NA	研究肿瘤内遗传异质性及其对精准医疗实施的挑战	从福尔马林固定石蜡包埋的临床肿瘤样本中获取的单个细胞核	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
23489	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of the human placenta: inferring the cell communication network of the maternal-fetal interface 2017-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.207597.116 PMID:28174237	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，研究了胎盘滋养层细胞与母体子宫内膜基质细胞间的细胞互作网络	发现G蛋白偶联受体的高度细胞类型特异性表达，以及子宫蜕膜细胞作为细胞互作中心的特性	NA	探究人类胎盘中母胎界面的细胞通信网络	胎盘滋养层细胞与母体子宫内膜基质细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
23490	2024-08-09	BASIC: BCR assembly from single cells 2017-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw631 PMID:28172415	research paper	本文开发了一种名为BASIC的新软件工具，用于从单细胞RNA测序数据中组装B细胞受体序列	BASIC软件首次实现了从单细胞RNA测序数据中组装全长重链和轻链序列	NA	开发一种新的软件工具，用于从单细胞RNA测序数据中组装B细胞受体序列	单个人B细胞的B细胞受体序列	NA	NA	RNA-seq	NA	RNA	近200个单个人B细胞
23491	2024-08-09	Human iPSC-Derived Cerebral Organoids Model Cellular Features of Lissencephaly and Reveal Prolonged Mitosis of Outer Radial Glia 2017-04-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.12.007 PMID:28111201	研究论文	本研究通过分析从正常和Miller-Dieker综合征（MDS）诱导的多能干细胞（iPSCs）衍生的脑类器官，探讨MDS对控制神经元输出和影响脑拓扑结构的人类前体细胞亚型的影响。	本研究首次揭示了MDS相关的外放射状胶质细胞的延长有丝分裂缺陷，并展示了脑类器官在模拟人类神经发育障碍方面的广泛应用。	NA	探讨Miller-Dieker综合征对人类前体细胞亚型的影响及其在神经发育障碍中的作用。	从正常和MDS诱导的多能干细胞衍生的脑类器官。	数字病理学	神经发育障碍	时间流逝成像、免疫染色和单细胞RNA测序。	NA	细胞	NA
23492	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing highlights transcription activity of autophagy-related genes during hematopoietic stem cell formation in mouse embryos 2017-Apr-03, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2016.1278093 PMID:28129010	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了在小鼠胚胎发育过程中，造血干细胞形成期间自噬相关基因的转录活性动态变化	首次在单细胞水平上探讨了小鼠胚胎发育过程中造血干细胞形成期间自噬相关基因的动态表达	NA	探究自噬在胚胎造血干细胞形成中的作用	小鼠胚胎发育过程中的造血干细胞形成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	5个与造血干细胞形成相关的细胞群体
23493	2024-08-09	Single-cell mRNA quantification and differential analysis with Census 2017-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4150 PMID:28114287	研究论文	本文介绍了Census算法，用于将单细胞RNA-seq的相对表达水平转换为相对转录本计数，无需实验中的spike-in对照	Census算法提高了单细胞RNA-seq数据分析的准确性，并启用了新的统计测试来识别发育调控基因	NA	开发和验证一种新的算法，用于改进单细胞基因表达数据的分析	单细胞RNA-seq数据，特别是发育和疾病研究中的数据	生物信息学	NA	RNA-seq	Census算法	基因表达数据	多个发育和疾病研究的单细胞数据
23494	2024-08-09	Xist-dependent imprinted X inactivation and the early developmental consequences of its failure 2017-03, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/nsmb.3365 PMID:28134930	research paper	本研究通过单细胞RNA测序分析早期胚胎，揭示了Xist依赖的印迹X染色体失活及其失败的早期发育后果。	首次发现印迹X染色体失活的启动绝对需要Xist，并揭示了Xist缺乏导致的基因组范围转录失调和胚外途径激活失败。	NA	探究Xist依赖的印迹X染色体失活及其失败的早期发育后果。	小鼠早期胚胎中的Xist依赖性X染色体失活。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	早期胚胎
23495	2024-08-09	Recent progress in single-cell cancer genomics 2017-Feb, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2017.01.002 PMID:28126650	研究论文	本文聚焦于最新的单细胞方法在癌症基因组学中的应用	单细胞分析技术能够揭示传统批量测序无法发现的信息，有助于深入理解癌症的复杂机制	NA	探讨单细胞测序技术在癌症基因组学中的最新进展及其在个性化治疗和非侵入性监测诊断中的应用	单细胞测序技术在癌症基因组学中的应用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
23496	2024-08-09	Transcriptomic and anatomic parcellation of 5-HT3AR expressing cortical interneuron subtypes revealed by single-cell RNA sequencing 2017-01-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14219 PMID:28134272	research paper	本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了表达5-HT3AR的皮质中间神经元亚型的转录组和解剖分区	首次识别出三种主要的Htr3a-GFP+中间神经元分子类型，并揭示了它们在基因表达上的独特发育动态	NA	探究表达5-HT3AR的皮质中间神经元在发育过程中的多样性及其分子机制	表达5-HT3AR的皮质中间神经元	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
23497	2024-08-09	Development of a facile droplet-based single-cell isolation platform for cultivation and genomic analysis in microorganisms 2017-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep41192 PMID:28112223	研究论文	本文开发了一种简便的基于液滴的单细胞分离平台，用于微生物的培养和基因组分析	该平台集成了细胞封装、液滴检查和排序以及芯片到管的毛细管接口，通过低成本的电磁微阀控制液滴排序，简化了单细胞分析的流程	NA	旨在开发一种易于使用且成本低廉的单细胞分离策略，以促进单细胞分析在微生物学研究中的应用	微藻和酵母细胞	生物技术	NA	液滴微流控技术	NA	DNA和RNA	单细胞分离成功率超过90%，单细胞培养成功率80%
23498	2024-08-09	Detecting heterogeneity in single-cell RNA-Seq data by non-negative matrix factorization 2017, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.2888 PMID:28133571	研究论文	本文研究了非负矩阵分解（NMF）方法在分析多种单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据集中的性能	NMF方法在分离相似群组方面比其他无监督聚类方法（如K-means和层次聚类）具有更高的准确性，并能独特地识别表达水平处于中间水平的基因	NA	探索NMF方法在分析单细胞RNA测序数据中的有效性	多种单细胞RNA测序数据集，包括小鼠造血干细胞和人类胶质母细胞瘤数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	多种数据集，具体样本数量未详述
23499	2024-08-09	Scater: pre-processing, quality control, normalization and visualization of single-cell RNA-seq data in R 2017-04-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw777 PMID:28088763	研究论文	本文介绍了R/Bioconductor包scater，用于单细胞RNA测序数据的前处理、质量控制、归一化和可视化	scater包提供了一个方便、灵活的工作流程，用于将原始测序读取数据处理成高质量的表达数据集，并提供了一套丰富的单细胞数据绘图工具	NA	开发一个工具，用于简化单细胞RNA测序数据的前处理、质量控制、归一化和可视化过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
23500	2024-08-09	Effective detection of variation in single-cell transcriptomes using MATQ-seq 2017-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4145 PMID:28092691	研究论文	本文介绍了一种名为MATQ-seq的高灵敏度和定量性的单细胞总RNA测序方法，用于有效检测单细胞转录组变异	MATQ-seq方法通过系统地确定技术噪声，能够捕捉单细胞整个转录组之间的真实生物变异	NA	开发和验证一种新的单细胞RNA测序技术，以提高转录变异的检测灵敏度和准确性	单细胞转录组变异	数字病理学	NA	MATQ-seq	NA	RNA序列	单细胞