单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23918 篇文献，本页显示第 23461 - 23480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23461 | 2024-08-09 |
Mechanism for microbial population collapse in a fluctuating resource environment
2017-03-20, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20167058
PMID:28320772
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研究论文 | 研究了微生物群落在波动资源环境中的基因调控机制及其对生态稳定性的影响 | 发现单一调控突变能防止微生物群落崩溃的现象 | 研究仅限于特定的硫酸盐还原菌和氢消耗菌的相互作用 | 探究微生物群落在波动资源环境中的适应性和稳定性 | 硫酸盐还原菌和氢消耗菌的相互作用及其基因调控 | NA | NA | RNA-seq分析, 蛋白质组学, 微量热法, 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 多个微生物培养物 |
| 23462 | 2024-08-09 |
Phylogeny, classification and diversity of Choreotrichia and Oligotrichia (Ciliophora, Spirotrichea)
2017-07, Molecular phylogenetics and evolution
IF:3.6Q2
DOI:10.1016/j.ympev.2017.03.010
PMID:28286224
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研究论文 | 本文通过分析GenBank中的核糖体DNA序列，研究了纤毛原生生物Choreotrichia和Oligotrichia的系统发育、分类和多样性 | 提出了一个非正式的命名系统用于incertae sedis分类群，并更新了这两个亚纲的分类学分类，包括重新建立的Favellidae科 | 研究结果表明公共数据库中存在大量同义词和未描述的分类群，提示在使用和贡献这些独特资源时需谨慎 | 改进Choreotrichia和Oligotrichia亚纲的系统发育推断，并探索其潜在的新多样性 | 纤毛原生生物Choreotrichia和Oligotrichia亚纲的分类群 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 核糖体DNA序列 | 近4000个rDNA序列 |
| 23463 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptional Analysis
2017-06-12, Annual review of analytical chemistry (Palo Alto, Calif.)
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综述 | 本文综述了单细胞转录组分析技术的发展现状，包括样本制备方法、技术平台和计算分析方法 | 单细胞转录组分析技术通过高通量测序，已在数百项研究中取得丰硕成果，推动了生物学领域的重大发现 | NA | 介绍单细胞RNA测序技术的最新进展，并强调设计、执行和解释单细胞RNA测序研究的关键考虑因素 | 单细胞转录组分析技术及其在生物学研究中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23464 | 2024-08-09 |
Dynamics of embryonic stem cell differentiation inferred from single-cell transcriptomics show a series of transitions through discrete cell states
2017-03-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.20487
PMID:28296635
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研究论文 | 本研究利用统计框架分析单细胞转录组数据，推断早期小鼠胚胎干细胞分化的基因表达动态，揭示了跨越九种细胞状态的离散转变 | 本研究提供了一个框架，从单细胞转录组数据推断分化动态，并构建驱动发育过程中细胞命运决策序列的基因调控网络的预测模型 | NA | 理解导致多能细胞获得不同细胞命运的基因调控网络的复杂性，并量化分化过程 | 早期小鼠胚胎干细胞的分化过程及其基因表达动态 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | 概率模型 | 转录组数据 | 九种细胞状态的单细胞样本 |
| 23465 | 2024-08-09 |
Planarian Epidermal Stem Cells Respond to Positional Cues to Promote Cell-Type Diversity
2017-03-13, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2017.02.008
PMID:28292427
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研究论文 | 本文研究了扁形虫表皮干细胞如何响应位置信号以促进细胞类型的多样性 | 首次揭示了扁形虫表皮干细胞在再生过程中通过位置信号激活区域化转录程序，从而促进细胞类型多样性的机制 | NA | 探究扁形虫再生过程中不同谱系的前体细胞如何形成适当的缺失细胞类型 | 扁形虫表皮干细胞及其在再生过程中的功能身份获取 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 23466 | 2024-08-09 |
Principles of Reconstructing the Subclonal Architecture of Cancers
2017-Aug-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine
IF:7.8Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a026625
PMID:28270531
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研究论文 | 本文描述了通过单核苷酸变异（SNVs）或拷贝数变异（CNAs）从批量或单细胞测序数据中重建肿瘤亚克隆结构的原则 | 应用亚克隆重建方法为肿瘤进化、亚克隆驱动突变、平行进化模式、细胞群体间突变特征差异以及治疗抵抗、扩散和转移的机制提供了关键见解 | NA | 研究肿瘤亚克隆结构的重建原则及其在理解肿瘤进化和治疗抵抗中的应用 | 肿瘤的亚克隆结构及其相关的突变和进化模式 | 数字病理学 | 癌症 | 大规模并行测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 23467 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics reveals specific RNA editing signatures in the human brain
2017-06, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.058271.116
PMID:28258159
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研究论文 | 本文通过分析活体人脑皮质中单细胞的RNA编辑谱，揭示了特定于人脑的RNA编辑特征 | 首次在单细胞水平上研究了人脑中的RNA编辑，并发现RNA编辑水平在细胞中呈双峰分布，能够区分不同的大脑细胞类型 | NA | 研究人脑中单细胞的RNA编辑特征 | 人脑皮质中的单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 来自活体人脑皮质的多细胞样本 |
| 23468 | 2024-08-09 |
Visualization and analysis of single-cell RNA-seq data by kernel-based similarity learning
2017-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4207
PMID:28263960
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研究论文 | 本文介绍了通过多核学习（SIMLR）对单细胞RNA测序数据进行相似性度量学习的分析框架和软件，用于降维、聚类和可视化 | SIMLR方法在七个已发表的数据集上与最先进的方法进行了基准测试，显示出其可扩展性，并显著提高了聚类性能，同时改善了单细胞测序数据的可视化和可解释性 | NA | 开发一种新的分析框架和软件，用于从单细胞RNA测序数据中学习相似性度量，以进行数据降维、聚类和可视化 | 单细胞RNA测序数据 | 计算机视觉 | NA | RNA-seq | 多核学习（SIMLR） | RNA测序数据 | 七个已发表的数据集 |
| 23469 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome conservation in cryopreserved cells and tissues
2017-03-01, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-017-1171-9
PMID:28249587
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研究论文 | 本文描述了一种样本保存方法，该方法能够在活单细胞中维持转录本，使得采样时间和地点与后续处理步骤分离 | 本文介绍了一种新的样本保存方法，能够在冷冻保存的细胞和组织中保持单细胞转录组的完整性 | NA | 验证冷冻保存方法对单细胞转录组的影响 | 单细胞转录组 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过1000个新鲜和冷冻保存的细胞 |
| 23470 | 2024-08-09 |
Early transcriptional and epigenetic regulation of CD8+ T cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing
2017-04, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/ni.3688
PMID:28218746
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了病毒感染过程中CD8+ T细胞分化的早期转录和表观遗传调控机制 | 发现了CD8+ T细胞在第一次分裂后显著的转录分化，并识别了控制CD8+ T细胞命运指定的先前未知的分子决定因素 | NA | 阐明微生物感染过程中CD8+ T细胞分化背后的动态转录变化 | CD8+ T细胞在病毒感染过程中的分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个CD8+ T细胞 |
| 23471 | 2024-08-09 |
Converting Adult Pancreatic Islet α Cells into β Cells by Targeting Both Dnmt1 and Arx
2017-03-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2017.01.009
PMID:28215845
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研究论文 | 本文研究了在小鼠中通过靶向Dnmt1和Arx将胰腺α细胞转化为β细胞的机制，并探讨了这一转化在人类1型糖尿病中的相关性 | 首次揭示了通过调控Arx和Dnmt1实现成年胰腺α细胞向β细胞转化的途径 | NA | 探索胰腺α细胞转化为β细胞的分子机制及其在1型糖尿病治疗中的潜在应用 | 小鼠和人类的胰腺α细胞 | NA | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 23472 | 2024-08-09 |
High-throughput screening of rare metabolically active tumor cells in pleural effusion and peripheral blood of lung cancer patients
2017-03-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1612229114
PMID:28223509
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研究论文 | 本文描述了一种高灵敏度的方法，通过利用肿瘤细胞与良性细胞之间葡萄糖代谢的改变，快速检测恶性胸腔积液中的代谢活跃肿瘤细胞 | 该方法通过高吞吐量的荧光筛选技术，在一个包含200,000个可寻址微孔的芯片中识别并收集代谢活跃的肿瘤细胞，用于恶性确认 | NA | 开发一种新的诊断方法，用于准确检测恶性胸腔积液中的肿瘤细胞，并帮助识别驱动致癌基因和导致耐药的突变 | 恶性胸腔积液和外周血中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 图像 | 分析了一组肺癌患者的恶性胸腔积液样本 |
| 23473 | 2024-08-09 |
Exploratory bioinformatics investigation reveals importance of "junk" DNA in early embryo development
2017-02-23, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-017-3566-0
PMID:28231763
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研究论文 | 本研究通过探索性数据分析重新分析大量基因组数据，探讨了小鼠植入前发育中复杂的基因调控机制 | 发现转座元件在早期胚胎发育中的基因表达调控中起重要作用，特别是长末端重复序列和SINE元件的作用 | NA | 探索性数据分析以发现数据中的信息，特别是转座元件在早期胚胎发育中的作用 | 小鼠植入前发育阶段的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 259个来自小鼠从受精卵到囊胚阶段的胚胎细胞 |
| 23474 | 2024-08-09 |
Position- and Hippo signaling-dependent plasticity during lineage segregation in the early mouse embryo
2017-02-22, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.22906
PMID:28226240
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研究论文 | 本文研究了小鼠早期胚胎中由位置依赖的Hippo信号传导决定的滋养层（TE）与内细胞团（ICM）的分化过程 | 通过单细胞RNA测序揭示了TE转录组比ICM更早稳定，且在胚泡形成之前 | Hippo信号传导的响应窗口、谱系承诺的确切时间和细胞承诺与全局基因表达变化之间的关系仍不清楚 | 探讨Hippo信号传导在小鼠早期胚胎谱系分离中的作用及其与基因表达动态的关系 | 小鼠早期胚胎中的滋养层（TE）和内细胞团（ICM） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 个体胚细胞 |
| 23475 | 2024-08-09 |
[Advances in Classification and Research Methods of Lung Epithelial Stem
and Progenitor Cells]
2017-Feb-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer
|
综述 | 本文综述了肺上皮干细胞和祖细胞的分类及研究方法的最新进展 | 总结了肺上皮干细胞和祖细胞的区域特异性分类以及多种研究方法，如肺损伤模型、谱系追踪实验、三维培养、移植、慢性标记细胞和单细胞转录组分析 | NA | 探讨肺上皮干细胞和祖细胞在肺生理病理中的特定作用，以及它们在预防和控制肺疾病中的应用 | 肺上皮干细胞和祖细胞 | NA | 肺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | NA | NA |
| 23476 | 2024-08-09 |
cgCorrect: a method to correct for confounding cell-cell variation due to cell growth in single-cell transcriptomics
2017-05-11, Physical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1088/1478-3975/aa609a
PMID:28198357
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为cgCorrect的统计框架，用于校正单细胞转录组数据中由于细胞生长引起的细胞间变异 | cgCorrect框架能够基于细胞周期中细胞体积与转录本数量成比例增加的假设，校正细胞大小差异带来的影响 | NA | 开发一种方法来校正单细胞转录组数据中由于细胞生长引起的细胞间变异 | 单细胞转录组数据中的细胞大小差异 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 转录组数据 | 模拟数据和小鼠血液干细胞及前体细胞的单细胞定量实时PCR数据，以及小鼠胚胎干细胞的单细胞RNA测序数据 |
| 23477 | 2024-08-09 |
Seq-Well: portable, low-cost RNA sequencing of single cells at high throughput
2017-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4179
PMID:28192419
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研究论文 | 本文介绍了一种便携式、低成本的高通量单细胞RNA测序平台Seq-Well | Seq-Well平台通过使用条形码mRNA捕获珠和单细胞密封在亚纳升孔阵列中，实现了高效的细胞裂解和转录本捕获 | NA | 开发一种适用于低输入样本的高通量单细胞RNA测序方法 | 主要研究了暴露于结核分枝杆菌的人类巨噬细胞 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千个 |
| 23478 | 2024-08-09 |
Advances in understanding tumour evolution through single-cell sequencing
2017-Apr, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2017.02.001
PMID:28193548
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综述 | 本文综述了通过单细胞测序技术理解肿瘤演化的最新进展 | 介绍了通过单细胞测序分析肿瘤演化历史和伴随异质性的新计算挑战和建模框架 | NA | 探讨如何通过单细胞测序数据理解肿瘤的亚克隆组成和突变历史，以设计针对个体患者的治疗方案 | 肿瘤的亚克隆组成和突变历史 | 数字病理学 | NA | 下一代测序(NGS) | NA | 单细胞测序数据 | 大量肿瘤样本 |
| 23479 | 2024-08-09 |
Modeling the Genetic Regulation of Cancer Metabolism: Interplay between Glycolysis and Oxidative Phosphorylation
2017-04-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-16-2074
PMID:28202516
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研究论文 | 本研究采用系统生物学方法，解析了癌症细胞中糖酵解和氧化磷酸化之间的调控原理 | 提出了癌症细胞中糖酵解和氧化磷酸化共存的混合状态，并开发了量化这两种代谢活性的特征 | NA | 揭示癌症代谢的调控原理，并设计针对代谢的癌症治疗策略 | 癌症细胞中的糖酵解和氧化磷酸化调控 | 数字病理学 | 癌症 | 系统生物学 | NA | 转录组数据 | 多癌症类型的癌症基因组图谱患者转录组数据及肺腺癌的单细胞RNA测序数据 |
| 23480 | 2024-08-09 |
Detection of Imprinted Genes by Single-Cell Allele-Specific Gene Expression
2017-Mar-02, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2017.01.028
PMID:28190458
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研究论文 | 本文报道了一种结合单细胞RNA测序和全基因组测序的原创且稳健的方法，用于分析特定细胞类型和不同个体中的基因组印记 | 本文提出的单细胞方法相较于传统的批量RNA测序，能更有效地识别印记基因 | NA | 验证已知印记基因的印记状态并发现新的印记基因 | 人类和小鼠模型中的印记基因 | 基因组学 | 糖尿病, 癌症 | 单细胞RNA测序, 全基因组测序 | NA | RNA序列 | 1,084个初级成纤维细胞样本 |