单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23441	2024-08-09	Single-cell sequencing and tumorigenesis: improved understanding of tumor evolution and metastasis 2017-Dec, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1186/s40169-017-0145-6 PMID:28405930	综述	本文综述了单细胞测序技术在理解肿瘤演化和转移中的应用及其最新进展	单细胞测序技术提供了高分辨率的基因组和基因表达图谱，有助于研究癌症中的复杂分子异质性	单细胞测序技术在临床应用前仍需克服重大障碍	探讨单细胞测序技术在改善患者护理中的临床应用前景	单细胞测序技术及其在肿瘤基因组和转录组异质性研究中的应用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组和转录组数据	NA
23442	2024-08-09	Removal of batch effects using distribution-matching residual networks 2017-Aug-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx196 PMID:28419223	研究论文	本文提出了一种基于残差神经网络的深度学习方法，用于去除系统性批次效应	该方法通过训练残差神经网络来最小化两个不同批次复制品的多变量分布之间的最大均值差异	NA	去除实验数据中的系统性批次效应	质量细胞测量和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	NA	残差神经网络	数据	NA
23443	2024-08-09	SCnorm: robust normalization of single-cell RNA-seq data 2017-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4263 PMID:28418000	研究论文	本文介绍了SCnorm方法，用于准确和高效地归一化单细胞RNA测序数据	SCnorm解决了现有归一化方法在单细胞RNA测序数据中不适用的假设问题，避免了引入偏差	NA	开发适用于单细胞RNA测序数据的归一化方法	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
23444	2024-08-09	JingleBells: A Repository of Immune-Related Single-Cell RNA-Sequencing Datasets 2017-05-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.1700272 PMID:28416714	研究论文	本文介绍了JingleBells数据库，该数据库收集并标准化了免疫相关的单细胞RNA测序数据，便于分析和可视化	JingleBells数据库提供了统一格式的单细胞RNA测序数据，并附带可视化教程，使得非计算生物学家也能利用这些数据	NA	旨在促进免疫相关单细胞RNA测序数据的重用和可视化	免疫相关的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	多个公开可用的免疫相关单细胞RNA测序数据集
23445	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors 2017-04-21, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aah4573 PMID:28428369	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了人类血液中树突状细胞和单核细胞的新亚型及其相互关系	发现了六种新的树突状细胞亚型和四种单核细胞亚型，并重新定义了浆细胞样树突状细胞的特性	NA	深入理解树突状细胞和单核细胞的亚型及其在免疫反应中的作用	人类血液中的树突状细胞和单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	约2400个细胞
23446	2024-08-09	Epithelial-Mesenchymal Micro-niches Govern Stem Cell Lineage Choices 2017-04-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.03.038 PMID:28413068	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了毛囊中干细胞和过渡放大细胞的意外异质性，并追踪这种异质性源于上皮-间质界面的微环境	发现了干细胞和过渡放大细胞在毛囊中的异质性，并揭示了这种异质性由上皮-间质界面的微环境调控	NA	探究干细胞在组织中的行为及其对形态发生和再生的影响	成人组织干细胞及其微环境	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个毛囊中的单个细胞
23447	2024-08-09	Functional Enhancer Screening in Single Cells 2017-Apr-20, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2017.03.018 PMID:28431229	research paper	本文介绍了一种名为Mosaic-seq的技术，结合CRISPRi和单细胞RNA测序，用于高吞吐量评估增强子对基因调控的贡献	Mosaic-seq技术结合了CRISPRi和单细胞RNA测序，实现了对增强子功能的高通量评估	NA	开发和应用新技术以评估增强子在基因调控中的作用	增强子在基因调控中的功能	基因组学	NA	CRISPRi, 单细胞RNA测序	NA	RNA	单细胞
23448	2024-08-09	ST Pipeline: an automated pipeline for spatial mapping of unique transcripts 2017-Aug-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx211 PMID:28398467	研究论文	本文介绍了一种用于空间转录组学实验中自动高效处理RNA-seq数据以生成下游分析数据集的管道	提出了空间转录组学这一基于RNA-seq的新技术，并开发了新的工具和算法以应对其增加的空间分辨率复杂性	NA	开发一种自动化的管道，用于处理空间转录组学实验中的RNA-seq数据	空间转录组学实验中的RNA-seq数据	转录组学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
23449	2024-08-09	SCODE: an efficient regulatory network inference algorithm from single-cell RNA-Seq during differentiation 2017-Aug-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx194 PMID:28379368	研究论文	本文介绍了一种名为SCODE的新型高效算法，用于从单细胞RNA-Seq数据中推断调控网络，特别是在细胞分化过程中的应用	SCODE算法基于常微分方程，能够高效地从大规模单细胞RNA-Seq数据中推断出调控网络，且运行时间显著短于现有方法	NA	开发一种新型算法以从单细胞RNA-Seq数据中高效推断出细胞分化过程中的调控网络	单细胞RNA-Seq数据在细胞分化过程中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	常微分方程	RNA-Seq数据	三个单细胞RNA-Seq数据集
23450	2024-08-09	An immunoaffinity-based method for isolating ultrapure adult astrocytes based on ATP1B2 targeting by the ACSA-2 antibody 2017-05-26, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.M116.765313 PMID:28373281	研究论文	本文介绍了一种基于ACSA-2抗体靶向ATP1B2的免疫亲和方法，用于从成年大脑中分离超纯星形胶质细胞	首次展示了ACSA-2抗体在成年组织中分离细胞的实用性，并首次鉴定了ACSA-2表位为ATP1B2	NA	探索星形胶质细胞的分子机制及其在中枢神经系统中的作用	星形胶质细胞及其在中枢神经系统中的分布和表达	NA	NA	单细胞测序、过表达和敲降实验、免疫印迹和免疫组织化学	NA	细胞	多个中枢神经系统损伤和疾病模型中的星形胶质细胞
23451	2024-08-09	Measuring Signaling and RNA-Seq in the Same Cell Links Gene Expression to Dynamic Patterns of NF-κB Activation 2017-04-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2017.03.010 PMID:28396000	研究论文	本文通过整合活细胞成像和单细胞测序技术，研究了脂多糖诱导的NF-κB激活动态与基因表达输出之间的关系	本文首次在同一细胞内同时测量NF-κB激活动态和全局转录反应，揭示了NF-κB动态在决定细胞表型中的功能作用	NA	探索信号蛋白动态响应的异质性及其对基因表达输出的影响	NF-κB激活动态与基因表达输出之间的关系	基因表达	NA	RNA-Seq	NA	图像和文本	单个细胞
23452	2024-08-09	Spatial transcriptomics: paving the way for tissue-level systems biology 2017-08, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2017.02.004 PMID:28346891	综述	本文综述了空间转录组学技术的最新进展，及其在组织水平系统生物学中的应用	介绍了空间转录组学技术如何帮助解析细胞在组织中的空间分工，从而揭示组织功能优化的设计原理	NA	探讨空间转录组学技术在组织水平系统生物学中的应用	组织中的细胞类型及其空间分工	转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
23453	2024-08-09	Decoupling genetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by single-cell RNA-seq 2017-03-31, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aai8478 PMID:28360267	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，分析了IDH突变型胶质瘤中的遗传、谱系和微环境因素	首次通过大规模单细胞RNA测序数据揭示了IDH突变型胶质瘤中不同肿瘤亚类的遗传和微环境差异	NA	解析IDH突变型胶质瘤中遗传、谱系和微环境的影响	IDH突变型胶质瘤	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	14,226个单细胞RNA测序数据来自16名患者，165名患者的批量RNA测序数据
23454	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies distinct mouse medial ganglionic eminence cell types 2017-03-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep45656 PMID:28361918	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了小鼠胚胎内侧神经节隆起（MGE）中的两种不同细胞类型	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了小鼠胚胎MGE发育程序，并提出了皮质中间神经元（CINs）的指定机制	未能在MGE前体细胞中识别出可能对应不同CINs前体的细胞	探究小鼠皮质中间神经元多样性的生成机制	小鼠胚胎内侧神经节隆起（MGE）细胞及从胚胎干细胞分化出的MGE样细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠胚胎MGE细胞及MGE样细胞
23455	2024-08-09	CIDR: Ultrafast and accurate clustering through imputation for single-cell RNA-seq data 2017-03-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1188-0 PMID:28351406	研究论文	本文介绍了一种名为CIDR的超快速算法，通过隐式插补和降维方法处理单细胞RNA测序数据中的丢失数据，以提高聚类准确性	CIDR采用了一种新颖且简单的隐式插补方法来减轻单细胞RNA测序数据中丢失数据的影响	NA	开发一种快速且准确的算法用于单细胞RNA测序数据的聚类	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百到数千个细胞的数据集
23456	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Hypothalamic Cell Diversity 2017-03-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.03.004 PMID:28355573	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了成年小鼠下丘脑的细胞多样性	首次通过单细胞RNA测序定义了下丘脑中11种非神经元和34种神经元细胞群，并揭示了它们独特的转录特征	NA	旨在理解下丘脑的功能及其相关疾病，通过定义细胞组成和细胞类型特异性的转录特征	成年小鼠的下丘脑细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年小鼠的下丘脑样本
23457	2024-08-09	Advanced Methodologies in High-Throughput Sequencing of Immune Repertoires 2017-03, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2016.09.010 PMID:28341036	综述	本文详细概述了用于测序适应性免疫库的高级方法学，特别关注减少测序错误和偏差以及实现高吞吐量配对可变区域的策略	本文介绍了最新的单细胞转录组测序技术，这些技术可以与免疫库整合	NA	探讨高级免疫库测序技术在基础免疫学、生物制药药物发现与开发以及癌症免疫治疗中的应用	适应性免疫库的测序方法和技术	生物信息学	NA	高吞吐量测序	NA	转录组数据	NA
23458	2024-08-09	Identification of unipotent megakaryocyte progenitors in human hematopoiesis 2017-06-22, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2016-09-741611 PMID:28336526	研究论文	通过单细胞转录组分析，识别出在未成熟造血干细胞和祖细胞群中特异性表达与巨核细胞系相关基因的细胞簇，并将其定义为单能巨核细胞祖细胞（MegP）。	本文首次定义了单能巨核细胞祖细胞（MegP），并发现其在骨髓增生性肿瘤患者中的扩增与Janus激酶2突变的高负担相关。	NA	阐明人类巨核细胞发育途径，并定义纯单能巨核细胞祖细胞。	人类巨核细胞祖细胞及其在正常和恶性造血中的作用。	NA	骨髓增生性肿瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组	未具体说明样本数量
23459	2024-08-09	Obesity Modulates Inflammation and Lipid Metabolism Oocyte Gene Expression: A Single-Cell Transcriptome Perspective 2017-06-01, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/jc.2016-3524 PMID:28323970	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，比较了超重/肥胖女性与正常体重女性在生育治疗过程中的卵母细胞基因表达谱及卵泡液内容物	首次从单细胞转录组角度探讨肥胖对卵母细胞基因表达的影响，并揭示了肥胖女性卵母细胞中炎症和氧化应激相关基因表达的变化	样本量较小，且仅包括接受生育治疗的女性，可能限制了研究结果的普遍性	比较超重/肥胖女性与正常体重女性在生育治疗过程中的卵母细胞基因表达谱及卵泡液内容物	超重/肥胖女性与正常体重女性的卵母细胞基因表达及卵泡液内容物	NA	NA	单细胞转录组分析，RNA测序	NA	基因表达数据	11名超重/肥胖女性和13名正常体重女性
23460	2024-08-09	Reference component analysis of single-cell transcriptomes elucidates cellular heterogeneity in human colorectal tumors 2017-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/ng.3818 PMID:28319088	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析结直肠肿瘤及其微环境的转录异质性，并开发了一种名为参考成分分析（RCA）的算法来提高单细胞转录组聚类的准确性	开发了参考成分分析（RCA）算法，显著提高了单细胞转录组聚类的准确性，并发现了两种不同的癌相关成纤维细胞（CAFs）亚型	NA	阐明人类结直肠肿瘤中的细胞异质性	结直肠肿瘤及其微环境的转录异质性	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	参考成分分析（RCA）	转录组	11个结直肠肿瘤及匹配的正常黏膜样本