单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28877 篇文献，本页显示第 23421 - 23440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23421 | 2024-08-08 |
Identification of prognostic biomarkers in papillary renal cell carcinoma and PTTG1 may serve as a biomarker for predicting immunotherapy response
2022-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2021.2011956
PMID:35037540
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研究论文 | 本研究旨在识别乳头状肾细胞癌（pRCC）中的潜在预后和治疗生物标志物，并探讨PTTG1作为预测免疫治疗反应的生物标志物的可能性。 | 本研究通过分析基因表达数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络，首次发现PTTG1与肿瘤微环境中的淋巴细胞、免疫调节剂和趋化因子显著相关，并可能作为免疫检查点阻断（ICB）反应的预测因子。 | 本研究主要基于两个微阵列数据集和单细胞RNA测序数据，未来研究需要更多的临床样本和多中心数据来验证这些发现。 | 识别乳头状肾细胞癌中的预后和治疗生物标志物。 | 乳头状肾细胞癌（pRCC）患者及其肿瘤微环境中的生物标志物。 | 数字病理学 | 肾癌 | 微阵列分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个微阵列数据集和复旦大学上海癌症中心（FUSCC）队列 |
| 23422 | 2024-08-08 |
Pre-existing Castration-resistant Prostate Cancer-like Cells in Primary Prostate Cancer Promote Resistance to Hormonal Therapy
2022-05, European urology
IF:25.3Q1
DOI:10.1016/j.eururo.2021.12.039
PMID:35058087
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研究论文 | 研究揭示了在前列腺癌早期存在的去势抵抗性前列腺癌样细胞，这些细胞促进了激素治疗的抵抗 | 发现了在激素治疗前就存在于前列腺癌中的去势抵抗性前列腺癌样细胞，这些细胞与疾病进展和远处转移有关 | 研究仅限于从新鲜的人类前列腺癌病例中分离的细胞，可能无法完全代表所有前列腺癌病例 | 理解早期前列腺癌中的亚克隆如何发展成去势抵抗性前列腺癌的机制 | 从新鲜的人类前列腺癌病例中分离的腺癌细胞，包括原发性腺癌、局部复发的去势抵抗性前列腺癌和转移性去势抵抗性前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 23226个上皮细胞 |
| 23423 | 2024-08-08 |
scJoint integrates atlas-scale single-cell RNA-seq and ATAC-seq data with transfer learning
2022-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01161-6
PMID:35058621
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scJoint的迁移学习方法，用于整合大规模异构的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据 | scJoint利用半监督框架中的注释scRNA-seq数据，并通过神经网络同时训练标记和未标记数据，实现了标签转移和联合可视化 | NA | 开发一种方法以克服不同数据模式的异质性，从而更全面地理解细胞表型 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 机器学习 | NA | 迁移学习 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据和单细胞ATAC测序数据 | 使用图谱数据以及通过ASAP-seq和CITE-seq生成的多模态数据集进行验证 |
| 23424 | 2024-08-08 |
Transient Cell Cycle Induction in Cardiomyocytes to Treat Subacute Ischemic Heart Failure
2022-04-26, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过引入4个细胞周期因子（4F）促进心肌细胞增殖，以治疗亚急性缺血性心力衰竭 | 使用新型瞬时且心肌细胞特异性的病毒构建体，减少了细胞周期因子的致癌潜力 | NA | 研究强制心肌细胞增殖的过程，并推进该方法的临床可行性 | 心肌细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大鼠模型每组10只，猪模型每组6-7只 |
| 23425 | 2024-08-08 |
Age-related differences in immune dynamics during SARS-CoV-2 infection in rhesus macaques
2022-04, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202101314
PMID:35039442
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研究论文 | 研究使用恒河猴模型探讨年龄相关的SARS-CoV-2感染免疫动力学差异 | 首次在恒河猴模型中详细分析了年龄对SARS-CoV-2感染后免疫反应的影响，特别是在急性后期阶段 | 研究仅限于恒河猴模型，可能不完全适用于人类 | 探究年龄对SARS-CoV-2感染免疫反应的影响 | 老年和年轻恒河猴的SARS-CoV-2感染免疫反应 | NA | COVID-19 | 单细胞转录组学、多参数流式细胞术、多重免疫组织化学、细胞因子检测、脂质组学分析 | NA | RNA、临床观察、胸部X光片、细胞因子、脂质 | 16只恒河猴（8只老年，8只年轻） |
| 23426 | 2024-08-08 |
Automation enables high-throughput and reproducible single-cell transcriptomics library preparation
2022-04, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2021.10.018
PMID:35058211
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研究论文 | 本文开发了一种自动化工作流程，用于提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）文库制备的通量并减少操作时间 | 通过自动化流程，将scRNA-seq文库制备的通量提高至48个反应，并将操作时间减少75% | NA | 提高单细胞RNA测序的效率和可重复性 | 单细胞RNA测序文库制备的自动化流程 | 数字病理学 | NA | NGS | NA | RNA | 最多48个反应 |
| 23427 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Role of Microglia in Fibrovascular Membrane of Proliferative Diabetic Retinopathy
2022-04-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db21-0551
PMID:35061025
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了增生性糖尿病视网膜病变（PDR）中的纤维血管膜（FVM），揭示了微胶质细胞在FVM中的新角色 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了PDR-FVM中微胶质细胞的GPNMB+亚群，及其在纤维化和纤维生成中的作用 | NA | 探讨微胶质细胞在增生性糖尿病视网膜病变中的病理生理作用 | 增生性糖尿病视网膜病变中的纤维血管膜 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 手术采集的PDR-FVM样本 |
| 23428 | 2024-08-08 |
AlzCode: a platform for multiview analysis of genes related to Alzheimer's disease
2022-03-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac033
PMID:35040932
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研究论文 | 介绍了一个名为AlzCode的平台，用于多视角分析与阿尔茨海默病相关的基因 | AlzCode平台整合了多种类型的组学数据和方法，为分析候选基因提供了丰富的功能基因组数据和多种分析方法 | NA | 为了深入理解候选基因与阿尔茨海默病的相关性，并筛选出适合实验测试的基因 | 与阿尔茨海默病相关的基因 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 基因表达分析，单细胞RNA测序，蛋白质表达分析 | NA | 基因表达数据，生物网络数据，神经病理学和临床特征数据 | NA |
| 23429 | 2024-08-08 |
Identify, quantify and characterize cellular communication from single-cell RNA sequencing data with scSeqComm
2022-03-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac036
PMID:35043939
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研究论文 | 本文介绍了scSeqComm方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别、量化和表征细胞间和细胞内信号传导 | scSeqComm方法能够同时考虑细胞间和细胞内信号传导，并提供功能性表征，增加了推断通信的可靠性 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别和量化细胞通信 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间和细胞内信号传导 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23430 | 2024-08-08 |
sc-REnF: An entropy guided robust feature selection for single-cell RNA-seq data
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab517
PMID:35037023
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研究论文 | 介绍了一种基于熵的鲁棒特征选择方法sc-REnF，用于单细胞RNA测序数据的基因选择，以提高细胞聚类的准确性 | 利用Rényi和Tsallis熵在基因选择中的优势，通过调整参数$q$显著改善了聚类结果 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因选择 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 基因数据 | 小样本，大特征的单细胞RNA测序数据 |
| 23431 | 2024-08-08 |
hDirect-MAP: projection-free single-cell modeling of response to checkpoint immunotherapy
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab575
PMID:35037026
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研究论文 | 本文开发了hDirect-MAP算法，用于在多种癌症类型中预测免疫检查点阻断反应的单细胞建模 | hDirect-MAP算法能够在高维表达空间中将T细胞按共同表型分组，而不是通过降维特征或这些特征的扭曲视图 | NA | 开发一种新的算法来预测免疫检查点阻断治疗的反应 | T细胞及其在不同癌症类型中的功能 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序，质谱流式细胞术 | NA | 单细胞数据 | 五个单细胞RNA测序或质谱流式细胞术数据集 |
| 23432 | 2024-08-08 |
Network-based integrative analysis of single-cell transcriptomic and epigenomic data for cell types
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab546
PMID:35043143
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研究论文 | 本文提出了一种基于网络的集成聚类算法（NIC），用于通过融合单细胞转录组（scRNA-seq）和表观基因组（scATAC-seq或DNA甲基化）数据来识别细胞类型 | NIC算法通过自动学习细胞间相似性图，将多组学数据的融合转化为多网络分析，并利用联合非负矩阵分解学习细胞的共享特征，提供了一种更好的细胞特征表征方法 | NA | 研究目的是开发一种有效的集成分析方法，用于处理单细胞多组学数据的异质性、噪声和稀疏性问题 | 单细胞转录组和表观基因组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, DNA甲基化 | 非负矩阵分解 | 转录组数据, 表观基因组数据 | 13个来自不同组织和生物的单细胞多组学数据集 |
| 23433 | 2024-08-08 |
Accurate and fast cell marker gene identification with COSG
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab579
PMID:35048116
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于余弦相似度的标记基因识别方法COSG，用于单细胞测序数据的细胞分类 | COSG方法在标记基因识别方面具有更高的准确性和可扩展性，适用于大规模数据集 | NA | 开发一种更准确和高效的标记基因识别方法 | 单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 余弦相似度 | 测序数据 | 百万级细胞 |
| 23434 | 2024-08-08 |
A universal approach for integrating super large-scale single-cell transcriptomes by exploring gene rankings
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab573
PMID:35048121
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研究论文 | 本文介绍了一种名为iSEEEK的通用方法，用于通过探索高表达基因的表达排名来整合超大规模的单细胞表达数据 | iSEEEK方法能够有效地整合超大规模的单细胞表达数据，并在新数据集上应用其从大规模数据中学到的知识 | NA | 开发一种能够整合超大规模单细胞表达数据的通用方法，并验证其在不同数据集上的有效性 | 超大规模的单细胞表达数据 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 表达数据 | 1190万单细胞 |
| 23435 | 2024-08-08 |
Comprehensive evaluation of noise reduction methods for single-cell RNA sequencing data
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab565
PMID:35048125
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研究论文 | 本研究评估了28种单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降噪方法在55种不同场景下的性能 | 提供了选择合适降噪程序的综合指南，并指出了该领域未解决的问题 | 特别强调了评估不可察觉的细胞类型混合批次校正的指标开发的迫切需求 | 评估不同场景下scRNA-seq数据降噪方法的性能 | 28种scRNA-seq数据降噪方法在55种场景下的性能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 数据 | 使用模拟和真实数据集进行评估 |
| 23436 | 2024-08-08 |
Single-cell immune profiling reveals functional diversity of T cells in tuberculous pleural effusion
2022-03-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20211777
PMID:35061012
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学和T细胞受体测序技术，分析了结核性胸腔积液患者胸腔积液和外周血中的单核细胞群，揭示了结核性胸腔积液中T细胞免疫的功能多样性 | 首次详细描述了结核性胸腔积液中局部T细胞免疫的景观，特别是CD8和CD4 T细胞亚群的特定效应功能 | 研究样本仅限于结核性胸腔积液患者，可能限制了结果的普遍性 | 揭示结核性胸腔积液中局部T细胞免疫的功能多样性 | 结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血中的单核细胞群 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞转录组学和T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血样本 |
| 23437 | 2024-08-08 |
Targeting PI3Kγ/AKT Pathway Remodels LC3-Associated Phagocytosis Induced Immunosuppression After Radiofrequency Ablation
2022-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202102182
PMID:35037422
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研究论文 | 研究通过阻断PI3Kγ/AKT通路，探讨其对放射频率消融后残留肿瘤中LC3相关吞噬作用诱导的免疫抑制的影响 | 发现阻断PI3Kγ/AKT通路能增强PD-1阻断剂的抗肿瘤活性，抑制残留肿瘤的生长并提高生存率 | NA | 探讨LC3与巨噬细胞之间的机制，并寻找增强残留肿瘤免疫治疗的方法 | 放射频率消融后的残留肿瘤及其中的巨噬细胞 | NA | 肿瘤 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 在小鼠模型和患者中进行研究 |
| 23438 | 2024-08-08 |
A single-cell RNA-seq analysis of Brachyury-expressing cell clusters suggests a morphogenesis-associated signal center of oral ectoderm in sea urchin embryos
2022-03, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2022.01.005
PMID:35038441
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了海胆胚胎中表达Brachyury的细胞集群，揭示了口腔外胚层在形态发生中的信号中心作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了海胆胚胎中Brachyury表达细胞在体计划形成中的重要作用 | 细胞和分子机制如何使Brachyury在这些过程中发挥作用仍有待未来研究阐明 | 探讨Brachyury表达细胞在海胆胚胎形态发生和腹侧组织者身份中的作用 | 海胆胚胎中的Brachyury表达细胞集群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 早期紫红刺海胆胚胎的22个细胞集群 |
| 23439 | 2024-08-08 |
dCITI-Seq: droplet combinational indexed transposon insertion sequencing
2022-Mar, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-022-03902-1
PMID:35043260
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research paper | 本文介绍了一种名为dCITI-Seq的新型测序方法，通过直接插入含索引的适配器进行样本索引 | dCITI-Seq通过稳健的液滴配对和合并平台实现了两组已知条形码适配器的随机组合和大规模并行转座，扩大了索引容量并减少了索引串扰 | NA | 开发一种新型的高通量并行测序方法，以应对大规模条形码和测序文库构建的新挑战 | 新型测序技术dCITI-Seq的开发与应用 | 高通量测序 | NA | 转座子插入测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 23440 | 2024-08-08 |
Human Nasal Epithelial Cells Sustain Persistent SARS-CoV-2 Infection In Vitro, despite Eliciting a Prolonged Antiviral Response
2022-02-22, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03436-21
PMID:35038898
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研究论文 | 本研究使用人鼻上皮细胞模型探讨了SARS-CoV-2感染的长期动态，发现尽管细胞表现出长期的抗病毒反应，但仍能维持持续的病毒感染。 | 研究揭示了SARS-CoV-2在鼻上皮细胞中的持续感染机制，以及细胞内抗病毒反应的特征。 | 研究主要集中在体外模型，可能与体内实际情况存在差异。 | 探讨SARS-CoV-2在COVID-19患者中的长期感染动态及其机制。 | 人鼻上皮细胞（NEC）及其对SARS-CoV-2的长期感染反应。 | NA | COVID-19 | 单细胞转录组测序（sc-seq） | NA | 转录组数据 | 研究涉及不同时间点的鼻上皮细胞样本，包括3天和28天感染后。 |