单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23301	2024-08-09	Experimental design for single-cell RNA sequencing 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elx035 PMID:29126257	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验设计的一般考虑因素和两种最流行的方法	scRNA-seq技术为细胞系统的异质性表征开辟了新途径	scRNA-seq是一项相对较新的技术，领域正在快速发展	探讨单细胞RNA测序实验设计的考虑因素和方法	单细胞RNA测序技术	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	NA
23302	2024-08-09	Tumour heterogeneity and resistance to cancer therapies 2018-02, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/nrclinonc.2017.166 PMID:29115304	综述	本文综述了肿瘤异质性及其对癌症治疗抵抗性的影响	探讨了多区域测序、单细胞测序、尸检样本分析和液体活检样本的纵向分析等新兴技术在解析癌症复杂克隆结构中的潜力	NA	探讨肿瘤异质性的驱动因素及其对开发有效个性化治疗的影响	肿瘤异质性及其对癌症治疗的影响	NA	癌症	多区域测序, 单细胞测序, 尸检样本分析, 液体活检样本的纵向分析	NA	NA	NA
23303	2024-08-09	Spatial Transcriptomics: Constructing a Single-Cell Resolution Transcriptome-Wide Expression Atlas 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7213-5_7 PMID:29130193	研究论文	本文描述了一种结合原位杂交（ISH）和单细胞mRNA测序（scRNAseq）的方法，旨在构建一个具有单细胞分辨率的基因表达图谱。	该方法通过一系列ISH实验和图像配准及基因表达平均化处理，实现了对感兴趣的动物或组织的高分辨率和中覆盖度的基因表达图谱的构建。	NA	构建一个具有单细胞分辨率的基因表达图谱。	动物或组织的基因表达。	数字病理学	NA	原位杂交（ISH），单细胞mRNA测序（scRNAseq）	NA	图像，基因表达数据	NA
23304	2024-08-09	The DNA Methyltransferase 1 (DNMT1) Controls the Shape and Dynamics of Migrating POA-Derived Interneurons Fated for the Murine Cerebral Cortex 2017-12-01, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhw341 PMID:29117290	研究论文	研究探讨了DNA甲基转移酶1（DNMT1）在调控由前脑区域POA衍生的GABA能中间神经元迁移形态和动态中的作用	首次揭示了DNMT1在维持迁移形态中的作用，并通过负调控Pak6影响神经突生成	研究主要集中在DNMT1的删除对迁移和成年皮质中间神经元数量的影响，可能需要进一步研究DNMT1在其他细胞类型或发育阶段的作用	识别调控中间神经元迁移过程的因素	由POA衍生的GABA能中间神经元	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及小鼠迁移GABA能POA衍生细胞
23305	2024-08-09	Single-cell transcriptomic analysis of oligodendrocyte lineage cells 2017-12, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2017.10.005 PMID:29126015	综述	本文综述了单细胞转录组学在揭示少突胶质细胞系细胞异质性方面的最新进展	提出少突胶质细胞及其前体细胞在中枢神经系统中具有不同的形态和区域功能差异，并涉及其他功能过程如与轴突的代谢耦合	NA	探讨少突胶质细胞系细胞的异质性及其与功能状态的关系	少突胶质细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
23306	2024-08-09	Simultaneous enumeration of cancer and immune cell types from bulk tumor gene expression data 2017-11-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.26476 PMID:29130882	研究论文	本文提出了一种高效算法，用于从大量肿瘤基因表达数据中同时估计癌症和免疫细胞类型的比例	该方法整合了来自肿瘤中主要非恶性细胞类型的新型基因表达谱，基于细胞类型特异性mRNA含量的重整化，并能够考虑未表征和可能高度可变的细胞类型	NA	提高从肿瘤基因表达数据中预测细胞绝对比例的准确性和范围	癌症和免疫细胞类型的比例	生物信息学	皮肤癌，结直肠癌	基因表达分析	算法	基因表达数据	人类黑色素瘤和结直肠肿瘤样本
23307	2024-08-09	Characteristics of allelic gene expression in human brain cells from single-cell RNA-seq data analysis 2017-Nov-10, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4261-x PMID:29126398	研究论文	本研究重新分析了先前发表的来自多个尸检人脑的单细胞RNA测序数据集，观察到个体细胞中普遍存在单等位基因表达，主要以随机方式进行	首次在单细胞和全基因组水平上研究人类脑细胞中的单等位基因表达，并发现许多脑细胞类型特异性的单等位基因表达基因	NA	探讨人类脑细胞中单等位基因表达的普遍性及其在细胞身份和神经多样性中的作用	人类脑细胞中的单等位基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个尸检人脑的单细胞RNA测序数据集
23308	2024-08-09	Coupling shRNA screens with single-cell RNA-seq identifies a dual role for mTOR in reprogramming-induced senescence 2017-10-15, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.297796.117 PMID:29138277	研究论文	本文通过结合shRNA筛选和单细胞RNA测序技术，研究了mTOR在重编程诱导的衰老中的双重作用	开发了一种创新方法，将单细胞RNA测序与shRNA筛选相结合，揭示了mTOR调控衰老的新机制	NA	识别重编程诱导衰老的调节因子，并研究mTOR在其中的作用机制	人类成纤维细胞中的重编程诱导衰老	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
23309	2024-08-09	Phylogenomic analysis of Balantidium ctenopharyngodoni (Ciliophora, Litostomatea) based on single-cell transcriptome sequencing 2017, Parasite (Paris, France) DOI:10.1051/parasite/2017043 PMID:29134943	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，对来自草鱼后肠的Balantidium ctenopharyngodoni进行了转录组数据分析，并基于超矩阵和SSU rDNA进行了系统发生分析	首次为Trichostomatia亚纲的Balantidium ctenopharyngodoni提供了omics数据，并为纤毛虫的系统发生分析及相关omics分析提供了良好的基础	NA	揭示六种纤毛虫类群（Colpodea、Oligohymenophorea、Litostomatea、Spirotrichea、Heterotrichea和Protocruziida）之间的进化关系	Balantidium ctenopharyngodoni的转录组数据	基因组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自草鱼后肠的Balantidium ctenopharyngodoni样本
23310	2024-08-09	Application of single-cell sequencing in human cancer 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elx036 PMID:29106464	综述	本文综述了单细胞测序技术在人类癌症研究中的应用，并讨论了该领域当前面临的挑战	单细胞测序技术能够揭示肿瘤内部的细胞异质性，有助于识别影响临床结果的关键分子特性	单细胞测序技术在实验室中的应用仍面临一些挑战，包括数据分析的复杂性和成本问题	探讨单细胞测序技术在精准医学中的应用，以提供基于个体分子表型的靶向治疗	人类癌症细胞的分子表型和异质性	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	细胞	大量细胞
23311	2024-08-09	TH2 cell development and function 2018-02, Nature reviews. Immunology DOI:10.1038/nri.2017.118 PMID:29082915	综述	本文综述了T辅助2细胞（T2细胞）在调节保护性2型免疫反应中的作用及其在慢性炎症疾病中的影响	介绍了单细胞转录组学和单细胞蛋白质组学等新技术在研究T细胞多样性和疾病相关异质性中的应用	NA	探讨T2细胞的分化机制及其在哮喘和过敏治疗中的潜在应用	T2细胞及其在免疫反应中的作用	免疫学	哮喘	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
23312	2024-08-09	Constructing cell lineages from single-cell transcriptomes 2018-02, Molecular aspects of medicine IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.mam.2017.10.004 PMID:29107741	研究论文	本文比较和对比了现有的计算方法，并展示了如何应用这些方法从大规模并行RNA单细胞测序数据中构建小鼠髓系祖细胞谱系	本文开发了计算算法来推断细胞类型之间的谱系关系，并构建沿着细胞重新排序的发展轨迹，以最大化连续细胞对之间的相似性	NA	揭示细胞分化过程中存在的细胞异质性水平，并构建细胞谱系	小鼠髓系祖细胞的谱系关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	计算算法	转录组数据	大规模并行RNA单细胞测序数据
23313	2024-08-09	IRF3 and type I interferons fuel a fatal response to myocardial infarction 2017-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/nm.4428 PMID:29106401	研究论文	研究揭示了心肌梗死（MI）中IRF3和I型干扰素通过激活炎症反应导致致命后果的机制	首次展示了心肌梗死后，缺血细胞死亡和细胞碎片被巨噬细胞摄取激活IRF3和I型干扰素产生的过程，并发现这一机制在心肌梗死后的炎症反应中起关键作用	研究主要在老鼠模型上进行，需要进一步在人类中验证这些发现	探讨心肌梗死后的炎症反应机制及其潜在的治疗靶点	心肌梗死后的炎症反应及其分子驱动因素	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	4215个从梗死和非梗死心脏分离的白细胞
23314	2024-08-09	Raman-Activated Droplet Sorting (RADS) for Label-Free High-Throughput Screening of Microalgal Single-Cells 2017-11-21, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.7b03884 PMID:29099582	研究论文	本文介绍了一种集成化的拉曼激活液滴分选（RADS）微流控系统，用于无标记和高通量地筛选活细胞	该系统通过使用AXT合成的工业微藻Haematococcus pluvialis作为模型，实现了比现有RACS系统更高的吞吐量，并保持了细胞的活力	NA	开发一种无标记和高通量的活细胞筛选方法	工业微藻Haematococcus pluvialis的单细胞	微流控技术	NA	拉曼微光谱分析	NA	细胞	混合了不同AXT水平的Haematococcus pluvialis细胞
23315	2024-08-09	Transcriptomes of major renal collecting duct cell types in mouse identified by single-cell RNA-seq 2017-11-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1710964114 PMID:29089413	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定了小鼠肾脏集合管主要细胞类型的完整转录组	首次通过单细胞RNA测序技术，鉴定了小鼠肾脏集合管中A型和B型插入细胞以及主细胞的完整转录组，并创建了一个可自由访问的在线基因表达数据库	NA	旨在鉴定小鼠肾脏集合管主要细胞类型的完整转录组，并理解其在生理调节和病理生理学中的作用	小鼠肾脏集合管中的插入细胞和主细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及A型插入细胞、B型插入细胞和主细胞的丰富群体
23316	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals a signature of sexual commitment in malaria parasites 2017-11-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24280 PMID:29094698	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，揭示了疟原虫在性分化过程中的转录变化特征	首次通过单细胞RNA测序技术，分析了AP2-G调控的性分化相关基因表达变化	研究仅限于特定的AP2-G敲降株系和NF54野生型疟原虫，可能不适用于所有疟原虫株系	探究疟原虫性分化过程中的转录调控机制	疟原虫的性分化过程及其相关基因表达	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	转录组	超过18,000个单个疟原虫转录组
23317	2024-08-09	Inferring Relevant Cell Types for Complex Traits by Using Single-Cell Gene Expression 2017-Nov-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2017.09.009 PMID:29106824	研究论文	本文介绍了一种名为RolyPoly的回归型多基因模型，用于从全基因组关联研究（GWAS）汇总统计数据和基因表达数据中优先考虑与复杂性状相关的细胞类型和基因	RolyPoly模型能够利用来自批量组织或单细胞RNA测序的表达数据，为理解常见变异对复杂性状贡献细胞类型的影响提供了一个强大的框架	以往研究受限于难以表征或稀有细胞群体的功能注释缺乏，导致细胞分辨率受限	解决单细胞RNA测序与感兴趣表型之间联系的不足	复杂性状相关的细胞类型和基因	基因组学	阿尔茨海默病，精神分裂症	单细胞RNA测序（RNA-seq）	回归模型	基因表达数据	NA
23318	2024-08-09	Combating subclonal evolution of resistant cancer phenotypes 2017-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01174-3 PMID:29093439	研究论文	本研究追踪了四种乳腺癌在多年治疗过程中的遗传和表型亚克隆进化，以更好地理解乳腺癌如何变得耐药	通过批量和单细胞RNA测序揭示了治疗后恶性表型的获得，包括增强的间质和生长因子信号传导，这可能促进耐药性，以及减少的抗原呈递和TNF-α信号传导，这可能使免疫系统逃避	研究仅追踪了四种乳腺癌样本，可能无法完全代表所有乳腺癌的耐药性进化情况	理解乳腺癌如何通过亚克隆进化变得耐药，并探索针对性的治疗策略	乳腺癌的遗传和表型亚克隆进化	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA	四种乳腺癌样本
23319	2024-08-09	The trajectory of microbial single-cell sequencing 2017-Oct-31, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4469 PMID:29088131	综述	本文综述了过去十年中微生物单细胞测序技术的发展及其在微生物群落研究中的应用	强调了单细胞基因组学相对于宏基因组学的新优势，并展示了其在细菌和古菌生命基因组树中的新发现	NA	探讨单细胞基因组测序的技术方面和挑战，并讨论其启发的科学研究	微生物单细胞的基因组	基因组学	NA	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	从深海热液喷口到昆虫肠道等各种环境样本中的单个微生物细胞
23320	2024-08-09	A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer 2017-Oct-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.10.015 PMID:29091754	研究论文	本文通过筛选三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型（PDXs），识别出对EGFR抑制剂吉非替尼有反应的亚群，并利用单细胞RNA测序深入分析了这些细胞的生物学特征	发现EGFR表达升高的间质/干细胞样细胞簇在响应EGFR抑制剂的亚群中显著富集，并揭示了EGFR依赖的肿瘤扩展和状态转换机制	NA	研究EGFR依赖的肿瘤启动程序在乳腺癌中的作用及其对治疗反应的影响	三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型中的EGFR表达亚群	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	3,500个细胞