单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23281	2024-08-09	Transcriptional Noise and Somatic Mutations in the Aging Pancreas 2017-12-05, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2017.11.009 PMID:29211979	研究论文	研究探讨了胰腺β细胞异质性的潜在机制及其功能意义	通过单细胞RNA测序技术揭示了随着年龄增长，胰腺细胞转录噪声增加和体细胞突变积累的现象	NA	探讨胰腺β细胞异质性的机制及其功能意义	人类胰腺细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
23282	2024-08-09	High-Resolution Single-Cell Sequencing of Malaria Parasites 2017-12-01, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evx256 PMID:29220419	研究论文	本文介绍了一种高分辨率的单细胞测序方法，用于分析恶性疟原虫的多重感染	通过荧光激活细胞分选和全基因组测序，实现了对恶性疟原虫基因组的高效、近完整捕获	NA	旨在理解恶性疟原虫感染的复杂性	恶性疟原虫的单细胞基因组	基因组学	疟疾	单细胞测序	NA	基因组数据	48个单细胞基因组
23283	2024-08-09	Comparative analysis of single-cell RNA sequencing data from mouse spermatogonial and mesenchymal stem cells to identify differentially expressed genes and transcriptional regulators of germline cells 2018-07, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.26303 PMID:29194616	研究论文	本研究通过比较单细胞RNA测序数据，分析了小鼠精原干细胞和间充质干细胞中差异表达基因及调控生殖细胞转录的因子	本研究首次鉴定了1,584个上调的差异表达基因，并识别了12个基础转录因子和3个序列特异性转录因子，以及两个重要的蛋白质相互作用网络中的蛋白质复合物	NA	揭示精原干细胞生物学的分子机制，并为细胞类型转换方法和生殖细胞的生产提供候选因子	小鼠精原干细胞和间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	12个精原干细胞和16个间充质干细胞
23284	2024-08-09	Cross-platform single cell analysis of kidney development shows stromal cells express Gdnf 2018-02-01, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2017.11.006 PMID:29183737	研究论文	本研究使用三种独立平台（Drop-Seq、Chromium 10x Genomics和Fluidigm C1）进行单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析，研究E14.5小鼠肾脏发育过程中的细胞群体和分子机制	通过一种新的整合监督计算策略，成功地协调和比较了所有三种技术平台的细胞谱，并意外发现间质细胞表达GDNF，这推翻了之前认为的只有肾小管祖细胞是GDNF唯一来源的观点	使用无监督方法ICGS未能识别和确认16种不同细胞群体的存在	研究肾脏发育过程中的细胞群体和分子机制	E14.5小鼠肾脏的单细胞RNA测序分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	E14.5小鼠肾脏样本
23285	2024-08-09	Transcriptional Regulation and Genes Involved in First Lineage Specification During Preimplantation Development 2018, Advances in anatomy, embryology, and cell biology DOI:10.1007/978-3-319-63187-5_4 PMID:29177763	review	本文综述了哺乳动物植入前发育过程中第一谱系指定相关的转录调控机制和关键基因	强调了通过基因组操作、活体成像、单细胞转录组学和功能缺失研究获得的最新见解	NA	探讨哺乳动物植入前发育中第一谱系指定的转录调控和相关基因	转录因子如Oct4、Sox2、Nanog、Cdx2和Eomes在细胞谱系指定中的作用	NA	NA	基因组操作、活体成像、单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
23286	2024-08-09	Synaptic and peptidergic connectome of a neurosecretory center in the annelid brain 2017-12-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.26349 PMID:29199953	研究论文	本研究利用透射电子显微镜和基因表达图谱分析了海洋环节动物幼体脑中神经分泌中心的突触和肽能连接组	首次重建了78个神经分泌神经元，并绘制了它们在脑中的突触连接，揭示了神经分泌中心内广泛的肽能信号网络及其与突触脑的连接	NA	理解动物脑中神经分泌中心的功能	神经分泌中心的细胞类型、突触和肽能网络	神经科学	NA	透射电子显微镜、基因表达图谱	NA	单细胞转录组数据	78个神经分泌神经元
23287	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of avian neural crest migration reveals signatures of invasion and molecular transitions 2017-12-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.28415 PMID:29199959	研究论文	本文首次对鸡胚中颅神经嵴细胞迁移的三个进展阶段进行了单细胞转录组分析，并确定了细胞位置与时间特异性转录特征之间的层次关系	发现了神经嵴细胞中最具侵袭性的Trailblazer细胞的新转录特征，并揭示了神经嵴细胞迁移流中的分子多样性和动态变化	基因敲降实验显示对总迁移距离的影响较小，且在体内表达分析中发现了某些盐和胡椒模式	探究神经嵴细胞如何在胚胎中以定向和集体的方式迁移	鸡胚中的颅神经嵴细胞	分子生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	约900个基因
23288	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq analysis reveals dynamic trajectories during mouse liver development 2017-Dec-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4342-x PMID:29202695	研究论文	本研究利用无标记单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肝脏发育过程中胎儿肝脏干细胞/祖细胞（LSPCs）的转录组动态变化	采用无标记单细胞RNA测序技术，揭示了LSPCs在发育过程中的动态轨迹，并提供了新的生物标志物评估和预测方法	NA	探究小鼠肝脏发育过程中LSPCs的分化和成熟轨迹	小鼠肝脏发育过程中的LSPCs	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	507个细胞从胚胎第11.5天到出生后第2.5天的七个阶段随机选择，以及52个出生后第3.25天的小鼠肝脏Epcam阳性胆管细胞
23289	2024-08-09	Multimodal profiling of single-cell morphology, electrophysiology, and gene expression using Patch-seq 2017-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2017.120 PMID:29189773	研究论文	本文介绍了Patch-seq技术，该技术结合了全细胞膜片钳记录、免疫组织化学和单细胞RNA测序，用于全面分析小鼠脑切片中单个神经元的形态学、电生理学和基因表达特征	Patch-seq技术首次实现了对单个神经元的多模态分析，包括形态学、电生理学和基因表达	该技术需要熟练的电生理学家、分子生物学家和生物统计学家的共同努力，且整个过程需要约两周时间	探索神经元之间多维表型变异性的相关性，并在单细胞水平上关联基因表达与表型	小鼠脑切片中的单个神经元	NA	NA	Patch-seq, 全细胞膜片钳记录, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序	NA	形态学数据, 电生理数据, 转录组数据	单个神经元
23290	2024-08-09	Inference of differentiation time for single cell transcriptomes using cell population reference data 2017-11-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01860-2 PMID:29187729	研究论文	本文开发了一个名为“iCpSc”的软件包，用于整合细胞群体RNA测序（cpRNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以推断单细胞转录组的生物学分化时间	通过使用匹配的细胞群体数据作为参考，本文提出了一种无偏倚的方法来关联细胞周期检查点与单细胞内部分子计时器，并预测了M期在调控小鼠胚胎干细胞神经分化速度中的作用	NA	研究单细胞RNA测序数据中的细胞分化时间及其调控机制	小鼠胚胎干细胞的神经分化过程	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	计算模型	RNA测序数据	未具体说明
23291	2024-08-09	Genome-wide segregation of single nucleotide and structural variants into single cancer cells 2017-Nov-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4286-1 PMID:29178827	研究论文	本文介绍了一种新的微流控扩增子策略，用于在单个癌细胞中全面检测单核苷酸和结构变异	该方法通过检测结构变异断点序列而非相对读取深度来推断拷贝数变化，能够重建恶性肿瘤的克隆结构和突变历史	目前的单细胞测序策略在检测所有类型的单核苷酸和结构变异方面能力不足	开发一种能够在单个癌细胞中高效检测所有类别和大小的基因组变异的新方法	单个癌细胞中的单核苷酸和结构变异	数字病理学	白血病	微流控扩增子	NA	基因组数据	来自一名白血病患者的细胞
23292	2024-08-09	[The future of forensic DNA analysis for criminal justice] 2017-Nov, Medecine sciences : M/S DOI:10.1051/medsci/20173311014 PMID:29200395	综述	本文综述了法医DNA分析技术在刑事司法中的应用及其未来发展	介绍了高通量测序和单细胞测序等新技术在法医DNA分析中的应用	传统技术在解释复杂DNA样本（如降解DNA和混合DNA）时存在困难	强调新技术在法医DNA分析中的强大功能，并确保符合现有法国立法	法医DNA分析技术及其在刑事司法中的应用	NA	NA	高通量测序、单细胞测序	NA	DNA	约20个DNA微卫星
23293	2024-08-09	Progress and challenges of sequencing and analyzing circulating tumor cells 2018-10, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-017-9418-5 PMID:29168077	综述	本文综述了循环肿瘤细胞（CTCs）的测序和分析进展及其在临床中的应用	利用下一代测序（NGS）和单细胞测序（SCS）技术，科学家能够获取CTC的完整基因组，并与相应的原发和转移肿瘤进行比较	CTC的基因组和转录组测序相比癌症活检和循环肿瘤DNA测序更为复杂和技术上更具挑战性，包括从白细胞背景中纯化肿瘤细胞、无损收集细胞、获取无偏差的基因组和转录组扩增材料以及准确分析CTC测序数据	探讨CTC测序的生物学和潜在临床应用，以及未来的挑战和展望	循环肿瘤细胞（CTCs）的基因组和转录组	数字病理学	NA	下一代测序（NGS）、单细胞测序（SCS）	NA	基因组、转录组	NA
23294	2024-08-09	CRISPR/Cas9 library screening for drug target discovery 2018-Feb, Journal of human genetics IF:2.6Q2 DOI:10.1038/s10038-017-0376-9 PMID:29158600	综述	本文综述了基于CRISPR/Cas9的工具在药物靶点发现中的应用	介绍了CRISPRa和CRISPRi在功能获得和功能丧失筛选中的优势，以及负选择在合成致死相互作用中的应用	NA	探讨CRISPR/Cas9技术在药物靶点发现中的应用和未来发展方向	CRISPR/Cas9库在药物靶点发现中的应用	基因编辑	NA	CRISPR/Cas9	NA	NA	NA
23295	2024-08-09	Unsupervised Trajectory Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Imaging Data Reveals Alternative Tuft Cell Origins in the Gut 2018-01-24, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2017.10.012 PMID:29153838	研究论文	本文介绍了一种无监督算法p-Creode，用于从单细胞数据中推断可重复的细胞状态发展过渡，并应用于多种数据类型以验证其在肠道特化细胞起源分析中的有效性	p-Creode算法能够从单细胞数据中生成多分支图，比较不同拓扑结构的图，并推断出统计上稳健的细胞状态过渡层次结构	NA	开发和验证一种新的计算工具，用于从单细胞数据中推断细胞状态的发展过渡	肠道中的特化细胞，特别是肠绒毛细胞的起源	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	无监督算法	图像数据	NA
23296	2024-08-09	Gene expression: Single-cell RNA sequencing of collecting duct cells 2018-01, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/nrneph.2017.163 PMID:29151598	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23297	2024-08-09	Multi-region and single-cell sequencing reveal variable genomic heterogeneity in rectal cancer 2017-Nov-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-017-3777-4 PMID:29169336	研究论文	本文通过多区域全外显子测序和单细胞全基因组测序，研究了直肠癌肿瘤内部的基因组异质性	首次在单细胞水平上揭示了直肠癌的基因组异质性，并发现单细胞测序能够揭示批量测序中隐藏的突变和体细胞拷贝数变异	研究样本仅限于两名直肠癌患者，可能无法全面代表所有直肠癌病例	研究直肠癌肿瘤内部的基因组异质性	两名具有相同分子分类的直肠癌患者的肿瘤	数字病理学	直肠癌	全外显子测序，单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	两名患者，共九个肿瘤区域和88个单细胞
23298	2024-08-09	Inferring gene regulatory networks from single-cell data: a mechanistic approach 2017-Nov-21, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-017-0487-0 PMID:29157246	研究论文	本文提出了一种基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的机械模型方法	本文提出的模型是内在随机的，不仅考虑了蛋白质水平，还考虑了mRNA水平，并且可以通过模块化实现各种生物化学假设，包括基因间的因果相互作用	直接的拟合过程在计算上是不可行的，需要通过适当的近似来推导出可行的过程	从单细胞数据中推断基因调控网络	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞转录组学	分段确定性马尔可夫过程	基因表达数据	多个简单的双基因网络模拟数据
23299	2024-08-09	Classifying Drosophila Olfactory Projection Neuron Subtypes by Single-Cell RNA Sequencing 2017-Nov-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.10.019 PMID:29149607	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，全面表征了果蝇嗅觉投射神经元（PNs）的大部分类别转录组，并将转录组明确映射到六个类别的特定嗅觉功能	发现了在电路组装期间，密切相关的PN类别之间转录组差异最大，而在成年果蝇中变得无法区分，表明神经元亚型多样性在发育期间达到峰值	NA	探究神经元类型与转录组之间的关系	果蝇嗅觉投射神经元（PNs）的转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及六个PN类别的转录组数据
23300	2024-08-09	New Developments in CRISPR/Cas-based Functional Genomics and their Implications for Research Using Zebrafish 2017, Current gene therapy IF:3.8Q2 DOI:10.2174/1566523217666171121164132 PMID:29173171	研究论文	本文介绍了基于CRISPR/Cas系统的功能基因组学在斑马鱼研究中的新进展及其应用	探讨了多种新技术如何提高斑马鱼基因组编辑的时间和空间精度，包括人工转录因子、药物诱导或光遗传驱动Cas9表达等	NA	提高基因组编辑的精确性和效率	斑马鱼	功能基因组学	NA	CRISPR/Cas9	NA	基因组数据	NA