单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23956 篇文献，本页显示第 23261 - 23280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23261 | 2024-08-09 |
Exploration of the Germline Genome of the Ciliate Chilodonella uncinata through Single-Cell Omics (Transcriptomics and Genomics)
2018-01-09, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.01836-17
PMID:29317511
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研究论文 | 本文通过单细胞组学技术探索纤毛虫奇洛登尼亚的生殖系基因组结构 | 首次使用单细胞转录组学和基因组学技术，克服了获取纯化生殖系DNA的困难，揭示了奇洛登尼亚生殖系基因组的结构特征 | 研究仅限于奇洛登尼亚这一种纤毛虫，且依赖于其高度碎片化的体细胞基因组 | 探索纤毛虫生殖系与体细胞基因组之间的基因组重排进化 | 纤毛虫奇洛登尼亚的生殖系基因组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学和基因组学 | NA | 基因组数据 | 有限数量的奇洛登尼亚样本 |
| 23262 | 2024-08-09 |
Variation in Activity State, Axonal Projection, and Position Define the Transcriptional Identity of Individual Neocortical Projection Neurons
2018-01-09, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2017.12.046
PMID:29320739
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研究论文 | 本文通过比较单层6皮质丘脑神经元在体感皮层的基因表达谱，揭示了转录子类型主要反映了轴突投射模式、皮质层位置和神经元活动状态 | 本文首次展示了轴突投射模式、皮质层位置和活动状态如何定义个体神经元的转录身份及其在每个神经元亚型中的转录异质性 | NA | 探讨细胞过程如何贡献于神经元亚型指定和转录异质性 | 单层6皮质丘脑神经元在体感皮层的基因表达 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1,023个细胞响应 |
| 23263 | 2024-08-09 |
Single-Cell Expression Profiling and Proteomics of Primordial Germ Cells, Spermatogonial Stem Cells, Adult Germ Stem Cells, and Oocytes
2018, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/5584_2017_117
PMID:29299873
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综述 | 本文综述了利用现代分子技术对不同类型的人类生殖细胞进行单细胞表达谱和蛋白质组学分析的研究进展 | 介绍了针对单细胞分析优化的现代分子技术，如单细胞荧光激活细胞分选（FACS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和微流控高通量实时定量PCR（qRT-PCR）等 | NA | 探讨和理解生殖细胞和干细胞的分子基础、细胞命运可塑性和决定机制 | 原始生殖细胞（PGCs）、精原干细胞（SSCs）、成人生殖干细胞（haGSCs）和卵母细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、微流控高通量实时定量PCR（qRT-PCR）、液相色谱-串联质谱（LC-MSMS） | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | NA |
| 23264 | 2024-08-09 |
visnormsc: A Graphical User Interface to Normalize Single-cell RNA Sequencing Data
2018-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-017-0277-9
PMID:29280088
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研究论文 | 本文介绍了一个名为 visnormsc 的图形用户界面，用于标准化单细胞 RNA 测序数据 | 提供了一个用户友好的替代方案，使得不具备 R 编程能力的生物学家也能轻松使用 | NA | 简化单细胞 RNA 测序数据的标准化过程 | 单细胞 RNA 测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23265 | 2024-08-09 |
Developmental Emergence of Adult Neural Stem Cells as Revealed by Single-Cell Transcriptional Profiling
2017-12-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2017.12.017
PMID:29281841
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析胚胎期小鼠大脑皮层，以揭示成年神经干细胞的起源和发展 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了成年神经干细胞从胚胎前体细胞到成年的转录身份维持过程 | NA | 探讨成年神经干细胞的起源和发展过程 | 胚胎期小鼠大脑皮层的细胞类型及其转录特征 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个发育时间点的胚胎小鼠大脑皮层样本 |
| 23266 | 2024-08-09 |
Clustering single cells: a review of approaches on high-and low-depth single-cell RNA-seq data
2018-07-01, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elx044
PMID:29236955
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综述 | 本文综述了在高深度和低深度单细胞RNA测序数据上进行细胞类型聚类的不同方法 | 研究发现，基于PCA的算法最适合低读取深度数据集，而基于基因聚类和双聚类算法在高通量数据集上表现更好 | 目前尚不清楚不同的计算细胞类型识别方法是否更适合于一种或另一种实验范式 | 探讨不同深度单细胞RNA测序数据的细胞类型聚类方法的适用性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA, 基因聚类, 双聚类 | RNA测序数据 | 大量单细胞 |
| 23267 | 2024-08-09 |
Human-specific subcellular compartmentalization of P-element induced wimpy testis-like (PIWIL) granules during germ cell development and spermatogenesis
2018-02-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/dex365
PMID:29237021
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研究论文 | 研究了人类胚胎发育和精子发生过程中P-element induced wimpy testis-like (PIWIL)蛋白在生殖细胞中的表达动态及其亚细胞定位 | 发现了PIWIL蛋白在人类生殖细胞中的表达模式与小鼠不同，特别是在女性卵母细胞中PIWIL1的免疫染色显示出单一的密集核周体 | 研究受限于样本数量有限，因此分析的阶段也有限 | 探讨PIWIL蛋白在人类胚胎发育和精子发生过程中的表达动态及其在生殖细胞中的亚细胞定位 | PIWIL1, PIWIL2, PIWIL3和PIWIL4蛋白在人类生殖细胞中的表达和定位 | NA | NA | 免疫荧光 | NA | 组织样本 | 8个男性胚胎样本，6个女性胚胎样本，5个成年男性睾丸样本，242个单细胞转录组数据 |
| 23268 | 2024-08-09 |
Clinical Applications of and Challenges in Single-Cell Analysis of Circulating Tumor Cells
2018-Feb, DNA and cell biology
IF:2.6Q2
DOI:10.1089/dna.2017.3981
PMID:29265876
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review | 本文综述了单细胞分析循环肿瘤细胞（CTCs）的技术原理及其在基础研究和临床应用中的进展与挑战 | 利用单细胞测序技术发现了癌症细胞群体的异质性、化疗耐药的新驱动突变及肿瘤转移机制等新发现 | 目前面临的挑战包括技术限制和临床应用中的问题 | 探讨单细胞分析CTCs在癌症管理中的应用及面临的挑战 | 循环肿瘤细胞（CTCs）及其分子层面的检测与分析 | digital pathology | NA | 下一代测序（NGS） | NA | 基因组、转录组和表观遗传数据 | NA |
| 23269 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq study determines the ontogeny of macrophages in glioblastomas
2017-Dec-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-017-1375-z
PMID:29262851
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研究论文 | 本文通过大规模单细胞RNA测序分析，揭示了胶质瘤相关巨噬细胞的发育过程及其在复杂肿瘤微环境中的新作用和新生物标志物 | 本文通过单细胞RNA测序技术，首次详细揭示了胶质瘤相关巨噬细胞的发育过程及其在肿瘤微环境中的新作用 | NA | 研究胶质瘤相关巨噬细胞的发育过程及其在肿瘤微环境中的作用 | 胶质瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 大规模样本 |
| 23270 | 2024-08-09 |
Integrated Bayesian analysis of rare exonic variants to identify risk genes for schizophrenia and neurodevelopmental disorders
2017-Dec-20, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-017-0497-y
PMID:29262854
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研究论文 | 本文通过集成贝叶斯分析罕见外显子变异，识别了精神分裂症和神经发育障碍的风险基因 | 本文扩展了用于自闭症研究的流程，并应用于推断精神分裂症和四种神经发育障碍的罕见遗传参数 | NA | 识别精神分裂症和神经发育障碍的风险基因 | 精神分裂症和神经发育障碍的风险基因 | 遗传学 | 神经发育障碍 | 贝叶斯建模 | 贝叶斯模型 | 全外显子序列数据 | 精神分裂症数据包括1,077个三联体家庭、6,699个病例和13,028个对照；四种神经发育障碍数据包括10,792个三联体家庭和4,058个病例和对照 |
| 23271 | 2024-08-09 |
[Study on the spatial expression of trophectoderm cells in human embryonic prenatal blastocysts]
2017-Dec-18, Beijing da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Peking University. Health sciences
PMID:29263466
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研究论文 | 本研究探讨了人类胚胎前卵泡期囊胚中滋养层细胞的空间表达 | 首次确定了从人类囊胚中分离出的极性和壁滋养层细胞的全局基因表达模式 | NA | 研究人类胚胎前卵泡期囊胚中滋养层细胞的空间表达 | 人类胚胎前卵泡期囊胚中的滋养层细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自辅助生殖技术的Gardner评分5AA囊胚，采集于受精后第6天 |
| 23272 | 2024-08-09 |
A Single-Cell RNA Sequencing Study Reveals Cellular and Molecular Dynamics of the Hippocampal Neurogenic Niche
2017-Dec-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2017.11.050
PMID:29241552
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究，揭示了海马神经发生微环境的细胞和分子动力学 | 本文通过单细胞RNA测序技术，全面描述了齿状回细胞，并识别了独特的细胞类型特异性标记，定义了神经干细胞（NSC）和前体细胞的发展阶段及转录动力学 | NA | 全面理解成年神经发生 | 神经干细胞（NSC）和前体细胞的发展阶段、分子决定因素以及微环境的细胞和分子组成 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 所有非神经细胞群体 |
| 23273 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals intrinsic and extrinsic regulatory heterogeneity in yeast responding to stress
2017-12, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.2004050
PMID:29240790
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了在盐胁迫下和无胁迫条件下，单个酿酒酵母细胞的转录异质性，并探讨了影响应激响应转录组的细胞协变量 | 本研究揭示了酵母细胞在应激前后的显著调控变异，并发现部分细胞在一定程度上解耦了核糖体蛋白基因表达与环境应激反应，这与细胞周期有关但与酵母超日代谢周期无关 | NA | 探究同源细胞群体中个体细胞在应激耐受性上的显著变异及其本质 | 酿酒酵母细胞在盐胁迫下的转录异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个酿酒酵母细胞 |
| 23274 | 2024-08-09 |
Medical bioinformatics in melanoma
2018-03, Current opinion in oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/CCO.0000000000000428
PMID:29227308
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综述 | 本文综述了下一代测序技术在黑色素瘤生物学、治疗抵抗和新治疗途径方面的应用 | 通过全基因组测序、全外显子测序和RNA测序重新定义了黑色素瘤的分子分类，揭示了定义临床亚型的独特遗传畸变，并揭示了个体肿瘤中存在的多样性异质性 | NA | 总结近期全基因组研究，探讨单细胞RNA测序研究以及个性化疫苗方法在黑色素瘤治疗中的应用 | 黑色素瘤的分子分类、遗传畸变、肿瘤异质性及治疗抵抗 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 下一代测序(NGS), 全基因组测序, 全外显子测序, RNA测序 | NA | 基因组数据, RNA数据 | 多个黑色素瘤亚型, 单细胞水平 |
| 23275 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-seq Reveals a Subpopulation of Prostate Cancer Cells with Enhanced Cell-Cycle-Related Transcription and Attenuated Androgen Response
2018-02-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-17-1924
PMID:29233929
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了144个经过或未经过雄激素处理的同步化LNCaP前列腺癌细胞的转录组，识别出八个潜在的LNCaP细胞亚群，揭示了前列腺癌细胞对雄激素刺激的先前未被重视的细胞异质性 | 本研究首次揭示了一个具有干细胞样特征的亚群，该亚群表现出较慢的细胞倍增率、增强的球体形成能力和对有丝分裂抑制剂诱导的G-M阻滞的抵抗性，以及对雄激素受体信号依赖性的降低 | NA | 研究前列腺癌中存在的少数细胞亚群，这些亚群在雄激素剥夺治疗后可能成为优势克隆 | LNCaP前列腺癌细胞的亚群及其对雄激素处理的响应 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 144个单细胞 |
| 23276 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals that cell division cycle 5-like protein is essential for porcine oocyte maturation
2018-02-02, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.M117.809608
PMID:29222335
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序研究了细胞分裂周期5-样蛋白（CDC5L）在猪卵母细胞成熟中的作用 | 首次揭示了CDC5L蛋白在猪卵母细胞减数分裂和早期胚胎发育中的潜在新作用 | NA | 探索BCB测试背后的分子机制，并研究CDC5L蛋白在猪卵母细胞成熟中的作用 | 猪卵母细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | BCB阴性和BCB阳性猪卵母细胞 |
| 23277 | 2024-08-09 |
SIDR: simultaneous isolation and parallel sequencing of genomic DNA and total RNA from single cells
2018-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.223263.117
PMID:29208629
|
研究论文 | 本文报道了一种名为SIDR的新方法，用于从单个细胞中同时分离基因组DNA和总RNA，该方法通过低渗裂解保留核膜完整性，并使用抗体偶联的磁性微珠捕获细胞裂解物，实现了高回收率和低交叉污染。 | SIDR方法能够同时高效地从单个细胞中分离基因组DNA和总RNA，适用于单细胞水平的基因组和转录组测序分析。 | 尽管SIDR-seq在捕获拷贝数和单核苷酸变异方面比传统的单细胞RNA测序更准确，但拷贝数变异与相应基因表达水平之间存在正相关关系。 | 开发一种新技术，用于在单细胞水平上同时分析基因组和转录组，以揭示基因组和转录组的变异及其相关性。 | 单个细胞中的基因组DNA和总RNA。 | 基因组学 | NA | 实时PCR | NA | 基因组和转录组数据 | 单个细胞 |
| 23278 | 2024-08-09 |
Spatial reconstruction of immune niches by combining photoactivatable reporters and scRNA-seq
2017-12-22, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aao4277
PMID:29217582
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研究论文 | 本文开发了一种名为NICHE-seq的方法，结合光激活荧光报告基因、双光子显微镜和单细胞RNA测序，用于推断细胞和分子组成的微环境 | NICHE-seq方法能够高度重现空间组织重建，识别特定微环境的稀有免疫亚群和基因程序 | NA | 阐明细胞类型及其分子途径的高阶空间组织 | 免疫细胞网络的高阶组装 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 图像 | 包括感染的B细胞滤泡中的自然杀伤细胞和脾脏及肿瘤中的不同骨髓状态 |
| 23279 | 2024-08-09 |
Estimation of immune cell content in tumour tissue using single-cell RNA-seq data
2017-12-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-017-02289-3
PMID:29230012
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研究论文 | 本文通过数学解卷积方法，利用肿瘤来源的单细胞RNA测序数据中的指示特异性和细胞类型特异的参考基因表达谱（RGEPs），深入分析了如何从批量基因表达数据中推导出实体肿瘤的细胞组成 | 本文证明了肿瘤来源的RGEPs对于成功解卷积至关重要，而外周血的RGEPs是不够的 | NA | 预测患者对免疫治疗的反应 | 实体肿瘤的免疫细胞组成 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23280 | 2024-08-09 |
scRNASeqDB: A Database for RNA-Seq Based Gene Expression Profiles in Human Single Cells
2017-Dec-05, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes8120368
PMID:29206167
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research paper | 本文介绍了scRNASeqDB数据库，该数据库收集并整理了几乎所有目前可用的人类单细胞转录组数据集，涵盖200种人类细胞系或细胞类型及13,440个样本 | scRNASeqDB是首个能够全面收集、整理和比较人类单细胞RNA测序数据表达特征的数据库 | NA | 构建一个全面的人类单细胞RNA测序数据表达特征数据库 | 人类单细胞转录组数据集 | natural language processing | NA | scRNA-Seq | NA | text | 涵盖200种人类细胞系或细胞类型及13,440个样本 |