单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23986 篇文献，本页显示第 23201 - 23220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23201 | 2024-08-09 |
Single-Cell Deconvolution of Fibroblast Heterogeneity in Mouse Pulmonary Fibrosis
2018-03-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.03.010
PMID:29590628
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，对小鼠肺纤维化中的成纤维细胞异质性进行了全面分类 | 首次通过单细胞RNA测序和机器学习方法，对正常和纤维化肺中的成纤维细胞进行了详细分类和分化轨迹描绘 | NA | 全面分类肺中的成纤维细胞群体，以增进对纤维化疾病机制的理解 | 小鼠肺中的成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 转录组 | 来自未受伤或博来霉素处理的小鼠肺的间充质制备 |
| 23202 | 2024-08-09 |
Comparison of EpCAMhighCD44+ cancer stem cells with EpCAMhighCD44- tumor cells in colon cancer by single-cell sequencing
2018, Cancer biology & therapy
IF:4.4Q2
DOI:10.1080/15384047.2018.1456605
PMID:29580161
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研究论文 | 本研究通过单细胞全基因组测序技术，比较了结肠癌中EpCAM高表达CD44阳性和阴性肿瘤细胞的体细胞拷贝数变异（SCNAs） | 首次在单细胞水平上比较了结肠癌中EpCAM高表达CD44阳性和阴性肿瘤干细胞的SCNAs，揭示了它们在SCNAs模式上的相似性和差异性 | 研究样本量较小，仅涉及两个原发性结肠肿瘤的47个合格单细胞 | 旨在确定单个肿瘤干细胞（EpCAM高表达CD44阳性）和分化肿瘤细胞（EpCAM高表达CD44阴性）在体细胞拷贝数变异方面的差异 | 结肠癌中的EpCAM高表达CD44阳性和阴性肿瘤细胞 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞全基因组测序（WGS） | NA | 基因组数据 | 47个合格单细胞 |
| 23203 | 2024-08-09 |
High-Throughput Single-Cell RNA Sequencing and Data Analysis
2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-7768-0_15
PMID:29605858
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研究论文 | 本文描述了一种定制的高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）协议，结合流式细胞术和纳米级机器人系统，并介绍了用于识别细胞亚群和推导分化轨迹的先进数据分析算法 | 提出了一种结合流式细胞术和纳米级机器人系统的高通量scRNA-seq协议，并开发了用于识别细胞亚群和推导分化轨迹的先进数据分析算法 | scRNA-seq由于需要放大少量内源性细胞RNA，导致数据集中存在大量技术噪声，需要特殊的数据过滤和分析 | 旨在通过单细胞分辨率理解生物系统，揭示传统群体技术无法发现的新见解 | 单细胞转录组测序技术及其数据分析算法 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | NA |
| 23204 | 2024-08-09 |
The impact of single-cell RNA sequencing on understanding the functional organization of the immune system
2018-07-01, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/ely003
PMID:29547972
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综述 | 本文讨论了单细胞RNA测序技术在免疫学中的影响和应用 | 单细胞转录组技术提供了免疫细胞转录状态的高维度评估，成功应用于发现新的免疫细胞类型、揭示造血谱系、识别调控免疫反应的基因模块以及研究淋巴细胞抗原受体多样性 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在理解免疫系统功能组织中的作用 | 免疫系统的功能多样性和免疫细胞的协调反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23205 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals the Transcriptional Landscape and Heterogeneity of Aortic Macrophages in Murine Atherosclerosis
2018-06-08, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.117.312509
PMID:29545365
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠动脉粥样硬化中主动脉巨噬细胞的转录组图谱和异质性 | 首次揭示了动脉粥样硬化中主动脉巨噬细胞和单核细胞衍生树突状细胞的转录组图谱和表型异质性，并识别了先前未被发现的新型巨噬细胞群体及其基因表达特征 | NA | 应用单细胞RNA测序技术，无偏倚地探究和分类动脉粥样硬化中单个细胞水平的主动脉巨噬细胞异质性 | 小鼠动脉粥样硬化中的主动脉CD45+细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从低密度脂蛋白受体缺陷（Ldlr-/-）小鼠的非病变（常规饮食）和动脉粥样硬化（11周高脂饮食）主动脉中提取的总主动脉CD45+细胞 |
| 23206 | 2024-08-09 |
Understanding Alzheimer Disease at the Interface between Genetics and Transcriptomics
2018-06, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2018.02.007
PMID:29573818
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研究论文 | 本文探讨了遗传学和转录组学在理解阿尔茨海默病（AD）中的作用 | 本文利用转录组学方法，包括二代和三代测序、单细胞测序和生物信息学，揭示了AD风险基因与表达谱之间的关联，并提供了支持AD病理生理途径的证据 | 由于遗传关联的功能后果难以确定，机制见解和疾病管理的改进仍然有限 | 旨在通过遗传学和转录组学的综合方法，深入理解阿尔茨海默病 | 阿尔茨海默病（AD）的遗传和转录组学特征 | 遗传学 | 阿尔茨海默病 | 二代和三代测序、单细胞测序、生物信息学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23207 | 2024-08-09 |
Identification of spatial expression trends in single-cell gene expression data
2018-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4634
PMID:29553578
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研究论文 | 本文介绍了一种名为trendsceek的计算分析方法，用于识别单细胞基因表达数据中的空间表达趋势 | trendsceek方法基于标记点过程，能够识别具有统计学意义的空间表达趋势基因 | NA | 开发一种计算分析策略，以处理单细胞分辨率的空间基因表达数据 | 单细胞基因表达数据中的空间表达趋势 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学和顺序荧光原位杂交技术 | 标记点过程 | 单细胞RNA-seq数据 | NA |
| 23208 | 2024-08-09 |
The use of single-cell RNA-Seq to understand virus-host interactions
2018-04, Current opinion in virology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.coviro.2018.03.001
PMID:29558678
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术探讨病毒与宿主细胞的相互作用 | 通过单细胞转录组分析揭示病毒感染下的细胞异质性 | NA | 理解病毒与宿主细胞的相互作用 | 病毒感染下的细胞异质性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23209 | 2024-08-09 |
BEARscc determines robustness of single-cell clusters using simulated technical replicates
2018-03-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-03608-y
PMID:29567991
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BEARscc的工具，该工具利用RNA spike-in控制模拟实验特定的技术重复，以评估单细胞聚类对技术变异的鲁棒性 | BEARscc工具通过模拟实验特定的技术重复，提高了单细胞RNA测序实验中细胞的无监督分类和生物学解释 | NA | 开发一种工具以评估单细胞RNA测序中聚类对技术变异的鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 文本 | NA |
| 23210 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics reveals a new dynamical function of transcription factors during embryonic hematopoiesis
2018-03-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.29312
PMID:29555020
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组技术，探讨了调控小鼠胚胎内皮细胞向造血干细胞和祖细胞转化的基因调控网络 | 发现一组转录因子在表达内皮和造血标记的中间群体中特异性共表达，并揭示了其中一些因子在胚胎造血过程中的动态功能转换 | NA | 研究基因调控网络在胚胎造血过程中的作用 | 小鼠胚胎内皮细胞向造血干细胞和祖细胞的转化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 23211 | 2024-08-09 |
BALDR: a computational pipeline for paired heavy and light chain immunoglobulin reconstruction in single-cell RNA-seq data
2018-03-20, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-018-0528-3
PMID:29558968
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BALDR的生物信息学管道，用于从Illumina单细胞RNA测序数据中准确重建配对的重链和轻链免疫球蛋白基因序列 | BALDR能够准确识别人类和猕猴流感疫苗及猿猴免疫缺陷病毒疫苗诱导的浆细胞和幼稚及抗原特异性记忆B细胞的克隆型 | NA | 开发一种生物信息学工具，用于从单细胞RNA测序数据中重建免疫球蛋白基因序列 | 人类和猕猴的B细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及人类和猕猴的B细胞 |
| 23212 | 2024-08-09 |
Dynamics of chromatin marks and the role of JMJD3 during pancreatic endocrine cell fate commitment
2018-03-20, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.163162
PMID:29559448
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研究论文 | 研究探讨了胰腺内分泌细胞命运转变过程中染色质标记的动态变化及JMJD3的作用 | 发现了Ngn3高表达细胞中H3K27me3的去除与关键转录因子的激活及增强子的建立有关 | 单细胞RNA测序显示JMJD3的删除并未影响Ngn3高表达细胞的转录组和发育路径 | 揭示胰腺内分泌细胞命运转变的染色质调控机制 | 胰腺前体细胞及Ngn3表达水平不同的细胞 | NA | NA | 表观基因组分析, 转录组分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 23213 | 2024-08-09 |
Multiplexed imaging of high-density libraries of RNAs with MERFISH and expansion microscopy
2018-03-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-22297-7
PMID:29555914
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研究论文 | 本文介绍了一种结合多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）和扩展显微镜技术的方法，以显著提高可测量RNA的总密度 | 该方法通过结合MERFISH和扩展显微镜技术，实现了对高丰度RNA的高密度测量，检测效率接近100% | 目前该方法主要受限于单个RNA分子空间分离信号的准确性，对大量高丰度RNA的多重成像仍具挑战性 | 提高RNA测量的总密度，并扩展MERFISH在生物学问题中的应用 | 高密度RNA库中的RNA种类识别、计数和定位 | 数字病理学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH） | NA | 图像 | 约130种RNA的库，其中包含许多高丰度RNA |
| 23214 | 2024-08-09 |
Integrative single-cell omics analyses reveal epigenetic heterogeneity in mouse embryonic stem cells
2018-03, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006034
PMID:29561833
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研究论文 | 本文通过计算流程分析单细胞甲基组并整合单细胞转录组数据，揭示了小鼠胚胎干细胞中的表观遗传异质性 | 开发了一种新工具来探索单细胞甲基组和转录组，以揭示与胚胎干细胞表观遗传异质性相关的转录调控网络 | NA | 理解胚胎干细胞中表观遗传机制的异质性 | 小鼠胚胎干细胞的表观遗传异质性 | 表观遗传学 | NA | 单细胞甲基组分析 | beta混合模型 | DNA甲基化数据 | NA |
| 23215 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Regulators of Neuronal Migration and Maturation During Brain Development
2018, Journal of experimental neuroscience
DOI:10.1177/1179069518760783
PMID:29551912
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了大脑发育过程中神经迁移和成熟的调控因子 | 发现了DNMT1通过转录调控促进迁移后细胞的神经突复杂性，并首次报道了CCDC184基因在有丝分裂后中间神经元中的高表达及其与细胞粘附相关基因的正相关性 | 研究主要集中在单细胞转录组分析，未涉及更广泛的细胞和分子机制研究 | 探究大脑发育过程中γ-氨基丁酸表达的皮层中间神经元的迁移和成熟的调控机制 | 大脑发育过程中的神经迁移和成熟 | 数字病理学 | 精神疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及多种中间神经元的单细胞样本 |
| 23216 | 2024-08-09 |
Recent advances in lineage differentiation from stem cells: hurdles and opportunities?
2018, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.12596.1
PMID:29552337
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research paper | 本文综述了干细胞谱系分化的最新进展，探讨了面临的挑战和机遇 | 利用单细胞转录组学和基因调控网络的计算模型来更好地理解谱系承诺，并推动现代基因编辑方法的发展 | 生成与天然细胞相似的成熟分化细胞仍然具有挑战性 | 探讨干细胞谱系分化的进展及其在人类发育、疾病建模和再生医学中的应用潜力 | 干细胞的谱系分化及其在医学领域的应用 | NA | NA | 单细胞转录组学、基因编辑 | 基因调控网络的计算模型 | 基因表达数据 | NA |
| 23217 | 2024-08-09 |
Placing RNA in context and space - methods for spatially resolved transcriptomics
2019-04, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.14435
PMID:29542254
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综述 | 本文综述了空间分辨转录组学的方法，特别是原位RNA分析技术及其最新进展 | 介绍了更全面和高度多重化的空间分辨转录组学方法的最新发展 | 讨论了这些方法的局限性和挑战 | 旨在更好地理解多细胞生物的细胞和组织功能，需要在其生理、形态和解剖背景和空间中绘制细胞图谱 | 多细胞生物的细胞和组织功能 | NA | NA | 原位RNA分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23218 | 2024-08-09 |
Bone marrow PDGFRα+Sca-1+-enriched mesenchymal stem cells support survival of and antibody production by plasma cells in vitro through IL-6
2018-05-24, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxy018
PMID:29529192
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研究论文 | 研究骨髓中的PDGFRα+Sca-1+富集间充质干细胞如何通过IL-6支持浆细胞的体外存活和抗体产生 | 首次展示了骨髓中的PDGFRα+Sca-1+富集间充质干细胞通过IL-6支持浆细胞的体外存活和抗体产生 | 尚未完全阐明支持浆细胞存活和抗体产生的完整分子机制 | 探究骨髓中的间充质干细胞如何支持浆细胞的存活和抗体产生 | 骨髓中的PDGFRα+Sca-1+富集间充质干细胞和浆细胞 | 免疫学 | NA | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多个具有不同基因表达谱的细胞群 |
| 23219 | 2024-08-09 |
Alignment of single-cell trajectories to compare cellular expression dynamics
2018-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4628
PMID:29529018
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研究论文 | 本文介绍了一种名为cellAlign的定量框架，用于比较单细胞轨迹内的表达动力学 | cellAlign框架能够系统地描绘出在单细胞发育轨迹中基因表达程序的时间调控差异 | NA | 开发一种方法来比较单细胞轨迹中的表达动力学 | 单细胞RNA测序和高维细胞仪生成的动态生物过程轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠和人类胚胎发育轨迹的样本 |
| 23220 | 2024-08-09 |
A single-cell RNA-seq survey of the developmental landscape of the human prefrontal cortex
2018-03-22, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature25980
PMID:29539641
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了人类前额叶皮层在妊娠8至26周的发育情况，识别了35种子细胞类型，并追踪了这些细胞的发育轨迹 | 揭示了神经前体细胞的新标记基因和中间前体细胞的独特发育特征，并利用单细胞转录组数据分析揭示了调控神经元生成和电路形成的内在发育依赖信号 | NA | 深入了解人类前额叶皮层在早期和中期的发育过程，系统解析前额叶皮层功能的细胞基础和分子调控 | 人类前额叶皮层的发育过程及其细胞类型 | 数字病理学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2,300个单细胞 |