单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23181	2024-08-09	Sensitivity to sequencing depth in single-cell cancer genomics 2018-04-16, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-018-0537-2 PMID:29661213	研究论文	研究了单细胞癌症基因组学中测序深度对变异检测的影响	提出了一种成本效益高的策略，通过调整测序深度来最大化单细胞数据的质量	研究主要集中在较大的样本量（25个或更多细胞）上，对于较小样本量的影响未详细探讨	探讨测序深度和采样努力对单细胞变异检测的影响	单细胞全基因组和全外显子癌症数据	基因组学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	总共6280个单细胞BAM文件
23182	2024-08-09	Next-Generation Immune Repertoire Sequencing as a Clue to Elucidate the Landscape of Immune Modulation by Host-Gut Microbiome Interactions 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.00668 PMID:29666626	研究论文	本文讨论了下一代免疫组库测序技术在营养与肠道免疫学领域的应用潜力	该技术结合单细胞转录组学/蛋白质组学，提供了揭示宿主-微生物免疫稳态新原理的关键工具	目前仍存在未解决的问题	探讨高吞吐量免疫受体测序在营养与肠道免疫学领域的应用	宿主与肠道微生物的免疫交互作用	NA	NA	下一代测序	NA	序列数据	单个个体
23183	2024-08-09	Cancer: a CINful evolution 2018-06, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2018.03.007 PMID:29625384	综述	本文综述了近期关于非整倍体和染色体不稳定（CIN）在肿瘤演化中的作用的研究进展	探讨了非整倍体和CIN如何通过产生基因组不稳定性和肿瘤内异质性促进肿瘤演化	NA	旨在回顾非整倍体和CIN的成因及其在细胞水平上提供表型变异的方式，并讨论它们与癌症进展的关联	非整倍体和染色体不稳定（CIN）在肿瘤演化中的作用	NA	癌症	单细胞测序技术	NA	NA	NA
23184	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of the mouse kidney reveals potential cellular targets of kidney disease 2018-05-18, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aar2131 PMID:29622724	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了健康小鼠肾脏的57,979个细胞，揭示了肾脏疾病潜在的细胞靶点	发现了通过Notch信号通路介导的过渡细胞在肾脏疾病中的作用	NA	旨在通过单细胞转录组学揭示肾脏疾病的细胞机制	小鼠肾脏细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	57,979个细胞
23185	2024-08-09	FateID infers cell fate bias in multipotent progenitors from single-cell RNA-seq data 2018-05, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4662 PMID:29630061	研究论文	本文开发了FateID算法，用于从单细胞RNA测序数据中推断多能祖细胞的细胞命运倾向	开发了FateID，一种迭代监督学习算法，用于概率量化祖细胞群体中的细胞命运倾向	NA	理解沿着多条谱系的干细胞分化	小鼠造血祖细胞，特别是淋巴系祖细胞	单细胞RNA测序	NA	CEL-Seq2	RaceID3	RNA-seq数据	约2,000个
23186	2024-08-09	Pseudotime Dynamics in Melanoma Single-Cell Transcriptomes Reveals Different Mechanisms of Tumor Progression 2018-Apr-03, Biology DOI:10.3390/biology7020023 PMID:29614062	研究论文	本研究通过分析三种不同遗传背景的黑色素瘤短期培养细胞的伪时间（PT）动力学，探讨了影响黑色素瘤进展的特定和一致的PT动力学特性。	首次在黑色素瘤细胞中观察到伪时间动力学主要由细胞周期基因驱动，并发现微眼相关转录因子（MITF）和AXL受体酪氨酸激酶（AXL）的双极表达。	研究仅限于短期培养的黑色素瘤细胞，可能无法完全代表所有黑色素瘤细胞的动态变化。	研究黑色素瘤细胞的伪时间动力学，以揭示肿瘤进展的不同机制。	三种不同遗传背景的黑色素瘤短期培养细胞。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	三种黑色素瘤短期培养细胞
23187	2024-08-09	Detecting hidden batch factors through data-adaptive adjustment for biological effects 2018-04-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx635 PMID:29617963	研究论文	本文介绍了一种基于数据自适应收缩和半非负矩阵分解的新算法，用于检测未知的批次效应	该算法在识别隐藏批次效应方面优于现有算法，并能在先前研究中未发现的批次因素中识别出差异表达基因	NA	检测隐藏的批次因素，以准确捕捉基因表达与其他建模变量之间的关系	批次效应的检测	生物信息学	NA	RNA测序	半非负矩阵分解	基因表达数据	三个不同数据集：(i) 测序质量控制，(ii) 拓扑替康RNA-Seq，(iii) 胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序
23188	2024-08-09	A multitask clustering approach for single-cell RNA-seq analysis in Recessive Dystrophic Epidermolysis Bullosa 2018-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006053 PMID:29630593	研究论文	本文介绍了一种基于方差的单细胞RNA测序数据多任务聚类方法（scVDMC），用于在遗传性大疱性表皮松解症中分析单细胞RNA测序数据	scVDMC方法通过控制细胞簇内的方差和跨数据集的方差，能够更准确地检测细胞亚群，并揭示新的细胞类型和标记	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据分析方法，以更好地整合和分析多个单细胞群体的数据	单细胞RNA测序数据	数字病理学	遗传性大疱性表皮松解症	单细胞RNA测序	多任务聚类	RNA测序数据	两个真实单细胞RNA测序数据集，包含多个重复样本和一个大规模液滴法数据集，涉及三个患者样本
23189	2024-08-09	Quantitative single-cell transcriptomics 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/ely009 PMID:29579145	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基本原理、实验协议及其数据处理方法	NA	NA	帮助选择适合研究问题的实验和计算方法	单细胞RNA测序技术及其数据处理方法	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	文本	NA
23190	2024-08-09	Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species 2018-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4096 PMID:29608179	研究论文	本文介绍了一种基于共同变异源的分析策略，用于整合不同条件、技术和物种的单细胞转录组数据集，以识别跨数据集的共享细胞群并进行下游比较分析	提出了一种新的分析策略，通过整合单细胞RNA测序数据集，增强了统计能力并能共同学习不同或过渡的细胞状态	NA	开发一种方法来整合不同条件、技术和物种的单细胞转录组数据集，以进行比较分析	外周血单个核细胞、造血祖细胞和胰腺细胞的单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	外周血单个核细胞、造血祖细胞和胰腺细胞的数据集
23191	2024-08-09	Simultaneous single-cell profiling of lineages and cell types in the vertebrate brain 2018-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4103 PMID:29608178	research paper	本文介绍了scGESTALT方法，结合GESTALT的谱系记录能力和单细胞RNA测序的细胞类型识别，用于同时分析脊椎动物大脑发育中的细胞谱系和细胞类型	scGESTALT方法通过可诱导系统在多个时间点编辑条形码，捕捉发育后期阶段的谱系信息，并结合单细胞RNA测序技术	NA	开发一种新的方法来同时分析脊椎动物大脑发育中的细胞谱系和细胞类型	脊椎动物大脑发育中的细胞谱系和细胞类型	digital pathology	NA	CRISPR-Cas9 barcode editing, single-cell RNA sequencing	NA	transcriptome	约60,000个来自幼年斑马鱼大脑的转录组
23192	2024-08-09	Single-Cell Digital Lysates Generated by Phase-Switch Microfluidic Device Reveal Transcriptome Perturbation of Cell Cycle 2018-05-22, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.8b01272 PMID:29589910	研究论文	本文介绍了一种利用相变微流控装置生成单细胞数字裂解液的方法，并应用于构建细胞周期中转录组扰动的分子图谱	提出了“数字裂解液”概念，通过相变微流控平台和下一代测序技术，实现了单细胞转录组的随机采样和多单细胞转录组的排列与平均化	需要确定在每个单细胞研究中需要多少细胞才能得出有意义的结论	研究细胞异质性，并构建细胞周期中转录组扰动的分子图谱	单细胞转录组和细胞周期调控基因	生物技术	NA	下一代测序	NA	转录组数据	多个单细胞
23193	2024-08-09	scmap: projection of single-cell RNA-seq data across data sets 2018-05, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4644 PMID:29608555	研究论文	本文介绍了一种名为scmap的方法，用于将单细胞RNA测序数据集中的细胞投影到其他实验的细胞类型或单个细胞上	scmap方法的创新之处在于能够跨越不同实验的数据集进行单细胞RNA测序数据的投影	NA	开发一种方法，用于比较不同实验间的单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
23194	2024-08-09	Retinal Ganglion Cell Diversity and Subtype Specification from Human Pluripotent Stem Cells 2018-04-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.02.010 PMID:29576537	研究论文	本研究探讨了从人类多能干细胞（hPSCs）分化出的视网膜神经节细胞（RGCs）的多样性和亚型特征	首次详细研究了人类RGCs的多样性和亚型，通过单细胞转录组学技术确认了亚型特异性标记的组合表达	NA	研究人类RGCs的多样性和亚型特征	人类视网膜神经节细胞的多样性和亚型	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
23195	2024-08-09	Whole-organism clone tracing using single-cell sequencing 2018-04-05, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature25969 PMID:29590089	研究论文	本文介绍了一种名为ScarTrace的单细胞测序策略，用于同时量化成年斑马鱼不同器官中数千个细胞的克隆历史和细胞类型	ScarTrace技术能够在单细胞分辨率下同时测量克隆历史和细胞身份，为研究胚胎发育和成年组织中的细胞命运提供了新的方法	NA	研究胚胎前体细胞在成年组织中的命运	斑马鱼的肾脏骨髓、眼睛和大脑中的造血细胞以及胚胎前体细胞的克隆起源	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	数千个来自成年斑马鱼不同器官的细胞
23196	2024-08-09	Comprehensive Identification and Spatial Mapping of Habenular Neuronal Types Using Single-Cell RNA-Seq 2018-04-02, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2018.02.040 PMID:29576475	research paper	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合脑部解剖注册，全面识别并绘制了斑马鱼缰核的神经元类型图谱	首次通过高覆盖率的单细胞转录组数据，识别出斑马鱼缰核的18种神经元类型，并将其标记基因注册到参考图谱上，为解剖和功能研究提供了资源	NA	旨在全面发现并识别脑部细胞类型，以解析神经发育和功能	斑马鱼缰核的神经元类型及其标记基因	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	约13,000个缰核细胞，覆盖率为4倍
23197	2024-08-09	A Fibroblast Is Not a Fibroblast Is Not a Fibroblast 2018-04, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2017.10.012 PMID:29579454	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究人类皮肤成纤维细胞的异质性及其在纤维化中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示人类皮肤成纤维细胞的主要群体，为理解成纤维细胞异质性和纤维化提供了新的视角	NA	深入理解成纤维细胞的异质性及其在纤维化中的作用	人类皮肤成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
23198	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Tumor Heterogeneity 2018-04, Trends in cancer IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.trecan.2018.02.003 PMID:29606308	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术分析肿瘤内部的异质性	利用高吞吐量的单细胞RNA测序技术，提供了分析肿瘤多样性细胞群体的统计能力	NA	探讨肿瘤内部异质性对精准癌症治疗的影响	肿瘤内部的细胞异质性	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
23199	2024-08-09	Principles of Systems Biology, No. 27 2018-03-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.03.007 PMID:29596778	review	本篇文章回顾了系统生物学领域的多个研究主题	NA	NA	回顾系统生物学领域的最新研究进展	蛋白质复合物动态、细胞生存中的噪声促进作用、细胞表面蛋白质的多重检测、单细胞测序、蜜蜂的社会网络、新型合成设备以及控制分节时钟动态	系统生物学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
23200	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals hidden transcriptional variation in malaria parasites 2018-03-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.33105 PMID:29580379	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了疟原虫中隐藏的转录变异	首次广泛应用单细胞RNA测序技术于单细胞生物，揭示了疟原虫生命周期中先前未被发现的离散转录特征	NA	探索疟原虫个体水平的转录变异	疟原虫的转录变异及其与关键表型的关联	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过500个个体疟原虫，包括鼠和人类疟原虫的有性和无性生命周期阶段