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当前共找到 41850 篇文献，本页显示第 2301 - 2320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2301 | 2026-06-23 |
Spatial and single-cell transcriptomics reveal a HIF-1α/NF-κB-driven hypoxia-induced senescence axis in BPH epithelium
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.130242
PMID:42328456
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研究论文 | 整合空间和单细胞转录组学揭示HIF-1α/NF-κB驱动的缺氧诱导衰老轴在良性前列腺增生上皮中的作用 | 首次通过整合激光捕获显微切割RNA测序、公共单细胞RNA测序、空间转录组学、人类组织验证、小鼠模型分析和扰动实验，揭示了缺氧相关HIF-1α/NF-κB信号轴驱动BPH上皮衰老的机制 | SA-β-gal阳性细胞主要在上皮中，但未探索其他细胞类型如间质细胞的具体作用，且样本量有限，缺乏更广泛的队列验证 | 阐明良性前列腺增生中缺氧相关上皮衰老的分子机制 | 良性前列腺增生（BPH）患者组织样本、BPH-1和RWPE-1细胞系、睾酮丙酸酯诱导的BPH样小鼠模型 | 自然语言处理 | 前列腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 52个人类BPH标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2302 | 2026-06-23 |
Integrated Transcriptomic and Single-Cell Analyses Link ATP7A, a Cuproptosis-Related Hub Gene, to ECM-Adhesion Signaling Dysfunction in UVB-Induced Skin Photodamage
2026, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S607933
PMID:42328487
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研究论文 | 整合转录组和单细胞分析揭示ATP7A作为铜死亡相关核心基因与UVB诱导皮肤光损伤中ECM-黏附信号失调的关联 | 首次将铜死亡相关基因ATP7A与UVB诱导的皮肤光损伤联系起来，并通过单细胞分析揭示其在角质形成细胞ECM-黏附信号中的作用 | 研究主要基于公共数据集和动物模型，可能无法完全模拟人类真实光损伤环境；机制探讨尚需进一步实验验证 | 探究UVB诱导皮肤光损伤与铜死亡之间的关联并识别关键调控基因 | UVB照射的人皮肤转录组数据（GSE41078）和单细胞RNA-seq数据（GSE289389）中的角质形成细胞，以及急性光损伤细胞和小鼠模型 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 转录组测序、单细胞RNA-seq | WGCNA、CellChat | 转录组数据、单细胞转录组数据 | GSE41078数据集包含UVB照射的人皮肤样本，GSE289389数据集包含单细胞样本；细胞和小鼠模型中具体样本数未说明 | NA | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2303 | 2026-06-23 |
QeITH: Quantifies Tumor Ecosystem Heterogeneity to Predict Cancer Progression and Treatment Benefit
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0061
PMID:42328538
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研究论文 | 提出了QeITH计算框架，通过熵量化解剖肿瘤生态系统异质性，预测癌症进展和治疗获益 | 首次通过香农熵整合单细胞、 bulk和空间转录组数据，量化肿瘤生态系统异质性，揭示其在恶性转化、免疫治疗响应中的双重作用 | 研究依赖于现有数据集，可能未涵盖所有癌症类型；空间转录组分析中的异质性分布需进一步验证 | 量化肿瘤生态系统异质性并评估其在癌症进展和治疗响应中的临床意义 | 肿瘤生态系统中的细胞组成和功能状态 | 机器学习 | 泛癌种 | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 包含单细胞、 bulk和空间转录组的多数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2304 | 2026-06-23 |
Integrated transcriptomics identifies ER stress-associated apoptosis in post-resuscitation AKI and supports early Dl-3-n-butylphthalide-associated renoprotection in a porcine TCA model
2026, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2026.1841271
PMID:42328631
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研究论文 | 通过整合转录组学，识别心肺复苏后急性肾损伤中内质网应激相关凋亡，并支持在猪创伤性心脏骤停模型中早期DL-3-正丁基苯酞的肾保护作用 | 首次在猪创伤性心脏骤停模型中，通过整合批量转录组和单细胞RNA测序数据，发现NBP通过调节内质网应激/未折叠蛋白反应相关凋亡通路发挥肾保护作用 | NA | 研究NBP对猪创伤性心脏骤停后急性肾损伤的影响及其与内质网应激/未折叠蛋白反应相关凋亡的关联 | 猪心脏骤停模型及肾组织样本 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | RNA-seq, 批量转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 健康雄性巴马小型猪，随机分为假手术、TCA和TCA+NBP三组 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2305 | 2026-06-23 |
JADE: Joint Alignment and Deep Embedding for Multi-Slice Spatial Transcriptomics
2025-Dec, Advances in neural information processing systems
PMID:42326616
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研究论文 | 提出一种名为JADE的统一计算框架，用于同时学习多切片空间转录组数据的空间位置对齐和共享低维嵌入 | 首次在共享潜在空间中联合优化对齐和表示学习，采用往返框架交替进行对齐和嵌入细化，利用注意力机制动态评估嵌入维度的重要性 | 主要依赖两个数据集（10x Visium人DLPFC和Stereo-seq蝾螈脑数据集）进行验证，未提及在更多样化或更大规模数据集上的泛化能力评估 | 解决多切片空间转录组学分析中物理畸变、技术变异和批次效应带来的对齐与特征整合挑战 | 10x Visium人背外侧前额叶皮层和Stereo-seq蝾螈脑多切片空间转录组数据 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | 注意力机制 | 基因表达数据 | 两个多切片空间转录组数据集：10x Visium人DLPFC和Stereo-seq蝾螈脑 | 10x Genomics, BGI | 空间转录组学 | 10x Visium, Stereo-seq | 10x Visium适用于组织切片空间基因表达分析，Stereo-seq用于高分辨率空间转录组学 |
| 2306 | 2026-06-23 |
Sparse Semiparametric Discriminant Analysis for High-dimensional Zero-inflated Data
2025, Journal of machine learning research : JMLR
IF:4.3Q2
PMID:42325817
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研究论文 | 针对高维零膨胀数据，提出一种基于截断潜高斯copula模型的稀疏半参数判别分析方法，并在人类肠道微生物组、乳腺癌microRNA和单细胞RNA测序数据上验证了其优越的分类准确性和对数据变换的鲁棒性 | 首次将截断潜高斯copula模型用于判别分析，同时处理高偏度和零膨胀数据，且估计过程对数据变换具有鲁棒性，无需依赖特定变换方法 | NA | 开发一种能够处理高维零膨胀数据且对数据变换具有鲁棒性的半参数判别分析框架 | 人类肠道微生物组、乳腺癌microRNA和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 截断潜高斯copula模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2307 | 2026-06-23 |
Think twice: how single-cell suspensions from solid tissues for single-cell transcriptomics are well prepared
2025-Jan, Infectious diseases & immunity
DOI:10.1097/ID9.0000000000000136
PMID:42325859
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综述 | 本文详细分析了从实体组织中制备高质量单细胞悬液的关键步骤，包括酶消化、机械解离和细胞活力评估 | 对实体组织单细胞悬液制备过程中的关键实验细节进行了深入分析和澄清 | 未提及具体实验比较或定量评价不同制备方法的优劣 | 指导研究人员优化从实体组织制备单细胞悬液的实验流程以获得高质量单细胞测序数据 | 实体组织单细胞悬液制备过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2308 | 2026-06-22 |
Magnesium sulfate attenuates sepsis-induced myocardial injury through macrophage Fxyd2/NF-κB signaling: Integrated evidence from a propensity-matched cohort, single-cell atlas, and mechanistic validation
2026-Jun-16, Toxicology and applied pharmacology
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.taap.2026.117918
PMID:42303054
|
研究论文 | 整合倾向性匹配队列、单细胞图谱和机制验证，揭示硫酸镁通过巨噬细胞Fxyd2/NF-κB信号减轻脓毒症心肌损伤 | 首次通过多层级证据（临床队列、单细胞转录组和体外机制验证）阐明硫酸镁通过巨噬细胞Fxyd2/NF-κB轴发挥免疫调节作用，而非营养补充效应，为脓毒症心肌损伤提供靶向治疗新策略 | 研究基于回顾性数据库和动物模型，需前瞻性随机对照试验进一步验证；单细胞数据来自小鼠，人类巨噬细胞亚群的保守性需确认 | 探究硫酸镁对脓毒症心肌损伤的靶向治疗作用及其分子机制 | 脓毒症心肌损伤患者（MIMIC-IV数据库）、小鼠心脏组织及巨噬细胞-心肌细胞共培养模型 | 机器学习, 数字病理学 | 心血管疾病, 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹法, RT-qPCR, 焦亡检测 | Cox比例风险模型 | 临床数据, 单细胞转录组数据, 蛋白表达数据 | 2219例脓毒症心肌损伤患者（倾向性匹配后992例） | Illumina | 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 2309 | 2026-06-22 |
Covalent Photo-Aptamer Tagging (CPAT) for Single-Cell Multiplexing and Chemical Transcriptomic Screens
2026-Jun-16, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.6c02091
PMID:42300017
|
研究论文 | 提出共价光适配体标记（CPAT）策略，用于单细胞多路复用和化学转录组筛选 | 通过二氮丙啶介导的卡宾插入，将瞬时分子识别转化为永久共价锚定，实现动力学锁定机制 | 未在摘要中提及明确局限性 | 开发高保真的单细胞样本多路复用方法，减少信号串扰和数据损耗 | 单细胞RNA测序中的样本多路复用及药物扰动下的化学转录组筛选 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中说明具体样本量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2310 | 2026-06-22 |
Lense: optimizing data preprocessing in single-cell omics using large language models
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag288
PMID:42242684
|
研究论文 | Lense是一种利用大语言模型自动优化单细胞组学数据预处理的方法 | 首次将大语言模型引导与数据预处理流程自动选择相结合，实现无需人工调参的跨平台适应性优化 | 依赖于可视化图表的质量和语言模型对低维表示的比较能力，可能在新兴平台上的泛化性仍需验证 | 改进单细胞组学数据预处理的鲁棒性和自动化水平 | 单细胞组学数据，特别是来自空间转录组学等新兴平台的数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞组学分析、空间转录组学 | 大语言模型 | 图（低维表示可视化图） | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 2311 | 2026-06-22 |
Multi-Omics Graph Attention Network for Key Gene Prediction in Triple-Negative Breast Cancer
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3682485
PMID:41955157
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研究论文 | 提出基于图注意力网络的多模态框架，整合单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和影像组学数据，用于三阴性乳腺癌关键基因预测 | 首次将图注意力网络应用于单细胞多组学与影像组学的跨模态整合，通过多模态图结构捕捉转录调控、染色质可及性和成像特征间的相互作用，并利用集成多层感知器分层患者预后 | 未详细说明方法在更大规模或不同种族队列中的泛化能力，以及对计算资源的需求 | 开发可解释的多模态生物标志物发现策略，用于三阴性乳腺癌的个性化治疗 | 三阴性乳腺癌患者的单细胞转录组、染色质可及性和影像组学数据 | 机器学习 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 影像组学 | 图注意力网络, 多层感知器 | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据, 影像组学数据 | 外部TCGA-TNBC队列（未明确样本数量） | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 2312 | 2026-06-22 |
Integrated single-cell and bulk RNA-seq analysis identifies BCAA metabolism-related prognostic signatures in head and neck squamous cell carcinoma
2026-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2026.153200
PMID:42263482
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA-seq分析，识别头颈部鳞状细胞癌中支链氨基酸代谢相关的预后基因特征 | 首次整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据构建BCAA代谢相关四基因预后模型，并揭示其在免疫微环境和细胞分化中的潜在作用 | 结论主要基于计算预测，RT-qPCR验证队列样本量小，限制了实验验证的强度 | 识别头颈部鳞状细胞癌中与BCAA代谢相关的预后基因并阐明其功能角色 | 头颈部鳞状细胞癌患者样本 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA-seq, RT-qPCR | Cox回归模型，LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 多个数据集（TCGA-HNSCC, GSE65858, GSE41613, GSE103322, GSE140042）及RT-qPCR小样本 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2313 | 2026-06-22 |
Inferring gene-regulatory networks using epigenomic priors
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115165
PMID:41953005
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研究论文 | 利用表观基因组先验网络提高基因调控网络推断的准确性 | 通过整合DNA甲基化、染色质可及性和组蛋白修饰等多组学数据构建表观基因组先验网络，显著提升基因调控网络推断精度，且发现DNA甲基化数据在推断先验网络时比染色质可及性数据覆盖更多基因 | 未说明 | 开发基于表观基因组先验网络的基因调控网络推断方法并验证其有效性 | 12项不同研究的数据集，包括人类胚胎发育和乳腺癌风险女性的样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、DNA甲基化测序、染色质可及性测序、组蛋白修饰测序 | 基因调控网络推断模型 | 基因表达数据、表观基因组数据 | 12项研究的公开数据集 | NA | 单细胞RNA测序、DNA甲基化测序、染色质可及性测序 | NA | NA |
| 2314 | 2026-06-22 |
DJ-1 inhibition reshapes tumor microenvironment and potentiates immune checkpoint inhibitors
2026-Apr-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady7556
PMID:41950330
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研究论文 | 发现DJ-1作为T细胞负调控因子，抑制DJ-1通过调控巨噬细胞重编程增强抗肿瘤免疫并提高免疫检查点抑制剂疗效 | 首次揭示DJ-1通过调控巨噬细胞ROS/NF-κB/STAT3信号通路重编程肿瘤微环境，间接激活T细胞，并验证双硫仑作为DJ-1抑制剂可有效增强PD-1阻断抗肿瘤效果 | 主要为小鼠模型研究，临床转化仍需进一步验证 | 探索DJ-1作为免疫检查点抑制剂增敏靶点的潜力及机制 | DJ-1基因敲除小鼠及荷瘤模型、肿瘤浸润CD45细胞、巨噬细胞 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 小鼠模型（具体样本量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于肿瘤浸润CD45细胞单细胞测序 |
| 2315 | 2026-06-22 |
BEASTsim-a benchmarking and analysis platform for spatial transcriptomics simulations
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag144
PMID:41947420
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研究论文 | 介绍了一个用于空间转录组模拟的综合基准平台BEASTsim，评估不同模拟方法在数据属性分布、生物信号保存和相似性度量方面的性能 | 提出了一个超越简单数据复制的基准框架，强制模拟生成具有生物学意义的变异，并构建了帮助用户选择最合适模拟模型的决策树 | 未明确讨论平台的计算效率或大规模数据集上的扩展性，也未涉及真实组织类型模拟中可能出现的生物学复杂性不足 | 开发一个统一的评估平台，标准化空间转录组模拟方法的比较，促进空间转录组与单细胞RNA测序数据的整合 | 空间转录组模拟方法及单细胞RNA测序与空间转录组数据的整合分析 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 未知 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2316 | 2026-06-22 |
EZH2-Mediated Epigenetic Modifications Induce Pyroptosis in Dental Pulp Endothelial Cells via Activation of NLRP6 Inflammasome During Pulpitis Development
2026, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/5876995
PMID:41948911
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研究论文 | 本研究探索牙髓炎过程中牙髓组织的细胞组成变化和细胞焦亡通路，并初步验证EZH2通过NLRP6在脂多糖诱导的血管内皮细胞焦亡中的调控作用 | 首次揭示EZH2/NLRP6轴在牙髓炎内皮细胞焦亡中的关键调控作用，并提出其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于细胞和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证，EZH2/NLRP6轴的临床相关性需进一步确认 | 阐明牙髓炎中内皮细胞焦亡的分子机制及EZH2的调控作用 | 牙髓组织中的血管内皮细胞（包括EOMA细胞系） | 机器学习 | 牙髓炎 | 单细胞RNA测序,RNA测序,微阵列分析 | NA | 基因表达数据 | 公开单细胞RNA测序和微阵列数据，以及EZH2fl/fl;Tie2-Cre+/-小鼠牙髓组织 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 2317 | 2026-06-22 |
Single-cell analysis of inhibitory efferent neurons of the zebrafish lateral line
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0346255
PMID:41950195
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research paper | 对斑马鱼侧线系统中抑制性传出神经元的单细胞分析 | 首次对斑马鱼侧线中三种抑制性传出神经元（REN、ROLE和RELL）进行单细胞RNA测序，揭示其转录组和神经支配模式的差异 | 转录分析未发现内在分子差异，功能差异需进一步通过逆行追踪等方法验证 | 探究斑马鱼侧线抑制性传出神经元的功能差异 | 斑马鱼幼虫的抑制性传出神经元（REN、ROLE和RELL） | machine learning | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 5日龄斑马鱼幼虫 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2318 | 2026-06-22 |
A murine model of sepsis induces age- and sex-specific chromatin remodeling in myeloid-derived suppressor cells
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1750174
PMID:41953016
|
研究论文 | 本研究通过高分辨率单分子技术MAPit-FENGC，构建小鼠脓毒症模型中髓源性抑制细胞的年龄和性别特异性染色质量塑图谱 | 首次采用单分子方法同时分析DNA甲基化和染色质可及性，揭示脓毒症后髓源性抑制细胞中年龄和性别依赖的启动子表观遗传类别 | 研究仅针对小鼠模型，且聚焦于特定靶基因启动子区域，可能无法完全反映人类脓毒症的复杂性 | 阐明脓毒症幸存者长期免疫功能障碍的表观遗传机制，特别是年龄和性别对髓源性抑制细胞染色质状态的影响 | 年轻和老年成年雄性及雌性小鼠的脾脏髓源性抑制细胞 | 表观遗传学 | 脓毒症 | MAPit-FENGC，单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | DNA甲基化数据，染色质可及性数据，转录组数据 | 包括年轻和老年成年雄性及雌性小鼠，具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | MAPit-FENGC用于单分子DNA甲基化和染色质可及性分析，单细胞RNA测序用于转录组分析 |
| 2319 | 2026-06-22 |
Interrogation of glioma immune microenvironment identifies a non-canonical role for microglial Galectin-9 in tumor cell adhesion and phagocytosis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1733688
PMID:41953006
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和配体-受体相互作用分析，揭示小胶质细胞Galectin-9在胶质瘤免疫微环境中调控肿瘤细胞粘附和吞噬的非经典功能 | 首次发现小胶质细胞中的Galectin-9具有促进胶质瘤细胞粘附和吞噬的非经典作用，而非传统认知中的免疫抑制功能 | 基于体外共培养系统，缺乏体内实验验证；样本量有限且未涵盖所有IDH突变亚型 | 识别具有抗胶质瘤功能的髓系效应细胞并阐明其分子机制 | 胶质瘤相关小胶质细胞/巨噬细胞（GAMs） | 机器学习 | 胶质瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18例IDH分型胶质瘤患者的肿瘤脑组织CD45+白细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2320 | 2026-06-22 |
Identification of non-cardiomyocytes marker genes in patients with diabetes and cardiomyopathy through single-cell analysis
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0351057
PMID:42247398
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，识别糖尿病和心肌病患者的非心肌细胞标志基因 | 首次通过单细胞RNA测序揭示非心肌细胞在糖尿病心肌病中的代谢、炎症和纤维化机制异质性，并发现PTPRC作为潜在治疗靶点 | 未提及该研究的局限性 | 探索非心肌细胞如何通过代谢、炎症和纤维化机制驱动糖尿病心肌病，并揭示新的治疗靶点 | 2型糖尿病患者的心脏组织中的非心肌细胞 | 生物信息学 | 糖尿病心肌病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |