单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23986 篇文献，本页显示第 23161 - 23180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23161 | 2024-08-09 |
DEsingle for detecting three types of differential expression in single-cell RNA-seq data
2018-09-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty332
PMID:29688277
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研究论文 | 本文开发了一个名为DEsingle的R包，用于在单细胞RNA测序数据中检测三种类型的差异表达基因 | DEsingle采用零膨胀负二项模型来估计真实零和丢失零的比例，并定义和检测三种类型的差异表达基因，提高了检测的准确性 | NA | 开发一种新的方法来区分单细胞RNA测序数据中的真实零和丢失零，并准确检测差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项模型 | RNA测序数据 | NA |
| 23162 | 2024-08-09 |
SigEMD: A powerful method for differential gene expression analysis in single-cell RNA sequencing data
2018-08-01, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2018.04.017
PMID:29702224
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研究论文 | 本文提出了一种名为SigEMD的新方法，用于单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析 | SigEMD结合了数据插补方法、逻辑回归模型和基于地球移动距离的非参数方法，以精确高效地识别差异表达基因，并通过基因互作网络信息调整最终的差异表达基因状态，减少假阳性 | NA | 开发新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的差异基因表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归模型 | RNA测序数据 | NA |
| 23163 | 2024-08-09 |
Neuronal atlas of the dorsal horn defines its architecture and links sensory input to transcriptional cell types
2018-06, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-018-0141-1
PMID:29686262
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术对小鼠脊髓背角的感觉神经元进行分类，揭示了其分子亚型和层级结构 | 首次系统地对脊髓背角的神经元进行分子分类，并将其与解剖结构和感觉刺激响应联系起来 | NA | 揭示脊髓背角神经元的分子亚型及其在感觉处理中的作用 | 小鼠脊髓背角的感觉神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 15种抑制性和15种兴奋性神经元分子亚型 |
| 23164 | 2024-08-09 |
Whole-kidney single-cell transcriptomics identifies new cell types
2018-06, Nature reviews. Nephrology
DOI:10.1038/s41581-018-0013-7
PMID:29695753
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23165 | 2024-08-09 |
The dynamics of gene expression in vertebrate embryogenesis at single-cell resolution
2018-06-01, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aar5780
PMID:29700227
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，分析了从受精卵激活到早期器官形成阶段的蛙胚胎发育过程，揭示了脊椎动物发育中的细胞状态和分化路径 | 本文通过整合蛙和斑马鱼的发育数据，揭示了脊椎动物早期发育基因表达程序的保守性和差异性，并重新评估了神经嵴发育模型 | NA | 研究脊椎动物胚胎发育过程中的基因表达动态 | 蛙和斑马鱼的胚胎发育 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 蛙和斑马鱼的胚胎样本 |
| 23166 | 2024-08-09 |
Single-cell mapping of gene expression landscapes and lineage in the zebrafish embryo
2018-06-01, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aar4362
PMID:29700229
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research paper | 本文利用单细胞RNA测序技术对斑马鱼胚胎发育初期的超过92,000个细胞进行基因表达图谱和细胞谱系分析 | 开发了一种基于转座子的条形码技术（TracerSeq）来重建单细胞谱系历史，并验证了细胞命运在细胞状态景观中的限制性 | NA | 探索脊椎动物发育和疾病的系统性研究 | 斑马鱼胚胎的细胞分化层次 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | graph-based approach | 细胞数据 | 超过92,000个细胞 |
| 23167 | 2024-08-09 |
Cell type transcriptome atlas for the planarian Schmidtea mediterranea
2018-05-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaq1736
PMID:29674431
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，为再生扁形虫Schmidtea mediterranea的所有细胞类型生成了转录组图谱 | 本文首次为扁形虫的所有细胞类型定义了转录组，并揭示了许多先前未知的细胞类型及干细胞与分化细胞之间的过渡状态 | NA | 识别多种生物所有细胞类型的转录组，为后生生物学研究提供有力方法 | 扁形虫Schmidtea mediterranea的所有细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 66,783个细胞 |
| 23168 | 2024-08-09 |
Cell type atlas and lineage tree of a whole complex animal by single-cell transcriptomics
2018-05-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaq1723
PMID:29674432
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，构建了一个完整的复杂动物细胞类型图谱和谱系树 | 结合扰动实验、基因表达分析和计算方法预测细胞状态变化，成功将所有主要细胞类型置于一个单一的谱系树上，连接所有细胞到一个单一的干细胞区室 | NA | 揭示成熟和前体细胞类型，并探索再生过程中的关键细胞类型 | 扁虫物种中的成年动物细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23169 | 2024-08-09 |
Dissociable Structural and Functional Hippocampal Outputs via Distinct Subiculum Cell Classes
2018-05-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.03.031
PMID:29681453
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research paper | 本文通过群体和单细胞RNA测序，揭示了海马体背侧下托中存在两种空间相邻的亚区域，这些区域在锥体细胞基因表达、长程输入、局部连接、投射目标和电生理特性上存在显著差异，并利用基因表达差异进行神经元沉默，展示了这些区域在空间工作记忆中的不同贡献。 | 首次详细描述了海马体背侧下托中两种不同亚区域的结构和功能特性，并通过基因表达差异进行神经元沉默实验，证明了这些区域在行为层面的不同作用。 | NA | 识别、描绘和操纵海马体背侧下托中假定的并行架构，以理解其功能多样性。 | 海马体背侧下托的结构和功能特性。 | NA | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23170 | 2024-08-09 |
Advances in Transcriptomics: Investigating Cardiovascular Disease at Unprecedented Resolution
2018-04-27, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.117.310910
PMID:29700068
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研究论文 | 本文综述了RNA测序（RNAseq）技术在转录组学中的最新进展，特别是在单细胞转录组学方面的应用 | 介绍了RNAseq技术在单细胞转录组学中的应用，以及其在质量控制、读取映射、特征计数等方面的最新发展 | NA | 探讨RNAseq技术在心血管疾病研究中的应用及其在现代生物学中的重要性 | RNAseq技术及其在单细胞转录组学中的应用 | 基因组学 | 心血管疾病 | RNA测序（RNAseq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 23171 | 2024-08-09 |
Characterization of germ cell differentiation in the male mouse through single-cell RNA sequencing
2018-04-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-24725-0
PMID:29695820
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，首次全面、无偏地展示了小鼠精子发生过程中的细胞分化过程 | 利用单细胞RNA测序技术，提高了阶段标记检测和验证的准确性，捕捉到了分化的连续性，并揭示了在批量测序数据中被掩盖的稀有细胞群体 | NA | 研究小鼠精子发生过程中的细胞分化 | 小鼠的精子发生过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过2,500个细胞 |
| 23172 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Transcriptional Heterogeneity in Latent and Reactivated HIV-Infected Cells
2018-04-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.03.102
PMID:29694901
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了HIV潜伏感染细胞在潜伏和重新激活状态下的转录异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了HIV潜伏感染细胞在潜伏和重新激活状态下的转录异质性 | NA | 研究HIV潜伏感染细胞的转录异质性，以期为HIV根除提供策略 | HIV潜伏感染细胞的转录异质性 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 23173 | 2024-08-09 |
Hippo Signaling Plays an Essential Role in Cell State Transitions during Cardiac Fibroblast Development
2018-04-23, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2018.03.019
PMID:29689192
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研究论文 | 研究探讨了Hippo信号通路中的Lats1和Lats2激酶在心脏成纤维细胞发育中的作用 | 首次揭示了Lats1/2缺失导致心脏成纤维细胞分化受阻，细胞停留在中间状态 | 研究仅限于胚胎阶段，未涉及成体心脏的发育情况 | 探究Hippo信号通路在心脏成纤维细胞发育中的作用 | 心脏成纤维细胞的发育过程 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 胚胎心脏组织中的单个细胞 |
| 23174 | 2024-08-09 |
Genetic and phenotypic difference in CD8+ T cell exhaustion between chronic hepatitis B infection and hepatocellular carcinoma
2019-01, Journal of medical genetics
IF:3.5Q2
DOI:10.1136/jmedgenet-2018-105267
PMID:29666149
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研究论文 | 本研究探讨了慢性乙型肝炎（CHB）和肝细胞癌（HCC）中CD8+ T细胞耗竭的遗传和表型差异 | 首次详细比较了CHB和HCC中CD8+ T细胞耗竭的表型、功能状态和分子机制的差异 | 研究仅基于已发表的单细胞测序数据和有限的样本，可能无法全面反映所有CHB和HCC患者的CD8+ T细胞耗竭情况 | 探索CHB和HCC中CD8+ T细胞耗竭的遗传和表型差异 | CHB和HCC患者的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 基于已发表的数据集GSE98638 |
| 23175 | 2024-08-09 |
B-cell receptor reconstruction from single-cell RNA-seq with VDJPuzzle
2018-08-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty203
PMID:29659703
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研究论文 | 本文介绍了一种名为VDJPuzzle的新型生物信息学工具，用于从单细胞RNA测序数据中重建B细胞受体的完整序列并提取VDJ区域的体细胞突变 | 开发了VDJPuzzle工具，能够从单细胞RNA测序数据中重建B细胞受体的完整序列，并提取VDJ区域的体细胞突变 | NA | 开发一种新的生物信息学工具，用于从单细胞RNA测序数据中重建B细胞受体的序列 | B细胞受体的序列重建和VDJ区域的体细胞突变提取 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 117个人类B细胞和200个小鼠B细胞 |
| 23176 | 2024-08-09 |
Simultaneous lineage tracing and cell-type identification using CRISPR-Cas9-induced genetic scars
2018-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4124
PMID:29644996
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LINNAEUS的策略，通过结合单细胞RNA测序和基因组编辑产生的谱系条码的计算分析，实现了同时进行谱系追踪和转录组分析 | LINNAEUS策略能够同时进行谱系追踪和转录组分析，为理解细胞发育起源提供了系统的方法 | NA | 理解单个细胞如何转变为包含多种不同细胞类型的成熟生物体 | 斑马鱼幼体以及成鱼的心脏、肝脏、胰腺和端脑中的细胞类型 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千个单细胞 |
| 23177 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-Seq reveals cell heterogeneity and hierarchy within mouse mammary epithelia
2018-06-01, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.RA118.002297
PMID:29666189
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术结合FACS分析和主成分分析，揭示了小鼠乳腺上皮细胞的异质性和层次结构 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了乳腺上皮细胞的高度异质性，并识别出罕见的CDH5细胞亚群作为静止的乳腺干细胞 | NA | 旨在揭示小鼠乳腺上皮细胞的异质性和层次结构 | 小鼠乳腺上皮细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确样本数量 |
| 23178 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptional profiling: a window into embryonic cell-type specification
2018-06, Nature reviews. Molecular cell biology
DOI:10.1038/s41580-018-0002-5
PMID:29666443
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学和成像技术的最新进展，并讨论了这些技术如何加深我们对哺乳动物胚胎发育的理解 | 单细胞技术的发展不仅克服了早期胚胎细胞数量极少的限制，还使细胞命运指定研究更加细致 | 当前单细胞研究面临的技术挑战和未来发展方向 | 探讨单细胞技术在哺乳动物胚胎发育研究中的应用 | 哺乳动物胚胎发育中的细胞类型指定 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23179 | 2024-08-09 |
Myoepithelial Cells of Submucosal Glands Can Function as Reserve Stem Cells to Regenerate Airways after Injury
2018-05-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.03.018
PMID:29656943
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，揭示了黏膜下腺的肌上皮细胞在损伤后能够增殖和迁移，以再生气道表面上皮 | 首次发现黏膜下腺的肌上皮细胞具有多能性，并能在严重损伤后在大型动物肺部的气道表面再生 | NA | 探索细胞在损伤后的可塑性及其细胞机制 | 黏膜下腺的肌上皮细胞及其在气道再生中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个损伤模型的细胞样本 |
| 23180 | 2024-08-09 |
Cellular diversity in the Drosophila midbrain revealed by single-cell transcriptomics
2018-04-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.34550
PMID:29671739
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术分析了果蝇中脑的细胞多样性 | 利用单细胞转录组学技术揭示了果蝇中脑的细胞多样性，并将其与神经递质和神经调质联系起来 | NA | 理解大脑的分子细节与神经连接图的关系 | 果蝇中脑的单个细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 数千个单个细胞 |