单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23141	2024-08-09	Isolation and genome sequencing of individual circulating tumor cells using hydrogel encapsulation and laser capture microdissection 2018-06-12, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c8lc00184g PMID:29762619	研究论文	本文开发了一种结合生物物理富集和激光捕获显微切割（LCM）的单细胞样品制备和基因组测序流程，用于从循环肿瘤细胞（CTCs）中进行基因组分析	通过在水凝胶矩阵中封装富集的CTC样品，提高了LCM单细胞分离的效率，并兼容下游测序	单细胞测序技术在分离单个CTCs时存在细胞损失和操作困难、耗时的问题	开发一种新的方法来克服CTCs基因型鉴定的挑战，特别是解决白细胞污染和肿瘤细胞亚群异质性的问题	循环肿瘤细胞（CTCs）及其基因组	数字病理学	前列腺癌	激光捕获显微切割（LCM）	NA	基因组数据	单个患者的单个CTCs和无细胞DNA（cfDNA）
23142	2024-08-09	The Polycomb-Dependent Epigenome Controls β Cell Dysfunction, Dedifferentiation, and Diabetes 2018-Jun-05, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2018.04.013 PMID:29754954	研究论文	本文通过结合深度表观基因组映射和单细胞转录组学，研究了染色质失调在2型糖尿病中的作用	发现了两种染色质状态特征，追踪了小鼠和人类β细胞功能障碍，并表明PRC2失调对疾病有贡献	NA	探索染色质机制在复杂疾病易感性和进展中的作用	2型糖尿病中的染色质失调	表观遗传学	糖尿病	深度表观基因组映射，单细胞转录组学	NA	基因表达数据	小鼠和人类样本
23143	2024-08-09	Single cell transcriptomics in neuroscience: cell classification and beyond 2018-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2018.04.021 PMID:29738987	综述	本文综述了单细胞转录组学在神经科学中细胞分类及其相关应用的研究进展	单细胞转录组学的应用有助于发现不同细胞类型中差异表达的基因，从而深入理解细胞功能并实现对特定细胞类型的访问	NA	探讨单细胞转录组学在神经科学中的应用，特别是细胞分类及其相关研究	神经科学中的细胞分类及其相关研究	自然语言处理	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
23144	2024-08-09	Single-cell sequencing reveals the origin and the order of mutation acquisition in T-cell acute lymphoblastic leukemia 2018-06, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-018-0127-8 PMID:29740158	研究论文	本研究利用靶向单细胞测序技术，分析了四例T细胞急性淋巴母细胞白血病（T-ALL）患者的骨髓细胞和CD34CD38多能祖细胞，揭示了T-ALL中突变获取的顺序及其起源	开发了一种基于图的算法来确定突变获取的顺序，并首次展示了T-ALL发展可能始于多能祖细胞	研究样本仅限于四例T-ALL患者，可能需要更多样本以验证结果的普遍性	探究T细胞急性淋巴母细胞白血病中突变获取的顺序及其起源	T细胞急性淋巴母细胞白血病患者的骨髓细胞和CD34CD38多能祖细胞	数字病理学	血液病	单细胞测序	NA	基因组数据	四例T-ALL患者
23145	2024-08-09	Marsarchaeota are an aerobic archaeal lineage abundant in geothermal iron oxide microbial mats 2018-06, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0163-1 PMID:29760463	研究论文	本文报道了在黄石国家公园的多种热化学环境中的铁氧化物微生物垫中发现并描述了一个新的门级古菌系，命名为'火星古菌（Marsarchaeota）'。	首次发现并描述了火星古菌，这是一种在微氧环境下富集于酸性铁氧化物微生物垫中的古菌，可能参与铁的还原过程。	NA	探索和理解古菌在地球生命树和进化历史中的作用。	火星古菌及其在铁氧化物微生物垫中的生态和生物化学角色。	微生物学	NA	宏基因组学，单细胞测序，富集培养，原位转录分析	NA	基因组数据，转录组数据	多个铁氧化物微生物垫样本
23146	2024-08-09	Parental haplotype-specific single-cell transcriptomics reveal incomplete epigenetic reprogramming in human female germ cells 2018-05-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-04215-7 PMID:29760424	研究论文	本文通过结合人类胎儿和母体组织的基因组测序与单细胞RNA测序，研究了人类女性生殖细胞中的不完全表观遗传重编程现象	首次揭示了人类女性生殖细胞中不同阶段的转录和表观遗传重塑的复杂性和细胞间异质性	NA	探究人类女性生殖细胞中表观遗传重编程的过程及其与转录阶段的关系	人类女性生殖细胞的表观遗传重编程和转录活动	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	五名捐赠者的细胞样本
23147	2024-08-09	Functional genetics of early human development 2018-10, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2018.04.005 PMID:29729430	综述	本文综述了利用单细胞测序和基因组编辑技术在人类细胞和胚胎中进行功能遗传学研究的最新进展	结合转录组分析和基因组工程，为人类胚胎中的关键过程如合子基因组激活、谱系指定、X染色体失活及植入后发育提供了新的见解	NA	探讨早期人类发育的遗传基础	早期人类发育的遗传机制	干细胞生物学	先天性疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
23148	2024-08-09	BCseq: accurate single cell RNA-seq quantification with bias correction 2018-08-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gky308 PMID:29718338	research paper	本文提出了一种名为BCseq的稳健模型，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）中准确量化基因表达	BCseq通过数据自适应方式校正scRNA-seq的固有偏差，有效去除技术噪声，并通过加权考虑相似细胞来挽救丢失数据	NA	提高scRNA-seq数据分析的鲁棒性，准确检测差异表达基因和细胞亚型分类	单细胞RNA测序数据中的基因表达量化	digital pathology	NA	scRNA-seq	BCseq	基因表达数据	NA
23149	2024-08-09	Pharmacological effect of human melanocortin-2 receptor accessory protein 2 variants on hypothalamic melanocortin receptors 2018-07, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-018-1596-2 PMID:29704154	研究论文	本文研究了人黑色素皮质素-2受体辅助蛋白2（MRAP2）变体对下丘脑黑色素皮质素受体的影响	首次描述了中枢神经系统中单细胞转录组特征的Mrap2、Mc3r和Mc4r，并提供了MRAP2突变对MC3R信号传导的独特二聚体形成、构象变化和药理作用的证据	NA	探索MRAP2变体如何影响黑色素皮质素信号传导	MRAP2变体对MC3R和MC4R信号传导的影响	NA	肥胖症	RNA测序	NA	RNA	来自两个独立研究的单细胞分辨率的鼠下丘脑RNA测序数据集
23150	2024-08-09	bigSCale: an analytical framework for big-scale single-cell data 2018-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.230771.117 PMID:29724792	研究论文	bigSCale是一个可扩展的分析框架，用于处理大规模单细胞数据集	bigSCale通过使用大样本量来估计噪声的准确数值模型，并采用定向卷积策略处理极大数据集，同时保留单个细胞的转录信息	NA	开发一个能够有效分析大规模单细胞数据集的分析框架	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞数据	130万细胞
23151	2024-08-09	Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation 2018-05-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.03.074 PMID:29706549	研究论文	本文通过收集10种免疫表型定义的人类造血细胞类型的单细胞染色质可及性数据，构建了人类造血分化的染色质可及性景观，并结合单细胞RNA测序数据，探索了复杂的调控动态。	本文首次在单细胞水平上整合了染色质可及性和RNA测序数据，揭示了人类造血分化过程中的调控变异和分化轨迹。	NA	研究人类造血分化过程中的细胞调控变异和分化轨迹。	人类造血细胞类型的单细胞染色质可及性和RNA测序数据。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞染色质可及性数据	10种免疫表型定义的人类造血细胞类型
23152	2024-08-09	Evolution of pallium, hippocampus, and cortical cell types revealed by single-cell transcriptomics in reptiles 2018-05-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aar4237 PMID:29724907	研究论文	本研究通过大规模单细胞mRNA测序构建了两种爬行动物大脑皮层的基因表达图谱，探讨了哺乳动物大脑皮层神经元和区域的进化过程。	研究揭示了哺乳动物新皮层各层的神经元类型是由祖先基因调控程序的多样化产生的，而爬行动物皮层GABA能神经元的多样性表明，已知的哺乳动物中间神经元类别在所有羊膜动物的共同祖先中已经存在。	NA	探讨哺乳动物大脑皮层神经元和区域的进化过程	爬行动物的大脑皮层	数字病理学	NA	单细胞mRNA测序	NA	基因表达数据	两种爬行动物的大脑皮层样本
23153	2024-08-09	Parabiosis and single-cell RNA sequencing reveal a limited contribution of monocytes to myofibroblasts in kidney fibrosis 2018-05-03, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.99561 PMID:29720573	研究论文	研究通过诱导遗传命运追踪和共生模型，结合单细胞RNA测序技术，探讨了肾纤维化中肌成纤维细胞的来源	首次通过共生模型和单细胞RNA测序技术证实了循环中的单核细胞对肾肌成纤维细胞的贡献有限，并揭示了其通过旁分泌而非直接机制参与肾纤维化	研究仅限于共生模型和单细胞RNA测序技术，未涉及其他模型或技术	探讨肾纤维化中肌成纤维细胞的细胞来源	肾纤维化中的肌成纤维细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
23154	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics and Fate Mapping of Ependymal Cells Reveals an Absence of Neural Stem Cell Function 2018-05-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.03.063 PMID:29727663	研究论文	本文通过单细胞转录组学和命运图谱技术研究了室管膜细胞，发现其缺乏神经干细胞功能	开发了一种转基因系统，用于在室管膜-室下带区域中靶向标记室管膜细胞，并通过单细胞RNA测序揭示了室管膜细胞的分子特征	研究主要集中在体外和体内的神经干细胞或前体细胞刺激环境中，未涉及其他可能的环境因素	探究室管膜细胞是否具有神经干细胞功能	室管膜细胞及其在神经干细胞生态位中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
23155	2024-08-09	Efficient Generation of CA3 Neurons from Human Pluripotent Stem Cells Enables Modeling of Hippocampal Connectivity In Vitro 2018-05-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.04.009 PMID:29727680	研究论文	本文报道了一种从人诱导多能干细胞（hiPSCs）高效生成CA3神经元的综合分化方法，该方法能够模拟体外海马连接	首次展示了hiPSCs衍生的CA3神经元与齿状回（DG）神经元之间的突触连接，并揭示了精神分裂症患者hiPSCs中CA3神经元的活动缺陷	NA	研究人神经连接模型，并探索精神分裂症中海马功能障碍的机制	人诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的CA3神经元和齿状回（DG）神经元	数字病理学	精神分裂症	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA序列	精神分裂症患者衍生的hiPSCs
23156	2024-08-09	Blastocyst-like structures generated solely from stem cells 2018-05, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0051-0 PMID:29720634	研究论文	本文报道了滋养层和胚胎干细胞在体外协作形成形态学和转录上类似于胚胎发育第3.5天的囊胚结构，称为囊胚样体	首次展示了胚胎细胞通过BMP4/Nodal-KLF6轴精细调节滋养层上皮形态发生，并维持滋养层细胞的增殖和自我更新	囊胚样体不支持真正胚胎的发育	探究干细胞如何协作形成类似囊胚的结构及其在胚胎发育中的作用	滋养层和胚胎干细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
23157	2024-08-09	beachmat: A Bioconductor C++ API for accessing high-throughput biological data from a variety of R matrix types 2018-05, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006135 PMID:29723188	研究论文	本文介绍了一个名为beachmat的C++接口，用于从各种R矩阵类型中访问高通量生物数据	beachmat接口使得包开发者能够编写与密集、稀疏和文件支持矩阵等兼容的高效C++代码	NA	解决现有计算基础设施在处理大规模数据时的挑战	高通量生物数据矩阵的访问和分析	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	矩阵数据	使用模拟和真实的单细胞RNA测序数据进行评估
23158	2024-08-09	Two-phase differential expression analysis for single cell RNA-seq 2018-10-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty329 PMID:29688282	研究论文	本文介绍了一种名为SC2P的方法，用于单细胞RNA测序数据的二相差异表达分析	SC2P方法能够识别基因表达的阶段，并区分两种形式的转录调控：阶段转换和幅度调整	NA	开发一种新的计算方法，以更好地分析单细胞RNA测序数据中的差异表达	单细胞RNA测序数据中的基因表达调控	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
23159	2024-08-09	Dual signaling of Wamide myoinhibitory peptides through a peptide-gated channel and a GPCR in Platynereis 2018-10, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.201800274R PMID:29688813	研究论文	本文描述了一种具有双重信号传导模式的神经肽系统，通过肽门控离子通道和GPCR进行信号传导	发现了Wamide肌抑制肽通过肽门控离子通道和GPCR的双重信号传导模式，表明肽门控通道在动物中的多样性和分布比先前认识的更广泛	NA	研究神经肽信号传导的复杂性	海洋环节动物Platynereis dumerilii中的Wamide肌抑制肽及其受体	NA	NA	单细胞转录组分析	肽门控离子通道（MGIC）和GPCR	转录组数据	NA
23160	2024-08-09	TRUmiCount: correctly counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers 2018-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty283 PMID:29672674	研究论文	本文介绍了TRUmiCount算法，用于校正使用下一代测序（NGS）计数分子时由于PCR扩增偏差和测序过程中分子丢失导致的错误	TRUmiCount算法基于PCR扩增和测序的机制模型，能够校正分子计数中的低估和高估错误，无需校准实验或内参	NA	提高基于NGS的实验方法（如RNA-Seq）中分子计数的准确性	PCR扩增偏差和测序过程中分子丢失导致的分子计数错误	生物信息学	NA	NGS, RNA-Seq	NA	序列数据	NA