单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23101	2024-08-09	Single-cell whole-genome sequencing identifies human papillomavirus integration in cervical tumour cells prior to and following radiotherapy 2018-Jun, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2018.8567 PMID:29928338	研究论文	本研究通过单细胞全基因组测序技术，分析了一位46岁女性宫颈癌患者在接受放疗前后采集的宫颈细胞，揭示了人乳头瘤病毒（HPV）在宫颈肿瘤细胞中的整合情况及其对放疗的响应	首次通过单细胞全基因组测序技术揭示了放疗前后宫颈肿瘤细胞中HPV整合的动态变化	样本量较小，仅来自一位患者	探讨单细胞测序技术在揭示宫颈癌中HPV整合及其对放疗响应的应用	宫颈癌患者的宫颈肿瘤细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	25个宫颈细胞（13个来自放疗前，12个来自放疗后）
23102	2024-08-09	Exploring the single-cell RNA-seq analysis landscape with the scRNA-tools database 2018-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006245 PMID:29939984	研究论文	本文介绍了scRNA-tools数据库，该数据库用于收集和分类单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析工具	创建了scRNA-tools数据库，为研究人员提供了一个方便选择合适分析工具的平台	NA	旨在帮助研究人员更好地导航和选择适合的scRNA-seq分析工具	scRNA-seq分析工具	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	文本	NA
23103	2024-08-09	Single-Cell Non-coding RNA in Embryonic Development 2018, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_3 PMID:29943293	研究论文	本文关注单细胞非编码RNA在胚胎发育中的表达及其作用	采用单细胞RNA测序技术检测胚胎发育过程中非编码RNA的表达	NA	探讨非编码RNA在胚胎发育中的调控作用	非编码RNA如长非编码RNA、微小RNA、环状RNA、小核仁RNA和Piwi相互作用RNA	基因表达调控	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
23104	2024-08-09	High Throughput Single Cell RNA Sequencing, Bioinformatics Analysis and Applications 2018, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_4 PMID:29943294	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的高通量生物信息学分析及其在癌症生物学中的应用	scRNA-seq技术使得研究人员能够重新审视癌症生物学中的长期问题，如癌症转移、异质性和进化	NA	探讨单细胞RNA测序技术在癌症生物学中的应用	单细胞RNA测序数据及其在癌症转移、异质性和进化中的应用	生物信息学	癌症	NGS	NA	RNA-seq	NA
23105	2024-08-09	Application of Single Cell Sequencing in Cancer 2018, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_11 PMID:29943301	review	本文综述了单细胞测序技术在癌症研究与应用中的现状	单细胞测序技术提供了前所未有的手段来表征肿瘤内异质性并分析癌细胞的基因组	NA	探讨单细胞测序技术在癌症诊断和预后应用中的潜力	癌症细胞及其基因组	digital pathology	cancer	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
23106	2024-08-09	Is Pooled CRISPR-Screening the Dawn of a New Era for Functional Genomics 2018, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_14 PMID:29943304	研究论文	本文综述了CRISPR-Cas9系统及其在遗传筛选中的应用，特别是CROP-seq、Perturb-seq和CRISPR-seq方法，这些方法结合了CRISPR和单细胞RNA测序，提高了基因编辑的速度、准确性和效率。	介绍了CROP-seq、Perturb-seq和CRISPR-seq等新方法，这些方法结合了CRISPR和单细胞RNA测序，为功能基因组学研究提供了更快速、准确和高效的手段。	CRISPR-based方法虽然有所改进，但仍未能在所有方面超越传统方法，存在一定的局限性。	探讨CRISPR-Cas9系统在遗传筛选中的应用及其对功能基因组学研究的影响。	CRISPR-Cas9系统及其在遗传筛选中的应用，特别是CROP-seq、Perturb-seq和CRISPR-seq方法。	功能基因组学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序	NA	DNA, RNA	NA
23107	2024-08-09	Emergence of Bias During the Synthesis and Amplification of cDNA for scRNA-seq 2018, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_12 PMID:29943302	综述	本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术中cDNA合成和扩增过程中偏差的产生及其对测序结果的影响	介绍了当前几种改进的scRNA-seq方法，这些方法有助于减少和评估偏差	当前scRNA-seq技术在RNA逆转录和cDNA预扩增步骤中存在偏差，限制了定量准确性	探讨scRNA-seq技术中偏差的产生机制及其对测序协议的影响	单细胞RNA测序技术中的偏差问题	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
23108	2024-08-09	Dirichlet Process Mixture Model for Correcting Technical Variation in Single-Cell Gene Expression Data 2016, JMLR workshop and conference proceedings PMID:29928470	研究论文	介绍了一种用于单细胞基因表达数据中技术变异校正的迭代归一化和聚类方法	提出了一种基于分层贝叶斯混合模型的新方法，该模型包含细胞特异性缩放因子，有助于迭代归一化和细胞聚类，从而将技术变异与生物信号分离	未提及具体限制	开发一种新的方法来校正单细胞基因表达数据中的技术变异	单细胞RNA-seq数据中的技术变异	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	分层贝叶斯混合模型	基因表达数据	数千个细胞
23109	2024-08-09	Analyzing Circulating Tumor Cells One at a Time 2018-10, Trends in cell biology IF:13.0Q1 DOI:10.1016/j.tcb.2018.05.004 PMID:29891227	综述	本文综述了单细胞测序技术在揭示循环肿瘤细胞（CTCs）分子特性方面的应用	介绍了单细胞测序技术在癌症研究中的新进展，特别是对罕见细胞如CTCs的研究	每种单细胞测序技术都有其需要克服的缺点	探讨单细胞测序技术在癌症研究中的应用	循环肿瘤细胞（CTCs）	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
23110	2024-08-09	CONICS integrates scRNA-seq with DNA sequencing to map gene expression to tumor sub-clones 2018-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty316 PMID:29897414	研究论文	本文介绍了一种名为CONICS的软件工具，该工具能够将单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基因表达数据与肿瘤克隆的基因组突变数据相结合，以映射基因表达至肿瘤亚克隆。	CONICS工具的创新之处在于它能够量化scRNA-seq中的拷贝数变异，并能从肿瘤浸润性基质中稳健地分离出肿瘤细胞，进行克隆间差异表达分析和克隆内共表达分析。	NA	开发一种能够整合单细胞RNA测序数据与基因组突变数据的算法，以应用于临床癌症样本的研究。	单细胞RNA测序数据与肿瘤克隆的基因组突变数据。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
23111	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Aging Drosophila Brain 2018-08-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.05.057 PMID:29909982	研究论文	本文展示了整个成年果蝇大脑在生命周期内的单细胞转录组图谱	首次提供了果蝇大脑在衰老过程中细胞类型和调控状态多样性的详细图谱	NA	研究大脑中细胞类型的多样性和调控状态在衰老过程中的变化	果蝇大脑的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	87个初始细胞集群
23112	2024-08-09	Linking transcriptional and genetic tumor heterogeneity through allele analysis of single-cell RNA-seq data 2018-08, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.228080.117 PMID:29898899	研究论文	本文介绍了一种名为HoneyBADGER的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别拷贝数变异和杂合性丢失，以研究癌症进展中的遗传和转录异质性关系	HoneyBADGER方法能够整合等位基因和标准化表达信息，识别和推断单个细胞中的亚克隆特异性改变，并重建潜在的亚克隆结构	NA	研究癌症进展中遗传和转录异质性之间的关系	单细胞RNA测序数据中的拷贝数变异和杂合性丢失	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	计算方法	RNA测序数据	多个肿瘤类型的单细胞
23113	2024-08-09	Phenotypic Convergence: Distinct Transcription Factors Regulate Common Terminal Features 2018-07-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.05.021 PMID:29909983	研究论文	本文通过大规模单细胞RNA测序研究果蝇视叶中的细胞多样性，并探讨转录因子如何调控细胞类型的多样性	本文首次使用“随机森林”模型来识别导致特定终端分化特征的转录因子，并发现相同的终端特征可以由不同细胞类型中的不同转录因子调控，表明广泛的表型趋同	NA	探究转录因子调控细胞类型多样性的一般原理	果蝇视叶中的细胞多样性	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	随机森林	RNA序列	55,000个单细胞，分为52个集群
23114	2024-08-09	Dissection of Influenza Infection In Vivo by Single-Cell RNA Sequencing 2018-06-27, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.05.008 PMID:29886109	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了体内流感感染下肺组织细胞反应的异质性	揭示了所有主要免疫和非免疫细胞类型中感染细胞的存在，并展示了针对流感感染细胞而非旁观者细胞的新型标志物	NA	探究流感病毒感染下细胞内病毒复制的影响及宿主反应的变异	肺组织细胞对体内流感感染的反应	数字病理学	流感	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
23115	2024-08-09	Slingshot: cell lineage and pseudotime inference for single-cell transcriptomics 2018-Jun-19, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-018-4772-0 PMID:29914354	研究论文	介绍了一种名为Slingshot的新方法，用于从单细胞基因表达数据中推断细胞谱系和伪时间	Slingshot方法结合了处理噪声单细胞数据所需的稳定技术，并能识别多条轨迹	NA	开发一种新的方法来准确推断单细胞转录组数据中的细胞谱系和伪时间	单细胞转录组数据中的细胞谱系和伪时间	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
23116	2024-08-09	Prospectively Isolated Tetraspanin+ Neoblasts Are Adult Pluripotent Stem Cells Underlying Planaria Regeneration 2018-06-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.05.006 PMID:29906446	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞移植技术，首次前瞻性地分离并鉴定了扁虫中的多能干细胞——tspan-1阳性细胞，这些细胞在扁虫再生中起关键作用	首次前瞻性地分离出扁虫中的成体多能干细胞，并揭示了其在再生中的作用	NA	解决长期以来无法前瞻性识别和分离成体多能干细胞的问题	扁虫中的多能干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大量排序的neoblasts
23117	2024-08-09	Non-random Mis-segregation of Human Chromosomes 2018-06-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.05.047 PMID:29898405	研究论文	本文通过特定着丝粒成像结合高通量单细胞分析和单细胞测序，展示了在常见处理导致染色体错误分离后，非整倍体发生的非随机性	发现短暂的纺锤体破坏会导致特定染色体的错误分离和非整倍体增加，特别是染色体1和2；发现有丝分裂延迟会削弱着丝粒的凝聚力，促进染色体错误分离	未提及	研究人类染色体错误分离的非随机性及其对非整倍体研究的影响	人类染色体的错误分离和非整倍体	NA	NA	成像技术，高通量单细胞分析，单细胞测序	NA	图像，序列数据	未提及具体数量
23118	2024-08-09	Transcriptome analysis highlights nuclear control of chloroplast development in the shoot apex 2018-06-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-27305-4 PMID:29892011	研究论文	本研究使用激光捕获显微切割和单细胞RNA测序技术，分析了番茄幼苗顶端分生组织中叶绿体发育途径的转录组变化	揭示了在顶端分生组织中包含干细胞的区域已经存在不同叶绿体功能的转录本，并观察到编码叶绿体核糖体蛋白和参与光合作用、光保护及活性氧解毒蛋白的基因大规模上调	NA	研究双子叶植物中未成熟质体分化为具有光合作用能力的叶绿体的关键发育过程	番茄幼苗顶端分生组织中的叶绿体发育	NA	NA	激光捕获显微切割和单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
23119	2024-08-09	An Ultrahigh-throughput Microfluidic Platform for Single-cell Genome Sequencing 2018-05-23, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/57598 PMID:29889211	研究论文	本文介绍了一种使用微流控液滴技术进行单细胞基因组测序的方法（SiC-seq）	该方法通过微流控技术实现了单细胞基因组的高通量分离、扩增和条形码标记	NA	开发一种高通量、低偏差的单细胞测序方法，以支持针对多样细胞群体的基因组研究	单细胞基因组	基因组学	NA	微流控技术	NA	基因组数据	每次运行可测序超过50,000个单细胞
23120	2024-08-09	Transcriptome analysis of PCOS arrested 2-cell embryos 2018, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2018.1467678 PMID:29912628	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了多囊卵巢综合征（PCOS）患者停滞在2细胞阶段的胚胎的转录组特征	首次使用单细胞RNA测序技术分析PCOS患者停滞在2细胞阶段胚胎的转录组差异表达基因	NA	探索多囊卵巢综合征患者胚胎早期发育停滞的分子机制	多囊卵巢综合征患者停滞在2细胞阶段的胚胎	NA	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序	NA	转录组	PCOS停滞2细胞胚胎、非PCOS停滞2细胞胚胎和非停滞2细胞胚胎