单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23061	2024-08-09	Toward Minimal Residual Disease-Directed Therapy in Melanoma 2018-08-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.06.025 PMID:30017245	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了BRAF突变患者来源的异种移植黑色素瘤细胞在接受RAF/MEK抑制剂治疗后的残留疾病生物学特性	本文首次识别出药物耐受的转录状态，并发现神经嵴干细胞（NCSC）转录程序在残留疾病中的作用，以及RXR拮抗剂在延缓耐药发展中的潜力	NA	探讨残留疾病的生物学特性及其在黑色素瘤治疗中的潜在应用	BRAF突变患者来源的异种移植黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个患者来源的异种移植模型和治疗中的患者活检样本
23062	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing: A New Window into Cell Scale Dynamics 2018-08-07, Biophysical journal IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.bpj.2018.07.003 PMID:30033145	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序技术在多细胞系统中的应用及其对细胞类型和状态研究的贡献	介绍了高吞吐量的单细胞RNA测序技术，能够同时量化复杂组织中成千上万个细胞内数千个基因的表达水平	NA	研究细胞类型的粒度、细胞状态的定义以及细胞类型沿发育轨迹的转变	单细胞RNA测序技术及其在多细胞系统中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成千上万个细胞
23063	2024-08-09	Unbiased classification of mosquito blood cells by single-cell genomics and high-content imaging 2018-08-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1803062115 PMID:30038005	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、高内涵成像流式细胞术和单分子RNA杂交技术，对疟蚊血细胞进行了深入分析	本文首次展示了血细胞表达了近半的蚊子转录组，提供了前所未有的转录程序视图，并揭示了细胞间标记物的主动转移	NA	研究蚊子血细胞的生物学特性及其在控制病原体感染中的作用	疟蚊血细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、高内涵成像流式细胞术、单分子RNA杂交	NA	RNA	特定子集的血细胞
23064	2024-08-09	Genome-Scale Oscillations in DNA Methylation during Exit from Pluripotency 2018-07-25, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.06.012 PMID:30031774	研究论文	本研究探讨了多能性退出过程中DNA甲基化的基因组尺度振荡现象	首次展示了在多能性退出和分化为体细胞谱系的过程中，DNA甲基化酶DNMT3s和TETs的共表达促进了细胞间DNA甲基化标记的变异性，并发现这种变异性与基因组尺度的DNA甲基化振荡相关	NA	研究多能性退出过程中DNA甲基化的动态变化及其对早期胚胎发育中细胞命运决策的影响	多能性细胞在退出多能性状态并准备分化为体细胞谱系时的DNA甲基化变化	NA	NA	单细胞测序	定量生物物理模型	转录组和表观遗传学数据	NA
23065	2024-08-09	PBMC fixation and processing for Chromium single-cell RNA sequencing 2018-07-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-018-1578-4 PMID:30016977	研究论文	本文介绍了一种使用甲醇固定和新的处理方法来保存人外周血单个核细胞（PBMCs）进行单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析的方法。	本文首次提出使用甲醇固定PBMCs并成功应用于10× Chromium单细胞RNA测序平台，解决了传统使用活细胞进行单细胞测序时细胞应激和复杂研究设计受限的问题。	NA	开发一种新的细胞固定和处理方法，以提高单细胞实验设计的复杂性和有效性。	人外周血单个核细胞（PBMCs）及其他固定原代细胞类型和细胞系。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	未具体说明样本数量
23066	2024-08-09	Single cell transcriptome profiling of retinal ganglion cells identifies cellular subtypes 2018-07-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05134-3 PMID:30018341	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了6225个视网膜神经节细胞，并使用聚类算法将其分为40个亚型	发现了额外的亚型和标记物，并预测了转录因子在指定RGC亚型中的合作	NA	识别视网膜神经节细胞的细胞亚型	视网膜神经节细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	基因表达数据	6225个视网膜神经节细胞
23067	2024-08-09	Differences in Cell Cycle Status Underlie Transcriptional Heterogeneity in the HSC Compartment 2018-07-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.06.057 PMID:30021172	研究论文	本研究通过特征化视黄酸（RA）报告鼠系，进一步解析造血干细胞（HSC）隔室，发现RA-CFP-dim HSCs主要为非增殖状态，并具有更优的植入潜能	首次通过单细胞RNA测序揭示了细胞周期活动是HSC转录异质性的主要驱动因素，并展示了RA-CFP报告鼠系在分离优质HSC中的应用	NA	解析HSC隔室的异质性	造血干细胞（HSCs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	超过1,200个HSCs
23068	2024-08-09	Single Cell RNA Sequencing of Rare Immune Cell Populations 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.01553 PMID:30022984	研究论文	本文描述了采用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术研究罕见免疫细胞在其微解剖生态位中的经验	scRNA-Seq技术的发展使得能够识别和表征以往在群体分析中常被忽视的罕见细胞类型，揭示了免疫系统的异质性和可塑性	NA	探索和表征罕见免疫细胞类型及其在免疫系统中的作用	罕见免疫细胞及其微解剖生态位	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	具体样本数量未提及
23069	2024-08-09	netSmooth: Network-smoothing based imputation for single cell RNA-seq 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.13511.3 PMID:29511531	研究论文	本文介绍了一种基于网络扩散的方法netSmooth，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中的基因表达值平滑处理	netSmooth利用基因表达谱的协方差结构先验知识，改善了scRNA-seq实验的聚类结果	NA	旨在解决scRNA-seq实验中的技术偏差问题，如丢失值和高方差	单细胞RNA测序实验中的基因表达数据	数字病理学	NA	RNA-seq	网络扩散模型	基因表达数据	涉及不同细胞群体、时间序列实验和癌症基因组学的scRNA-seq实验
23070	2024-08-09	Comparison of Computational Methods for Imputing Single-Cell RNA-Sequencing Data 2020 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2018.2848633 PMID:29994128	研究论文	本文比较了八种单细胞RNA测序数据插补方法，评估了它们恢复原始真实数据的能力，并分析了它们在细胞类型聚类、差异表达基因检测和谱系轨迹重建中的效果。	本文首次对多种单细胞RNA测序数据插补方法进行了大规模比较和评估。	文中指出没有一种方法在所有情况下都表现最佳，且存在可扩展性、鲁棒性和某些情况下的不可用性等缺陷。	比较和评估不同的单细胞RNA测序数据插补方法。	单细胞RNA测序数据插补方法。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了模拟数据集和真实数据集进行分析
23071	2024-08-09	iS-CellR: a user-friendly tool for analyzing and visualizing single-cell RNA sequencing data 2018-12-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty517 PMID:29982379	研究论文	iS-CellR是一个基于网络的Shiny应用程序，旨在为用户提供友好的单细胞RNA测序数据综合分析平台	iS-CellR通过提供一个易于访问的图形用户界面，使用户无需编程技能即可进行复杂的单细胞RNA测序分析	NA	开发一个用户友好的工具，用于分析和可视化单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Shiny应用程序	数据	NA
23072	2024-08-09	NeuroSystematics and Periodic System of Neurons: Model vs Reference Species at Single-Cell Resolution 2018-08-15, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.8b00100 PMID:29989789	研究论文	本文通过结合现代系统发生基因组学、单细胞测序（scRNA-seq）、机器学习、单细胞蛋白质组学和代谢组学，重建了神经元的进化历史，并提出了神经元系统学的概念。	本文首次提出了神经元系统学（NeuroSystematics）的概念，类似于化学元素周期表，具有预测神经元表型和可塑性的潜力。	NA	研究神经元的进化历史，并提出神经元系统学的概念。	神经元的进化历史和神经元系统学。	机器学习	NA	scRNA-seq	NA	单细胞数据	涉及34个门类的动物
23073	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of a Human Kidney Allograft Biopsy Specimen Defines a Diverse Inflammatory Response 2018-08, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2018020125 PMID:29980650	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人肾移植活检标本，揭示了复杂的炎症反应。	首次使用单细胞转录组学技术分析肾移植活检标本，识别了多种细胞类型及其状态，并建立了可搜索的在线基因表达数据库。	仅限于单个活检标本的研究，可能需要更多样本以验证结果的普遍性。	验证单细胞RNA测序技术在肾移植活检标本中的应用，并探索其在诊断和治疗中的潜力。	人肾移植活检标本中的细胞类型和状态。	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	8746个单细胞转录组
23074	2024-08-09	Single-Cell Sequencing the Glomerulus, Unraveling the Molecular Programs of Glomerular Filtration, One Cell at a Time 2018-08, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2018060626 PMID:30002221	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23075	2024-08-09	Methods for high-dimensional analysis of cells dissociated from cryopreserved synovial tissue 2018-07-11, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-018-1631-y PMID:29996944	研究论文	本文介绍了从冷冻保存的滑膜组织中提取细胞并进行高维度分析的方法	开发了一种稳健的协议，用于从冷冻保存的滑膜组织中获取具有完整转录组和细胞表面表型的活细胞	NA	旨在通过高维度分析滑膜组织中的细胞，以识别驱动组织病理和关节损伤的细胞表型	冷冻保存的滑膜组织中的细胞	数字病理学	风湿性关节炎	流式细胞术、质谱流式细胞术、RNA测序	NA	细胞	约30个关节置换术样本和约20个滑膜活检样本
23076	2024-08-09	Metabolic signaling directs the reciprocal lineage decisions of αβ and γδ T cells 2018-07-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aas9818 PMID:29980617	研究论文	研究报告了mTORC1复合体1如何通过结合微环境信号与代谢程序来协调两种基本不同的T细胞系（αβ和γδ T细胞）的相互发展	首次揭示了mTORC1依赖的活性氧生成控制作为关键代谢信号，介导αβ和γδ T细胞发育的机制	NA	探究mTORC1如何通过代谢信号调控αβ和γδ T细胞的相互发展	αβ和γδ T细胞的发育	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
23077	2024-08-09	Detection of HPV E7 Transcription at Single-Cell Resolution in Epidermis 2018-12, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2018.06.169 PMID:29964033	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术检测了表达HPV16 E7基因的小鼠角质形成细胞中HPV16-E7 mRNA的表达	本研究首次在单细胞水平上敏感且特异性地检测到HPV16-E7 mRNA，并发现E7 mRNA拷贝数与E7诱导基因表达增加相关	NA	探讨HPV感染与鳞状细胞癌发展之间的可能联系	表达HPV16 E7基因的小鼠角质形成细胞	数字病理学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	表达HPV16 E7基因的小鼠角质形成细胞
23078	2024-08-09	A novel long noncoding RNA lnc158 promotes the differentiation of mouse neural precursor cells into oligodendrocytes by targeting nuclear factor-IB 2018-09-05, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000001083 PMID:29965871	研究论文	本文报道了一种新的非编码RNA lnc158，通过靶向核因子-IB促进小鼠神经前体细胞向少突胶质细胞的分化	发现了一种新的非编码RNA lnc158，其在神经前体细胞中通过调节NFIB编码基因的转录水平，促进少突胶质细胞的分化	NA	研究非编码RNA在正常少突胶质细胞分化中的作用	非编码RNA lnc158及其在神经前体细胞分化为少突胶质细胞中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠少突胶质细胞
23079	2024-08-09	Gene mutations and clonal architecture in myelodysplastic syndromes and changes upon progression to acute myeloid leukaemia and under treatment 2018-09, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.15461 PMID:29974943	研究论文	本研究通过测序八个患者的骨髓样本，分析了骨髓增生异常综合症（MDS）及其向急性髓系白血病（AML）进展过程中的基因突变和克隆结构变化，以及治疗对其的影响	首次通过单细胞测序证实了不同克隆中相同基因的多个突变，并发现DNA甲基化变化可能与单个患者的进展相关	样本量较小，仅涉及八个患者	理解MDS及其向AML进展的疾病动态，优化治疗方案	MDS患者的基因突变和克隆结构	数字病理学	骨髓增生异常综合症	DNA甲基化分析	NA	基因组数据	八个患者的骨髓样本
23080	2024-08-09	Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment 2018-08-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.05.060 PMID:29961579	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了乳腺癌肿瘤微环境中45,000个免疫细胞的表型多样性	开发了SEQC预处理管道和Biscuit贝叶斯聚类与归一化方法来解决单细胞数据的计算挑战，并分析了T细胞受体（TCR）序列对表型多样性的组合影响	NA	理解癌症进展和免疫治疗反应的机制	乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞表型	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	45,000个免疫细胞和27,000个额外T细胞