单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2281	2024-11-12	Integrative approach using network pharmacology, bioinformatics, and experimental methods to explore the mechanism of cantharidin in treating colorectal cancer 2024-09, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-024-03041-7 PMID:38507104	研究论文	研究利用网络药理学、生物信息学和实验方法探讨斑蝥素治疗结直肠癌的机制	首次综合利用网络药理学、生物信息学和实验方法系统研究斑蝥素治疗结直肠癌的机制	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证；样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨斑蝥素治疗结直肠癌的生物活性、影响及其抗癌机制	斑蝥素及其在结直肠癌治疗中的作用	生物信息学	结直肠癌	基因表达分析、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	197个斑蝥素相关靶基因和480个与疾病发展相关的关键基因
2282	2024-11-12	Multi-organ single-cell transcriptomics of immune cells uncovered organ-specific gene expression and functions 2024-Mar-27, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03152-z PMID:38538617	研究论文	本文通过多器官单细胞转录组学分析，揭示了免疫细胞在不同器官中的基因表达和功能的特异性	本文通过大规模的单细胞转录组数据集，发现了免疫细胞在不同器官中的基因表达差异，并揭示了这些差异与转录因子活性和代谢途径的关联	本文仅分析了健康捐赠者的数据，未涉及疾病状态下的免疫细胞表达模式	研究免疫细胞在不同人体器官中的基因表达特异性和功能	来自14个器官的114,275个CD45+免疫细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	114,275个CD45+免疫细胞
2283	2024-11-12	STING agonist inflames the cervical cancer immune microenvironment and overcomes anti-PD-1 therapy resistance 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1342647 PMID:38550593	研究论文	研究探讨了STING激动剂在宫颈癌免疫微环境中的作用及其与抗PD-1疗法联合使用的潜力	首次探讨了STING激动剂MSA-2在宫颈癌治疗中的应用，并展示了其与抗PD-1疗法联合使用的显著效果	研究主要基于小鼠模型和公开数据集，需进一步验证在人体中的效果	探索STING激动剂在宫颈癌治疗中的作用及其与免疫检查点抑制剂联合使用的潜力	宫颈癌及其免疫微环境	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA和GEO数据集的基因表达和临床病理数据，以及小鼠肿瘤模型U14和TC-1
2284	2024-11-12	Myeloid Cell Derived IL1β Contributes to Pulmonary Hypertension in HFpEF 2023-11-10, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323119 PMID:37929582	研究论文	研究探讨了骨髓细胞衍生的IL-1β在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）中的肺动脉高压（PH）中的作用	提出了一个新的HFpEF相关PH和右心重塑的研究模型，并识别出骨髓细胞衍生的IL-1β是HFpEF中PH的重要贡献者	NA	确定HFpEF小鼠模型是否也表现出PH特征，并识别可能驱动HFpEF早期肺血管重塑的通路	C57BL/6J小鼠和db/db小鼠模型，以及PH-HFpEF患者的肺组织	NA	心血管疾病	RNA测序、免疫染色、ELISA	NA	RNA	C57BL/6J小鼠（8周龄，雄性和雌性）和db/db小鼠，以及PH-HFpEF患者的肺组织和血浆
2285	2024-11-12	Genome-wide mapping of cancer dependency genes and genetic modifiers of chemotherapy in high-risk hepatoblastoma 2023-07-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39717-6 PMID:37414763	研究论文	研究报告了一种改进的MYC驱动的肝母细胞瘤样小鼠模型，并利用CRISPR-Cas9筛选技术识别了癌症依赖基因和化疗的遗传修饰因子	开发了一种新的肝母细胞瘤小鼠模型，并通过单细胞RNA测序和空间转录组学识别了不同的肝母细胞瘤细胞亚群，发现了与人类肝母细胞瘤共享的可药物靶点	研究主要基于小鼠模型，需要进一步验证在人类患者中的有效性	研究肝母细胞瘤的发病机制，并开发新的治疗策略	肝母细胞瘤及其治疗中的化疗反应	数字病理学	肝母细胞瘤	CRISPR-Cas9筛选	NA	RNA测序数据	小鼠模型中的细胞系
2286	2024-11-11	Inhibition of PNCK inflames tumor microenvironment and sensitizes head and neck squamous cell carcinoma to immune checkpoint inhibitors 2024-Oct-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009893 PMID:39395840	研究论文	研究探讨了PNCK在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的作用及其与免疫检查点抑制剂的关系	首次揭示了PNCK在调节肿瘤微环境（TME）和增强免疫检查点抑制剂敏感性中的关键作用	研究主要基于体外和体内实验，需要进一步的临床验证	探讨PNCK在HNSCC中的作用及其对免疫治疗的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其肿瘤微环境	癌症研究	头颈部鳞状细胞癌	测序技术、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	包括体外细胞实验、体内动物模型和公共数据库数据
2287	2024-11-11	Single-Cell RNA Profiling of Ocular Adnexal Sebaceous Carcinoma Reveals a Complex Tumor Microenvironment and Identifies New Biomarkers 2024-Oct-10, American journal of ophthalmology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.ajo.2024.10.001 PMID:39393421	研究论文	本文首次对眼附属器皮脂腺癌进行了单细胞分辨率的转录组分析，揭示了复杂的肿瘤微环境并鉴定了新的生物标志物	首次对眼附属器皮脂腺癌进行单细胞分辨率的转录组分析，揭示了肿瘤微环境的复杂性和新的生物标志物	研究样本量较小，仅包括六个患者样本	揭示眼附属器皮脂腺癌的肿瘤组成和转录组特征，发现潜在的免疫疗法、靶向疗法和生物标志物	眼附属器皮脂腺癌的肿瘤微环境和生物标志物	数字病理学	眼附属器皮脂腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六个患者样本，包括三个原发肿瘤、两个伴有Pagetoid扩散的肿瘤和一个正常睑板样本
2288	2024-11-11	Systematic Analysis of Human Colorectal Cancer scRNA-seq Revealed Limited Pro-tumoral IL-17 Production Potential in Gamma Delta T Cells 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.18.604156 PMID:39071278	研究论文	本研究重新分析了九个已发表的人类结直肠癌全组织单细胞RNA测序数据集，揭示了γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中产生促肿瘤IL-17的潜力有限	首次系统分析了γδ T细胞在结直肠癌中的IL-17产生潜力，并发现其主要功能为细胞毒性效应细胞而非IL-17产生者	研究仅基于已发表的数据集，未进行新的实验验证	探讨γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其产生IL-17的潜力	γδ T细胞在结直肠癌中的功能和IL-17产生潜力	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	165名结直肠癌患者，共951,785个细胞，其中18,483个为γδ T细胞
2289	2024-11-11	Advances in single-cell sequencing technology in microbiome research 2024-Jul, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2023.101129 PMID:38545125	综述	本文回顾了微生物检测技术的发展历史，分析了单细胞测序在微生物应用中的难点，并总结了新兴的微生物单细胞测序技术（Microbe-seq）的特点及应用前景	介绍了新兴的微生物单细胞测序技术（Microbe-seq）及其在微生物研究中的应用前景	Microbe-seq技术仍处于优化阶段	促进单细胞测序技术在微生物中的广泛应用并推动技术的进一步改进	微生物的基因型和功能表达	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
2290	2024-11-11	Ephrin Forward Signaling Controls Interspecies Cell Competition in Pluripotent Stem Cells 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.02.597057 PMID:38895424	研究论文	研究探讨了在小鼠和人类多能干细胞共培养中，Ephrin A配体在小鼠细胞中如何通过信号传导导致相邻的人类细胞死亡的机制	开发了一种跨物种细胞接触报告系统，揭示了Ephrin A配体在跨物种多能干细胞竞争中的关键作用	NA	阐明跨物种多能干细胞竞争在早期胚胎发生中的关键机制，并为在动物中生成人类化组织或器官开辟新途径	小鼠和人类多能干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2291	2024-11-11	Spatial transcriptomics reveals molecular dysfunction associated with cortical Lewy pathology 2024-Mar-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47027-8 PMID:38531900	研究论文	研究使用空间转录组学技术分析了与皮质Lewy病理相关的分子功能障碍	首次在帕金森病和相关痴呆症中识别出易受Lewy病理影响的特定兴奋性神经元类别，并描述了由聚集物引起的分子功能障碍的保守特征	NA	研究皮质神经元中Lewy病理相关的分子变化	帕金森病和相关痴呆症中的皮质神经元	数字病理学	帕金森病	空间转录组学	NA	转录组数据	包括帕金森病、Lewy体痴呆和预形成纤维α-突触核蛋白病变的鼠模型中的神经元
2292	2024-11-11	Identification of novel protein biomarkers from the blood and urine for the early diagnosis of bladder cancer via proximity extension analysis 2024-03-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04951-z PMID:38532419	研究论文	本研究通过邻近延伸分析技术，从血液和尿液中识别出膀胱癌的潜在新型蛋白质生物标志物，并建立了一种新的非侵入性检测方法用于早期诊断	本研究首次通过邻近延伸分析技术，从血液和尿液中识别出与膀胱癌发展相关的蛋白质生物标志物，并建立了一个诊断模型用于早期膀胱癌的检测	本研究仅在有限的样本量中验证了蛋白质生物标志物的表达，未来需要在更大规模的临床样本中进行验证	识别膀胱癌的早期诊断生物标志物，并建立一种新的非侵入性检测方法	膀胱癌患者和健康对照组的血液和尿液样本	数字病理学	膀胱癌	邻近延伸分析（PEA）	LASSO回归	蛋白质表达数据	99名膀胱癌患者和50名健康对照组
2293	2024-11-11	Spatial Transcriptomic and Metabolomic Landscapes of Oral Submucous Fibrosis-Derived Oral Squamous Cell Carcinoma and its Tumor Microenvironment 2024-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202306515 PMID:38229179	研究论文	本研究整合空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌及其肿瘤微环境的分子机制	首次发现部分口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌细胞在原位癌区域发生部分上皮-间质转化，获得成纤维细胞样表型并参与胶原蛋白沉积，并揭示了肿瘤微环境中上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞之间的复杂相互作用	NA	揭示口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌的分子机制	口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌及其肿瘤微环境	数字病理学	口腔癌	空间转录组学和空间代谢组学	NA	转录组和代谢组数据	NA
2294	2024-11-11	Pan-Cancer Drivers Are Recurrent Transcriptional Regulatory Heterogeneities in Early-Stage Luminal Breast Cancer 2021-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-1034 PMID:33531373	研究论文	本文研究了早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控，并识别出跨癌症类型的复发性基因异质性	本文改进了随机波动分析方法，结合10细胞RNA测序技术，识别出早期腔内乳腺癌中的复发性基因异质性，并发现这些基因与跨癌症类型的驱动基因有关	本文方法在敏感性、噪声和样本处理方面存在局限性	研究早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控，并识别出跨癌症类型的复发性基因异质性	早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	转录组数据	晚期发病、早期腔内乳腺癌患者
2295	2024-11-11	Mapping gene regulatory networks from single-cell omics data 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elx046 PMID:29342231	综述	本文综述了从单细胞组学数据中构建基因调控网络（GRN）的最新方法	讨论了单细胞转录组数据中噪声水平和数据稀疏性增加的挑战，并介绍了单细胞表观基因组学技术（如单细胞ATAC-seq和单细胞DNA甲基化分析）在解析基因调控程序中的应用	NA	探讨如何从单细胞数据中解析基因调控网络，以理解细胞异质性	单细胞转录组数据和单细胞表观基因组数据	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq, 单细胞DNA甲基化分析	NA	转录组数据, 表观基因组数据	NA
2296	2024-11-10	Multi-omics reveal immune microenvironment alterations in multiple myeloma and its precursor stages 2024-11-06, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01172-x PMID:39505839	研究论文	本研究系统地描述了多发性骨髓瘤及其前体阶段的肿瘤免疫微环境变化	首次全面分析了从单克隆丙种球蛋白病未定性（MGUS）和冒烟型多发性骨髓瘤（SMM）到新诊断多发性骨髓瘤的肿瘤免疫微环境变化	NA	系统地表征多发性骨髓瘤及其前体阶段的肿瘤免疫微环境和肿瘤-免疫相互作用	多发性骨髓瘤及其前体阶段的肿瘤免疫微环境	数字病理学	多发性骨髓瘤	CIBERSORT、质谱流式细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	包括健康供体在内的多个样本
2297	2024-11-10	Copper drives remodeling of metabolic state and progression of clear cell renal cell carcinoma 2024-Oct-31, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0187 PMID:39476412	研究论文	研究揭示了铜在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的积累及其对代谢状态和肿瘤进展的影响	首次系统性地探讨了铜在ccRCC中的作用，揭示了铜通过促进CuCOX生物合成来增强肿瘤生长，并提出了新的治疗靶点	NA	探讨铜在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对肿瘤代谢和进展的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	NA	肾癌	代谢组学、脂质组学、同位素标记葡萄糖和谷氨酰胺通量分析、转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据、代谢数据	肿瘤样本、细胞系、异种移植模型、PDX模型
2298	2024-11-10	FGF receptors mediate cellular senescence in the cystic fibrosis airway epithelium 2024-Jun-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174888 PMID:38916962	研究论文	研究探讨了纤维母细胞生长因子受体（FGFRs）在囊性纤维化（CF）气道上皮细胞衰老中的作用	首次揭示了FGFRs和MAPK p38信号通路在CF气道上皮细胞衰老中的作用，并提出了通过抑制FGFRs来减轻细胞衰老的治疗策略	研究主要基于体外模型和动物模型，尚未在人体中验证其有效性	探讨FGFRs在CF气道上皮细胞衰老中的作用及其对黏液纤毛清除功能的影响	囊性纤维化患者的气道上皮细胞	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括非CF和CF捐赠者的原代支气管上皮细胞、CF支气管上皮细胞系以及Cftr-/-大鼠
2299	2024-11-10	Contribution of VEGF-B-Induced Endocardial Endothelial Cell Lineage in Physiological Versus Pathological Cardiac Hypertrophy 2024-May-24, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.324136 PMID:38655691	研究论文	研究VEGF-B诱导的心内膜内皮细胞谱系在生理性和病理性心脏肥大中的作用	首次探讨了自分泌和旁分泌VEGF-B表达在转基因和基因转导小鼠中的心脏效应，揭示了VEGF-B诱导的特定心内膜来源内皮细胞群体的扩展及其在生理性和病理性心脏肥大中的不同作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨VEGF-B在心脏肥大中的作用及其对心脏功能的潜在影响	VEGF-B诱导的心内膜内皮细胞谱系及其在生理性和病理性心脏肥大中的作用	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	转基因小鼠模型
2300	2024-11-10	High throughput functional profiling of genes at intraocular pressure loci reveals distinct networks for glaucoma 2024-04-18, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddae003 PMID:38272457	研究论文	研究通过基因敲除和高通量功能分析，揭示了与青光眼相关基因的网络	首次在单细胞水平上通过高通量分析研究了基因敲除对眼内压相关基因的影响，并识别出三个具有相似转录组特征的基因网络	研究仅限于特定的细胞系和基因敲除，可能无法完全代表所有青光眼病例	旨在识别与原发性开角型青光眼相关的遗传和形态变异	原发性开角型青光眼相关的基因和细胞形态	数字病理学	青光眼	单细胞RNA测序	NA	图像和基因表达数据	62个基因在55个位点的敲除，包括五个非靶向对照组