单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22841	2024-08-09	Human Intestinal Organoids Maintain Self-Renewal Capacity and Cellular Diversity in Niche-Inspired Culture Condition 2018-12-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.11.016 PMID:30526881	研究论文	本文研究了在特定培养条件下维持人类肠道类器官自我更新能力和细胞多样性的方法	通过结合胰岛素样生长因子1（IGF-1）和成纤维细胞生长因子2（FGF-2），提高了人类肠道干细胞的克隆能力和CRISPR基因编辑效率，并实现了长期培养多种肠道类器官	NA	探索维持人类肠道类器官细胞多样性和自我更新能力的培养条件	人类肠道类器官及其细胞多样性和自我更新能力	NA	NA	CRISPR-基因编辑技术，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	包括人类和小鼠的小肠类器官
22842	2024-08-09	Single-cell mutation identification via phylogenetic inference 2018-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07627-7 PMID:30514897	研究论文	本文开发了一种新的方法SCIΦ，通过利用细胞间的进化关系，在单个肿瘤细胞中进行突变检测，并估计这些细胞的肿瘤系统发育	SCIΦ方法能够联合调用单个细胞中的突变并估计肿瘤系统发育，即使在高丢失率和缺失数据的情况下也能可靠地调用突变	NA	重建肿瘤进化是识别适当癌症治疗的关键方面	单个肿瘤细胞中的突变检测和肿瘤系统发育估计	数字病理学	乳腺癌，急性淋巴细胞白血病	单细胞测序	Markov Chain Monte Carlo	基因组数据	包括乳腺癌和急性淋巴细胞白血病的真实世界数据集
22843	2024-08-09	Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing 2018-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07582-3 PMID:30514914	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌相关成纤维细胞（CAFs）的三个不同亚群，并探讨了它们在肿瘤微环境中的空间分布和功能差异	首次通过单细胞RNA测序技术定义了乳腺癌相关成纤维细胞的三个不同亚群，并揭示了它们的不同起源和功能	研究主要基于遗传工程小鼠模型和实验模型，需要进一步在人类肿瘤中验证	揭示乳腺癌相关成纤维细胞的亚群及其在肿瘤微环境中的作用	乳腺癌相关成纤维细胞的亚群及其功能	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	768个间充质细胞的转录组
22844	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of Mouse Olfactory Bulb Reveals Cellular Heterogeneity and Activity-Dependent Molecular Census of Adult-Born Neurons 2018-12-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.034 PMID:30517858	研究论文	本文利用单细胞RNA测序和计算模型研究小鼠嗅球中的细胞异质性和成年新生神经元的活动依赖性分子普查	揭示了嗅球中不同神经元和非神经元细胞类型的转录异质性，并分析了成年新生中间神经元成熟过程中的分子变化	NA	研究嗅球中的细胞异质性和成年新生神经元的发育	小鼠嗅球中的神经元和非神经元细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	计算模型	基因表达数据	NA
22845	2024-08-09	Deep generative modeling for single-cell transcriptomics 2018-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0229-2 PMID:30504886	研究论文	介绍了一种用于单细胞转录组学的深度生成模型scVI，该模型利用随机优化和深度神经网络来整合相似细胞和基因的信息，并近似表达值的分布，同时考虑批次效应和有限敏感性	引入了单细胞变分推断（scVI）框架，这是一个可扩展的、用于单细胞基因表达概率表示和分析的工具	NA	开发一种能够处理单细胞转录组数据中技术噪声和偏差的模型	单细胞转录组数据	机器学习	NA	深度神经网络	深度生成模型	基因表达数据	NA
22846	2024-08-09	Inflammatory Cytokine TNFα Promotes the Long-Term Expansion of Primary Hepatocytes in 3D Culture 2018-11-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.11.012 PMID:30500539	研究论文	本文研究了炎症细胞因子TNFα在3D培养中促进原代肝细胞长期扩增的作用	首次展示了TNFα在体外3D培养中促进肝细胞长期扩增的能力，并实现了对受伤肝脏的显著再殖	NA	探究炎症细胞因子TNFα在3D培养中对肝细胞扩增的影响	原代肝细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
22847	2024-08-09	Exploiting antigen receptor information to quantify index switching in single-cell transcriptome sequencing experiments 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0208484 PMID:30517183	研究论文	本文利用免疫细胞上抗原受体的多样性和高度细胞特异性表达，量化了单细胞转录组测序实验中的索引切换问题	采用排除扩增（ExAmp）与HiSeq 3000/HiSeq 4000/HiSeq X测序系统的图案化流动池技术相结合，量化了索引切换的发生率	未检测到某些索引比其他索引更容易切换的一致模式，表明索引切换是一个随机过程	量化单细胞转录组测序实验中的索引切换问题	单细胞RNA-seq数据中的索引切换	下一代测序	NA	单细胞RNA测序	NA	序列数据	55个不同孔的数据
22848	2024-08-09	Hypothalamic cell diversity: non-neuronal codes for long-distance volume transmission by neuropeptides 2019-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2018.10.012 PMID:30471413	研究论文	本文探讨了下丘脑神经肽通过非神经细胞进行长距离体积传输的机制	利用单细胞RNA测序数据发现tanycytes和室管膜作为神经活性物质的替代来源，以及通过神经元-室管膜耦合介导的相位体积传输	NA	研究下丘脑神经肽的长距离体积传输及其在神经精神疾病中的作用	下丘脑细胞多样性及神经肽的体积传输机制	神经科学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
22849	2024-08-09	Recovery and analysis of transcriptome subsets from pooled single-cell RNA-seq libraries 2019-02-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gky1204 PMID:30496484	研究论文	本文开发了一种策略，通过物理方法恢复池化单细胞RNA测序库中的转录组子集，以提取更集中的基因表达信息	本文提出的方法通过物理恢复DNA分子，使隔离的分子能够通过另一轮DNA测序进行更深入的分析	NA	提高单细胞RNA测序库中基因表达信息的提取效率	单细胞RNA测序库中的转录组子集	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	DNA序列	从复杂的淋巴细胞混合物中重新采样了罕见的单个巨核细胞转录组，并进行了第二轮DNA测序
22850	2024-08-09	Human Wharton's Jelly Mesenchymal Stem Cells Show Unique Gene Expression Compared with Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells Using Single-Cell RNA-Sequencing 2019-02-01, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2018.0132 PMID:30484393	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术比较了人脐带华通胶间充质干细胞与骨髓间充质干细胞的基因表达差异	首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了人脐带华通胶间充质干细胞与骨髓间充质干细胞在基因表达上的显著差异	研究仅限于基因表达层面的比较，未涉及细胞功能的具体实验验证	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示人脐带华通胶间充质干细胞与骨髓间充质干细胞的基因表达差异，以探索其在临床应用中的优势	人脐带华通胶间充质干细胞与骨髓间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	436个显著差异表达基因
22851	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Microglia throughout the Mouse Lifespan and in the Injured Brain Reveals Complex Cell-State Changes 2019-01-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.11.004 PMID:30471926	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠一生中及脑损伤后微胶质细胞的RNA表达模式，揭示了微胶质细胞的复杂细胞状态变化	本研究首次揭示了至少九种转录上不同的微胶质细胞状态，这些状态表达独特的基因集并使用特定标记定位于大脑	NA	旨在更好地理解微胶质细胞的功能，并识别和调控健康和疾病中的特定亚群	小鼠一生中及脑损伤后的微胶质细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	超过76,000个单独的微胶质细胞样本
22852	2024-08-09	Comparative Analysis of Droplet-Based Ultra-High-Throughput Single-Cell RNA-Seq Systems 2019-01-03, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2018.10.020 PMID:30472192	研究论文	本文对三种广泛使用的基于液滴的超高通量单细胞RNA测序系统（inDrop、Drop-seq和10X Genomics Chromium）进行了系统比较分析	首次对这些系统进行了直接比较，揭示了各自的特征和适用场景	NA	比较不同超高通量单细胞RNA测序系统的性能和应用	基于液滴的超高通量单细胞RNA测序系统	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	同一细胞系
22853	2024-08-09	A complex auxiliary: IL-17/Th17 signaling during type 1 diabetes progression 2019-01, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2018.11.007 PMID:30472513	综述	本文综述了IL-17/Th17信号在1型糖尿病进展中的辅助作用	通过重新分析最近发表的单细胞测序和排序细胞批量测序数据集中的关键因子，提供了IL-17信号装置在胰岛内分泌细胞中普遍存在的证据	需要解决多个问题以评估抗IL-17疗法在治疗1型糖尿病中的潜在适用性	探讨IL-17在1型糖尿病进展中的作用及其在糖尿病并发症中的影响	IL-17/Th17信号在1型糖尿病中的作用及其在远端组织并发症中的影响	NA	1型糖尿病	单细胞测序	NA	测序数据	NA
22854	2024-08-09	A Deep Dive into Immunotherapy Resistance 2019-01, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-ND2018-010 PMID:30487234	研究论文	通过单细胞RNA测序，两组研究人员揭示了CD8+ T细胞和肿瘤细胞在驱动免疫疗法抗性中的不同作用	研究确定了两种不同的T细胞状态以及肿瘤细胞促进的T细胞排除程序，这些可能影响患者对免疫检查点阻断的反应	NA	探讨免疫疗法抗性的机制	CD8+ T细胞和肿瘤细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
22855	2024-08-09	KDM5 Histone Demethylase Activity Links Cellular Transcriptomic Heterogeneity to Therapeutic Resistance 2018-12-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2018.10.014 PMID:30472020	research paper	本文研究了KDM5组蛋白去甲基化酶活性与细胞转录组异质性及治疗抵抗之间的关系	揭示了KDM5A/B通过调节雌激素受体信号和减少细胞转录组异质性来增加对雌激素拮抗剂的敏感性	NA	探讨KDM5组蛋白去甲基化酶在治疗抵抗中的作用机制	KDM5A/B去甲基化酶活性及其与乳腺癌内分泌抵抗的关系	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	NA
22856	2024-08-09	A Population of Navigator Neurons Is Essential for Olfactory Map Formation during the Critical Period 2018-12-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2018.09.051 PMID:30482691	研究论文	本文识别了一组在关键期内对嗅觉图形成至关重要的“导航”神经元，并探讨了其在嗅觉系统中的作用机制	首次发现并描述了“导航”神经元在嗅觉图形成中的关键作用，并通过单细胞转录组分析揭示了其独特的分子特征	NA	研究关键期内嗅觉图形成的神经机制	导航神经元及其在嗅觉图形成中的作用	神经科学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
22857	2024-08-09	foxF-1 Controls Specification of Non-body Wall Muscle and Phagocytic Cells in Planarians 2018-12-03, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2018.10.030 PMID:30471994	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了扁虫（Planarians）中不同肌肉纤维类型的转录调控程序，并确定了foxF-1作为非体壁肌肉的主转录调控因子	首次详细描述了扁虫中不同肌肉纤维类型的转录调控程序，并揭示了foxF-1在调控肌肉细胞和吞噬细胞中的重要作用	NA	研究扁虫中不同肌肉纤维类型的转录调控程序及其在再生过程中的作用	扁虫的背腹肌（DVM）、肠道肌（IM）和咽肌的转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多种肌肉纤维类型
22858	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing unveils an IL-10-producing helper subset that sustains humoral immunity during persistent infection 2018-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07492-4 PMID:30487586	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了在持续感染期间，IL-10产生辅助子集在维持体液免疫中的关键作用	发现了在慢性病毒感染期间，IL-10和IL-21共产生的Tfh细胞在维持体液免疫中的新作用	NA	探究慢性病毒感染期间CD4 T细胞的转录变化及其在体液免疫中的作用	IL-10表达的CD4 T细胞及其在慢性感染中的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用IL-10和IL-21双报告小鼠进行研究
22859	2024-08-09	Single cell RNA-sequencing identifies a metabolic aspect of apoptosis in Rbf mutant 2018-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07540-z PMID:30479347	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了Rbf突变在果蝇眼发育中的影响，并发现了一种与细胞凋亡相关的代谢变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了Rbf突变引起的细胞内酸化及其对细胞凋亡的影响	NA	探究Rbf突变在果蝇眼发育中的细胞类型特异性影响	Rbf突变在果蝇眼发育中的影响及其对细胞凋亡的敏感性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	11,500个野生型眼盘细胞
22860	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Characterizes Cell Types in the Subventricular Zone and Uncovers Molecular Defects Impairing Adult Neurogenesis 2018-11-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.003 PMID:30485812	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术，对成年小鼠大脑的最大生殖区域——侧脑室下带（SVZ）的细胞类型进行了分子细胞图谱的构建，并揭示了LRP2缺失小鼠中神经发生受损的分子缺陷。	首次全面且无偏倚的单细胞RNA测序，揭示了SVZ中超过20种神经和非神经细胞类型的分子特征，并预测了神经发生的动态变化。	NA	研究成年大脑的可塑性和修复机制，特别是神经干细胞（NSCs）在SVZ中的作用。	成年小鼠大脑的侧脑室下带（SVZ）中的神经干细胞（NSCs）及其相关细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	计算分析模型	RNA	超过20种神经和非神经细胞类型