单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22821	2024-08-09	Simultaneous multiplexed amplicon sequencing and transcriptome profiling in single cells 2019-01, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0259-9 PMID:30559431	研究论文	描述了一种名为DART-seq的技术，该技术能够在单细胞水平上同时进行多重扩增子测序和转录组分析	DART-seq技术具有多功能性，能够在单细胞中同时进行多重扩增子测序和转录组分析	NA	开发和应用DART-seq技术，以在单细胞水平上同时进行多重扩增子测序和转录组分析	非A尾的片段dsRNA病毒转录本和感染细胞的转录组，以及B淋巴细胞的天然配对可变区域重链和轻链扩增子和转录组	基因组学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	单细胞
22822	2024-08-09	Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution 2019-01, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-018-0290-x PMID:30559489	观点	本文探讨了单细胞和单分子表观基因组技术在揭示基因组调控和动态方面的最新进展	介绍了这些技术如何用于识别新的基因调控模式，并强调了表观基因组技术在理解细胞多样性和发现基因调控机制中的重要性	NA	探讨单细胞和单分子表观基因组技术在基因调控研究中的应用	单细胞和单分子表观基因组技术	表观基因组学	NA	单细胞和单分子表观基因组技术	NA	表观基因组数据	NA
22823	2024-08-09	Virus-inclusive single-cell RNA sequencing reveals the molecular signature of progression to severe dengue 2018-12-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1813819115 PMID:30530648	研究论文	本研究利用病毒包含的单细胞RNA测序技术，分析了登革热患者和健康对照者的外周血单个核细胞的转录组，以揭示登革热严重进展的分子特征	首次采用病毒包含的单细胞RNA测序技术，分析了登革热患者外周血单个核细胞中的病毒RNA，并识别了与严重登革热进展相关的特定免疫细胞亚型和基因表达模式	研究样本量较小，仅包括六名登革热患者和四名健康对照者	揭示登革热病毒感染导致严重并发症的分子机制，并寻找预测严重登革热进展的生物标志物	登革热病毒感染的外周血单个核细胞	数字病理学	登革热	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六名登革热患者和四名健康对照者的外周血单个核细胞
22824	2024-08-09	High-affinity allergen-specific human antibodies cloned from single IgE B cell transcriptomes 2018-12-14, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aau2599 PMID:30545888	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了食物过敏个体的单个IgE B细胞的基因表达和剪接模式	发现了IgE抗体在无关个体中经历相同基因重排的趋同进化现象，并获得了对花生过敏原Ara h 2和Ara h 3的高亲和力和意外交叉反应性	NA	揭示IgE B细胞转录组学特性并促进对该抗体类的生化分析	食物过敏个体的单个IgE B细胞	免疫学	过敏反应	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自食物过敏个体的单个IgE B细胞
22825	2024-08-09	MISC: missing imputation for single-cell RNA sequencing data 2018-12-14, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-018-0638-y PMID:30547798	研究论文	本文提出了一种名为MISC的新模型，用于解决单细胞RNA测序数据中高比例缺失值的问题	MISC模型采用混合机器学习方法，通过二分类问题转换和回归模型来恢复缺失数据，提高了细胞类型分类的准确性	NA	旨在准确恢复单细胞RNA测序数据中的缺失值	单细胞RNA测序数据中的缺失值	机器学习	慢性髓性白血病	单细胞RNA测序	混合机器学习模型	RNA-seq表达矩阵	慢性髓性白血病数据、小鼠大脑初级体感皮层和海马CA1区域细胞数据
22826	2024-08-09	Heterogeneous Responses of Hematopoietic Stem Cells to Inflammatory Stimuli Are Altered with Age 2018-12-11, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.056 PMID:30540934	研究论文	研究探讨了长期造血干细胞（LT-HSCs）在炎症刺激下对年龄的异质性反应	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）识别了在老年LT-HSCs中普遍存在的一种偏向髓系的LT-HSC亚群（mLT-HSCs），并鉴定了CD61作为mLT-HSCs的标记物	NA	研究LT-HSCs在不同年龄下对炎症刺激的反应差异及其分子机制	长期造血干细胞（LT-HSCs）及其在不同年龄下的功能变化	NA	髓系白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
22827	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Profiling of Mouse and hESC-Derived Pancreatic Progenitors 2018-12-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.11.008 PMID:30540962	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了来自Neurog3-Cre; Rosa26胚胎的小鼠胚胎日15.5和18.5的胰腺细胞以及hESC衍生的GFP+细胞，以研究胰腺内分泌前体细胞的特征	本研究首次详细描述了小鼠和hESC衍生的内分泌前体细胞的单细胞转录组特征，并揭示了与前体细胞、内分泌细胞或先前未描述的细胞状态相关的标记物	NA	研究旨在通过深入了解β细胞在胚胎发育过程中的形成机制，以改进hESC分化为功能性β样细胞的协议	研究对象包括小鼠胚胎胰腺细胞和hESC衍生的内分泌前体细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	共分析了6,905个小鼠胚胎日15.5的胰腺细胞、6,626个小鼠胚胎日18.5的胰腺细胞和4,462个hESC衍生的GFP+细胞
22828	2024-08-09	An integrated enrichment system to facilitate isolation and molecular characterization of single cancer cells from whole blood 2018-12, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.23599 PMID:30549400	研究论文	本文介绍了一种集成富集系统，用于从全血中高效分离和分子表征单个癌细胞	该系统结合了磁性分离器和声学微流控聚焦芯片，实现了与荧光激活细胞分选（FACS™）和单细胞测序的在线富集，提高了癌细胞的回收率和下游分析的兼容性	目前仅在体外实验中验证了该系统的有效性，尚未在临床样本中进行广泛验证	开发一种高效的方法来分离和表征循环肿瘤细胞（CTCs），以支持个性化医疗和癌症诊断	循环肿瘤细胞（CTCs）及其在全血中的分离和分子表征	数字病理学	前列腺癌	单细胞mRNA测序	NA	细胞	体外实验中使用了掺入的外周血中的前列腺癌细胞
22829	2024-08-09	Insights Into Local Orbital Immunity: Evidence for the Involvement of the Th17 Cell Pathway in Thyroid-Associated Ophthalmopathy 2019-05-01, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/jc.2018-01626 PMID:30517642	研究论文	本研究探讨了甲状腺相关眼病（TAO）中眼眶免疫微环境与疾病发展的关联，并发现Th17细胞途径在TAO中的重要作用。	首次揭示了TAO眼眶微环境中Th17和Th2细胞反应的增加，以及CD34+眼眶成纤维细胞在促进Th17细胞表型中的作用。	NA	研究甲状腺相关眼病（TAO）中眼眶免疫微环境与疾病发展的关联。	TAO和对照组的眼眶结缔组织。	NA	甲状腺相关眼病	单细胞测序、多色流式细胞术、共培养实验和western blotting	NA	细胞	TAO和对照组的眼眶结缔组织样本
22830	2024-08-09	GABA promotes β-cell proliferation, but does not overcome impaired glucose homeostasis associated with diet-induced obesity 2019-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.201801397R PMID:30509117	研究论文	本研究探讨了γ-氨基丁酸（GABA）对健康和糖耐量受损/肥胖小鼠β细胞的影响，发现GABA能增加β细胞数量，但对高脂饮食诱导的胰岛素抵抗和糖耐量受损无改善作用。	本研究首次揭示了GABA在单细胞水平上对β细胞增殖的影响，并发现GABA处理后β细胞中特定基因表达的变化。	研究未探讨GABA对β细胞功能长期影响的机制，且样本量较小。	探讨GABA对β细胞增殖及糖代谢的影响。	健康和糖耐量受损/肥胖小鼠的β细胞。	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
22831	2024-08-09	Mesenchymal Precursor Cells in Adult Nerves Contribute to Mammalian Tissue Repair and Regeneration 2019-02-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.10.024 PMID:30503141	研究论文	本文提供了证据，表明受伤的外周神经提供了间充质前体细胞的储备，这些细胞可以直接参与小鼠指尖再生和皮肤修复	本文首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，识别出在正常和受伤的成年神经中转录上不同的间充质细胞群，包括具有间充质前体细胞特征的神经嵴来源的细胞	NA	研究外周神经在调节组织修复和再生中的作用	间充质前体细胞在成年神经中的作用及其对组织修复和再生的贡献	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
22832	2024-08-09	High-throughput single-cell transcriptomics on organoids 2019-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2018.11.002 PMID:30504008	研究论文	本文探讨了在类器官系统中使用高通量单细胞转录组学技术进行高分辨率分析的方法	结合单细胞基因组学和类器官技术，为个性化医疗带来深远影响	NA	分析和操控人类发育，生成疾病特定模型	从人类干细胞培养的三维组织（类器官）	单细胞基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	RNA	涉及大脑、肠道、肝脏和肾脏等组织的类器官细胞
22833	2024-08-09	Single-cell sequencing in ovarian cancer: a new frontier in precision medicine 2019-02, Current opinion in obstetrics & gynecology IF:2.2Q2 DOI:10.1097/GCO.0000000000000516 PMID:30507625	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序数据在指导卵巢癌治疗决策中的进展、应用和挑战	单细胞测序技术提供了表征卵巢癌肿瘤组织异质性的手段，并有机会确定影响临床结果的关键分子特性	大多数研究使用的是批量样本，导致数据代表所有细胞的平均值	提高对肿瘤细胞异质性的理解，以指导个性化癌症治疗	卵巢癌的单细胞RNA测序数据	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
22834	2024-08-09	Autocrine regulation of mesenchymal progenitor cell fates orchestrates tooth eruption 2019-01-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1810200115 PMID:30509999	研究论文	本文研究了牙囊中的间充质祖细胞在牙齿萌发过程中的自分泌调节机制	揭示了PTHrP-PPR自分泌信号如何维持牙囊中间充质祖细胞的生理细胞命运，以建立功能性牙周附着装置并协调牙齿萌发	NA	探讨牙囊中间充质祖细胞的身份及其如何受PTHrP-PPR信号调控	牙囊中的间充质祖细胞及其在牙齿萌发中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了tamoxifen-inducible小鼠进行细胞谱系分析
22835	2024-08-09	Advantages of Single-Nucleus over Single-Cell RNA Sequencing of Adult Kidney: Rare Cell Types and Novel Cell States Revealed in Fibrosis 2019-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2018090912 PMID:30510133	研究论文	本文比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在成年小鼠肾脏中的应用，特别是在纤维化肾脏中的表现	snRNA-seq在成年肾脏中实现了与scRNA-seq相当的基因检测，同时具有减少分离偏差、兼容冷冻样本、消除分离诱导的转录应激反应等优势	NA	探讨单核RNA测序在成年肾脏研究中的优势，特别是在纤维化肾脏中的应用	成年小鼠肾脏，特别是纤维化肾脏	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA序列	总共生成了11,391个转录组
22836	2024-08-09	Myelodysplastic syndrome progression to acute myeloid leukemia at the stem cell level 2019-01, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0267-4 PMID:30510255	研究论文	研究探讨了骨髓增生异常综合征（MDS）向急性髓系白血病（AML）进展过程中干细胞水平的变化	通过靶向深度测序结合单细胞测序，揭示了MDS阶段干细胞具有更高的亚克隆复杂性，并含有大量与衰老相关的变异	NA	确定MDS向AML进展的细胞起源和机制	MDS进展至AML患者的纵向样本中的高度分馏干细胞群体	数字病理学	骨髓增生异常综合征	靶向深度测序，单细胞测序	NA	细胞	MDS进展至AML患者的纵向样本
22837	2024-08-09	Visualizing and Interpreting Single-Cell Gene Expression Datasets with Similarity Weighted Nonnegative Embedding 2018-12-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.10.015 PMID:30528274	研究论文	本文介绍了一种名为相似性加权非负嵌入（SWNE）的新方法，用于可视化和解释单细胞基因表达数据集	SWNE方法通过非负矩阵分解将基因表达矩阵分解为生物学相关因子，并在2D可视化中嵌入细胞、基因和因子，同时使用相似性矩阵平滑嵌入，从而增强了数据集的解释性	NA	开发一种新的方法来可视化和解释单细胞基因表达数据集，以更好地理解细胞类型和发育轨迹	单细胞基因表达数据集，特别是造血祖细胞和人类脑细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解	相似性加权非负嵌入（SWNE）	基因表达数据	造血祖细胞和人类脑细胞的单细胞RNA测序数据
22838	2024-08-09	Spatial Analysis of Single Fiber Cells of the Developing Ocular Lens Reveals Regulated Heterogeneity of Gene Expression 2018-Dec-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2018.11.024 PMID:30508719	研究论文	研究了发育中的眼晶状体中单个纤维细胞的空间转录组学，揭示了基因表达的调控异质性	首次在单细胞水平上研究了17种已知晶体蛋白和77种非晶体蛋白基因在不同分化阶段的表达	NA	探究基因活性与眼晶状体纤维细胞形态之间的关系	眼晶状体中的单个纤维细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	来自三个不同分化状态/区域的单个纤维细胞
22839	2024-08-09	Extensive cellular heterogeneity of X inactivation revealed by single-cell allele-specific expression in human fibroblasts 2018-12-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1806811115 PMID:30510006	研究论文	本文通过结合深度单细胞RNA测序和全基因组测序，研究了人类成纤维细胞中X染色体失活（XCI）的单细胞分辨率下的等位基因特异性表达	本文开发了一种新方法来识别和排除细胞双联体，并发现了一种新的XCI细胞异质性，即“失活”细胞和“逃逸”细胞	NA	研究X染色体失活（XCI）在单细胞水平上的细胞异质性	人类成纤维细胞和淋巴母细胞单细胞	NA	NA	单细胞RNA测序，全基因组测序	NA	基因表达数据	935个成纤维细胞和48个淋巴母细胞单细胞，来自五个女性个体
22840	2024-08-09	Human bone marrow assessment by single-cell RNA sequencing, mass cytometry, and flow cytometry 2018-12-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.124928 PMID:30518681	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术对人类骨髓细胞进行了综合评估	首次证明了这些单细胞分析技术在多样本人群样本中交叉验证和重复识别生物变异的能力	技术重复性较好，但生物重复性存在变异	评估单细胞分析技术在人类骨髓细胞中的应用	人类骨髓细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术	NA	单细胞RNA数据	20名健康成年捐赠者