单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22781	2024-08-09	Differential NOVA2-Mediated Splicing in Excitatory and Inhibitory Neurons Regulates Cortical Development and Cerebellar Function 2019-02-20, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2018.12.019 PMID:30638744	研究论文	研究通过开发NOVA2 cTag-CLIP技术，分析了小鼠大脑中不同神经元群体的RNA结合蛋白（RBP）-RNA图谱，揭示了NOVA2在兴奋性和抑制性神经元中对选择性剪接（AS）的不同调控作用及其对皮质发育和小脑功能的影响	开发了NOVA2 cTag-CLIP技术，用于生成功能性RBP-RNA图谱，并揭示了NOVA2在不同神经元类型中对选择性剪接的差异调控	NA	研究RNA结合蛋白在不同细胞类型中的遗传多样性调控	小鼠大脑中的兴奋性和抑制性神经元	NA	NA	NOVA2 cTag-CLIP, 单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠大脑中的不同神经元群体
22782	2024-08-09	Structurally Conserved Primate LncRNAs Are Transiently Expressed during Human Cortical Differentiation and Influence Cell-Type-Specific Genes 2019-02-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.12.006 PMID:30639214	研究论文	本文通过生成来自人类、黑猩猩、猩猩和猕猴的多能干细胞的大脑皮层类器官，并对其转录组进行每周时间点的测序，以比较分析，发现并研究了结构上保守的长非编码RNA（lncRNA）在人类皮层分化中的表达及其对细胞类型特异性基因的影响。	本研究首次系统地比较了多种灵长类动物大脑皮层类器官的转录组，发现了大量结构上保守的lncRNA，并揭示了这些lncRNA在特定细胞类型中的瞬时表达及其对基因调控的影响。	研究主要集中在实验室条件下生成的类器官，可能与真实大脑环境存在差异；此外，研究样本仅限于几种灵长类动物，可能无法完全代表所有灵长类动物的特征。	探索灵长类动物大脑皮层扩张的分子机制，特别是长非编码RNA在其中的作用。	人类、黑猩猩、猩猩和猕猴的大脑皮层类器官及其转录组。	分子生物学	NA	转录组测序	NA	转录组数据	2,975个人类多外显子lncRNA，其中2,472个在至少一个其他物种中结构保守，920个在所有物种中保守。
22783	2024-08-09	Reference-based analysis of lung single-cell sequencing reveals a transitional profibrotic macrophage 2019-02, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-018-0276-y PMID:30643263	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了博莱霉素诱导的小鼠肺纤维化中的巨噬细胞异质性，并发现了一种与纤维化相关的过渡性巨噬细胞亚群	本文首次在体内研究了特定巨噬细胞亚群在支持纤维化中的作用，并开发了一种新的计算框架SingleR，用于通过参考大量转录组来注释单细胞RNA测序数据	NA	研究肺纤维化中巨噬细胞的异质性及其在纤维化过程中的作用	博莱霉素诱导的小鼠肺纤维化中的巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	小鼠模型及特发性肺纤维化患者样本
22784	2024-08-09	Hedgehog signaling patterns the oral-aboral axis of the mandibular arch 2019-01-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.40315 PMID:30638444	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和原位基因表达分析，揭示了刺猬信号通路和Bmp4在鼠胚胎下颌弓的口背轴上的互补激活模式	首次详细描述了刺猬信号通路在下颌弓口背轴模式化中的作用，并揭示了其通过Foxf1/2转录因子指定口侧命运的机制	NA	探讨脊椎动物下颌发育中口背轴模式化的分子机制	鼠胚胎下颌弓中的神经嵴来源的间充质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序, 原位分析	NA	基因表达数据	NA
22785	2024-08-09	Dosage sensitivity of X-linked genes in human embryonic single cells 2019-Jan-14, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-5432-8 PMID:30642250	研究论文	本文通过重新分析基于RNA测序的人类胚胎单细胞转录组数据集，探讨了X连锁基因在人类胚胎单细胞中的剂量敏感性	发现X连锁基因在男性细胞中并未两倍上调，而在女性细胞中逐渐减少至两倍，这与Ohno的假设相矛盾	研究仅基于RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证	验证X连锁基因在人类胚胎单细胞中的剂量敏感性，并探讨Ohno假设的有效性	人类胚胎单细胞中的X连锁基因表达	NA	NA	RNA测序	NA	转录组数据	涉及多个胚胎阶段的单细胞样本
22786	2024-08-09	Single-cell transcriptomic analysis of mouse neocortical development 2019-01-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-08079-9 PMID:30635555	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠新皮质发育过程中的细胞和分子过程	首次在单细胞水平上揭示了小鼠新皮质发育过程中的细胞类型多样性及其在神经发育过程中的作用	NA	深入理解哺乳动物大脑皮质发育过程中的细胞和分子机制	小鼠新皮质在胚胎期和出生后的细胞类型及其功能状态	数字病理学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠新皮质在胚胎期14.5天和出生后的样本
22787	2024-08-09	Single-Cell Analysis of Regional Differences in Adult V-SVZ Neural Stem Cell Lineages 2019-01-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.12.044 PMID:30625322	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序，分析了成年小鼠V-SVZ区域神经干细胞谱系的分子图谱，揭示了区域和性别差异以及神经发生和少突胶质发生的倾向性	本研究首次在单细胞水平上揭示了侧壁和隔壁星形胶质细胞在神经发生和少突胶质发生方面的谱系潜能偏倚，并识别了标记神经发生和少突胶质细胞谱系进展关键时间步骤的转录因子共表达模块	NA	探讨成年大脑中神经发生和少突胶质发生的功能性空间多样性及其分子相关性	成年小鼠V-SVZ区域的神经干细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自雄性和雌性小鼠的V-SVZ区域细胞
22788	2024-08-09	Kidney and organoid single-cell transcriptomics: the end of the beginning 2020-02, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-018-4177-y PMID:30607565	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在肾脏发育和疾病中的应用及其最新进展	揭示了细胞间未预见的细胞谱系关系，定义了肾脏类器官中非目标细胞类型的存在，并展示了人类肾脏同种异体移植中多样化的炎症反应	NA	总结单细胞RNA测序技术在肾脏领域的快速进展，并概述其未来发展方向	肾脏类器官、发育中的小鼠和人类肾脏、成年肾脏及肾脏癌	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个scRNA-seq数据集
22789	2024-08-09	Single-cell RNA-seq interpretations using evolutionary multiobjective ensemble pruning 2019-08-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty1056 PMID:30596898	研究论文	本文提出了一种进化多目标集成剪枝算法（EMEP），用于解决单细胞RNA测序数据分析中的实验噪声、数值不稳定、高维度和计算可扩展性等问题	EMEP算法通过无监督降维和多目标优化，动态选择合适的聚类结果，提高了细胞类型发现的性能	NA	开发一种新的计算方法，以克服现有单细胞RNA测序数据分析方法的局限性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	进化多目标优化	基因表达数据	55个模拟数据集和7个真实单细胞RNA测序数据集，包括一个大规模数据集，包含3005个细胞和4412个基因
22790	2024-08-09	Challenges in unsupervised clustering of single-cell RNA-seq data 2019-05, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-018-0088-9 PMID:30617341	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序数据无监督聚类所面临的挑战	NA	NA	探讨单细胞RNA测序数据无监督聚类的计算难题及其生物学解释和注释的困难	单细胞RNA测序数据的无监督聚类	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
22791	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq of follicular lymphoma reveals malignant B-cell types and coexpression of T-cell immune checkpoints 2019-03-07, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2018-08-862292 PMID:30591526	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了来自6个原发性滤泡性淋巴瘤肿瘤的34,188个细胞的转录组，揭示了恶性B细胞类型及其与T细胞免疫检查点的共表达模式	首次通过单细胞RNA测序揭示了滤泡性淋巴瘤中恶性B细胞的亚克隆多样性及其与T细胞免疫检查点的共表达模式	研究仅限于6个原发性滤泡性淋巴瘤肿瘤，样本量较小，可能影响结果的普遍性	解析滤泡性B细胞淋巴瘤的转录网络，并探索肿瘤微环境中免疫调节的基因网络	滤泡性淋巴瘤中的恶性B细胞及其与T细胞免疫检查点的共表达模式	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	34,188个细胞来自6个原发性滤泡性淋巴瘤肿瘤
22792	2024-08-09	High-throughput single-molecule RNA imaging analysis reveals heterogeneous responses of cardiomyocytes to hemodynamic overload 2019-03, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2018.12.018 PMID:30611794	研究论文	本文通过高吞吐量的单分子RNA成像分析方法，研究了心肌细胞对血流动力学超负荷的异质性反应	开发了一种新的图像分析流程，实现了单细胞水平基因表达的自动和无偏量化	NA	探究心肌细胞在血流动力学超负荷下的基因表达变化	心肌细胞在血流动力学超负荷下的反应	数字病理学	心血管疾病	单细胞定量PCR (sc-qPCR), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单分子荧光原位杂交 (smFISH)	NA	图像	来自压力超负荷小鼠心脏的心肌细胞和横截面，早期肥大阶段（2周，TAC2W）和晚期心衰阶段（8周，TAC8W）
22793	2024-08-09	Dysfunctional CD8 T Cells Form a Proliferative, Dynamically Regulated Compartment within Human Melanoma 2019-02-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.11.043 PMID:30595452	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析了25名黑色素瘤患者肿瘤内CD4和CD8 T细胞的行为，发现CD8 T细胞从早期效应“过渡”状态持续进展到功能失调状态，并揭示了功能失调的T细胞是肿瘤内主要的增殖性免疫细胞。	首次揭示了CD8 T细胞在人类黑色素瘤中的动态分化和增殖行为，并指出先前被定义为耗竭的CD8 T细胞实际上是一个高度增殖、克隆和动态分化的细胞群体。	研究样本仅限于25名黑色素瘤患者，可能限制了结果的普遍性。	探究人类黑色素瘤中肿瘤免疫细胞的组成及其对免疫疗法反应的影响。	黑色素瘤患者的肿瘤内CD4和CD8 T细胞。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	25名黑色素瘤患者
22794	2024-08-09	Developmental Heterogeneity of Microglia and Brain Myeloid Cells Revealed by Deep Single-Cell RNA Sequencing 2019-01-16, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2018.12.006 PMID:30606613	研究论文	本研究利用深度单细胞RNA测序技术揭示了小胶质细胞和脑髓样细胞在不同发育阶段的异质性	发现了与增殖区域相关的小胶质细胞（PAM）子集，该子集在发育中的白质中主要存在，并具有与退行性疾病相关小胶质细胞（DAM）相似的基因特征	NA	探讨小胶质细胞在不同发育阶段和成年期的功能是否由不同子集执行	小胶质细胞和相关髓样细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	胚胎、早期新生和成年小鼠脑的多个区域的小胶质细胞和相关髓样细胞
22795	2024-08-09	A Genome-wide Framework for Mapping Gene Regulation via Cellular Genetic Screens 2019-01-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.11.029 PMID:30612741	研究论文	本文提出了一种基于表达数量性状位点（eQTL）的框架，通过CRISPR/Cas9介导的扰动和单细胞RNA测序，大规模映射增强子-基因对	该研究通过引入随机组合的CRISPR/Cas9扰动，结合单细胞RNA测序技术，成功映射了大量增强子-基因对，为解析人类基因组中的顺式调控景观提供了新方法	研究主要集中在常见变异和连锁不平衡的范围内，可能无法涵盖所有类型的基因调控元素	旨在开发一种新的方法来大规模映射增强子-基因调控相互作用	研究对象包括5,920个候选增强子和254,974个单细胞转录组	基因组学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因组数据, 转录组数据	5,920个候选增强子, 254,974个单细胞转录组
22796	2024-08-09	Genomic encoding of transcriptional burst kinetics 2019-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0836-1 PMID:30602787	研究论文	本文利用等位基因敏感的单细胞RNA测序技术，研究了小鼠和人类基因组中转录爆发的频率和大小，并揭示了增强子和核心启动子元素对转录爆发动力学的影响	首次使用等位基因敏感的单细胞RNA测序技术，全面分析了内源性基因的转录爆发频率和大小，并发现了增强子和核心启动子元素在转录爆发动力学中的协同作用	NA	探究哺乳动物基因表达中的转录爆发动力学，并确定增强子和核心启动子元素在其中的作用	小鼠和人类基因组中的转录爆发频率和大小	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠和人类基因组
22797	2024-08-09	Identification of cancer subtypes from single-cell RNA-seq data using a consensus clustering method 2018-Dec-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-018-0433-z PMID:30598115	研究论文	本文介绍了一种共识聚类框架conCluster，用于从单细胞RNA测序数据中识别癌症亚型	conCluster通过集成策略融合多个基本分区以达成共识聚类，能更准确地检测癌症亚型	NA	研究旨在通过单细胞RNA测序数据识别癌症亚型	人类癌症的细胞异质性及其分子特征	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	共识聚类	基因表达数据	涉及多个真实的癌症scRNA-seq数据集
22798	2024-08-09	Single-Cell Ssequencing in Cancer: Recent Applications to Immunogenomics and Multi-omics Tools 2018-Dec, Genomics & informatics DOI:10.5808/GI.2018.16.4.e17 PMID:30602078	综述	本文综述了单细胞测序技术在癌症研究中的最新应用，特别是在免疫基因组学和多组学工具方面	单细胞多组学方法的应用突破了传统批量测序方法在数据分辨率上的限制，提供了对肿瘤进化动态、免疫逃避、转移和治疗抵抗的更细致理解	NA	探讨单细胞多组学方法在肿瘤研究中的应用及其在免疫治疗领域的最新发现	癌症肿瘤的异质性及其进化动态、免疫逃避、转移和治疗抵抗	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据	NA
22799	2024-08-09	Comparison of clustering tools in R for medium-sized 10x Genomics single-cell RNA-sequencing data 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15809.2 PMID:30228881	研究论文	本文比较了R语言中多种聚类工具对中等规模的10x Genomics单细胞RNA测序数据的性能	首次系统地评估了多种聚类方法在10x Genomics单细胞RNA测序数据上的准确性、运行时间和鲁棒性	研究结果表明不同方法的聚类结果差异较大，选择合适的聚类工具对数据解读至关重要	评估不同聚类工具在10x Genomics单细胞RNA测序数据上的性能	10x Genomics单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类方法	基因表达数据	包括一个黄金标准数据集和多个白银标准数据集
22800	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of the Pancreatic Islets--a Promise Not yet Fulfilled? 2019-03-05, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2018.11.016 PMID:30581120	研究论文	本文综述了过去三年中单细胞RNA测序技术在胰腺胰岛细胞研究中的应用及其进展	单细胞RNA测序技术首次实现了对罕见内分泌细胞类型的转录定义，如生长激素释放肽产生的ɛ细胞	关于细胞类型特异性基因表达变化在2型糖尿病中的结论可能需要在大样本量可用时重新审视	探讨单细胞RNA测序技术在胰腺胰岛细胞类型鉴定和疾病状态下的应用	胰腺胰岛细胞，特别是α细胞和β细胞及其在疾病中的变化	数字病理学	代谢性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠和人的胰腺胰岛细胞