单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2261	2024-11-13	High-Dimensional Single-Cell Multimodal Landscape of Human Carotid Atherosclerosis 2024-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320524 PMID:38385291	研究论文	研究通过单细胞多模态分析揭示了人类颈动脉粥样硬化的细胞组成和特征	首次全面描述了颈动脉粥样硬化病变中细胞的转录组和表型景观，并开发了用于分离病变中细胞的流式细胞术面板	NA	深入了解颈动脉粥样硬化病变中细胞的全面转录组和表型景观	颈动脉粥样硬化病变中的细胞类型及其与临床病理生理学的关联	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	21个样本（其中13个有症状）
2262	2024-11-13	FixNCut: single-cell genomics through reversible tissue fixation and dissociation 2024-03-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03219-5 PMID:38553769	研究论文	介绍了一种名为FixNCut的方法，用于可逆的组织固定和解离，以提高单细胞基因组学在临床应用中的鲁棒性和可重复性	FixNCut方法克服了现有技术的局限性，能够在固定和解离过程中保持RNA完整性、测序库复杂性和细胞组成，同时减少应激相关的人工假象	NA	开发一种新的方法，以提高单细胞技术在临床应用中的鲁棒性和可重复性	人类和小鼠的组织	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的组织样本
2263	2024-11-13	Single-cell time series analysis reveals the dynamics of HSPC response to inflammation 2024-03, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302309 PMID:38110222	研究论文	研究了HSPC在炎症反应中的动态变化和异质性	开发了新的计算方法来处理和分析单细胞时间序列数据，包括无偏细胞类型注释和丰度分析、全局和细胞类型特异性响应基因的鉴定工具，以及用于响应伪时间重建的半监督线性回归方法	NA	研究HSPC在急性炎症中的动态变化	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	NA	NA	单细胞测序	半监督线性回归	单细胞时间序列数据	10,046个细胞，来自四个时间点，涵盖炎症反应的前72小时
2264	2024-11-13	Exploration of neuron heterogeneity in human heart failure with dilated cardiomyopathy through single-cell RNA sequencing analysis 2024-02-03, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-024-03739-9 PMID:38310240	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析探索扩张型心肌病（DCM）患者心脏衰竭中神经元的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了DCM患者心脏衰竭中神经元的异质性及其在免疫和炎症反应中的潜在作用	研究仅限于GSE183852和GSE120895数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探索扩张型心肌病（DCM）患者心脏衰竭中神经元的异质性	DCM患者和健康对照样本中的神经元	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	GSE183852数据集中的DCM患者和慢性心力衰竭患者及健康对照样本
2265	2024-11-13	Single-cell RNA sequencing reveals hub genes of myocardial infarction-associated endothelial cells 2024-01-24, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-024-03727-z PMID:38267885	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了心肌梗死相关内皮细胞的枢纽基因	首次通过单细胞RNA测序技术分析心肌梗死和假手术小鼠的内皮细胞，识别出关键的枢纽基因，并验证了这些基因对内皮细胞迁移和管形成的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证结果	揭示心肌梗死相关内皮细胞的具体机制，并识别关键的枢纽基因	心肌梗死和假手术小鼠的内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	心肌梗死和假手术小鼠的单细胞RNA测序数据，以及人类脐静脉内皮细胞的培养数据
2266	2024-11-13	Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness 2024-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.10.574997 PMID:38260455	研究论文	研究探讨了机械微环境如何通过机械敏感的基因增强子影响细胞转录和表型	发现了新型机械敏感的基因增强子，这些增强子能够响应机械微环境的变化，调控细胞关键功能	NA	揭示机械微环境如何精确影响表观遗传状态以调控转录	机械敏感的基因增强子及其对细胞功能的影响	表观遗传学	NA	基因组范围的表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA测序CRISPR筛选	NA	基因组数据、表观遗传数据、单细胞RNA测序数据	NA
2267	2024-11-13	Single-cell transcriptome analysis identifies a novel tumor-associated macrophage subtype predicting better prognosis in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1466767 PMID:39507421	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，鉴定出一种新的胰腺导管腺癌相关巨噬细胞亚型，该亚型预示着更好的预后	本研究首次通过单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，鉴定出一种新的良性M2样巨噬细胞亚型（bM2-like TAMs），并揭示其在胰腺导管腺癌中的抗肿瘤作用	本研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	深入了解胰腺导管腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞亚型及其对预后的影响，为免疫治疗提供新策略	胰腺导管腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	大量单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据
2268	2024-11-13	Comprehensive single-cell and bulk transcriptomic analyses to develop an NK cell-derived gene signature for prognostic assessment and precision medicine in breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1460607 PMID:39507529	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组分析，开发了一种基于NK细胞的基因特征，用于乳腺癌的预后评估和精准医疗	首次结合单细胞RNA测序和批量转录组分析，开发了一种新的NK细胞相关基因特征，用于乳腺癌的预后评估和治疗反应预测	NA	开发一种新的NK细胞相关基因特征，用于乳腺癌的预后评估和精准医疗	乳腺癌中的NK细胞相关基因及其在预后评估和治疗反应预测中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量转录组分析、加权相关网络分析（WGCNA）、LASSO回归、空间转录组学（ST）、免疫组化（IHC）	NA	基因表达数据	数据主要来源于TCGA和GEO数据库，具体样本数量未明确提及
2269	2024-11-13	Single-cell reconstruction and mutation enrichment analysis identifies dysregulated cardiomyocyte and endothelial cells in congenital heart disease 2023-Dec-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00070.2023 PMID:37811720	研究论文	本文通过单细胞转录组重构和突变富集分析，识别出先天性心脏病中失调的心肌细胞和内皮细胞	首次综合分析了基因组学和先天性心脏病的单细胞转录组学，识别出最常突变的先天性心脏病基因，并展示了先天性心脏病基因的异质性	NA	鉴定先天性心脏病的潜在风险基因	先天性心脏病病例中的心肌细胞和内皮细胞	基因组学	先天性心脏病	单细胞转录组分析	NA	基因变异数据	3166例先天性心脏病病例
2270	2024-11-13	Myoblast deactivation within engineered human skeletal muscle creates a transcriptionally heterogeneous population of quiescent satellite-like cells 2022-05, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2022.121508 PMID:35421801	研究论文	研究优化了在体外培养的人工骨骼肌组织中使人类肌原细胞失活的方法，形成了一种转录异质性的静止卫星细胞群	首次在体外人工骨骼肌环境中成功模拟了静止卫星细胞的形成，并利用单细胞RNA测序技术揭示了其转录组变化	研究主要集中在体外实验，尚未在体内验证其效果	探索在体外人工骨骼肌环境中形成静止卫星细胞的方法，为研究人类肌肉再生和疾病相关的卫星细胞功能障碍提供平台	人类肌原细胞和人工骨骼肌组织	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多个肌原细胞样本和人工骨骼肌组织样本
2271	2024-11-13	Rainbow-Seq: Combining Cell Lineage Tracing with Single-Cell RNA Sequencing in Preimplantation Embryos 2018-Sep-28, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2018.08.009 PMID:30267678	研究论文	开发了Rainbow-seq技术，结合细胞谱系追踪和单细胞RNA测序，揭示胚胎植入前胚胎的细胞分裂历史和单细胞转录组	Rainbow-seq技术能够在单细胞RNA测序实验中同时解码谱系标记基因和读取单细胞转录组，填补了细胞分裂历史与单细胞RNA测序之间的关键空白	谱系差异在单个基因水平上并不明确，但在整体转录组分析中变得清晰	开发新技术以追踪细胞分裂历史并揭示单细胞转录组	胚胎植入前胚胎的细胞分裂历史和单细胞转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	每个实验涉及多个单细胞样本，包括4-细胞和8-细胞阶段的胚胎细胞
2272	2024-11-12	Dissecting L-glutamine metabolism in acute myeloid leukemia: single-cell insights and therapeutic implications 2024-Nov-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05779-3 PMID:39506790	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了急性髓系白血病中L-谷氨酰胺代谢相关基因对疾病进展的影响	揭示了CD34+前B细胞中谷氨酰胺相关活动的增加，并发现了与AML进展相关的10个基因，包括CCL5和CD52，这些基因可能是潜在的治疗靶点	NA	深入理解急性髓系白血病的生物学机制，并探索新的治疗策略	急性髓系白血病患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	血液癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自AML患者的单细胞RNA测序数据
2273	2024-11-12	γδ T17 Cells Regulate the Acute Antiviral Response of NK Cells in HSV-1-Infected Corneas 2024-Nov-04, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.13.16 PMID:39504049	研究论文	研究γδ T17细胞在HSV-1感染的角膜中对NK细胞急性抗病毒反应的调节作用	首次揭示了γδ T17细胞在HSV-1感染的角膜中促进NK细胞积累，并通过IL-17A信号通路调节NK细胞的功能	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探究γδ T细胞在HSV-1感染的角膜中对NK细胞的调节作用	γδ T细胞和NK细胞在HSV-1感染角膜中的相互作用	NA	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)、流式细胞术、多重分析	NA	RNA	CD57Bl/6 (野生型[WT])、TCRδ-/-、IFN-γ-/-小鼠，每组若干只
2274	2024-11-12	PINK1/Parkin-Mediated Mitophagy Ameliorates Mitochondrial Dysfunction in Lacrimal Gland Acinar Cells During Aging 2024-Nov-04, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.13.12 PMID:39504053	研究论文	研究了PINK1/Parkin介导的线粒体自噬在衰老过程中对泪腺腺泡细胞线粒体功能障碍的改善作用	首次揭示了PINK1/Parkin介导的线粒体自噬在衰老过程中对泪腺腺泡细胞的保护作用	仅使用了年轻和中年的C57BL/6J小鼠进行研究，缺乏更广泛年龄段的数据	探讨衰老过程中泪腺腺泡细胞线粒体功能障碍的机制及线粒体自噬的作用	泪腺腺泡细胞	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	蛋白质表达数据	年轻 (6周) 和中年 (12个月) 的雄性C57BL/6J小鼠
2275	2024-11-12	Single-cell transcriptomics reveal diverging pathobiology and opportunities for precision targeting in scleroderma-associated versus idiopathic pulmonary arterial hypertension 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.25.620225 PMID:39484590	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了硬皮病相关肺动脉高压与特发性肺动脉高压在病理生物学上的差异，并探讨了精准靶向治疗的机会	首次通过单细胞RNA测序技术比较了硬皮病相关肺动脉高压与特发性肺动脉高压的基因表达差异，揭示了潜在的治疗靶点	研究样本量较小，需要进一步的临床验证	探讨硬皮病相关肺动脉高压与特发性肺动脉高压的分子机制差异，寻找新的治疗靶点	硬皮病相关肺动脉高压和特发性肺动脉高压患者的肺组织样本	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12个肺组织样本，包括4个硬皮病相关肺动脉高压、4个特发性肺动脉高压和4个失败供体样本
2276	2024-11-12	Spatiotemporal lineage tracing reveals the dynamic spatial architecture of tumor growth and metastasis 2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619529 PMID:39484491	研究论文	本文通过整合高分辨率空间转录组学和进化谱系追踪技术，研究了肺腺癌小鼠模型中肿瘤扩展、可塑性和转移与微环境重塑的共进化关系	本文创新性地整合了高分辨率空间转录组学和进化谱系追踪技术，揭示了肿瘤扩展、可塑性和转移与微环境重塑的动态关系	NA	研究肿瘤进展过程中癌细胞与微环境之间的动态相互作用	肺腺癌小鼠模型中的肿瘤扩展、可塑性和转移	数字病理学	肺癌	高分辨率空间转录组学	NA	空间数据	小鼠模型
2277	2024-11-12	HIV persists in late coronary atheroma and is associated with increased local inflammation and disease progression 2024-Oct-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5125826/v1 PMID:39483879	研究论文	本研究探讨了HIV感染者冠状动脉粥样硬化斑块中HIV的存在及其与局部炎症和疾病进展的关系	首次揭示了HIV感染者冠状动脉粥样硬化斑块中HIV的高拷贝数与显著炎症的相关性，并发现了CD163巨噬细胞表达的变化	研究样本量较小，且仅限于已故HIV感染者和对照组，需要进一步在大规模临床队列中验证	探讨HIV感染者冠状动脉粥样硬化的免疫机制及其与炎症的关系	已故HIV感染者和对照组的冠状动脉和主动脉	心血管疾病	心血管疾病	DNA/RNA测序、空间转录组学、高分辨率质谱分析	NA	基因表达数据	已故HIV感染者和对照组的冠状动脉和主动脉样本
2278	2024-11-12	Gene expression landscape of cutaneous squamous cell carcinoma progression 2024-Oct-17, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae249 PMID:38867481	研究论文	本文通过元分析公开的RNA-Seq样本，定义了从正常皮肤到皮肤鳞状细胞癌（cSCC）不同阶段的转录组景观	本文通过整合多个研究的数据，定义了cSCC进展过程中不同阶段的差异表达基因（DEGs），并使用单细胞RNA-Seq数据验证了这些基因的表达情况	由于样本量较小和分析协议的多样性，研究结果的可转移性可能有限	定义皮肤鳞状细胞癌进展过程中不同阶段的转录组景观	正常皮肤、光化性角化病、原位鳞状细胞癌、角化棘皮瘤和皮肤鳞状细胞癌的RNA-Seq样本	数字病理学	皮肤鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA-Seq数据	共分析了73个正常皮肤样本、46个光化性角化病样本、16个原位鳞状细胞癌样本、13个角化棘皮瘤样本和147个皮肤鳞状细胞癌样本
2279	2024-11-12	COL10A1 expression distinguishes a subset of cancer-associated fibroblasts present in the stroma of high-risk basal cell carcinoma 2024-Oct-17, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae258 PMID:38916477	研究论文	研究探讨了基底细胞癌（BCC）不同亚型间基质中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特征，特别是COL10A1的表达	首次发现COL10A1作为高风险BCC的标志物，特别是在硬化/浸润性和基底鳞状亚型中	研究样本量有限，且仅限于特定亚型的BCC	研究BCC不同亚型基质中CAFs的特征，以寻找新的治疗靶点和预后生物标志物	基底细胞癌的不同亚型及其基质中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	RNA测序（RNA-Seq）、激光捕获显微切割（LCM）、免疫组织化学（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	15个BCC样本（来自5种不同纯亚型，每种3个样本），6个健康皮肤样本，93个不同BCC样本和13个健康皮肤样本
2280	2024-11-12	Exploring Cellular Heterogeneity: Single-Cell and Spatial Transcriptomics of Alzheimer Disease Brains and iPSC-Derived Microglia 2024-Oct-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5045715/v1 PMID:39483903	研究论文	本文通过整合单细胞和空间转录组学数据，研究了阿尔茨海默病大脑和诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞的细胞异质性	本文首次整合了单细胞和空间转录组学数据，揭示了微胶质细胞在阿尔茨海默病中的多样性和空间分布特征	本文未详细讨论微胶质细胞异质性对阿尔茨海默病进展的具体影响	揭示微胶质细胞在阿尔茨海默病中的转录状态多样性和空间分布特征	阿尔茨海默病大脑和诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	转录组数据	多个队列和脑区的微胶质细胞样本