单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22721	2024-08-09	PyMINEr Finds Gene and Autocrine-Paracrine Networks from Human Islet scRNA-Seq 2019-02-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.01.063 PMID:30759402	研究论文	本文介绍了一种名为PyMINEr的信息学工具，该工具能够自动化地进行细胞类型识别、细胞类型特异性通路分析、基于图论的基因调控分析以及自分泌-旁分泌信号网络的检测。	PyMINEr工具能够自动化处理scRNA-seq数据，进行细胞类型识别和基因调控网络分析，这在生物信息学领域具有创新性。	NA	开发和验证一种新的信息学工具PyMINEr，用于深入分析scRNA-seq数据。	人类胰腺胰岛的scRNA-seq数据。	生物信息学	NA	scRNA-seq	图论	scRNA-seq数据	七个数据集
22722	2024-08-09	Quality Control of Single-Cell RNA-seq 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_1 PMID:30758816	研究论文	本文介绍了一种结合基因表达模式和数据质量来检测单细胞RNA测序（scRNA-seq）样本中技术伪影的协议	本文提出了一种新的方法来整合基因表达模式和数据质量，以检测scRNA-seq样本中的技术伪影	NA	旨在解决scRNA-seq技术中技术噪声与生物变异性的分离问题	单细胞RNA测序样本中的技术伪影	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
22723	2024-08-09	Normalization for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_2 PMID:30758817	研究论文	本文描述了一种针对单细胞RNA测序数据的稳健归一化方法SCnorm	提出了SCnorm方法，并提供了诊断功能以可视化归一化性能	NA	开发和评估单细胞RNA测序数据的归一化方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
22724	2024-08-09	Analysis of Technical and Biological Variability in Single-Cell RNA Sequencing 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_3 PMID:30758818	研究论文	本文描述了一种计算流程，用于检测在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中表现出高于技术噪声预期的高变异基因	提出了一个使用scater和scran R/Bioconductor包的计算流程，用于检测和分析单细胞数据中的高变异基因	NA	旨在解决单细胞RNA测序中的技术变异性问题，以正确分析单细胞数据	单细胞RNA测序中的高变异基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括来自小鼠胚胎干细胞和齿状回细胞的样本
22725	2024-08-09	Identification of Cell Types from Single-Cell Transcriptomic Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_4 PMID:30758819	研究论文	本文介绍了利用单细胞转录组测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型识别的方法和技术	本文提出了一个生物信息学流程，为进入该领域的研究人员提供了一个逐步指导的示例	随着数据集的大小和复杂性不断增加，计算挑战也随之增多，需要分析方法具有可扩展性、灵活性和鲁棒性	利用scRNA-seq测量数据识别复杂组织中形成的细胞类型	单细胞转录组测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
22726	2024-08-09	scMCA: A Tool to Define Mouse Cell Types Based on Single-Cell Digital Expression 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_6 PMID:30758821	研究论文	本文构建了一个基于scRNA-seq数据集的“单细胞小鼠细胞图谱（scMCA）分析”流程，用于定义小鼠细胞类型。	提出了基于scRNA-seq数据集的scMCA工具，用于更精确地匹配单细胞数字表达与其最接近的细胞类型。	NA	开发一种新的工具来定义小鼠细胞类型。	小鼠细胞类型。	单细胞测序	NA	scRNA-seq	NA	scRNA-seq数据	覆盖所有小鼠细胞类型的数据集
22727	2024-08-09	Pseudotime Reconstruction Using TSCAN 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_8 PMID:30758823	研究论文	本文介绍了如何使用TSCAN R包对单细胞RNA测序数据进行伪时间分析	TSCAN提供了一种计算方法来重建细胞的伪时间轨迹，有助于理解基因表达的动态变化	NA	探索单细胞RNA测序数据中细胞状态的连续变化过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
22728	2024-08-09	Estimating Differentiation Potency of Single Cells Using Single-Cell Entropy (SCENT) 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_9 PMID:30758824	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞熵（SCENT）算法评估单细胞分化潜能的详细协议	提出了SCENT算法，通过整合单细胞RNA-Seq数据与交互网络来近似分化潜能，为单细胞研究提供了新的计算方法	NA	旨在从单细胞数据中提取生物学知识，特别是在识别新型干细胞或祖细胞样表型方面	单细胞的分化潜能	生物信息学	癌症	RNA-Seq	NA	单细胞RNA-Seq数据	人类胚胎干细胞和多潜能祖细胞，代表三个主要胚层
22729	2024-08-09	Using BRIE to Detect and Analyze Splicing Isoforms in scRNA-Seq Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_12 PMID:30758827	review	本文回顾了单细胞RNA测序数据中剪接异构体定量的挑战，并讨论了BRIE模型在解决这些问题中的应用	提出了BRIE模型，通过学习序列特征的先验分布来解决剪接异构体定量的问题	单细胞RNA测序技术在解析RNA加工事件如剪接变异性的应用上存在局限	探讨单细胞RNA测序数据中剪接异构体定量的方法	单细胞RNA测序数据中的剪接异构体	natural language processing	NA	scRNA-seq	Bayesian hierarchical model	text	130个鼠细胞
22730	2024-08-09	Antigen Receptor Sequence Reconstruction and Clonality Inference from scRNA-Seq Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_15 PMID:30758830	研究论文	本文介绍了用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中重建配对全长抗原受体序列和克隆性推断的计算工具TraCeR和BraCeR	TraCeR通过从每个细胞的读取中提取源自TCR的序列读取并将其组装成长度重组的TCR序列，而BraCeR在此基础上考虑了体细胞超突变（SHM）和同种型转换	NA	开发用于从scRNA-seq数据中重建抗原受体序列和推断克隆性的计算工具	T细胞受体（TCR）序列	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列	单细胞
22731	2024-08-09	McImpute: Matrix Completion Based Imputation for Single Cell RNA-seq Data 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00009 PMID:30761179	研究论文	本文介绍了一种基于低秩矩阵完成的单细胞RNA测序数据填补技术mcImpute	mcImpute技术显著改善了真实数据集中真零与缺失值的区分、细胞聚类、差异表达分析、细胞类型可分离性、细胞可视化的降维技术性能以及基因分布	NA	开发一种新技术来填补单细胞RNA测序数据中的缺失值	单细胞RNA测序数据中的缺失值	生物信息学	NA	低秩矩阵完成	NA	RNA测序数据	多个真实数据集
22732	2024-08-09	PROSSTT: probabilistic simulation of single-cell RNA-seq data for complex differentiation processes 2019-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz078 PMID:30715210	研究论文	本文介绍了一种名为PROSSTT的概率模拟方法，用于生成具有复杂拓扑结构的单细胞RNA测序数据集，以支持细胞谱系树重建工具的测试和开发	PROSSTT能够模拟具有任意复杂度、噪声水平、噪声模型和大小的单细胞RNA测序数据集，并提供脚本量化预测谱系树的质量	NA	开发和测试用于细胞谱系树重建的工具	单细胞RNA测序数据集及其谱系树	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	概率模拟	RNA测序数据	任意大小
22733	2024-08-09	Defining the Cell Types That Drive Idiopathic Pulmonary Fibrosis Using Single-Cell RNA Sequencing 2019-Jun-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201901-0197ED PMID:30715901	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
22734	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Resolves Molecular Relationships Among Individual Plant Cells 2019-04, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1104/pp.18.01482 PMID:30718350	研究论文	本研究利用商业化的基于液滴的微流控平台进行高通量单细胞RNA测序，从超过10,000个拟南芥根细胞的原生质体中获得了单细胞转录组	首次广泛应用单细胞RNA测序技术于植物细胞，揭示了拟南芥根细胞的主要组织和发育阶段，并识别了不同的亚群和稀有细胞类型	NA	展示单细胞RNA测序在植物中的可行性和实用性，并提供拟南芥根细胞的单细胞分辨率基因表达图谱	拟南芥根细胞的单细胞转录组	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过10,000个拟南芥根细胞的原生质体
22735	2024-08-09	Sensitive high-throughput single-cell RNA-seq reveals within-clonal transcript correlations in yeast populations 2019-04, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0346-9 PMID:30718850	研究论文	本文开发了一种敏感、可扩展且成本低廉的酵母单细胞RNA测序（yscRNA-seq）方法，用于检测酵母克隆群体中的转录相关性	yscRNA-seq方法能够以链特异性和异构体特异性的方式数字化计数转录起始位点，检测低丰度的非编码RNA和至少一半的蛋白质编码基因	尽管检测到每个基因平均约3.5个分子，但单细胞水平上表达的异构体数量受到限制	揭示酵母克隆群体中的转录相关性	酵母单细胞RNA表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	酵母克隆细胞群体
22736	2024-08-09	MicroRNA-155 coordinates the immunological landscape within murine melanoma and correlates with immunity in human cancers 2019-03-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.126543 PMID:30721153	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了在野生型和miR-155 T细胞条件性敲除小鼠中生长的B16F10小鼠黑色素瘤肿瘤中CD45+免疫细胞群体的动态变化，揭示了miR-155在调节肿瘤内免疫细胞动态中的作用及其在人类癌症中的免疫相关性	首次详细分析了miR-155在实验性黑色素瘤肿瘤中免疫细胞类型和基因表达特征的作用，并阐明了其在哺乳动物肿瘤中协调抗肿瘤免疫反应的角色	NA	探讨miR-155在肿瘤内免疫细胞动态中的作用及其在人类癌症中的免疫相关性	B16F10小鼠黑色素瘤肿瘤中的CD45+免疫细胞群体	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和miR-155 T细胞条件性敲除小鼠的B16F10小鼠黑色素瘤肿瘤样本，以及TCGA数据库中29种其他人类实体肿瘤的基因表达数据
22737	2024-08-09	Fast interpolation-based t-SNE for improved visualization of single-cell RNA-seq data 2019-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0308-4 PMID:30742040	研究论文	本文提出了一种基于快速插值的t-SNE方法，用于改进单细胞RNA测序数据的可视化	本文显著加速了t-SNE算法，无需数据下采样，从而能够可视化稀有细胞群，并实现了一种基于一维t-SNE的热图样式可视化方法	NA	改进单细胞RNA测序数据的可视化方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	t-SNE	t-SNE	基因表达数据	大量单细胞样本
22738	2024-08-09	Specification of diverse cell types during early neurogenesis of the mouse cerebellum 2019-02-08, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.42388 PMID:30735127	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了胚胎期13.5天的小鼠小脑中约9400个细胞的全基因组表达情况，并通过迭代聚类和伪时间排序重建发育轨迹，揭示了小脑细胞类型和亚群的多样性及其调控机制。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了小脑发育过程中细胞命运指定的新转录程序，并发现了一些先前未知的亚群，这些亚群可能在小脑的形成和功能中起着关键作用。	NA	研究小鼠小脑早期神经发生过程中细胞类型的多样性及其分子调控机制。	小鼠胚胎期13.5天的小脑细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约9400个细胞
22739	2024-08-09	Lymphocyte innateness defined by transcriptional states reflects a balance between proliferation and effector functions 2019-02-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-08604-4 PMID:30737409	研究论文	本文通过低输入和单细胞RNA测序研究人类淋巴细胞群体，揭示了固有T细胞的转录状态及其效应状态的维持机制	发现了连续的'固有性梯度'和四种广泛的固有状态，揭示了固有性由预形成的效应功能mRNA编码，但细胞增殖受损	NA	探讨固有T细胞如何维持准备好的效应状态	固有T细胞，包括不变自然杀伤T细胞、黏膜相关不变T细胞和γδ T细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	人类淋巴细胞群体
22740	2024-08-09	Human Spermatogonial Stem Cells Scrutinized under the Single-Cell Magnifying Glass 2019-02-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.01.010 PMID:30735645	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术详细研究了人类精原干细胞（SSCs）的分子特征	利用单细胞RNA测序技术对人类精原干细胞进行详细定义和分子特征分析	NA	研究人类精原干细胞的分子特征	人类精原干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括具有人类SSCs特征的精原子集的多种人类睾丸细胞群体